genome.fa.s8497.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008497.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111342_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1504768

Tables:   1   2   3   4   5   6   

This is table  1  of  6  ( 719 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
515--892	93	4.1	93	97	2	717	22	12	18	46	1.83
515--894	183	2.1	185	96	1	719	22	12	18	46	1.83
936--1062	19	7.3	19	73	18	107	44	29	17	8	1.78
972--1062	33	2.8	31	88	8	137	45	28	18	7	1.77
1058--1192	19	7.6	19	76	16	137	10	19	24	45	1.81
1080--1136	14	3.7	14	77	20	60	8	21	24	45	1.80
1063--1155	33	2.8	33	98	0	177	9	20	22	47	1.79
2997--3061	19	3.4	19	64	8	51	24	1	15	58	1.46
3056--3090	14	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
3196--3297	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
3326--3760	19	24.4	19	82	13	570	14	20	17	47	1.82
3304--3732	52	8.0	52	92	5	696	14	20	16	47	1.83
3326--3732	109	3.8	107	96	1	389	14	20	16	47	1.82
6060--6084	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
6258--6304	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
6978--7345	20	18.5	20	86	3	456	20	19	26	34	1.96
8083--8168	37	2.5	32	77	18	93	39	38	9	12	1.76
13465--13511	20	2.3	20	78	7	51	25	0	4	70	1.05
13565--13657	45	2.0	46	83	2	116	44	1	12	41	1.50
13645--13698	25	2.2	24	93	3	90	46	0	12	40	1.42
13645--13698	12	4.4	12	81	4	72	46	0	12	40	1.42
15282--15316	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25817--25998	24	7.6	24	81	2	222	19	10	53	17	1.72
25823--26007	72	2.6	71	82	6	246	17	10	53	18	1.71
26895--27008	59	1.9	59	82	8	142	30	11	16	41	1.84
28258--28294	15	2.5	15	86	0	56	8	67	16	8	1.40
29855--29899	22	2.0	23	86	4	65	46	2	2	48	1.26
29752--30048	159	1.9	158	92	0	495	46	4	3	46	1.39
30046--30108	15	4.6	14	71	26	55	38	0	0	61	0.96
30046--30097	14	3.9	15	70	29	55	40	0	0	59	0.97
30043--30102	24	2.5	24	94	0	111	38	0	0	61	0.96
30820--30857	20	1.9	20	88	0	58	34	15	0	50	1.45
31545--31599	24	2.3	24	83	0	65	50	21	20	7	1.71
33670--33746	30	2.5	30	79	6	75	59	2	10	27	1.43
39753--39794	18	2.3	18	88	8	59	7	47	0	45	1.30
41248--41379	50	2.6	51	82	4	162	25	14	16	43	1.86
42826--42855	15	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
51831--52049	109	2.0	109	82	2	269	34	15	28	21	1.94
55497--55528	17	1.9	16	93	6	55	50	0	6	43	1.27
55823--55893	37	1.9	37	97	0	133	28	32	2	36	1.72
67351--67602	74	3.4	74	94	0	441	44	24	13	17	1.84
69318--69354	18	2.2	16	90	9	56	40	0	0	59	0.97
69310--69347	14	2.8	14	88	4	51	44	0	0	55	0.99
72386--72446	31	2.0	31	86	0	86	32	16	11	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97644--97750	2	57.0	2	73	12	84	52	0	0	47	1.00
98736--98823	2	44.5	2	97	2	169	51	0	0	48	1.00
99265--99324	22	2.8	22	82	2	59	71	3	20	5	1.19
99387--99416	15	2.0	15	93	0	51	63	0	23	13	1.29
113555--113609	23	2.4	23	87	0	74	27	14	9	49	1.73
114076--114103	2	14.0	2	100	0	56	50	50	0	0	1.00
114103--114134	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
116295--116462	88	1.9	86	87	2	246	42	19	10	27	1.84
117284--117313	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
118365--118404	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
118985--119011	8	3.4	8	100	0	54	37	37	0	25	1.57
119259--119309	25	2.0	25	81	7	59	62	0	0	37	0.95
119247--119331	34	2.5	34	98	0	161	60	0	0	40	0.97
119887--119937	20	2.5	20	96	0	93	47	11	21	19	1.81
119887--119943	20	2.9	18	85	14	78	47	10	22	19	1.80
126719--126748	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
128899--128942	3	15.0	3	95	4	81	31	0	0	68	0.90
136418--136460	21	2.1	21	91	4	70	39	2	27	30	1.69
138919--140502	228	6.9	227	85	3	1535	23	25	21	29	1.99
138940--140502	684	2.3	682	80	2	1717	22	25	21	29	1.99
141833--141873	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
141989--142026	18	2.1	18	90	0	58	55	10	5	28	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142362--142387	6	4.3	6	100	0	52	34	46	19	0	1.50
146222--146260	19	2.1	19	90	9	62	79	0	0	20	0.73
146222--146260	10	4.1	9	84	12	51	79	0	0	20	0.73
146436--146460	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
147880--147947	20	3.3	20	66	10	57	30	13	14	41	1.84
147879--147978	36	2.6	38	89	7	141	29	14	15	42	1.85
150764--150789	4	6.5	4	100	0	52	26	0	23	50	1.50
155351--155404	22	2.6	22	80	8	60	62	5	27	3	1.34
159474--159539	34	1.9	34	90	0	105	36	7	13	42	1.73
163212--163269	28	2.1	28	96	0	107	48	8	12	31	1.70
168139--168197	16	3.9	15	74	10	57	61	0	3	35	1.13
168165--168202	14	2.5	15	83	16	51	52	0	0	47	1.00
168168--168197	14	2.1	15	93	6	53	53	0	0	46	1.00
168701--168750	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
175450--175532	41	2.0	41	100	0	166	36	12	18	33	1.87
183334--183375	21	2.0	22	90	4	68	28	16	26	28	1.97
183424--183475	10	5.3	9	80	11	50	32	28	23	15	1.95
183447--183476	11	2.8	11	95	5	53	36	26	20	16	1.93
184793--184854	24	2.6	24	87	7	83	30	20	8	40	1.82
186034--186119	26	3.2	26	65	18	68	23	22	22	32	1.98
189578--189653	35	2.2	35	90	0	116	43	15	0	40	1.47
189657--189724	35	1.9	35	84	0	91	35	0	20	44	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192706--192781	35	2.2	35	90	0	116	43	15	0	40	1.47
192778--192853	35	2.1	36	82	2	91	34	0	21	44	1.52
207115--207164	25	1.9	27	84	8	68	38	0	14	48	1.44
207964--208089	57	2.2	58	85	1	164	37	7	0	53	1.36
215161--215198	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
216788--216829	22	1.9	22	95	0	75	57	0	7	35	1.26
223426--223489	24	2.6	23	85	9	74	48	7	10	32	1.67
223761--223789	14	2.1	14	100	0	58	51	0	27	20	1.47
225733--225783	18	2.8	18	82	14	52	41	3	0	54	1.19
226417--226461	16	2.8	16	79	0	54	6	11	31	51	1.63
227991--228113	63	2.0	63	87	6	178	45	5	4	44	1.46
238871--238938	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
241218--241338	32	3.9	30	82	10	113	34	18	19	27	1.95
241244--241337	32	3.0	32	90	1	136	35	17	20	27	1.94
242512--242585	20	3.5	20	74	16	78	22	22	25	28	1.99
242531--242607	23	3.5	23	72	16	90	23	20	27	28	1.99
242512--242604	43	2.2	43	96	0	168	22	22	25	29	1.99
245270--245385	32	3.6	32	85	2	153	37	14	16	31	1.89
245272--245422	32	4.7	32	80	7	146	36	13	17	32	1.89
245272--245422	64	2.4	64	80	4	162	36	13	17	32	1.89
247646--247710	34	1.9	34	84	12	89	46	3	4	46	1.39
257419--257449	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260400--260431	15	2.1	15	100	0	64	21	28	6	43	1.77
260481--260539	14	4.1	14	84	4	82	37	6	20	35	1.79
260483--260541	29	2.0	29	96	0	109	38	8	20	32	1.83
260806--260857	27	2.0	27	84	3	70	51	0	5	42	1.25
260888--260938	23	2.2	23	82	0	57	45	0	1	52	1.12
260951--261031	27	3.0	27	75	13	69	49	2	1	46	1.23
260926--260994	19	3.6	19	75	21	72	49	0	1	49	1.09
261111--261168	22	2.7	22	77	15	68	53	0	1	44	1.10
261114--261171	19	2.9	20	76	14	57	53	0	1	44	1.10
263933--263971	17	2.3	17	95	0	69	12	20	46	20	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6