genome.fa.s8483.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008483.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111317_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  262260

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 203 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933--975	12	3.8	12	75	12	54	48	18	11	20	1.79
1038--1077	21	1.9	21	89	0	62	25	27	20	27	1.99
3577--3607	15	2.1	15	100	0	62	32	19	6	41	1.77
5402--5467	29	2.3	29	89	0	96	31	15	19	33	1.93
14444--14532	24	3.7	24	89	0	133	43	15	10	30	1.80
14478--14533	12	4.7	12	77	0	58	41	17	10	30	1.84
17322--17359	4	9.8	4	83	16	53	73	2	0	23	0.95
23359--23447	36	2.5	36	100	0	178	26	20	25	26	1.99
24556--24666	2	58.0	2	68	24	62	40	0	3	54	1.24
24551--24665	21	5.0	23	75	21	100	39	0	3	56	1.22
25078--25152	7	11.7	7	75	19	67	41	2	1	54	1.23
25045--25139	17	5.2	19	68	23	62	42	2	3	52	1.29
25082--25145	31	2.1	29	83	13	76	40	3	1	54	1.25
25117--25152	19	1.9	20	88	11	58	41	2	0	55	1.14
25843--25888	20	2.3	20	85	7	58	34	10	19	34	1.87
26167--26201	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
28744--28855	35	3.2	35	88	0	161	41	23	0	34	1.61
30412--30545	66	2.0	66	98	0	259	44	8	5	41	1.60
30688--30799	35	3.2	35	83	5	120	37	0	20	41	1.59
37970--38026	20	2.8	20	78	2	60	64	5	0	29	1.15
39666--39748	3	28.0	3	90	2	132	65	1	0	33	1.01
39904--40817	76	12.0	76	95	0	1596	35	21	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41491--41545	22	2.5	22	87	0	83	41	12	9	36	1.75
41912--42020	54	2.0	55	82	5	132	26	22	13	36	1.92
43914--44361	114	3.9	114	92	1	702	31	19	15	33	1.93
46706--46751	19	2.3	19	85	14	58	2	19	0	78	0.86
46682--46751	10	6.6	10	75	8	50	4	14	1	80	0.94
46706--46761	17	2.9	19	82	15	71	3	21	0	75	0.96
46708--46762	18	2.9	18	84	13	67	3	21	0	74	0.97
46747--46801	26	2.0	26	93	6	92	5	16	10	67	1.39
47089--47167	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00
49417--49455	14	2.8	14	85	11	53	58	7	17	15	1.59
51780--51835	16	3.6	15	75	13	51	76	0	1	21	0.87
52405--52458	21	2.7	20	80	5	63	66	3	0	29	1.09
54087--54153	3	23.0	3	84	6	93	65	1	0	32	1.02
56827--57045	110	2.0	110	97	0	411	34	12	24	28	1.92
61610--61640	14	2.3	14	94	5	55	25	12	35	25	1.92
65228--65303	29	2.6	29	87	2	89	27	28	13	30	1.94
65560--65588	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
65663--65883	110	2.0	111	91	0	363	35	9	9	45	1.69
67390--67429	18	2.2	18	100	0	80	25	32	22	20	1.98
67768--67829	3	20.7	3	81	0	70	37	24	32	6	1.81
67960--68033	25	3.0	24	68	20	62	25	6	4	63	1.37
71685--71814	52	2.5	52	83	6	149	20	30	30	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72532--72639	54	2.0	54	98	0	207	38	21	18	21	1.93
73260--73315	23	2.6	21	86	10	85	39	3	12	44	1.60
73326--73360	13	2.8	13	91	4	54	57	0	0	42	0.99
76348--76388	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
76456--77054	125	4.8	125	96	1	1103	21	25	20	32	1.98
76456--77054	251	2.4	251	97	1	1114	21	25	20	32	1.98
77442--77540	33	3.0	33	79	7	119	39	3	4	53	1.35
78062--78142	21	3.9	21	95	1	128	20	23	37	18	1.94
78152--78199	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
79919--80007	34	2.7	32	75	10	90	58	2	0	39	1.11
79922--79994	15	4.7	15	70	18	51	58	1	0	39	1.06
84286--84326	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
84407--84897	128	3.8	128	95	1	876	22	24	21	32	1.98
85257--85356	34	2.9	34	89	0	155	37	4	4	55	1.38
85868--85961	21	4.5	21	82	7	120	22	27	31	18	1.97
87733--87821	34	2.7	31	79	6	88	58	2	0	39	1.11
87733--87812	34	2.4	33	81	8	92	60	1	0	38	1.05
89265--89289	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
89259--89292	7	4.9	7	89	10	52	44	0	0	55	0.99
89503--89538	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
92586--92624	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
92845--92882	18	2.1	19	90	5	60	34	13	10	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96016--96043	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
96294--96363	22	3.2	22	97	0	131	22	34	17	25	1.96
107355--107402	23	2.1	23	84	0	60	41	2	4	52	1.32
107531--107582	22	2.4	22	80	6	61	50	9	13	26	1.72
109479--109534	24	2.3	24	90	0	85	25	17	19	37	1.94
111027--111103	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
113431--113472	22	2.0	21	86	13	59	64	7	0	28	1.20
113815--113866	23	2.2	23	83	10	61	67	0	3	28	1.08
114702--114787	29	3.0	29	77	0	100	30	12	9	47	1.73
114750--114986	118	2.0	118	87	3	343	28	10	7	53	1.62
119636--119668	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
120122--120177	22	2.5	22	91	0	94	17	14	28	39	1.89
120756--120796	5	7.6	5	91	8	55	0	19	53	26	1.45
120756--120800	11	4.1	11	94	5	74	0	17	53	28	1.44
120759--120800	6	7.5	6	92	7	63	0	16	54	28	1.42
120759--120796	17	2.3	16	95	4	67	0	18	55	26	1.43
120902--120952	22	2.3	22	86	0	75	39	29	17	13	1.88
120944--121040	20	4.8	20	80	2	113	41	22	20	15	1.90
123500--123545	19	2.5	19	85	3	67	65	13	6	15	1.46
141455--141537	21	4.0	21	77	12	89	21	21	22	33	1.97
141503--141543	21	2.0	21	90	0	64	24	24	21	29	1.99
142126--142164	6	6.5	6	100	0	78	0	15	51	33	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142252--142321	21	3.4	21	70	7	72	37	27	17	18	1.93
142230--142315	40	2.1	41	91	4	138	39	24	16	19	1.91
147384--147439	29	1.9	29	85	0	76	41	3	19	35	1.69
147780--147834	21	2.6	21	75	11	67	34	14	10	40	1.81
148190--148226	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
148333--148447	20	5.7	20	68	15	83	34	26	16	21	1.95
148331--148469	41	3.4	41	89	4	217	37	25	15	21	1.93
148300--148471	82	2.1	82	81	4	204	37	22	16	23	1.94
148394--148469	21	3.6	22	73	18	81	38	25	15	21	1.92
148721--148813	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
148721--148813	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
148740--148874	41	3.3	41	83	4	139	38	20	20	20	1.94
148802--148892	20	4.5	20	76	2	74	34	24	16	25	1.95
149084--149127	22	2.0	22	91	8	72	22	45	13	18	1.84
149391--149428	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
150739--150780	18	2.3	18	87	0	66	26	45	16	11	1.82
151256--151322	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
151311--151368	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
151295--151385	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
151404--151459	14	3.7	14	78	17	67	8	16	25	50	1.74
151397--151475	32	2.4	33	93	2	142	11	18	22	46	1.81
151416--151533	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153497--153611	37	3.2	35	86	6	117	45	19	20	14	1.85
153526--153611	37	2.3	38	93	4	156	48	16	19	15	1.81
153526--153611	19	4.6	19	95	2	156	48	16	19	15	1.81
153656--153703	19	2.5	19	86	3	69	20	22	22	33	1.97
153903--153965	33	1.9	33	90	0	99	14	22	19	44	1.86
154643--154695	24	2.2	24	89	0	79	24	16	20	37	1.93
154868--154892	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
157182--157237	19	3.2	19	69	23	59	48	17	21	12	1.80
157364--157400	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
158791--158874	42	2.0	42	83	4	107	22	16	38	22	1.93

Tables:   1   2