genome.fa.s8506.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008506.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111358_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1253200

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
675452--675512	30	2.0	30	87	6	88	27	27	16	27	1.97
678392--678461	14	4.9	14	80	3	86	20	31	24	24	1.98
678392--678456	29	2.3	28	83	2	85	21	30	24	23	1.99
688079--688189	45	2.5	45	89	0	168	36	20	25	17	1.94
693089--693203	20	5.7	19	78	11	104	35	23	17	23	1.95
693086--693203	61	1.9	62	86	5	168	37	22	16	22	1.94
693109--693203	41	2.3	41	85	0	136	36	23	16	23	1.94
693663--693721	20	3.0	20	87	0	73	16	18	22	42	1.89
693858--693912	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
695042--695086	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
696051--696181	19	7.7	19	65	23	85	43	19	22	14	1.87
696051--696177	33	3.8	33	86	4	193	43	19	22	14	1.88
696052--696184	66	2.0	66	95	0	239	42	19	21	16	1.89
696177--696258	33	2.5	33	91	0	128	13	24	19	42	1.87
696373--696409	14	2.6	14	86	0	56	48	24	0	27	1.51
697777--697857	21	3.9	21	66	6	65	23	20	33	22	1.97
697762--697962	42	4.8	41	73	9	165	22	17	36	22	1.95
697792--697965	82	2.1	83	96	2	323	23	17	37	21	1.94
698184--698368	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
700099--700154	14	3.6	14	74	21	58	39	23	25	12	1.89
700075--700171	33	2.9	33	93	1	158	42	21	23	12	1.87
700050--700228	19	10.1	18	70	20	112	44	19	22	12	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700051--700228	52	3.4	52	82	6	198	44	19	22	12	1.85
700224--700290	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
700811--700922	20	5.6	20	79	4	118	22	19	19	38	1.94
700829--700922	41	2.3	40	85	1	116	21	20	18	40	1.92
700919--700974	20	2.7	21	80	5	69	42	16	21	19	1.89
700912--700984	21	3.5	21	79	3	76	36	17	21	23	1.94
700897--701066	41	4.1	41	70	10	116	30	18	21	30	1.97
701036--701087	21	2.5	20	84	9	77	34	17	26	21	1.95
703385--703797	128	3.2	128	97	0	792	31	19	25	23	1.98
714802--715136	55	6.2	55	88	4	468	35	17	12	34	1.88
715099--715173	37	2.0	37	97	0	141	36	18	12	33	1.88
715678--715730	21	2.5	21	84	0	79	32	22	13	32	1.92
719632--719664	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
720243--720335	46	2.0	46	95	0	168	20	19	12	47	1.82
720628--721083	55	8.3	55	91	0	689	36	17	11	33	1.86
720628--721083	165	2.8	165	93	0	761	36	17	11	33	1.86
721359--721432	20	3.7	20	79	15	71	28	18	17	35	1.94
721392--721432	19	2.2	19	86	0	55	29	17	17	36	1.92
723400--723752	189	1.8	192	91	3	586	25	19	5	49	1.71
723908--723934	8	3.4	8	100	0	54	37	11	0	51	1.37
727476--727507	16	2.0	16	93	0	55	56	15	12	15	1.68
736036--736068	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736351--736387	15	2.6	15	83	8	51	10	10	5	72	1.25
748502--748554	20	2.7	20	77	8	56	33	11	16	37	1.85
749088--749122	17	2.1	17	88	0	52	60	11	14	14	1.60
750964--751020	29	1.9	30	92	3	98	26	14	12	47	1.79
755348--755557	108	2.0	107	96	0	384	43	18	7	30	1.76
755543--755609	2	34.0	2	93	3	118	50	1	0	47	1.10
755952--756029	23	3.4	22	71	15	59	35	23	21	19	1.96
757626--757747	64	1.9	64	83	3	156	23	25	17	33	1.96
763213--763268	20	2.8	20	88	0	85	12	19	39	28	1.88
763926--763981	7	8.0	7	100	0	112	42	0	0	57	0.99
765825--765893	15	4.5	15	71	16	52	36	1	2	59	1.21
765904--765967	18	3.6	18	72	14	53	28	3	3	65	1.23
769295--769439	63	2.3	63	97	0	272	24	13	13	48	1.78
781377--781630	126	2.0	126	99	0	499	27	22	22	28	1.99
782949--783214	100	2.7	100	96	0	496	40	21	16	21	1.91
784039--784092	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
787064--787105	22	1.9	22	90	9	68	45	14	9	30	1.77
787121--787206	29	2.9	29	81	10	102	40	8	17	33	1.79
788004--788048	18	2.6	18	82	3	56	20	0	26	53	1.46
790227--790291	27	2.4	27	73	21	71	35	10	13	40	1.80
791495--791540	20	2.3	20	81	7	58	41	0	8	50	1.33
796547--796579	17	1.9	17	93	0	57	78	3	12	6	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
799535--799644	35	3.2	34	79	14	93	34	0	3	61	1.13
799558--799644	35	2.5	35	81	14	99	39	0	2	58	1.11
799787--799840	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
804013--804060	11	4.5	11	89	5	62	70	0	6	22	1.09
805238--805288	20	2.8	18	78	16	61	41	0	0	58	0.98
805338--805396	10	5.7	10	84	7	73	23	5	3	67	1.26
805338--805396	21	2.8	20	85	7	73	23	5	3	67	1.26
806723--806761	3	13.0	3	100	0	78	33	0	33	33	1.58
807118--807175	11	5.4	11	81	4	73	58	22	1	17	1.47
809978--810035	11	5.4	11	81	4	73	58	22	1	17	1.47
815037--815069	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
815408--815451	14	3.1	14	90	0	61	11	13	18	56	1.66
815394--815450	24	2.3	27	73	17	68	15	14	17	52	1.75
815758--815839	24	3.5	24	88	1	112	8	12	19	59	1.58
815905--815945	16	2.7	16	88	7	59	12	9	17	60	1.57
822969--823015	23	2.0	23	100	0	94	38	8	12	40	1.74
831470--831501	2	15.5	2	93	6	55	46	3	0	50	1.17
834406--834455	25	2.0	25	96	0	91	52	2	0	46	1.12
834439--834665	112	2.0	114	94	3	404	40	7	10	42	1.66
840728--840758	12	2.6	12	100	0	62	64	0	0	35	0.94
840968--840998	15	2.1	15	93	0	53	16	38	19	25	1.92
843734--843784	20	2.5	20	100	0	102	43	19	13	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846189--846336	70	2.1	70	88	5	219	43	21	2	32	1.64
846189--846336	35	4.2	35	87	1	199	43	21	2	32	1.64
847395--847506	35	3.2	34	88	2	152	33	0	22	42	1.60
854966--855043	31	2.5	31	87	2	104	53	15	8	21	1.69
855546--856147	182	3.3	182	90	1	920	42	14	17	25	1.88
859587--859636	25	2.0	25	96	0	91	44	12	22	22	1.85
860124--860167	18	2.4	18	88	0	61	20	20	29	29	1.98
860114--860246	46	2.9	46	86	6	198	21	21	29	28	1.98
860142--860195	28	1.9	28	85	7	74	18	22	29	29	1.97
861326--861392	33	2.0	33	94	0	116	29	0	44	25	1.54
863150--863198	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
863646--865213	201	7.8	200	89	1	2325	38	15	14	32	1.87
865423--865471	22	2.3	21	89	6	73	8	4	16	71	1.26
865904--865935	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
866673--866725	3	17.7	3	80	0	61	41	1	30	26	1.66
869402--870596	199	6.0	199	87	3	1548	39	14	15	31	1.87
869402--870596	200	6.0	198	87	3	1492	39	14	15	31	1.87
872173--872216	19	2.3	19	96	0	79	31	6	9	52	1.59
874699--875416	200	3.6	197	82	5	807	40	13	14	32	1.84
884119--884169	14	3.6	14	73	19	52	58	11	11	17	1.62
884262--884303	17	2.5	17	80	7	50	47	0	11	40	1.40
885841--885957	37	3.2	37	83	2	146	41	19	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885969--886521	56	9.9	56	83	3	580	27	19	24	29	1.98
885970--886423	169	2.7	166	82	4	529	27	20	23	28	1.99
885970--886521	111	5.0	110	82	7	534	27	19	24	28	1.98
886945--887205	126	2.1	127	93	0	443	47	15	20	16	1.82
890334--890415	42	2.0	42	92	0	137	19	28	31	20	1.97
891226--891283	21	2.8	20	69	7	53	67	5	5	22	1.31
894460--894501	21	2.0	21	85	0	57	40	30	0	28	1.57
894541--894592	21	2.5	21	76	17	54	53	15	0	30	1.42
894992--895016	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
899971--900028	24	2.4	24	97	0	107	44	5	8	41	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6