genome.fa.s8497.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008497.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111342_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1504768

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
704300--704366	35	2.0	35	88	8	104	50	0	5	43	1.26
704306--704377	17	4.2	16	72	18	65	52	0	4	43	1.20
704767--704798	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
705581--705647	34	2.0	34	96	0	125	22	14	23	38	1.92
719960--720077	57	2.0	60	93	4	206	27	17	31	22	1.97
720137--720183	23	2.1	22	84	4	58	36	10	19	34	1.86
721114--721168	23	2.4	23	90	3	85	40	18	5	36	1.74
721574--721630	23	2.5	23	91	2	89	38	21	5	35	1.76
720257--721687	463	3.1	470	90	6	2322	40	11	7	39	1.70
722270--722312	18	2.4	17	75	24	52	23	11	11	53	1.69
722745--722786	21	2.0	20	86	4	57	47	4	4	42	1.45
722532--723206	223	3.1	220	88	9	1019	41	7	7	44	1.61
723683--723733	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
723683--723976	20	14.6	20	75	8	166	39	19	22	18	1.92
723786--723974	80	2.3	82	90	4	296	37	17	24	20	1.94
723807--723966	38	4.1	38	82	9	203	36	16	25	21	1.94
723786--723974	40	4.7	40	81	7	238	37	17	24	20	1.94
724062--724116	6	9.5	6	92	7	96	34	49	16	0	1.46
724779--724842	6	11.5	6	98	1	93	0	17	54	28	1.43
724913--725009	20	4.8	20	90	0	140	25	23	16	34	1.95
724915--725115	20	9.9	20	76	8	91	20	21	18	38	1.93
725634--725696	31	2.2	28	78	15	67	23	22	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726609--726640	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
731120--731159	21	1.9	21	89	0	62	45	0	0	55	0.99
744009--744057	20	2.4	21	90	10	75	36	10	16	36	1.82
744472--744526	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
744512--744610	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
744605--744644	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
746974--747012	13	3.0	13	85	7	53	51	15	15	17	1.77
746979--747038	13	3.9	14	71	24	50	48	16	15	20	1.81
752811--752842	12	2.7	12	95	0	55	46	15	21	15	1.83
752846--752921	34	2.2	34	90	0	116	40	14	15	28	1.87
753405--753440	3	12.0	3	87	0	54	33	5	0	61	1.19
755466--755528	24	2.5	27	85	10	80	36	4	3	55	1.37
755717--755772	25	2.3	24	84	6	76	48	1	1	48	1.22
756878--756941	10	6.1	10	76	8	56	67	3	7	21	1.31
756878--756941	21	3.0	20	74	17	58	67	3	7	21	1.31
756877--756946	32	2.2	32	84	7	88	65	2	8	22	1.34
757545--758511	449	2.1	449	92	2	1645	36	15	13	34	1.86
761237--761481	126	1.9	126	94	0	427	30	29	13	25	1.94
769348--769405	2	29.0	2	96	0	107	48	1	0	50	1.11
773683--773728	2	23.0	2	95	0	83	52	0	0	47	1.00
774121--774145	12	2.1	12	100	0	50	8	28	0	64	1.22
775624--775674	23	2.2	23	82	6	59	60	7	7	23	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776398--776453	25	2.2	26	80	3	69	32	1	1	64	1.14
778241--778297	28	2.0	28	83	6	71	52	15	0	31	1.43
782399--782427	15	2.0	15	93	6	51	20	17	6	55	1.65
783467--783581	41	2.8	41	81	16	139	44	0	2	53	1.14
783489--783581	28	3.4	27	86	7	125	45	0	1	53	1.07
783489--783572	14	6.0	14	90	5	100	47	0	0	52	1.00
783560--783601	21	2.0	21	86	4	59	38	0	2	59	1.10
783489--783608	14	9.3	12	72	20	68	43	0	0	55	1.05
783597--783718	41	3.0	42	79	17	118	31	0	13	54	1.40
783649--783718	35	1.9	37	88	11	110	31	0	17	51	1.45
783689--783731	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
783755--783814	31	1.9	31	86	0	84	50	6	1	41	1.39
786791--786884	21	4.5	21	89	0	116	28	14	17	39	1.89
786802--786886	21	4.0	21	90	0	125	30	15	16	37	1.90
792303--792356	24	2.3	24	96	3	101	27	29	7	35	1.84
797009--797105	38	2.5	39	85	9	128	21	37	2	39	1.65
803247--803340	37	2.6	36	81	6	109	21	39	2	37	1.65
811139--811175	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
822821--822866	21	2.0	23	88	12	69	50	0	0	50	1.00
822855--822917	2	32.5	2	80	6	76	47	0	0	52	1.00
823043--823090	25	1.9	25	86	0	69	27	10	35	27	1.89
823420--823450	14	2.2	14	94	0	53	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823566--823632	32	2.1	32	88	0	98	38	1	10	49	1.46
824212--824381	59	2.9	58	85	3	225	30	12	15	42	1.83
827325--827396	24	3.0	24	67	25	62	43	13	5	37	1.68
827373--827447	35	2.1	35	90	0	114	44	18	1	36	1.59
827444--827484	21	2.0	21	90	0	64	36	2	14	46	1.58
827455--827540	35	2.5	35	88	0	118	36	2	19	41	1.65
828412--828509	37	2.8	34	79	8	106	63	1	3	32	1.17
828455--828505	11	4.5	11	75	22	52	70	0	1	27	0.98
828807--828846	21	1.9	21	89	0	62	52	7	0	40	1.30
833419--833465	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
833208--833679	181	2.6	181	91	0	730	41	14	16	26	1.87
833611--833651	20	2.2	19	83	12	50	51	14	17	17	1.77
835867--835931	21	3.1	21	93	0	103	41	10	30	16	1.83
835965--836030	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
837228--837255	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
837835--837883	19	2.6	19	96	0	89	32	0	10	57	1.32
837835--837895	19	3.3	19	90	2	79	34	0	11	54	1.37
838117--839056	200	4.7	200	95	0	1639	35	14	19	30	1.92
841763--841848	43	2.0	42	93	2	145	33	12	19	33	1.90
842172--842206	18	1.9	18	94	0	61	51	22	2	22	1.61
843817--843931	56	2.1	56	84	0	149	42	15	12	29	1.83
843847--844145	164	1.8	164	89	0	472	41	15	17	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854690--854790	15	6.8	15	72	2	96	38	5	18	36	1.76
854690--854790	30	3.4	29	87	4	148	38	5	18	36	1.76
854678--854790	60	1.9	59	92	1	190	35	6	19	38	1.77
855032--855095	33	2.0	32	87	9	94	43	0	4	51	1.22
855277--855327	23	2.2	23	89	0	75	43	1	0	54	1.11
855291--855325	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
855342--855433	24	3.8	23	71	22	73	46	1	2	50	1.20
855604--855684	42	1.9	42	89	0	126	53	13	8	24	1.68
858810--858938	58	2.2	59	84	2	163	35	21	3	38	1.72
864510--864540	16	1.9	16	93	0	53	12	6	29	51	1.65
867165--867389	113	2.0	114	94	0	398	30	28	13	26	1.94
867750--867835	40	2.1	41	82	4	104	16	11	31	40	1.84
868857--868956	30	3.3	30	81	2	121	40	4	10	46	1.56
880138--880168	15	2.1	15	93	0	53	9	67	16	6	1.39
883655--883732	22	3.5	22	83	8	104	42	16	29	11	1.83
893051--893075	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
893457--893495	20	2.0	20	85	10	53	41	0	2	56	1.13
896334--896473	43	3.2	43	90	2	208	27	19	26	27	1.99
896352--896489	43	3.2	43	92	2	224	26	22	23	26	2.00
900189--900233	22	2.1	22	91	4	74	37	6	0	55	1.26
913820--913862	16	2.8	16	89	3	61	13	25	30	30	1.94
913820--913868	15	3.2	15	80	11	55	16	22	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915146--915178	16	2.1	16	94	0	57	27	15	24	33	1.95
920914--920980	33	2.0	33	97	0	125	35	8	17	37	1.82
923439--923520	31	2.6	31	86	0	110	15	14	40	29	1.87
927444--927564	60	2.0	60	85	3	163	42	7	20	29	1.79
933050--933150	49	2.1	49	88	0	148	35	18	22	22	1.96
936058--936243	60	3.1	60	78	4	205	34	22	6	37	1.80
938411--938531	63	1.9	63	88	3	181	55	13	0	30	1.44
938485--938532	25	2.0	24	83	4	60	60	14	0	25	1.34
938512--938574	32	2.0	31	84	9	83	63	11	0	25	1.27
941067--941674	303	2.0	307	97	2	1163	28	12	32	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6