genome.fa.s8477.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008477.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111308_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  371691

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177--238	23	2.9	22	85	7	74	35	1	1	61	1.16
601--651	22	2.2	24	89	6	79	39	0	5	54	1.24
601--651	8	6.6	8	77	8	52	39	0	5	54	1.24
674--719	19	2.4	19	88	3	65	45	0	2	52	1.13
894--929	15	2.3	16	95	4	65	30	11	27	30	1.91
1283--1417	30	4.5	30	76	6	123	61	11	5	22	1.49
1290--1419	60	2.2	59	90	1	197	61	10	5	22	1.49
1295--1374	15	5.3	15	74	14	67	61	11	5	22	1.49
1290--1441	60	2.5	58	82	3	187	61	10	5	22	1.50
11430--11475	3	15.0	3	86	4	65	32	2	2	63	1.19
12437--12471	18	1.9	18	94	0	61	11	54	2	31	1.51
15187--15213	14	1.9	14	100	0	54	18	22	7	51	1.70
18433--18465	8	4.1	8	100	0	66	63	0	24	12	1.28
19450--19615	90	1.8	90	87	5	246	32	18	15	33	1.92
22267--22360	42	2.3	42	77	1	100	23	20	21	35	1.96
25063--25100	20	1.9	20	88	0	58	44	7	15	31	1.75
25106--25481	105	3.6	105	92	1	601	39	17	19	23	1.93
25571--25638	32	2.1	32	97	0	127	41	13	22	23	1.89
25581--25632	16	3.2	16	70	20	54	42	13	19	25	1.87
25451--25751	144	2.1	146	84	4	401	39	13	19	26	1.89
25600--26135	117	4.6	117	91	2	816	38	13	21	25	1.91
25352--25867	261	2.0	256	90	2	818	38	14	20	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25249--25984	378	2.0	361	85	5	999	38	15	20	25	1.92
25958--26020	20	3.2	20	66	20	51	44	12	19	23	1.85
26352--26401	3	16.7	3	79	8	57	32	4	2	62	1.25
29938--29969	17	1.9	17	93	6	57	65	6	0	28	1.16
36359--36394	18	2.0	18	94	0	63	41	0	0	58	0.98
37895--37942	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
38051--38078	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
38734--38846	45	2.5	45	86	0	154	40	14	14	30	1.85
39072--39183	45	2.5	46	82	5	138	37	13	5	43	1.67
39226--39373	61	2.5	60	92	2	235	16	11	22	48	1.79
46628--46683	24	2.4	24	77	22	73	8	21	19	50	1.75
47446--47495	21	2.4	22	80	10	68	46	12	22	20	1.83
48879--48905	4	6.8	4	100	0	54	51	25	0	22	1.48
51914--51953	20	2.0	20	85	0	53	40	22	10	27	1.86
55709--55751	21	2.0	21	90	0	68	16	39	6	37	1.75
56254--56362	37	3.0	36	93	4	182	33	16	15	33	1.91
56919--56981	31	2.0	31	100	0	126	26	31	9	31	1.88
61658--61770	36	3.1	36	92	0	163	35	18	13	32	1.90
63690--63765	22	3.5	22	94	0	134	46	1	10	42	1.46
64767--64819	20	2.7	19	77	13	54	66	3	0	30	1.10
65738--65804	30	2.2	30	83	0	80	11	25	23	38	1.89
65748--65805	30	1.9	30	89	0	89	8	25	24	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71164--71265	29	3.5	28	89	2	132	13	33	6	46	1.70
71185--71267	29	2.9	29	94	0	139	14	34	8	42	1.76
71657--71721	12	6.1	11	70	23	50	30	0	1	67	1.00
71651--71684	17	1.9	18	88	5	52	29	0	2	67	1.05
71657--71721	11	6.1	12	74	20	56	30	0	1	67	1.00
71681--71718	16	2.2	17	86	9	51	28	0	0	71	0.87
74008--74033	12	2.2	12	100	0	52	15	0	7	76	0.99
79767--79814	22	2.1	23	88	3	71	29	18	20	31	1.97
86668--86719	22	2.3	23	80	12	63	30	19	15	34	1.93
91643--91702	21	2.9	21	97	0	111	43	15	5	36	1.68
94050--94085	17	2.1	18	94	5	65	61	11	0	27	1.30
94511--94557	23	2.0	23	91	0	76	29	14	8	46	1.74
94770--94828	18	3.4	18	66	29	56	18	8	23	49	1.75
94766--94828	33	1.9	33	96	0	117	19	7	22	50	1.72
100285--100327	15	2.7	15	85	10	50	2	23	2	72	1.08
104529--104575	20	2.4	19	89	10	76	55	8	19	17	1.67
104317--104788	180	2.6	180	88	3	662	42	13	17	26	1.86
106978--107042	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
107076--107141	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
108927--108968	19	2.3	19	87	4	59	38	0	9	52	1.34
109490--110386	200	4.5	200	94	0	1589	37	14	16	31	1.89
111894--111993	6	16.7	6	80	4	76	39	7	32	22	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111894--111993	21	4.4	23	79	9	82	39	7	32	22	1.80
111911--111997	3	29.0	3	78	0	93	36	5	33	24	1.79
113201--114505	183	7.1	183	96	0	2294	35	14	17	32	1.89
116970--117034	25	2.6	25	95	0	112	40	12	12	35	1.80
117381--117444	23	2.8	23	85	0	92	37	4	20	37	1.74
117861--117924	23	2.8	23	85	0	92	37	4	20	37	1.74
117034--118327	481	2.7	481	97	0	2466	41	7	10	40	1.67
119045--119107	21	3.0	21	92	0	99	31	0	19	49	1.48
119416--119568	72	2.1	72	91	1	252	20	18	12	49	1.79
125054--125164	36	3.1	36	88	1	143	35	12	16	36	1.86
129816--129875	31	1.9	31	96	0	111	35	10	28	26	1.89
130439--130548	36	3.1	35	92	3	175	33	15	15	35	1.89
136243--136282	21	1.9	21	84	0	53	42	5	35	17	1.71
147368--147403	13	2.7	13	91	4	54	33	0	13	52	1.41
148256--148300	22	2.0	22	95	0	81	31	24	17	26	1.97
164566--164618	18	2.9	18	97	0	97	26	33	18	20	1.96
170721--170759	20	2.0	20	84	0	51	25	12	2	58	1.47
171984--172024	21	1.9	22	85	5	57	24	14	17	43	1.86
178282--178330	6	8.0	6	83	2	53	30	46	16	6	1.71
184964--185016	27	2.0	27	85	14	74	58	1	13	26	1.45
185344--185967	2	310.5	2	65	19	189	49	3	4	42	1.41
185345--185512	13	12.5	13	69	18	53	47	4	4	43	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185344--185861	11	44.5	11	65	18	87	48	3	4	43	1.41
185543--185584	21	2.0	21	86	9	59	50	0	4	45	1.23
185563--185856	9	31.0	9	66	19	50	48	2	4	44	1.35
185773--186224	80	5.4	84	74	18	251	53	2	6	37	1.40
185691--186221	50	10.6	48	70	21	110	53	2	6	37	1.41
185839--186234	22	18.5	22	73	19	99	53	2	7	36	1.43
185875--186209	58	5.8	57	80	11	280	52	3	7	36	1.45
185866--186218	115	3.0	113	80	13	346	53	3	7	36	1.44
185923--186224	36	7.7	40	72	23	168	53	2	6	36	1.43
186999--187032	17	2.0	17	94	0	59	47	17	14	20	1.83
187036--187065	14	2.1	14	93	0	51	36	16	20	26	1.93
188433--188463	16	2.0	16	93	6	55	61	6	12	19	1.53
194419--194469	26	2.0	26	84	0	66	49	3	3	43	1.39
194419--195797	463	3.0	464	90	4	2133	37	13	9	40	1.77
196093--196146	23	2.4	23	84	6	67	38	3	0	57	1.17
196412--196459	21	2.2	23	85	7	64	50	2	2	45	1.25
196446--196490	20	2.2	20	79	20	58	35	2	0	62	1.08
196448--196509	23	2.9	22	88	7	83	37	1	1	59	1.17
196886--196937	23	2.2	24	89	3	79	40	0	5	53	1.25
196886--196937	8	6.6	8	80	4	52	40	0	5	53	1.25
197190--197225	16	2.3	16	95	4	65	30	11	27	30	1.91
197605--197683	15	5.3	15	73	14	65	60	11	5	22	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197590--197728	30	4.6	30	75	5	120	61	10	5	23	1.49
197598--197728	60	2.2	60	91	0	208	61	10	5	22	1.49
197598--197753	60	2.6	59	83	2	195	60	10	5	23	1.51
207749--207787	3	13.0	3	88	0	60	30	2	2	64	1.21
208742--208772	16	1.9	16	93	0	53	12	54	3	29	1.53
211444--211470	14	1.9	14	100	0	54	18	22	7	51	1.70
214517--214541	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
215526--215691	90	1.8	90	84	2	226	31	18	15	34	1.92
218342--218437	42	2.3	42	78	1	104	22	21	20	34	1.97
218425--218763	172	2.0	174	90	2	540	30	16	20	32	1.95

Tables:   1   2