genome.fa.s8573.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008573.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111502_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  313404

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8433--8487	22	2.5	22	100	0	110	21	27	12	38	1.90
9682--9805	60	2.1	60	81	6	144	37	14	15	33	1.88
10207--10248	19	2.2	19	100	0	84	50	21	14	14	1.78
13178--13540	131	2.8	126	83	3	415	39	16	11	32	1.83
13189--13540	125	2.7	129	83	3	417	39	16	10	33	1.83
15426--15505	42	1.9	41	94	2	142	52	5	1	41	1.31
15427--15502	15	5.3	15	69	15	61	53	3	1	40	1.27
19906--20030	62	2.0	62	95	0	223	32	21	32	12	1.91
24775--24818	21	2.2	20	83	4	52	52	2	2	43	1.26
24754--25138	182	2.1	183	90	2	607	42	2	8	46	1.48
26303--26364	12	5.2	11	76	19	54	22	0	4	72	1.03
26274--26356	37	2.4	37	82	8	93	28	0	3	67	1.07
26294--26360	35	1.9	34	85	11	91	26	0	4	68	1.08
26294--26383	37	2.5	37	82	10	98	27	0	7	64	1.21
27311--27377	33	2.0	33	97	0	125	40	14	17	26	1.89
27451--27557	29	3.7	29	81	15	107	39	8	6	45	1.60
27466--27578	29	3.9	29	79	14	117	40	7	7	44	1.61
27466--27557	31	3.1	30	83	12	118	38	7	6	47	1.58
27675--27756	30	2.7	29	72	10	76	47	6	3	42	1.45
46077--46112	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
46077--46109	17	1.9	17	100	0	66	51	0	0	48	1.00
46317--46346	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48965--49018	22	2.5	21	79	8	54	50	5	1	42	1.36
49376--49445	30	2.2	31	80	14	81	44	0	1	54	1.09
57571--57603	16	2.1	16	100	0	66	30	18	27	24	1.98
75901--75926	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40
89363--90132	255	3.0	255	89	1	1188	31	22	18	26	1.97
99991--100016	13	2.0	13	100	0	52	61	15	0	23	1.33
100430--100486	29	2.0	29	96	0	105	29	17	21	31	1.96
101209--101262	28	2.0	26	82	13	65	59	5	0	35	1.21
108508--108566	31	1.9	31	85	0	82	32	20	11	35	1.89
118636--118665	15	2.0	15	93	0	51	33	23	13	30	1.93
123691--123740	27	2.0	25	88	11	75	52	16	4	28	1.61
123935--123967	12	2.8	12	100	0	66	15	42	33	9	1.78
128254--128297	2	21.5	2	90	4	70	50	0	2	47	1.13
131251--131402	75	2.1	72	91	3	241	21	24	13	41	1.88
135142--135181	21	1.9	21	100	0	80	50	7	20	22	1.73
150704--150737	9	3.7	9	96	4	59	50	17	8	23	1.74
151250--151278	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
152641--152918	150	1.8	153	86	3	411	35	22	23	17	1.95
152814--153255	221	2.0	221	100	0	884	35	20	21	22	1.96
154180--154259	39	2.1	39	97	0	151	17	18	22	41	1.90
157172--157239	11	5.4	13	71	16	54	51	1	0	47	1.09
157185--157240	18	2.8	20	77	17	55	50	1	0	48	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157168--157235	24	2.7	25	80	13	77	52	1	0	45	1.09
159488--159539	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
159529--159627	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
159594--159787	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
159594--159787	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
160168--160238	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
160316--160371	20	2.8	20	81	8	69	42	17	26	12	1.85
160358--160412	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
160358--160428	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
160424--160521	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
160446--160535	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
160429--160543	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
162242--162620	92	4.1	93	98	1	735	22	12	18	46	1.83
162242--162622	185	2.1	185	97	1	737	22	12	18	46	1.83
162664--162792	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
162700--162792	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
162664--162792	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
162788--162922	19	7.6	19	76	16	137	10	19	24	45	1.81
162810--162866	14	3.7	14	77	20	60	8	21	24	45	1.80
162793--162885	33	2.8	33	98	0	177	9	20	22	47	1.79
164737--164809	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
164732--164796	19	3.4	19	64	8	51	24	1	15	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164791--164826	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
164933--165034	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
165041--165369	33	9.5	33	78	14	235	14	20	17	46	1.83
165063--165369	19	17.4	19	79	16	367	14	20	17	47	1.82
165041--165341	52	5.6	52	88	7	267	14	21	16	46	1.83
165063--165302	71	3.4	71	84	11	364	14	20	17	47	1.82
167672--167696	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
167870--167916	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
168588--168956	20	18.5	20	85	4	449	20	18	26	34	1.96
169458--169495	20	1.9	20	88	0	58	36	5	0	57	1.21
169598--169637	21	1.9	21	89	0	62	40	5	17	37	1.72
170020--170079	19	3.0	20	75	18	63	58	0	3	38	1.15
170059--170097	19	2.2	17	86	13	53	61	0	5	33	1.18
175850--175983	60	2.2	60	82	0	160	15	29	32	23	1.95
176624--176658	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
177137--177212	2	40.5	2	78	12	81	43	2	0	53	1.14
177125--177219	22	4.3	22	79	7	77	37	2	0	60	1.09
178002--178086	29	2.9	29	83	0	107	18	40	27	14	1.89
180224--180277	14	3.9	14	76	16	58	50	22	0	27	1.50
180772--180827	28	2.1	26	83	12	69	33	1	1	62	1.16
182387--182431	17	2.6	17	80	10	56	48	4	6	40	1.49
182387--182427	18	2.4	17	87	4	55	51	4	7	36	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182354--182508	62	2.5	62	87	5	206	47	3	12	36	1.59
184564--184601	15	2.6	15	87	4	51	39	2	0	57	1.12
189491--189701	12	17.6	12	95	0	323	44	18	5	32	1.71
190857--190904	20	2.3	22	78	10	55	47	2	0	50	1.12
191203--191237	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
199111--199158	24	2.0	24	100	0	96	45	20	4	29	1.70
199112--199168	24	2.7	21	84	13	64	49	19	1	29	1.58
205713--205786	35	2.1	37	89	5	116	22	12	9	55	1.65
206286--206349	29	2.3	27	84	10	76	31	6	12	50	1.65
208302--208326	12	2.1	12	100	0	50	28	0	8	64	1.22
212715--212829	60	1.9	60	86	10	164	37	4	26	32	1.76
212715--212846	60	2.2	60	81	12	155	37	4	25	32	1.76
212978--213011	6	5.7	6	100	0	68	17	32	17	32	1.94
213278--214722	4	365.2	4	97	2	2744	25	0	25	49	1.50
216626--216727	47	2.1	48	96	1	188	43	3	0	52	1.19
217967--218039	24	3.1	23	72	14	60	45	1	1	52	1.18
218060--218110	22	2.3	22	89	0	75	41	0	1	56	1.10
218075--218140	19	3.6	18	78	21	75	40	1	4	53	1.31
218264--218322	23	2.5	24	81	10	70	40	3	0	55	1.16
225873--225933	3	20.3	3	100	0	122	67	0	32	0	0.91
228206--228358	43	3.6	41	76	12	148	53	5	17	23	1.64
228206--228357	42	3.6	41	76	18	141	53	5	17	23	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229143--229238	44	2.2	44	88	3	140	42	1	5	51	1.31
231359--231595	58	4.1	58	83	2	298	26	9	14	49	1.74
231312--231595	116	2.5	116	81	10	327	26	10	13	49	1.74
232254--232387	66	2.0	66	97	0	250	25	26	22	26	2.00
232395--232456	30	2.1	30	90	0	97	27	14	25	32	1.95
232409--232456	15	3.1	16	73	11	55	29	16	27	27	1.97
242055--242267	75	3.0	72	82	9	251	29	1	11	57	1.42
242046--242210	76	2.2	76	86	3	244	31	1	9	56	1.42
243138--243187	24	2.1	24	100	0	100	24	28	8	40	1.83
243600--243638	20	2.0	19	85	5	51	43	2	2	51	1.29

Tables:   1   2