genome.fa.s8499.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008499.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111344_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  291584

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--546	112	5.0	111	88	9	840	26	19	16	37	1.93
1--545	217	2.5	218	91	7	882	26	19	16	37	1.93
1388--1679	81	3.7	81	92	5	472	38	23	12	25	1.90
1388--1679	161	1.8	158	91	5	489	38	23	12	25	1.90
2652--2696	16	2.6	18	89	6	67	53	6	6	33	1.53
3024--3082	1	59.0	1	75	0	55	0	11	0	88	0.53
3015--3083	21	3.4	20	79	15	70	0	14	0	85	0.60
3024--3080	16	3.6	16	84	15	82	0	12	0	87	0.54
3018--3084	27	2.5	27	85	4	91	0	14	0	85	0.61
3017--3081	33	2.0	33	90	6	105	0	13	0	86	0.58
3015--3082	11	6.2	11	84	6	93	0	13	0	86	0.56
10307--10338	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
15743--15839	3	31.7	3	87	4	131	60	0	0	39	0.97
15754--15839	18	4.7	18	94	1	145	61	0	0	38	0.96
18425--18452	14	2.0	14	100	0	56	28	28	0	42	1.56
18438--18553	58	2.0	57	81	3	135	30	21	6	42	1.77
21210--21262	27	2.0	27	96	0	97	37	47	5	9	1.60
21207--21256	15	3.5	15	71	15	52	38	46	6	10	1.62
25909--26118	76	2.8	77	87	4	284	24	31	23	20	1.98
31913--31952	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
34494--34698	75	2.7	76	87	3	272	24	31	23	20	1.98
36690--36828	5	27.4	5	91	8	228	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36690--36831	24	5.6	26	90	9	231	40	0	0	59	0.97
36936--36969	16	2.1	16	89	10	52	35	0	14	50	1.44
39924--39961	16	2.5	15	87	8	51	65	2	0	31	1.06
42089--42131	3	14.7	3	95	4	79	65	0	0	34	0.93
53176--53247	35	2.1	35	97	0	135	38	11	20	29	1.87
53818--53863	21	2.1	23	88	8	69	23	4	0	71	1.03
54093--54126	11	2.9	12	86	8	52	11	0	5	82	0.83
54136--54197	32	1.9	33	83	9	83	11	12	1	74	1.15
65316--65762	109	4.1	109	95	0	788	32	27	19	20	1.97
66215--66286	35	2.1	35	97	0	135	38	11	20	29	1.87
66802--66832	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
66875--66917	20	2.0	22	86	8	63	25	4	0	69	1.07
67004--67047	17	2.6	18	82	10	56	36	0	2	61	1.09
69732--69799	35	1.9	35	90	0	109	44	23	0	32	1.54
71954--72011	30	1.9	30	86	6	82	22	18	24	34	1.96
75088--75114	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
75581--75606	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
79177--79202	12	2.2	12	100	0	52	57	7	0	34	1.27
79582--79652	32	2.2	32	82	7	92	42	14	11	32	1.81
79593--79701	30	3.6	29	76	5	83	41	14	11	33	1.81
81718--81759	16	2.6	17	77	11	52	57	0	0	42	0.99
81866--81910	23	2.0	23	82	8	56	42	2	0	55	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83950--83978	14	2.1	14	100	0	58	31	6	13	48	1.69
86799--87067	86	3.1	86	83	2	317	28	21	22	27	1.99
86799--87017	43	5.1	43	90	0	303	27	21	22	28	1.99
86821--87073	43	5.9	43	87	1	186	28	20	22	28	1.99
86794--87067	129	2.1	129	78	2	291	29	21	22	27	1.99
88143--88258	36	3.2	36	96	0	205	37	17	12	31	1.88
91335--91613	133	2.1	133	89	4	416	48	18	13	19	1.81
92209--92600	165	2.4	165	83	6	492	35	19	18	26	1.95
92226--92600	41	9.1	41	81	5	427	35	20	18	26	1.95
92987--93057	10	7.4	10	72	19	62	56	0	0	43	0.99
92990--93060	8	9.0	8	69	25	53	57	0	0	42	0.98
92988--93065	15	4.8	16	71	21	63	55	0	0	44	0.99
92990--93063	31	2.4	31	86	6	105	56	0	0	43	0.99
94688--94791	3	36.0	3	82	11	128	32	0	0	66	0.98
96151--96205	25	2.2	23	77	22	58	30	1	5	61	1.29
96121--96191	37	1.9	37	85	5	99	26	2	4	66	1.24
96142--96220	27	3.0	26	77	20	76	30	1	5	63	1.24
96350--96397	2	24.0	2	95	0	87	47	2	0	50	1.12
97130--97217	29	3.1	28	76	12	81	32	6	0	60	1.23
107593--107643	15	3.2	16	86	8	68	74	0	11	13	1.07
107584--107650	22	3.2	21	84	14	86	76	0	11	11	1.03
108315--108352	20	1.9	20	94	0	67	28	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108697--108759	22	2.9	22	92	0	99	36	14	14	34	1.86
109046--109377	122	2.7	122	92	2	526	41	15	17	25	1.89
109188--109251	20	3.2	20	63	20	53	42	9	23	25	1.84
109696--109799	3	36.0	3	79	11	119	32	0	0	66	0.98
109696--109797	14	6.7	15	81	15	97	32	0	0	66	0.98
110274--110304	13	2.4	13	94	0	53	87	0	12	0	0.55
110472--110502	14	2.2	14	94	0	53	90	0	9	0	0.46
111167--111222	25	2.3	23	77	22	60	30	1	5	62	1.28
111137--111207	37	1.9	37	85	5	99	26	2	4	66	1.24
113578--113709	12	10.6	12	70	21	78	21	1	2	75	1.00
113578--113686	20	4.8	23	72	23	81	22	0	2	75	0.93
113580--113682	16	6.6	16	76	21	87	21	0	2	75	0.93
113619--113686	4	17.2	4	74	17	54	23	0	2	73	0.97
113578--113686	17	6.5	17	71	21	72	22	0	2	75	0.93
113752--113782	7	4.6	7	92	8	55	22	0	0	77	0.77
113752--113782	13	2.3	14	94	5	55	22	0	0	77	0.77
117403--118206	110	7.5	109	86	3	1005	35	22	18	24	1.96
117403--118150	219	3.4	219	87	2	1028	34	22	18	24	1.96
118440--118671	120	1.9	120	89	0	356	31	25	19	22	1.98
118773--118844	21	3.7	21	71	21	75	27	22	9	40	1.85
118778--118860	36	2.3	36	97	0	157	31	21	9	37	1.86
118799--118859	15	3.7	15	71	23	50	31	22	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118881--119033	73	2.1	73	85	0	207	26	18	11	42	1.85
118883--119033	37	4.1	36	84	2	194	27	19	11	41	1.86
119075--119257	84	2.2	84	86	1	249	32	27	19	20	1.97
119818--119865	21	2.3	21	92	0	78	41	25	22	10	1.85
120723--120826	12	8.8	12	67	20	67	22	0	2	75	0.94
120724--120814	8	11.1	8	70	8	58	20	0	3	75	0.94
120725--120823	26	3.8	25	75	20	78	21	0	3	75	0.93
120726--120798	25	2.9	24	79	18	78	20	0	2	76	0.90
120728--120826	17	5.9	17	68	28	61	22	0	3	74	0.95
120727--120823	20	4.7	20	79	17	110	21	0	3	75	0.94
120889--120919	7	4.6	7	92	8	55	22	0	0	77	0.77
120889--120919	13	2.3	14	94	5	55	22	0	0	77	0.77
121943--122109	43	3.9	42	82	6	192	28	17	19	34	1.95
121943--122100	86	1.8	86	90	2	255	29	18	19	32	1.96
122253--122333	41	2.0	41	95	0	144	50	9	7	32	1.63
122487--122534	19	2.5	19	96	0	87	29	37	10	22	1.88
125517--125614	41	2.4	41	78	0	115	39	15	17	27	1.89
139298--139474	41	4.3	41	73	12	116	48	6	0	44	1.33
139337--139409	10	7.0	11	73	19	59	50	4	0	45	1.20
139340--139409	12	5.5	13	72	19	58	50	4	0	45	1.21
139340--139401	16	4.1	15	78	16	65	50	3	0	46	1.17
139340--139401	2	32.5	2	74	20	53	50	3	0	46	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
139362--139477	60	1.9	60	83	10	148	50	8	0	41	1.33
140182--140266	32	2.5	34	81	11	111	31	12	22	32	1.92
140233--140531	71	4.3	71	73	6	227	37	12	18	31	1.88
140613--140659	21	2.3	21	79	17	55	40	14	19	25	1.90
142666--142718	16	2.9	18	78	21	58	39	5	5	49	1.50
142680--142717	15	2.5	15	84	12	51	39	5	5	50	1.48
143267--143314	21	2.2	22	85	3	62	66	2	2	29	1.14
143269--143301	14	2.3	15	90	10	52	69	3	0	27	1.03
144088--144196	27	3.8	27	72	19	71	53	0	0	45	1.06
154251--154503	30	8.8	28	74	17	175	39	7	1	51	1.39

Tables:   1   2