genome.fa.s8466.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008466.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111280_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  685270

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198176--198329	57	2.7	57	82	2	184	40	18	9	32	1.82
198331--198530	67	3.0	67	91	1	330	29	16	26	28	1.97
198478--198579	49	2.1	49	88	0	150	34	13	24	27	1.93
198526--198688	81	2.0	81	82	4	195	40	11	18	29	1.86
198674--198712	20	2.0	20	85	10	53	41	7	20	30	1.80
198705--199095	45	8.7	45	85	2	383	38	12	19	29	1.88
198742--199104	90	4.0	90	86	1	478	37	12	20	29	1.89
198742--199104	135	2.7	134	86	3	485	37	12	20	29	1.89
201857--201908	19	2.5	20	81	12	61	32	15	17	34	1.91
207192--207236	20	2.2	20	92	0	72	37	26	11	24	1.89
208061--208120	29	2.0	30	87	6	86	35	6	13	45	1.70
208210--208286	20	4.1	20	77	16	92	24	35	27	12	1.92
208236--208265	15	2.0	15	93	0	51	30	33	23	13	1.93
208320--208362	21	2.0	21	90	0	68	13	41	25	18	1.88
208398--208440	21	2.0	21	100	0	86	23	18	27	30	1.98
210947--211015	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
210956--211015	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
211105--211145	20	2.0	20	85	0	55	24	34	26	14	1.94
211131--211160	15	2.0	15	100	0	60	26	33	26	13	1.93
211195--211238	21	2.1	21	95	0	79	13	45	25	15	1.83
219022--219070	17	2.9	17	96	0	89	28	26	12	32	1.92
225014--225044	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225220--225408	103	1.8	103	100	0	378	48	8	4	38	1.53
225903--225945	22	2.0	22	90	0	68	25	34	18	20	1.96
226669--226697	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
227907--227956	17	3.1	17	68	26	54	52	22	6	20	1.68
228293--228346	23	2.3	24	93	6	94	35	7	37	20	1.81
228938--228985	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
232855--232905	19	2.6	20	78	9	61	47	15	11	25	1.80
232972--233003	14	2.3	14	94	0	55	21	31	25	21	1.98
234812--234865	25	2.2	25	90	6	83	53	9	29	7	1.60
236729--236771	23	1.9	22	85	4	59	34	6	30	27	1.83
238741--238809	34	2.1	33	86	8	95	28	8	17	44	1.78
240027--240239	20	10.4	21	78	10	210	37	25	18	18	1.93
240027--240239	41	5.2	41	87	6	315	37	25	18	18	1.93
240027--240239	81	2.6	82	86	8	315	37	25	18	18	1.93
240006--240239	122	1.9	123	95	0	425	36	26	17	19	1.94
240776--240842	14	4.4	14	72	18	53	46	20	23	8	1.79
240781--240853	33	2.2	33	92	0	119	45	24	20	9	1.81
240854--240942	20	4.8	19	71	20	66	12	23	17	46	1.82
243308--243401	42	2.2	42	81	7	111	25	35	18	21	1.95
244752--244790	14	2.8	14	85	14	62	38	0	17	43	1.50
244897--244960	19	3.4	19	97	0	119	46	15	20	17	1.83
244897--244981	38	2.4	36	84	9	104	47	18	20	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244987--245158	19	9.7	19	70	20	122	14	23	19	42	1.88
244991--245191	33	5.8	33	82	8	231	14	22	20	42	1.88
245024--245157	20	7.5	19	71	18	99	14	23	20	41	1.89
244989--245198	106	2.0	106	88	1	314	14	22	20	41	1.89
244994--245171	73	2.6	66	81	11	212	14	23	19	42	1.88
247598--247651	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
247598--247665	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
247777--247810	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
248472--248784	20	15.5	19	73	11	205	20	17	22	38	1.93
248472--248784	40	7.7	39	78	8	263	20	17	22	38	1.93
248511--248765	121	2.1	122	85	1	341	20	18	22	38	1.94
258721--258884	29	5.7	29	79	0	157	26	7	23	42	1.80
258726--258888	87	1.9	88	89	1	256	26	6	22	44	1.77
258721--258884	58	2.8	58	81	0	184	26	7	23	42	1.80
260223--260261	19	2.1	19	86	13	55	30	5	5	58	1.41
260688--260773	45	1.9	44	90	2	136	19	20	12	46	1.83
270926--270993	17	4.1	16	80	10	75	76	0	0	23	0.79
270907--270974	31	2.1	32	86	8	93	73	0	1	25	0.92
270927--271018	16	5.8	17	69	19	65	72	0	3	23	0.99
271063--271105	18	2.4	18	92	0	68	72	0	6	20	1.08
271965--272012	4	12.0	4	79	16	55	75	0	2	22	0.91
271986--272015	13	2.3	13	100	0	60	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271969--272012	17	2.6	17	89	3	72	75	0	2	22	0.92
272613--272657	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
272813--272848	17	2.1	18	89	5	56	50	0	2	47	1.15
274424--274482	31	2.0	29	90	6	91	74	1	5	18	1.09
274436--274485	14	3.2	16	71	18	52	78	2	4	16	1.00
275155--275188	13	2.7	13	90	4	52	67	0	0	32	0.91
275152--275189	7	5.4	7	87	9	51	71	0	0	28	0.87
275148--275192	20	2.4	19	82	17	58	71	0	0	28	0.87
276130--277075	124	7.6	124	91	1	1437	26	16	24	32	1.96
279716--280148	45	9.6	45	86	1	564	29	24	10	34	1.90
280183--280337	81	1.9	81	84	5	206	30	20	12	36	1.89
280286--280605	67	4.8	67	88	1	462	29	22	15	32	1.95
280804--280944	57	2.5	57	84	2	194	39	19	9	31	1.83
280950--281215	67	4.0	67	85	3	347	31	13	24	30	1.93
281149--281303	81	1.9	81	86	2	222	36	12	21	29	1.91
281338--281784	45	9.9	45	85	1	538	38	11	22	28	1.88
281981--282011	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
283505--283548	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
283512--283762	106	2.3	106	95	1	448	43	4	9	43	1.56
283618--283654	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
283619--283652	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
283618--283655	19	2.0	19	100	0	76	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283742--283790	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
287684--287708	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
290434--290473	18	2.2	19	90	4	64	35	12	15	37	1.85
290452--290481	14	2.1	14	93	0	51	36	10	16	36	1.82
295783--295807	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94
303694--303749	21	2.7	20	88	2	76	48	3	8	39	1.52
311160--311204	19	2.4	19	100	0	90	8	31	11	48	1.69
314248--314287	15	2.7	15	96	0	71	20	27	25	27	1.99
315684--315752	34	2.1	33	86	8	95	28	8	17	44	1.78
315691--315768	34	2.2	34	80	13	86	29	7	16	46	1.75
316328--316401	34	2.2	34	100	0	148	55	10	13	20	1.68
327525--327620	48	2.0	48	100	0	192	27	2	25	45	1.64
330827--331043	53	4.2	53	86	2	298	33	12	21	32	1.91
335206--335273	32	2.1	32	89	5	102	42	19	11	26	1.85
335890--335938	17	2.8	18	93	3	82	30	8	32	28	1.86
343999--344159	1	161.0	1	77	0	142	87	0	11	0	0.58
343999--344159	8	19.2	8	83	12	175	87	0	11	0	0.58
343999--344163	9	19.0	9	82	14	181	87	0	12	0	0.59
346144--346302	29	5.2	29	63	19	81	30	21	16	31	1.96
346017--346440	62	6.8	62	90	0	607	29	20	14	35	1.92
346625--347177	36	15.4	36	92	0	881	34	23	23	18	1.96
347308--347353	19	2.4	19	96	0	83	32	17	23	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347335--348062	137	5.3	137	90	1	1093	34	24	15	25	1.95
349467--349514	20	2.5	20	83	10	55	68	2	4	25	1.18
350960--351047	20	4.1	20	65	18	59	44	1	3	51	1.25
353632--353753	45	2.7	43	82	7	111	35	14	20	29	1.93
353647--353753	43	2.4	44	84	3	135	38	14	18	28	1.91
353669--353753	45	1.9	43	88	4	125	34	15	18	31	1.92
353679--353840	82	2.0	80	81	4	191	30	16	19	33	1.94
354348--354397	21	2.4	21	86	6	66	4	24	22	50	1.66
354360--354406	21	2.2	20	85	10	67	0	23	25	51	1.49
361158--361281	42	2.9	42	84	5	169	24	22	17	35	1.95

Tables:   1   2   3   4