genome.fa.s847.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000847.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001631_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  265150

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1856--1909	23	2.3	23	81	6	65	27	16	31	24	1.96
3894--3927	17	1.9	17	88	5	50	61	0	0	38	0.96
4026--4100	3	25.3	3	84	8	100	65	4	0	30	1.11
7928--7998	31	2.3	31	80	2	81	59	5	2	32	1.35
14736--14842	24	4.5	24	75	0	106	47	16	14	20	1.82
14736--14844	48	2.3	48	78	0	128	47	16	15	20	1.82
17304--17335	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
17305--17351	8	6.5	8	79	20	59	21	25	38	14	1.92
17305--17351	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92
17312--17356	13	3.3	13	90	6	63	17	24	42	15	1.88
17333--17396	18	3.6	18	91	0	110	10	18	51	18	1.75
19524--19630	24	4.5	24	75	0	106	47	16	14	20	1.82
19524--19632	48	2.3	48	78	0	128	47	16	15	20	1.82
22092--22123	7	4.4	7	92	7	55	25	28	34	12	1.92
22093--22139	8	6.5	8	79	20	59	21	25	38	14	1.92
22093--22139	15	3.3	15	91	5	71	21	25	38	14	1.92
22100--22144	13	3.3	13	90	6	63	17	24	42	15	1.88
22121--22184	18	3.6	18	91	0	110	10	18	51	18	1.75
28897--28963	22	3.0	22	100	0	134	26	26	26	19	1.99
29183--29242	30	2.0	31	90	3	95	33	23	6	36	1.81
29258--29327	29	2.4	29	90	0	104	37	14	10	38	1.79
29631--29782	68	2.2	69	87	2	209	18	27	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29762--29804	21	2.0	21	86	0	59	16	25	27	30	1.97
30660--30732	2	37.0	2	97	2	139	50	0	0	49	1.00
31026--31302	104	2.7	104	86	0	365	30	17	16	36	1.92
34887--34912	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
38142--38181	8	4.9	8	84	3	53	32	0	0	67	0.91
38142--38182	3	14.7	3	82	14	52	34	0	0	65	0.93
38334--38372	20	1.9	21	85	15	55	46	2	7	43	1.46
45413--45449	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
45479--45538	20	3.0	20	71	9	59	30	23	20	26	1.98
45713--45762	22	2.3	22	85	0	64	24	42	12	22	1.87
46138--46181	20	2.2	20	87	0	61	11	18	20	50	1.77
46670--46721	20	2.6	20	84	6	70	44	26	19	9	1.81
46715--46757	20	2.2	20	83	4	52	25	20	25	27	1.99
46766--46820	20	2.8	20	91	0	83	32	18	16	32	1.93
46991--47025	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
49289--49342	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
49289--49356	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
50569--50643	31	2.4	31	86	2	96	44	4	1	50	1.29
54860--54906	21	2.2	20	79	17	51	61	10	0	27	1.29
54893--54931	20	2.0	20	84	0	51	66	10	0	23	1.22
57152--57221	3	24.0	3	80	11	74	28	4	1	65	1.20
57741--57779	20	2.0	20	84	0	51	64	5	28	2	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58372--58418	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
59580--59613	17	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
60316--60383	31	2.2	30	92	7	111	17	11	8	61	1.54
62563--62642	26	3.3	25	70	19	80	25	25	10	40	1.86
63246--63359	12	10.2	10	70	22	61	71	9	16	2	1.24
63270--63312	19	2.2	20	87	4	61	67	9	20	2	1.30
63251--63351	22	4.4	25	72	22	85	70	9	16	2	1.27
63246--63359	11	10.2	11	70	23	69	71	9	16	2	1.24
64535--64578	16	2.8	16	78	0	52	47	27	2	22	1.63
64930--65047	36	3.3	36	81	8	141	34	16	11	37	1.85
64930--65064	71	1.9	72	81	4	166	33	19	13	34	1.90
65150--65231	36	2.3	36	78	4	94	36	19	12	31	1.89
65205--65443	105	2.3	102	83	9	281	30	20	11	36	1.89
65389--65508	36	3.4	36	79	4	111	30	20	13	35	1.91
65756--65851	29	3.5	28	87	5	142	28	9	16	45	1.78
65860--66016	52	3.0	52	96	0	278	31	14	17	36	1.90
66004--66069	30	2.1	32	86	5	91	34	7	13	43	1.73
66225--66447	120	1.9	118	80	9	265	29	14	13	42	1.83
66345--66703	63	5.6	65	71	11	201	29	16	13	41	1.85
66345--66703	128	2.8	126	72	9	316	29	16	13	41	1.85
66836--66931	36	2.7	34	79	10	95	30	16	12	40	1.86
66857--66931	35	2.1	36	85	7	100	36	18	10	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67102--67183	28	2.9	28	83	3	94	24	12	13	50	1.76
67201--67483	46	6.6	44	76	12	241	24	34	19	21	1.97
67194--67586	129	3.0	129	89	4	549	24	33	18	23	1.97
67386--67789	214	1.9	208	90	5	641	23	32	17	26	1.97
67599--67873	128	2.2	125	92	2	451	22	32	19	25	1.98
67285--67873	40	13.8	42	74	13	293	23	32	18	25	1.97
68030--68093	3	22.0	3	81	12	71	29	4	0	65	1.13
68611--68648	19	2.0	20	84	5	51	63	5	28	2	1.30
69243--69289	20	2.4	19	80	16	51	25	2	14	57	1.49
70439--70472	17	1.9	18	88	5	52	38	2	2	55	1.30
80367--80442	35	2.2	35	90	0	116	39	22	1	36	1.63
80827--81084	128	2.0	126	90	1	408	36	14	12	36	1.84
81404--81466	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
81543--81576	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
85706--85752	17	2.9	16	78	9	60	42	0	0	57	0.98
91951--92117	57	2.8	59	83	6	180	31	21	4	41	1.74
97261--97341	3	26.7	3	77	7	83	39	0	0	60	0.97
97665--97706	19	2.1	21	86	8	61	73	11	11	2	1.18
97658--97709	26	2.0	25	85	10	70	73	11	13	1	1.19
98522--98575	22	2.4	21	81	9	54	44	1	0	53	1.11
103909--103941	17	2.0	16	94	5	57	78	0	21	0	0.75
104748--104772	9	2.8	9	100	0	50	40	12	0	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106015--106353	114	3.0	115	92	0	545	32	14	21	32	1.93
106015--106353	115	3.0	114	91	1	536	32	14	21	32	1.93
107451--107699	75	3.3	75	85	4	322	31	15	21	31	1.95
108574--108685	54	2.1	54	86	0	152	38	15	22	24	1.92
109759--109833	31	2.4	31	97	0	141	24	16	18	41	1.90
109790--110557	76	10.1	76	95	0	1329	22	20	21	35	1.96
110688--110770	3	26.7	3	80	4	76	40	0	0	59	0.98
110698--110770	26	2.8	25	85	8	101	43	0	0	56	0.99
110697--110770	13	5.6	13	75	18	73	43	0	0	56	0.99
111087--111137	27	1.9	26	84	11	68	72	11	13	1	1.20
111094--111137	20	2.1	22	87	8	65	75	11	11	2	1.15
116488--116526	6	6.5	6	100	0	78	30	0	15	53	1.42
128317--128344	14	2.0	14	100	0	56	21	7	35	35	1.81
136323--136384	23	2.7	23	79	0	61	40	4	8	46	1.55
137131--137186	29	1.9	29	96	0	103	32	5	33	28	1.80
139282--139326	19	2.4	19	92	3	74	11	13	8	66	1.44
142681--143118	84	5.4	80	83	4	475	30	25	20	23	1.98
142681--143099	161	2.6	161	85	4	518	30	25	19	24	1.98
143701--143762	23	2.7	23	79	0	61	40	4	8	46	1.55
144508--144563	29	1.9	29	96	0	103	32	5	33	28	1.80
145263--145334	20	3.6	20	94	0	117	29	22	8	40	1.83
147069--147108	21	1.9	21	84	0	53	47	2	2	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147934--147975	16	2.7	15	89	10	66	59	0	0	40	0.97
148187--148230	7	6.0	8	82	15	51	47	0	0	52	1.00
157229--157293	23	2.9	24	80	15	68	40	0	1	58	1.07
157252--157293	21	2.0	21	90	9	68	40	0	0	59	0.97
157283--157318	14	2.5	15	90	4	56	58	0	0	41	0.98
159837--160077	82	2.9	81	84	5	279	30	18	17	33	1.94
166506--166585	42	1.9	42	86	0	115	41	11	15	32	1.82
174998--175040	4	10.8	4	89	0	68	51	23	2	23	1.60
178605--178634	2	15.5	2	93	6	53	46	0	0	53	1.00
178590--178634	13	3.5	13	87	6	56	42	4	2	51	1.34

Tables:   1   2