genome.fa.s8477.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008477.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111308_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  371691

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 203 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221161--221198	20	1.9	20	88	0	58	44	7	15	31	1.75
221204--221623	105	3.9	106	85	4	517	40	16	18	24	1.90
221669--221737	32	2.2	32	97	0	129	42	15	20	21	1.89
221552--221850	144	2.0	146	84	5	390	39	14	20	25	1.91
221701--222234	117	4.6	117	90	2	776	38	13	21	26	1.90
221451--221966	261	2.0	256	90	3	811	38	14	20	25	1.91
221350--222083	378	2.0	361	86	6	1015	38	15	20	26	1.91
222057--222119	20	3.2	20	66	28	53	46	9	19	25	1.80
222451--222506	3	18.7	3	78	7	60	33	3	1	60	1.24
225917--225970	16	3.1	17	81	13	65	74	0	11	14	1.08
226071--226102	17	1.9	17	93	6	57	65	6	0	28	1.16
226581--227101	170	3.1	168	79	7	515	31	18	16	33	1.93
231948--231990	7	6.7	7	82	17	58	51	0	0	48	1.00
231948--231983	18	2.1	18	94	5	65	50	0	0	50	1.00
234309--234421	45	2.5	45	84	2	147	40	13	13	32	1.83
234646--234755	45	2.5	45	80	4	134	38	16	5	40	1.72
239011--239051	17	2.3	18	83	4	57	26	4	12	56	1.56
239012--239051	18	2.2	18	86	8	55	25	5	12	57	1.55
245658--245713	24	2.4	24	82	14	80	5	21	21	51	1.67
246477--246526	21	2.4	22	80	10	68	46	12	22	20	1.83
248289--248331	23	1.9	22	85	4	59	67	9	13	9	1.42
248726--248801	30	2.6	27	78	15	71	42	0	3	53	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248729--248804	29	2.5	31	78	21	81	40	0	3	55	1.18
250063--250133	23	3.1	23	89	0	97	22	21	19	36	1.95
252412--252479	24	2.8	24	70	18	68	27	25	23	23	2.00
252723--252781	30	2.0	30	93	0	100	32	23	5	38	1.77
252803--252903	29	3.5	29	100	0	202	39	10	10	38	1.76
259876--259934	30	2.0	30	93	0	100	32	23	5	38	1.77
259956--260056	29	3.5	29	100	0	202	39	10	10	38	1.76
262195--262233	20	2.0	20	89	0	60	43	5	0	51	1.24
262353--262391	17	2.4	16	83	8	51	38	0	2	58	1.12
265141--265187	23	2.1	22	92	4	76	21	0	34	44	1.52
265804--265856	22	2.4	22	90	0	79	11	24	22	41	1.86
272529--272570	22	1.9	22	90	0	66	16	21	21	40	1.91
275848--275906	2	29.5	2	100	0	118	49	0	0	50	1.00
276025--276073	25	1.9	26	83	4	64	32	2	12	53	1.50
276259--276292	13	2.5	14	85	9	52	70	0	2	26	1.01
277506--277622	42	2.8	42	93	0	189	18	19	17	44	1.87
277798--277866	29	2.4	28	81	11	77	47	0	0	52	1.00
277820--277876	29	1.9	30	89	10	91	49	0	0	50	1.00
277811--277928	49	2.4	48	76	15	109	48	0	0	50	1.12
277833--277900	19	3.3	19	70	20	55	50	1	1	47	1.19
277902--277977	28	2.8	27	80	13	93	42	1	1	55	1.16
278143--278212	20	3.5	20	92	0	122	37	14	8	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278195--278261	15	4.5	15	92	3	109	37	19	7	35	1.80
280343--280384	17	2.3	18	80	12	59	23	21	19	35	1.96
281858--282574	183	3.8	182	83	7	838	44	12	15	27	1.82
282420--282471	20	2.6	20	93	0	86	48	23	13	15	1.80
283020--283064	23	2.0	23	90	0	72	37	17	8	35	1.81
282936--283097	87	1.9	87	92	0	270	32	14	12	40	1.83
283823--283859	14	2.6	14	91	4	56	13	13	16	56	1.67
284487--284736	87	2.9	87	95	0	446	42	10	14	32	1.79
288250--288496	120	2.1	120	95	0	440	38	16	13	31	1.88
288086--288679	303	2.0	303	96	0	1089	35	16	14	34	1.88
288370--288958	183	3.2	182	94	1	1027	33	16	14	35	1.89
290169--290225	3	19.0	3	85	0	60	22	33	7	36	1.81
290173--290242	12	5.8	12	86	0	77	20	32	8	38	1.83
291625--292403	200	3.9	200	94	0	1310	31	18	14	35	1.91
292628--292688	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
292640--292688	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
294483--294548	33	2.0	33	87	0	96	22	46	0	30	1.52
294582--294646	21	3.1	21	88	0	94	16	32	10	40	1.84
296877--296923	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
297055--297101	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
296844--297313	182	2.6	181	88	2	660	27	16	13	42	1.86
296844--297315	178	2.6	180	88	2	653	27	16	13	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297467--297491	11	2.3	11	100	0	50	36	24	8	32	1.84
304487--304541	23	2.4	23	84	6	76	25	10	21	41	1.86
306781--306814	12	2.8	12	91	8	52	44	2	0	52	1.16
308104--308158	21	2.6	21	97	0	101	34	18	3	43	1.67
312105--312148	23	1.9	23	90	0	70	36	13	25	25	1.92
315897--315951	27	2.0	27	92	0	92	38	10	1	49	1.49
326519--326643	31	4.0	31	75	7	110	32	19	20	28	1.96
330981--331086	31	3.4	31	76	6	106	33	17	18	30	1.95
330997--331086	32	2.8	32	78	17	107	30	17	18	33	1.95
334459--334483	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
342392--342430	21	1.9	21	84	5	53	38	15	17	28	1.91
348963--349043	28	3.1	23	73	23	63	53	0	2	44	1.14
348972--349055	26	3.2	25	70	23	66	51	0	3	45	1.18
350030--350135	31	3.4	31	84	6	115	22	13	11	52	1.71
354179--354215	15	2.5	15	90	0	56	40	24	8	27	1.83
355136--355184	21	2.3	21	89	0	71	42	8	18	30	1.79
360652--360695	20	2.3	19	84	7	54	45	6	25	22	1.77

Tables:   1   2

The End!