genome.fa.s8552.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008552.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111447_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  537591

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8080--8138	16	3.5	16	80	19	59	32	15	11	40	1.83
8145--8197	17	3.1	17	81	10	72	39	13	5	41	1.68
12836--12870	18	1.9	18	100	0	70	11	31	5	51	1.61
15048--15087	12	3.2	12	85	3	53	37	35	5	22	1.76
15418--15453	11	3.2	11	88	7	54	77	0	22	0	0.76
15399--15453	18	3.1	18	82	15	69	78	1	20	0	0.85
23123--23182	16	3.6	16	81	18	61	31	15	11	41	1.82
23189--23241	17	3.1	17	83	0	70	39	15	5	39	1.70
36019--36098	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
40483--40562	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
44961--45040	35	2.2	37	84	4	110	28	3	35	32	1.75
49889--49940	24	2.2	24	82	0	59	28	21	19	30	1.97
53731--53760	15	2.1	15	93	6	53	0	20	3	76	0.92
56459--56538	35	2.2	37	88	4	119	28	3	36	31	1.75
61081--61105	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
61089--61138	21	2.4	21	86	0	73	84	6	10	0	0.79
61088--61155	22	3.2	20	78	14	66	76	11	10	1	1.09
61080--61155	21	3.6	22	79	11	72	77	11	9	1	1.05
65432--65468	15	2.4	16	90	4	58	13	10	5	70	1.32
66337--66386	17	2.9	17	83	13	59	0	12	8	80	0.92
66761--66840	35	2.2	37	91	4	128	27	3	37	31	1.74
87779--87830	19	2.6	21	90	6	81	46	5	11	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88715--88774	30	2.0	31	83	3	77	51	10	8	30	1.64
91170--91194	8	3.1	8	100	0	50	0	24	0	76	0.80
93547--93609	25	2.6	25	95	5	112	25	17	23	33	1.96
94198--94249	19	2.6	21	90	6	81	46	7	11	34	1.69
95506--95678	90	1.9	91	88	3	260	21	25	23	28	1.99
96904--96963	30	2.0	31	83	3	77	51	10	8	30	1.64
109491--109531	14	3.0	14	89	3	57	36	0	41	21	1.54
117531--117587	27	2.1	27	83	6	71	12	15	12	59	1.61
122140--122202	3	21.7	3	80	6	76	61	1	1	34	1.15
122906--122987	42	2.0	42	87	0	119	32	20	20	25	1.97
122858--123415	226	2.5	218	86	5	766	32	18	19	29	1.96
125116--125284	90	1.9	92	87	7	256	36	13	17	33	1.88
129428--129474	22	2.1	22	84	7	60	80	2	14	2	0.89
137268--137304	14	2.6	15	83	12	51	0	16	2	81	0.81
137268--137310	17	2.4	18	81	14	54	0	16	4	79	0.90
137274--137317	21	2.2	19	84	8	52	0	13	6	79	0.92
142339--142399	21	2.9	21	92	2	104	62	4	6	26	1.40
143540--143598	3	20.0	3	82	3	75	61	0	0	38	0.96
143725--143940	68	3.2	68	93	0	369	27	24	15	32	1.96
153614--153643	13	2.4	13	94	5	53	26	30	0	43	1.55
156929--156968	21	1.9	21	84	0	53	37	22	5	35	1.76
158991--159027	12	3.2	12	88	3	58	83	8	8	0	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158990--159034	20	2.2	20	84	7	56	80	11	8	0	0.92
162282--162338	11	4.9	11	74	18	53	31	1	36	29	1.68
166719--166775	11	4.9	11	74	18	53	31	1	36	29	1.68
174581--174609	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
178300--178344	20	2.2	21	84	11	58	73	13	11	2	1.19
196696--196774	35	2.2	36	88	2	115	29	3	35	31	1.75
201168--201246	35	2.2	37	88	4	117	27	5	37	29	1.78
204090--204135	23	2.0	21	84	12	56	32	13	17	36	1.88
205487--205517	15	2.1	15	93	0	53	6	0	22	70	1.09
210382--210410	15	2.0	15	93	6	51	0	20	3	75	0.94
211247--211429	91	2.0	91	91	0	294	28	22	27	21	1.99
213033--213069	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
217293--217508	68	3.2	67	91	1	351	32	14	24	28	1.94
217635--217754	3	41.0	3	88	5	174	36	0	0	62	1.01
219002--219040	21	1.9	20	94	5	69	28	7	5	58	1.47
227542--227582	14	3.0	14	89	3	57	21	41	0	36	1.54
227545--227584	13	3.0	13	88	3	53	22	42	0	35	1.54
232280--232333	24	2.2	25	80	12	67	64	11	16	7	1.47
235088--235173	13	7.2	12	72	22	58	30	3	36	30	1.74
235069--235174	36	2.9	36	91	2	169	29	4	35	30	1.78
240684--240788	36	2.9	36	92	1	176	29	4	35	30	1.78
242447--242476	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252363--252399	10	3.8	10	89	10	51	0	13	10	75	1.04
256038--256116	39	2.0	39	97	0	149	44	17	21	16	1.87
260038--260084	24	2.0	22	84	15	60	2	17	2	78	0.94
263710--263762	22	2.4	22	93	3	88	20	18	22	37	1.94
264296--264338	20	2.2	20	86	0	59	37	9	6	46	1.63
264658--264685	14	2.0	14	100	0	56	21	42	0	35	1.53
264932--264976	17	2.6	18	77	19	51	62	0	15	22	1.33
264966--265007	16	2.7	15	85	10	57	57	0	23	19	1.41
267456--267692	129	1.8	129	87	3	334	33	22	14	29	1.93
282766--282805	20	2.0	20	100	0	80	20	20	15	45	1.86
282768--282814	20	2.3	20	92	0	76	17	21	19	42	1.89
283293--283361	33	2.1	33	86	5	95	33	1	34	30	1.67
283332--283444	36	3.2	36	89	1	156	28	4	34	32	1.77
287317--287361	22	2.2	20	84	8	54	0	13	6	80	0.91
287702--287770	33	2.1	33	86	5	95	34	1	33	30	1.67
287741--287853	36	3.2	36	88	1	147	29	4	33	32	1.77
291183--291295	36	3.2	36	86	3	149	32	36	3	27	1.74
292843--292931	11	7.8	11	69	23	51	32	37	1	29	1.65
292876--292944	33	2.1	33	86	5	95	31	36	0	31	1.58
295356--295397	19	2.2	20	87	12	61	80	9	9	0	0.89
302764--302804	21	2.0	21	90	4	66	0	4	9	85	0.73
302737--302790	15	3.5	15	92	5	81	0	11	9	79	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304423--304470	11	4.4	11	84	7	62	87	8	4	0	0.66
304428--304483	23	2.3	24	90	6	87	82	10	7	0	0.85
304441--304490	11	4.4	11	85	7	55	78	12	10	0	0.98
304427--304483	12	4.7	12	82	8	62	82	10	7	0	0.84
311181--311284	33	3.1	33	82	9	95	30	36	1	30	1.69
315336--315448	36	3.2	36	88	3	158	32	35	3	28	1.74
315384--315487	33	3.1	33	82	9	95	30	35	1	31	1.69
318632--318675	22	2.0	21	86	4	61	38	34	2	25	1.68
325284--325334	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
329377--329489	36	3.2	36	92	1	174	32	36	3	27	1.74
329377--329475	13	8.3	11	71	23	67	31	36	3	29	1.73
329389--329528	36	4.1	33	83	9	97	30	36	2	30	1.72
333304--333410	34	3.1	34	87	7	146	32	37	3	26	1.74
333303--333399	13	8.3	11	69	25	58	31	36	3	28	1.73
333744--333885	70	2.0	71	95	4	261	34	18	15	31	1.92
335330--335380	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
337546--337599	19	3.0	18	82	15	67	0	20	1	77	0.86
337552--337599	13	3.5	13	78	16	53	0	20	2	77	0.88
341226--341310	11	7.2	11	72	22	66	31	35	3	29	1.75
341223--341327	36	2.9	36	94	1	176	30	35	4	29	1.78
341761--341807	14	3.1	15	75	12	51	72	6	19	2	1.17
349158--349339	90	2.0	91	88	1	267	28	23	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
356843--356891	20	2.5	20	100	0	98	42	0	36	20	1.52
358021--358080	30	2.0	31	83	3	77	26	8	10	55	1.61
364851--364901	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
365602--365660	8	6.9	8	76	19	57	74	3	20	1	1.05
365602--365667	27	2.5	26	75	20	75	75	3	19	1	1.01
368049--368108	30	2.0	31	83	3	77	26	8	10	55	1.61
369018--369068	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
376528--376632	36	2.9	36	91	1	167	31	35	4	28	1.78
377009--377065	30	1.9	30	85	7	80	77	5	17	0	0.95
377022--377065	6	7.2	6	82	12	54	79	2	18	0	0.83

Tables:   1   2