genome.fa.s8470.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008470.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111294_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  393165

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3645--3694	24	2.1	24	88	7	75	26	2	14	58	1.47
13428--13480	24	2.2	24	100	0	106	39	3	11	45	1.58
13430--13486	24	2.5	23	94	5	98	40	5	12	42	1.65
15756--15800	18	2.4	18	81	3	54	62	0	13	24	1.31
15740--15792	22	2.3	22	83	6	61	60	0	9	30	1.28
17039--17092	18	2.9	18	89	8	74	12	33	9	44	1.75
17977--18043	20	3.3	20	100	0	134	19	19	26	34	1.96
21621--21910	80	3.6	79	86	3	395	31	24	20	23	1.98
24874--24926	18	3.0	17	83	2	61	18	20	41	18	1.91
28734--29004	46	5.9	45	87	4	382	38	7	21	32	1.81
28734--29004	94	3.0	89	86	6	373	38	7	21	32	1.81
28734--28994	139	1.9	138	89	2	407	38	7	22	31	1.82
30834--30858	10	2.5	10	100	0	50	84	0	8	8	0.79
33237--33280	15	2.9	15	93	0	79	22	20	6	50	1.72
35033--35078	3	15.0	3	86	13	67	65	2	0	32	1.05
35506--35567	29	2.1	30	87	3	90	46	14	17	20	1.83
35605--35695	30	3.0	30	80	9	96	39	13	14	32	1.84
38595--38827	124	1.9	125	84	2	317	22	26	17	33	1.96
40131--40170	17	2.4	16	91	8	62	2	20	0	77	0.88
42430--42461	6	4.9	7	92	7	50	53	15	15	15	1.74
42708--42758	21	2.5	20	90	6	75	15	17	17	49	1.81
44552--44578	13	2.1	13	100	0	54	22	14	48	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46356--46381	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
49048--49078	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
49536--49576	22	1.9	21	90	5	64	24	0	4	70	1.06
49707--49733	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
49796--49851	16	3.6	16	83	7	62	71	1	1	25	1.05
50828--51160	29	11.6	29	75	12	235	40	8	0	50	1.37
50828--51162	87	3.9	86	72	11	262	40	8	0	50	1.37
51055--51131	24	3.1	23	77	14	82	42	9	0	48	1.35
51055--51118	22	2.8	24	81	11	80	39	7	0	53	1.30
51165--51272	29	3.7	29	80	10	121	53	0	5	40	1.24
55424--55500	31	2.4	32	78	8	86	36	25	19	18	1.94
55529--55563	16	2.2	16	94	0	61	17	25	14	42	1.86
55593--55630	16	2.4	16	95	4	69	26	15	10	47	1.78
56414--56460	20	2.5	19	83	12	62	29	8	10	51	1.66
56713--56749	15	2.4	15	95	4	65	40	2	5	51	1.39
56722--56765	20	2.2	20	88	4	63	38	6	6	47	1.57
56888--56941	19	2.7	21	72	11	51	42	9	3	44	1.54
57260--57330	19	3.7	19	74	9	63	29	26	0	43	1.55
57380--57552	2	89.5	2	74	17	143	45	2	2	49	1.27
57535--57701	82	2.1	79	92	4	280	31	5	5	56	1.46
57719--58410	214	3.2	215	94	0	1217	28	13	7	50	1.68
64926--65004	9	8.7	9	77	18	58	79	2	12	5	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64919--65004	32	2.7	32	80	8	95	79	2	13	4	1.00
64919--64978	16	3.8	16	73	6	59	80	1	11	6	0.98
64923--65023	19	5.4	18	76	13	80	77	1	16	3	1.02
64975--65039	18	3.6	18	82	10	71	75	1	23	0	0.89
65661--65719	27	2.1	28	84	9	77	37	35	8	18	1.81
66173--66503	171	1.9	173	91	1	549	32	16	21	29	1.95
67790--67909	42	2.9	41	80	6	143	24	20	23	31	1.98
67497--68241	261	2.8	261	87	2	1055	29	18	19	31	1.96
72546--72588	20	2.2	19	88	12	61	79	4	9	6	1.06
77639--77682	5	8.4	5	80	9	52	22	2	4	70	1.17
83744--83791	22	2.3	21	75	10	53	20	14	12	52	1.74
83985--84033	21	2.3	21	86	10	64	16	4	8	71	1.26
85173--85280	46	2.4	46	80	13	125	27	17	20	34	1.95
91801--91840	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
95534--95564	16	1.9	16	100	0	62	35	32	0	32	1.58
101974--102029	5	10.8	5	84	7	76	19	3	3	73	1.13
101974--102029	21	2.7	21	84	13	80	19	3	3	73	1.13
101978--102028	26	2.0	26	92	0	84	19	3	3	72	1.16
108322--108361	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
118210--118250	2	21.5	2	90	9	68	48	0	0	51	1.00
118383--118431	22	2.2	22	78	7	55	36	36	14	12	1.83
119356--119380	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119502--119528	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
119546--119587	22	1.9	22	85	9	59	16	2	4	76	1.07
119628--119677	25	2.0	25	88	7	75	20	2	0	78	0.86
119627--119676	6	8.3	6	79	16	59	18	2	0	80	0.82
119624--119676	11	4.5	11	78	21	63	18	1	0	79	0.83
120558--120605	22	2.1	23	84	3	62	45	0	2	52	1.12
120572--120616	22	2.0	22	82	4	54	48	2	2	46	1.26
134688--134718	16	1.9	16	100	0	62	45	0	0	54	0.99
134643--134753	39	2.7	40	81	14	113	43	1	1	53	1.22
134697--134723	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
134860--134912	27	1.9	27	81	11	63	47	0	0	52	1.00
136035--136059	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
138112--138144	16	2.0	17	88	5	50	45	3	9	42	1.51
138269--138345	26	3.0	24	81	12	82	25	10	22	41	1.85
138269--138350	28	3.1	28	81	11	102	26	9	20	42	1.83
140562--140592	7	4.4	7	95	0	53	0	29	19	51	1.47
141001--141936	468	2.0	468	96	0	1737	37	16	13	32	1.88
150684--150839	64	2.4	65	87	7	228	28	19	23	28	1.98
161902--162015	14	7.7	15	72	15	69	78	0	18	2	0.93
161902--161950	17	3.0	17	82	11	66	85	0	12	2	0.68
161892--162016	15	8.4	14	76	17	110	76	0	19	3	0.96
161892--162018	19	6.7	19	70	19	79	77	0	18	3	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161916--162018	10	9.6	10	66	17	55	77	0	18	2	0.95
163222--163285	32	2.0	31	82	8	76	31	7	9	51	1.62
163521--163558	17	2.2	17	86	9	51	44	0	5	50	1.24
163355--163666	98	3.1	98	68	16	237	38	6	10	44	1.64
163249--163727	200	2.4	196	84	5	633	37	5	10	46	1.63
165549--165580	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
168185--168218	3	11.7	3	93	6	61	64	0	0	35	0.94
168188--168216	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
168185--168218	17	2.0	17	100	0	68	64	0	0	35	0.94
172109--172194	45	1.9	45	95	0	154	27	24	11	36	1.90
172203--172657	38	11.9	38	89	1	606	25	16	16	41	1.89
172206--172660	227	2.0	231	88	2	684	25	16	16	41	1.89
172612--173076	45	10.4	45	79	4	338	24	16	17	41	1.89
172682--173061	135	2.8	135	82	1	386	23	17	17	41	1.90
173686--174055	134	2.8	134	91	1	564	28	17	20	34	1.95
179035--179077	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
186788--186823	3	11.7	3	94	5	63	2	0	30	66	1.06
188458--188501	21	2.1	21	82	0	52	9	40	15	34	1.79
189193--189230	19	2.0	19	94	0	67	42	0	18	39	1.50
189660--189692	17	1.9	17	93	0	57	27	39	18	15	1.90
189595--189801	65	3.2	65	78	12	205	31	24	18	25	1.97
189644--189801	64	2.5	62	83	9	187	31	24	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189662--189801	64	2.2	64	86	8	189	30	24	20	25	1.98
197389--197849	134	3.4	134	87	0	661	29	18	19	32	1.96
200867--200921	25	2.2	25	100	0	110	52	10	3	32	1.54
203459--203496	18	2.1	18	100	0	76	36	18	15	28	1.92
210485--210538	22	2.7	19	85	8	72	37	14	14	33	1.88
210897--211109	109	1.9	110	88	2	322	31	11	17	39	1.85
210870--211128	55	4.7	55	86	4	326	32	11	18	36	1.88
217586--217844	55	4.7	55	87	2	333	32	11	17	38	1.86
219103--219142	18	2.2	19	90	4	64	30	22	15	32	1.94
219923--220155	54	4.3	54	84	2	308	39	18	11	30	1.86

Tables:   1   2