genome.fa.s8540.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008540.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111429_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  255285

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2191--2253	22	3.0	22	73	17	62	26	23	20	28	1.99
2211--2245	18	1.9	18	94	0	61	28	28	22	20	1.98
5697--5746	24	2.0	25	85	11	68	46	6	0	48	1.27
11632--11694	33	1.9	33	90	0	99	53	9	11	25	1.66
14113--14157	19	2.3	21	77	14	51	44	0	17	37	1.49
15984--16023	2	20.0	2	90	10	64	50	2	0	47	1.14
17035--17103	31	2.4	29	83	13	81	39	20	18	21	1.93
17336--19274	6	328.5	6	93	6	3376	50	33	0	16	1.47
21745--21789	19	2.3	21	77	14	51	44	0	17	37	1.49
23659--23727	2	34.5	2	100	0	138	50	0	0	49	1.00
25737--25775	20	2.0	19	85	5	51	61	0	0	38	0.96
25760--25801	15	2.8	15	79	13	50	57	2	2	38	1.25
25776--25845	24	2.9	23	83	12	79	54	1	1	42	1.18
25833--25927	12	7.8	12	69	22	65	57	1	0	41	1.05
25836--25885	19	2.7	19	73	14	50	52	2	0	46	1.12
25767--25913	61	2.4	60	92	6	233	55	1	0	42	1.13
25894--25940	10	4.4	10	80	20	51	70	0	0	29	0.88
26808--26861	22	2.6	21	73	5	56	16	9	12	61	1.56
27957--28010	25	2.3	23	78	15	56	51	3	7	37	1.48
28352--28385	12	2.8	12	86	0	50	70	5	0	23	1.09
28832--28856	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
34000--34061	12	6.2	10	81	17	51	33	27	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34012--34063	26	2.0	25	85	14	70	34	30	15	19	1.93
34012--34054	6	6.8	6	89	10	68	34	30	16	18	1.93
34994--35061	35	1.9	35	90	0	109	35	16	13	35	1.87
35956--36075	64	1.9	64	92	0	204	45	13	9	31	1.74
36225--36712	200	2.4	198	80	8	542	32	16	13	37	1.88
42443--42505	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
46305--46344	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
48822--49380	201	2.8	197	86	4	780	30	17	13	38	1.88
49325--49430	51	2.1	51	82	10	128	26	17	16	38	1.92
50859--50905	15	3.1	15	84	0	58	23	31	4	40	1.74
52373--52907	200	2.7	201	94	0	939	32	16	14	36	1.89
53170--53218	19	2.6	19	100	0	98	55	10	0	34	1.34
55008--55073	33	2.0	33	93	0	114	22	46	0	30	1.52
55107--55171	21	3.1	21	95	0	112	15	32	10	41	1.81
64940--65000	29	2.1	30	84	9	81	1	18	18	62	1.41
65655--65815	55	2.9	55	82	3	198	29	16	21	31	1.96
65797--66117	89	3.6	89	84	3	380	29	20	19	30	1.97
66129--66458	62	5.3	62	87	3	443	34	15	23	26	1.95
66529--66634	42	2.6	41	78	3	131	33	22	20	23	1.98
66640--66900	136	1.9	136	90	1	416	35	11	13	39	1.81
66776--67531	250	3.0	250	86	3	978	32	17	16	33	1.92
67171--67270	42	2.4	41	81	6	121	34	23	16	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69956--70018	24	2.6	23	80	14	74	6	15	0	77	0.96
70739--70788	26	2.0	26	92	4	84	46	6	16	32	1.71
77026--77053	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
82210--82255	24	1.9	24	90	0	74	34	4	8	52	1.52
82394--82433	21	2.0	21	85	5	55	57	0	0	42	0.98
84519--84601	3	27.7	3	85	0	112	59	0	3	37	1.15
84931--85484	112	5.0	111	97	1	959	25	19	16	38	1.92
86204--86613	83	4.9	83	96	0	723	37	22	13	27	1.91
87735--87778	10	4.6	9	86	8	52	0	15	0	84	0.63
87736--87778	16	2.8	16	89	6	63	0	13	0	86	0.58
99129--99167	15	2.5	17	80	20	57	71	5	2	20	1.17
100485--100582	3	32.7	3	85	0	133	59	0	5	35	1.20
102853--102882	15	2.0	15	100	0	60	53	20	0	26	1.46
105411--105504	49	1.9	49	88	0	143	17	36	31	14	1.90
105499--105537	16	2.4	17	91	4	62	28	48	10	12	1.74
106401--106470	19	3.6	19	77	7	70	35	24	10	30	1.88
107259--107292	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
118264--118301	20	2.0	20	89	5	60	52	18	18	10	1.73
118299--118349	20	2.5	20	90	0	84	9	17	23	49	1.77
118299--118360	20	3.1	20	85	0	79	12	16	20	50	1.78
118693--118739	22	2.2	21	85	11	60	23	14	42	19	1.88
120254--120547	55	5.3	55	87	1	401	28	17	18	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127035--127326	55	5.3	55	88	2	392	27	17	19	35	1.94
127035--127326	109	2.7	108	87	3	406	27	17	19	35	1.94
128284--128318	18	1.9	18	94	0	61	28	34	20	17	1.95
130869--130919	20	2.5	20	100	0	102	21	29	11	37	1.89
135057--135107	20	2.6	19	84	6	57	31	25	15	27	1.96
151992--152040	3	16.3	3	100	0	98	0	67	0	32	0.91
152234--152271	15	2.5	15	88	12	60	73	0	0	26	0.83
159799--160985	602	2.0	602	95	1	2130	37	18	10	33	1.86
161248--161302	2	28.0	2	90	3	85	49	0	1	49	1.11
161237--161298	22	2.9	21	85	7	63	51	1	1	45	1.20
162136--162176	20	2.0	20	85	0	55	48	26	0	24	1.51
161289--162623	441	3.0	446	95	0	2358	37	21	4	35	1.74
162578--162624	20	2.3	20	75	7	51	46	29	0	23	1.52
170628--170661	3	11.7	3	93	6	61	70	0	29	0	0.87
172878--172906	14	2.1	14	100	0	58	13	13	20	51	1.75
179479--179508	15	2.0	15	93	0	51	40	16	36	6	1.75
182904--182962	30	1.9	31	89	3	93	40	6	8	44	1.61
191593--191619	14	1.9	14	100	0	54	59	0	0	40	0.98
191674--191726	14	3.6	14	71	14	52	58	5	0	35	1.22
191740--191818	18	4.4	18	68	17	65	51	11	0	36	1.38
191684--192172	54	8.8	54	75	13	406	51	12	0	35	1.43
191670--191836	31	4.9	32	70	17	115	53	10	0	36	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191789--191836	14	3.1	15	72	21	53	54	6	0	39	1.26
191774--191973	79	2.4	81	83	5	260	52	11	0	36	1.38
191608--191920	133	2.4	131	80	10	349	53	12	0	34	1.39
191868--191952	32	2.7	32	90	0	134	52	10	0	36	1.36
191599--192017	111	3.9	108	79	13	460	52	11	0	35	1.40
191932--191994	20	3.0	22	83	9	94	49	11	1	38	1.48
191821--192196	153	2.4	152	78	11	365	51	12	0	34	1.44
191716--192001	22	15.4	20	62	27	78	51	11	0	36	1.42
191959--192196	47	4.7	49	80	15	245	51	13	0	34	1.46
192022--192172	31	5.4	31	71	25	138	52	13	0	32	1.46
191981--192172	55	3.7	53	82	12	220	52	14	0	33	1.46
192111--192207	22	4.3	22	70	7	86	52	10	0	37	1.36
192152--192307	15	10.5	15	75	13	117	51	1	0	46	1.12
192195--192263	26	2.7	26	80	12	90	47	0	0	52	1.00
192083--192232	47	3.1	47	83	11	144	51	9	0	39	1.34
192195--192270	14	5.8	12	77	18	64	47	0	0	52	1.00
192227--192309	32	2.7	31	89	8	127	53	0	0	46	1.00
222995--223048	15	3.6	15	79	13	58	33	5	20	40	1.76
230024--230116	23	4.1	23	81	12	120	17	24	23	34	1.96
230024--230132	46	2.4	46	81	9	132	16	22	23	36	1.94
230024--230132	23	4.7	23	80	6	105	16	22	23	36	1.94
232510--232549	20	2.0	20	85	0	53	60	0	20	20	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233085--233129	22	2.2	20	88	11	65	44	4	11	40	1.60
234577--234622	23	2.0	23	83	8	58	69	0	4	26	1.07
234584--234644	13	4.6	13	71	18	54	73	0	3	22	0.97
235488--235753	5	53.6	5	69	24	122	54	3	1	40	1.28
235487--235745	28	8.7	30	69	19	152	54	3	1	40	1.27
235488--235746	47	5.6	45	78	13	230	54	3	1	40	1.27
235481--235683	99	2.0	102	81	13	244	55	1	0	41	1.17
235660--235766	54	2.0	54	83	7	137	53	6	3	36	1.45
235478--235753	7	40.5	6	72	19	83	55	3	1	39	1.27
235638--235761	47	2.5	47	78	12	126	54	5	4	35	1.46

Tables:   1   2