genome.fa.s8563.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008563.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111473_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  653500

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 252 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3219--3341	59	2.1	59	80	3	131	33	22	13	30	1.93
13293--13350	26	2.3	26	78	3	64	50	10	3	36	1.54
14672--14729	30	1.9	30	82	6	73	37	15	10	36	1.82
16724--16843	59	2.0	59	87	3	170	30	26	15	27	1.95
22336--22401	27	2.4	27	92	0	105	57	7	3	31	1.42
24084--24126	19	2.1	21	87	8	63	53	6	0	39	1.28
28302--28352	25	2.0	26	82	14	63	70	0	17	11	1.16
35651--35891	42	5.7	42	77	2	241	37	23	14	24	1.92
35641--35891	21	11.9	21	75	2	198	37	23	14	24	1.93
35657--35889	83	2.8	83	84	5	290	38	23	14	24	1.92
38487--38781	37	8.0	37	74	12	209	46	3	6	43	1.46
38725--38815	48	1.9	46	84	4	119	47	2	5	45	1.38
38898--39190	20	14.3	20	76	10	175	38	25	19	16	1.92
38960--39180	40	5.3	42	87	5	292	36	27	19	17	1.94
38898--39190	40	7.2	40	78	11	231	38	25	19	16	1.92
39285--39362	6	13.5	6	98	1	135	30	52	16	0	1.44
39856--39935	6	13.5	6	98	1	153	0	16	51	32	1.45
40038--40197	20	7.8	20	79	14	175	17	20	25	36	1.94
40191--40241	20	2.5	20	93	0	84	11	19	17	50	1.76
40031--40202	40	4.2	40	92	1	254	16	20	23	38	1.92
40352--40402	26	2.0	26	88	7	77	43	3	9	43	1.56
45881--46036	43	3.4	43	68	17	118	33	25	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45970--47064	106	10.3	105	90	2	1609	33	25	17	23	1.96
45861--47064	212	5.7	212	91	1	1792	33	25	18	23	1.96
47698--47887	37	5.7	33	73	15	142	46	2	5	45	1.39
47698--47804	33	3.2	33	82	13	130	45	2	3	47	1.35
47772--47833	28	2.3	26	81	8	63	45	3	4	46	1.40
47739--47836	32	3.2	30	72	15	85	45	3	4	46	1.37
47798--47903	37	2.8	37	80	13	137	47	2	6	43	1.44
47844--47936	48	2.0	47	85	4	125	47	2	5	45	1.37
53187--53239	2	26.0	2	96	3	97	49	0	1	49	1.12
59985--60042	24	2.4	24	97	0	107	46	24	0	29	1.53
61980--62053	23	3.2	22	77	22	64	44	17	4	33	1.68
62198--62355	21	7.4	20	75	8	118	36	21	16	25	1.94
62198--62355	42	3.7	42	79	5	183	36	21	16	25	1.94
74599--74684	39	2.2	40	93	2	147	30	17	20	31	1.96
81971--82404	214	2.0	214	89	0	661	34	19	19	26	1.96
85558--86164	303	2.0	303	98	0	1180	30	8	17	42	1.80
87979--88066	29	3.0	29	79	9	81	45	9	13	31	1.75
90313--90403	34	2.7	34	85	0	119	24	14	26	35	1.93
98018--98155	59	2.3	59	82	7	165	31	26	13	29	1.93
98944--99115	54	3.2	54	90	3	283	31	19	19	29	1.96
99993--100036	20	2.1	21	83	4	54	45	29	2	22	1.65
105991--106209	54	4.1	54	88	0	339	34	16	18	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106895--106963	20	3.5	20	95	0	120	26	33	8	31	1.87
113923--114095	88	2.0	90	94	3	307	44	6	11	37	1.66
121129--121202	19	3.9	19	80	15	73	48	0	5	45	1.25
122825--122858	15	2.3	15	89	0	50	73	0	5	20	1.04
128261--128339	16	5.2	16	73	16	62	41	0	3	54	1.18
128240--128348	22	5.0	21	75	16	89	41	0	5	53	1.24
128263--128373	36	3.1	34	77	12	107	38	0	5	55	1.23
128256--128361	27	4.0	26	71	19	62	38	0	5	55	1.24
128256--128351	14	7.2	13	73	19	74	40	0	5	54	1.23
128331--128396	22	2.9	22	82	11	62	30	0	7	62	1.23
128237--128373	72	1.9	72	81	11	165	40	0	5	54	1.25
132210--132264	27	2.0	27	92	0	92	43	12	10	32	1.78
136653--136728	27	2.7	28	89	4	109	40	10	15	32	1.82
139704--139749	24	1.9	24	95	0	83	4	39	6	50	1.48
144805--144850	24	1.9	24	95	0	83	4	39	6	50	1.48
150222--150347	57	2.2	57	84	2	155	26	15	21	35	1.94
150323--150352	13	2.3	13	94	0	51	33	10	23	33	1.88
154140--154234	48	2.0	48	97	0	181	40	13	10	35	1.79
162416--162451	6	6.0	6	100	0	72	83	0	16	0	0.65
171531--171591	30	2.0	30	96	0	113	31	13	11	44	1.79
185358--185413	23	2.4	23	87	0	85	26	28	12	32	1.93
187731--187904	44	4.0	44	86	1	242	27	22	11	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187731--187904	88	2.0	88	90	2	278	27	22	11	39	1.88
191351--191386	8	4.5	8	96	0	63	30	27	0	41	1.56
193489--193600	29	3.9	29	73	14	106	38	18	20	22	1.93
194042--194093	20	2.6	21	74	17	56	40	26	19	13	1.88
198620--198673	21	2.6	21	93	0	90	27	16	7	48	1.73
200734--200778	20	2.3	19	84	3	54	40	0	24	35	1.56
208057--208117	26	2.3	26	88	0	86	37	16	18	27	1.92
208180--208407	117	1.9	117	85	1	314	27	18	19	34	1.95
211503--211865	157	2.3	157	85	3	455	47	7	17	27	1.73
213582--213642	26	2.3	26	97	2	113	32	21	13	32	1.91
214208--214257	25	2.0	25	100	0	100	56	0	0	44	0.99
214901--214946	20	2.3	20	85	3	58	36	23	0	39	1.55
237698--237738	17	2.4	17	87	4	55	36	2	17	43	1.62
237708--237745	17	2.2	17	95	0	67	34	2	21	42	1.67
238372--238427	21	2.7	21	91	0	94	33	12	17	35	1.88
238973--239060	44	2.0	43	91	2	140	39	9	23	27	1.85
241364--241420	23	2.4	23	82	2	78	31	12	28	28	1.93
248916--248949	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
251963--252005	20	2.2	20	87	4	61	67	0	13	18	1.23
258359--258392	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
262432--262478	20	2.3	20	78	7	51	63	2	8	25	1.34
266480--266520	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272364--272418	28	2.0	28	92	0	92	36	16	12	34	1.87
275157--275201	15	3.0	15	86	0	63	42	28	8	20	1.82
275890--275917	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
279409--279451	18	2.4	18	92	0	68	72	0	6	20	1.08
282149--282197	22	2.2	23	85	10	66	22	0	26	51	1.49
284698--284795	24	4.1	24	79	8	101	25	20	18	35	1.95
284708--284795	24	3.7	24	87	4	124	23	21	20	34	1.97
289433--289495	24	2.6	25	85	5	85	26	19	20	33	1.96
289702--289762	2	30.5	2	96	0	113	49	1	0	49	1.10
291380--291408	10	2.7	11	89	10	51	72	0	10	17	1.11
297061--297099	13	2.9	14	84	7	53	71	0	5	23	1.05
298504--298681	21	8.6	21	77	11	147	33	21	20	25	1.97
298524--298681	62	2.5	62	92	2	255	33	20	20	24	1.97
298690--298833	21	6.9	21	74	12	109	23	20	22	32	1.98
298607--298763	41	3.8	41	81	9	160	29	20	23	26	1.99
298524--298700	62	2.9	61	89	5	243	33	20	20	24	1.97
298649--298830	83	2.2	84	84	5	228	25	20	23	31	1.98
299585--299764	21	8.6	21	84	6	231	28	27	21	22	1.99
299560--299764	42	4.9	42	87	5	258	30	25	21	22	1.99
299560--299764	63	3.3	62	82	8	231	30	25	21	22	1.99
299711--299783	20	3.6	20	82	10	103	35	19	21	23	1.96
299753--299929	62	2.8	61	76	13	182	24	19	25	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299748--299915	83	2.0	83	86	6	234	26	20	24	29	1.99
299773--299921	21	7.1	21	81	10	180	23	20	25	30	1.99
301756--301812	10	5.6	10	83	4	69	22	3	5	68	1.25
301767--301812	21	2.2	20	84	3	56	21	4	4	69	1.24
312305--312329	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
314292--314346	23	2.3	23	87	6	74	32	5	1	60	1.30
315590--315633	10	4.3	10	85	5	52	77	4	2	15	1.04
315608--315637	5	6.2	5	92	7	53	80	0	0	20	0.72
316798--316843	3	15.0	3	95	4	83	65	0	0	34	0.93
319658--320138	201	2.4	200	86	1	651	26	20	19	33	1.97

Tables:   1   2   3