genome.fa.s8490.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008490.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111332_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  604809

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898--951	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
1117--1141	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
3413--3539	33	3.8	33	84	4	184	43	18	22	15	1.88
3414--3546	66	2.0	66	94	0	230	42	18	21	17	1.90
3539--3581	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
3567--3600	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
3721--3757	14	2.6	15	87	12	60	45	21	0	32	1.52
5112--5234	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	23	1.94
7258--7356	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
7233--7398	20	9.1	19	74	16	136	43	22	22	12	1.86
7394--7474	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
7991--8084	20	4.7	20	78	2	98	23	17	25	34	1.96
8073--8148	21	3.7	21	82	3	109	14	25	19	40	1.89
8012--8146	41	3.3	41	84	4	148	19	20	21	38	1.94
8073--8165	20	4.5	21	79	4	100	16	24	19	39	1.91
8073--8165	41	2.3	41	98	0	177	16	24	19	39	1.91
9290--9314	6	4.2	6	100	0	50	20	16	32	32	1.94
12632--13065	218	2.0	218	99	0	859	28	22	14	34	1.93
19458--19493	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24194--24225	16	2.0	16	100	0	64	37	6	18	37	1.76
32170--32282	60	1.9	60	80	10	133	34	16	11	37	1.85
32490--32604	60	1.9	60	83	3	151	37	13	13	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32893--32940	21	2.3	20	80	16	53	29	25	12	33	1.92
32905--32948	21	2.0	22	82	4	54	27	25	11	36	1.90
36285--36398	20	5.7	21	82	6	130	33	23	21	21	1.97
36284--36396	60	1.9	60	85	3	156	33	23	21	22	1.97
36381--36465	33	2.5	33	88	1	116	44	17	22	15	1.86
36482--36575	33	2.8	34	80	3	109	17	20	19	43	1.88
36717--36801	33	2.5	33	88	1	116	15	22	17	44	1.86
36446--36920	237	2.0	237	94	0	835	33	18	13	34	1.91
36914--36950	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
38903--38961	20	3.0	20	94	0	100	37	20	20	22	1.95
39008--39111	20	5.5	20	78	13	121	19	19	22	39	1.93
38970--39108	54	2.6	54	88	1	199	17	20	20	40	1.92
40994--41043	20	2.5	20	90	0	73	50	22	14	14	1.77
48064--48149	42	2.1	39	83	10	102	18	20	19	40	1.91
51996--52066	14	4.7	14	77	16	70	46	1	2	49	1.25
52337--52389	25	2.1	25	85	0	70	47	1	0	50	1.12
59370--59414	18	2.5	18	96	0	81	17	15	24	42	1.88
59885--61832	84	23.4	84	83	4	2115	24	20	25	29	1.99
59827--61832	165	12.0	167	83	4	2116	24	20	25	29	1.99
64899--64943	19	2.4	19	88	3	65	66	6	13	13	1.43
79213--79244	12	2.7	12	95	0	55	50	0	0	50	1.00
81441--81481	20	2.1	19	86	4	55	56	2	0	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86017--86046	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
99129--99181	25	2.2	24	86	10	72	56	5	3	33	1.41
103372--103561	103	1.8	103	87	4	285	32	18	18	30	1.95
103461--103647	86	2.2	86	87	1	268	36	18	16	28	1.93
104773--104866	37	2.6	37	86	6	124	43	11	12	31	1.79
105529--105580	9	5.7	9	77	8	52	23	3	0	73	1.00
105465--105559	19	4.8	19	73	10	75	27	4	1	67	1.16
107170--107239	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
107523--107564	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
107732--107822	31	3.0	31	96	3	168	42	17	6	32	1.75
110934--110997	16	4.2	15	81	15	78	82	6	7	3	0.92
110934--111008	23	3.2	23	77	7	71	80	6	10	2	1.00
112589--114076	106	14.0	106	92	0	2332	34	25	17	22	1.96
115288--115353	4	16.5	4	75	12	55	30	0	3	66	1.06
115433--115457	12	2.1	12	100	0	50	24	8	0	68	1.16
115570--115644	28	2.7	29	78	15	86	37	1	1	60	1.14
121719--121777	23	2.6	23	77	0	64	22	22	22	33	1.97
127309--127389	39	2.1	37	80	13	85	30	4	23	40	1.76
137315--137396	26	3.2	26	89	0	128	30	17	32	19	1.95
139966--140011	22	2.0	22	83	8	56	26	2	0	71	0.97
140329--140365	15	2.4	16	78	17	51	56	2	0	40	1.13
140329--140398	31	2.3	31	80	4	72	55	2	1	40	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143854--143906	2	26.5	2	100	0	106	50	0	49	0	1.00
148293--148336	21	2.1	22	83	8	56	56	9	25	9	1.59
150218--150789	112	5.1	112	89	2	846	45	13	14	26	1.82
152439--152508	28	2.4	31	79	13	76	51	5	0	42	1.25
152655--152726	31	2.3	30	84	11	92	54	4	1	40	1.28
153563--153670	54	2.0	54	100	0	216	18	38	22	20	1.93
161986--162029	20	2.1	22	87	8	65	36	29	0	34	1.58
162018--162067	2	26.0	2	88	8	77	48	0	2	50	1.12
162364--162413	17	3.1	17	68	26	54	20	6	22	52	1.68
162495--162525	15	2.0	16	93	6	55	32	6	41	19	1.77
167852--167911	10	5.8	10	78	7	66	70	3	3	23	1.18
167852--167911	21	2.9	21	78	9	68	70	3	3	23	1.18
168472--168523	26	2.0	27	85	11	72	48	0	0	51	1.00
170029--170067	19	2.1	20	86	13	57	35	2	2	58	1.25
173696--173735	14	2.9	14	85	7	55	27	0	0	72	0.85
173695--173731	19	1.9	20	94	5	67	24	0	0	75	0.80
173764--173805	21	2.1	21	87	12	63	11	19	0	69	1.19
184284--184360	1	77.0	1	75	0	64	87	11	1	0	0.62
184287--184360	7	10.7	7	82	16	84	86	12	1	0	0.63
184284--184360	12	6.2	12	82	14	86	87	11	1	0	0.62
184287--184359	19	3.9	18	81	18	96	86	12	1	0	0.64
184284--184360	25	3.1	24	80	12	93	87	11	1	0	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185120--185995	105	8.3	105	95	0	1513	33	24	18	23	1.97
187684--187721	13	2.8	13	88	4	58	28	0	0	71	0.87
187682--187719	18	2.1	18	95	5	67	26	0	0	73	0.83
189096--189288	96	2.0	96	96	0	359	31	18	18	31	1.95
195678--195755	39	2.0	39	100	0	156	17	15	20	46	1.84
198752--198805	18	3.0	18	88	0	90	18	22	33	25	1.97
199697--199736	21	1.9	21	85	10	55	15	10	37	37	1.80
199765--199806	21	2.0	21	86	9	59	23	26	19	30	1.98
201854--201894	21	2.0	21	90	0	64	17	26	21	34	1.95
201947--201974	14	2.0	14	100	0	56	28	21	21	28	1.99
201926--201988	18	3.8	17	77	16	60	25	15	33	25	1.95
209375--209431	29	2.0	29	93	6	98	45	15	5	33	1.69
209375--209433	30	2.0	29	96	3	109	44	15	6	33	1.73
212344--212402	19	3.1	19	85	9	75	18	22	28	30	1.97
212345--212423	9	8.3	9	77	10	77	15	25	30	29	1.96
212345--212423	19	4.2	18	82	8	68	15	25	30	29	1.96
212411--212458	14	3.4	14	88	0	69	16	45	25	12	1.82
212458--212495	7	5.4	7	90	0	58	21	28	23	26	1.99
212458--212495	14	2.7	14	95	0	67	21	28	23	26	1.99
213365--213488	63	2.0	63	85	6	171	17	27	28	26	1.98
213365--213449	31	2.7	31	79	1	98	15	29	29	25	1.96
216753--216823	35	2.0	36	83	2	90	47	5	9	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219050--219089	19	2.1	19	86	9	55	25	5	0	70	1.08
221458--221514	31	1.9	30	85	7	80	22	1	15	59	1.45
222258--222328	31	2.2	32	92	2	117	29	30	9	29	1.89
224590--224649	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
225878--225965	38	2.3	38	90	5	135	12	11	36	39	1.79
226531--226614	18	4.7	18	85	7	109	29	29	7	33	1.84
227845--227871	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
228160--228201	16	2.5	17	84	7	68	38	0	2	59	1.10
228592--228688	4	25.0	4	68	14	51	20	8	3	68	1.30
228615--228639	10	2.5	10	100	0	50	12	8	0	80	0.92

Tables:   1   2   3