genome.fa.s8514.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008514.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111377_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  567339

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10857--10889	14	2.4	14	94	0	57	30	30	6	33	1.82
17524--17966	5	89.4	5	89	10	628	59	1	0	38	1.06
19651--19748	21	4.7	21	75	15	87	38	21	18	21	1.93
19715--19908	20	9.7	20	84	2	210	35	25	20	19	1.95
20289--20359	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
20437--20541	19	5.6	19	75	17	94	44	20	23	11	1.83
20437--20511	21	3.7	21	82	7	100	45	18	24	12	1.83
20496--20552	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
20488--20568	33	2.5	33	93	0	135	45	23	22	8	1.79
20564--20661	19	5.7	19	68	22	72	10	24	23	41	1.85
20586--20675	14	5.7	14	74	23	81	8	25	24	41	1.84
20569--20683	33	3.5	33	95	0	203	9	24	21	44	1.82
22381--22811	93	4.6	93	98	0	835	22	13	19	45	1.85
24834--24930	19	5.4	19	85	12	150	46	17	21	14	1.84
24834--25163	52	6.2	52	70	10	229	38	16	21	22	1.93
25047--25144	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
25047--25163	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
27478--27502	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
27677--27723	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
28406--28655	20	12.5	20	82	3	243	19	18	24	38	1.93
28642--28724	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
29368--29429	29	2.1	29	100	0	124	25	25	3	45	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29365--29450	29	3.0	29	89	6	122	30	26	4	38	1.77
29832--29869	17	2.3	17	86	4	51	44	5	5	44	1.49
30083--30146	29	2.2	29	91	0	101	34	7	10	46	1.68
29979--30398	140	3.0	139	85	6	582	35	9	12	42	1.75
30096--30152	29	2.1	27	84	12	73	33	5	12	49	1.63
31163--31187	12	2.1	12	100	0	50	8	8	16	68	1.38
32721--32778	27	2.2	26	81	12	64	46	10	17	25	1.79
32860--32905	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
32866--32906	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
35194--35233	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
35228--35326	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
35312--35366	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
35762--35817	15	3.6	15	74	9	58	32	10	12	44	1.77
35908--35939	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
36180--36219	2	20.0	2	89	0	62	47	2	2	47	1.29
36632--36662	3	10.3	3	100	0	62	35	0	64	0	0.94
36619--36771	77	2.0	76	91	3	245	30	17	30	21	1.96
38391--38470	39	2.1	38	88	4	117	52	7	10	30	1.62
52295--52331	19	1.9	19	88	0	56	32	0	27	40	1.57
56868--56924	23	2.5	23	80	2	71	49	15	26	8	1.74
56887--56939	20	2.5	21	75	9	54	49	18	20	11	1.78
69922--70263	174	2.0	174	90	1	542	26	20	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72284--72332	26	1.9	26	83	4	64	51	0	2	46	1.12
77129--77172	22	2.0	22	91	8	72	50	0	0	50	1.00
77862--77903	8	5.4	8	80	5	50	40	2	0	57	1.12
78811--78851	18	2.2	19	86	4	57	46	0	7	46	1.30
78820--79390	281	2.0	282	98	1	1110	37	12	14	36	1.83
79506--79549	22	2.0	22	91	8	72	50	0	0	50	1.00
80454--80508	2	28.5	2	78	7	60	52	0	0	47	1.00
84589--84645	19	3.1	19	75	10	64	7	14	31	47	1.70
89945--90036	48	1.9	48	88	2	141	14	29	39	17	1.89
90180--90218	21	1.9	20	84	5	51	33	12	7	46	1.71
91582--92325	373	2.0	374	98	1	1456	32	18	14	34	1.90
95741--96343	304	2.0	305	94	0	1064	32	14	12	39	1.84
99435--99460	12	2.2	12	100	0	52	7	19	23	50	1.73
113802--113877	31	2.5	29	81	10	80	57	7	11	22	1.59
116614--117114	249	2.0	246	80	7	548	36	7	11	44	1.69
121423--121681	129	2.0	129	95	0	464	29	24	18	28	1.98
123755--123799	15	3.0	15	83	0	54	17	60	8	13	1.58
125610--125656	21	2.3	20	80	20	53	44	0	2	53	1.12
125610--125657	22	2.3	21	79	13	55	43	0	2	54	1.12
126717--126826	54	2.0	54	96	0	202	23	16	7	52	1.68
127546--127610	27	2.2	28	74	17	62	60	10	4	24	1.49
127536--127601	27	2.4	28	85	7	82	60	9	3	27	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138666--138854	101	1.9	100	94	1	333	42	11	11	34	1.77
138886--138946	31	2.0	30	84	12	79	57	8	6	27	1.53
141850--141976	40	3.2	39	68	13	114	39	2	7	50	1.44
143232--143272	12	3.5	12	75	18	50	51	0	0	48	1.00
143230--143285	23	2.4	23	100	0	112	51	0	0	48	1.00
144064--144103	17	2.3	18	91	8	66	47	5	2	45	1.38
154453--154526	35	2.1	35	87	0	103	35	8	24	32	1.85
155869--155935	35	1.9	35	84	6	91	37	16	16	29	1.91
156670--156708	19	2.1	19	95	0	69	33	20	30	15	1.94
162080--162114	18	1.9	18	88	0	52	14	22	2	60	1.48
167915--167962	23	2.1	23	100	0	96	31	8	12	47	1.71
174372--174485	23	5.0	23	95	0	192	23	26	30	19	1.98
174509--174709	103	2.0	103	93	0	348	36	22	12	28	1.90
186058--186083	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
194958--194995	17	2.4	17	86	8	53	23	26	23	26	2.00
198831--198913	35	2.3	37	79	14	100	44	0	3	51	1.18
199055--199102	20	2.4	20	96	0	87	22	18	12	45	1.83
204219--204528	154	2.0	155	96	0	577	33	12	20	33	1.90
215596--215658	31	2.0	30	82	11	74	30	11	4	53	1.56
216129--216189	31	2.0	32	84	12	83	45	9	11	32	1.73
228098--228138	16	2.5	16	88	4	55	68	0	4	26	1.10
228615--228672	30	2.0	29	86	3	80	70	0	8	20	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229821--229865	7	6.7	7	87	7	67	55	0	2	42	1.12
230094--230135	20	2.1	20	100	0	84	33	16	23	26	1.96
230386--230904	105	5.0	105	90	4	845	23	18	25	33	1.97
242426--242478	20	2.7	20	85	2	72	58	3	18	18	1.54
242703--242760	30	2.0	29	86	3	80	70	0	8	20	1.13
243890--243928	13	3.0	13	82	10	53	53	0	2	43	1.14
243890--243927	7	5.7	7	84	9	53	55	0	2	42	1.14
243882--243930	24	2.0	24	84	7	64	48	0	6	44	1.27
244160--244209	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
248690--248779	32	2.8	32	80	11	96	26	24	8	40	1.84
250448--250507	31	2.0	32	87	9	90	28	16	16	38	1.91
252888--252979	31	2.9	31	79	4	105	36	9	11	41	1.75
266028--266070	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
266406--266444	14	2.7	15	80	4	53	41	12	12	33	1.82
266733--266777	23	2.0	23	86	0	63	20	26	26	26	1.99
272803--272845	21	2.0	21	90	0	68	32	27	23	16	1.96
273201--273240	14	2.7	15	88	3	64	45	10	12	32	1.75
273531--273575	23	2.0	23	86	8	65	20	24	26	28	1.99
281837--282239	158	2.5	157	84	4	506	28	18	6	46	1.74
290350--290435	35	2.5	35	82	0	91	41	19	1	37	1.59
290404--290446	21	2.0	21	100	0	86	46	13	0	39	1.44
290569--290602	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291065--291312	130	1.9	130	92	0	415	37	13	14	35	1.85
296964--297023	30	2.0	30	83	3	77	13	13	13	60	1.60
297424--297464	20	2.1	19	86	4	55	34	9	4	51	1.56
299099--299138	12	3.5	11	83	10	53	27	0	2	70	1.01
302533--302628	34	2.8	34	96	0	174	46	14	27	11	1.79
302925--303017	32	2.9	32	98	0	177	41	22	3	32	1.70
311842--311879	15	2.4	16	82	13	51	28	13	0	57	1.36
312050--312083	16	2.1	16	100	0	68	23	26	5	44	1.76
335418--335783	185	2.0	184	91	1	590	37	17	18	26	1.93
339600--339648	12	4.0	12	78	2	53	18	44	20	16	1.86

Tables:   1   2   3