genome.fa.s8574.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008574.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111503_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  414859

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3663--3980	84	3.8	83	79	12	349	27	25	19	27	1.99
3672--4004	171	1.9	171	88	1	497	28	25	19	26	1.99
5310--5339	14	2.1	14	93	0	51	46	3	0	50	1.18
13187--13385	98	2.0	100	90	5	316	36	18	16	29	1.93
20683--20735	23	2.3	23	87	12	74	79	9	9	1	1.02
20683--20735	21	2.4	22	87	9	72	79	9	9	1	1.02
20684--20742	11	5.4	11	78	11	59	76	11	10	1	1.10
29722--29770	21	2.3	22	82	13	66	38	18	6	36	1.76
47429--47470	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
48300--48354	23	2.4	23	75	0	65	29	7	12	50	1.67
48342--48396	25	2.2	26	90	3	85	30	12	12	43	1.80
60172--60196	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
71173--71350	87	2.0	87	96	0	329	32	15	4	47	1.65
72881--72919	20	2.0	20	84	0	51	71	10	7	10	1.30
74536--74570	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
79108--79179	31	2.3	31	100	0	144	31	9	13	44	1.77
79786--79832	16	2.7	17	83	12	60	65	0	4	29	1.11
90612--90670	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
90695--90737	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
90697--90745	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
90685--91091	54	7.6	54	72	15	333	52	12	0	34	1.41
90700--91497	80	9.8	80	86	9	968	52	13	0	33	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90899--90951	14	3.5	14	76	18	61	58	3	0	37	1.16
90877--91198	32	9.5	32	69	19	138	53	10	0	35	1.39
90941--91005	22	3.0	23	88	8	100	50	10	1	36	1.47
90829--91565	134	5.5	133	76	14	553	52	12	0	34	1.40
90797--91496	112	6.1	112	71	19	343	52	12	0	34	1.41
90943--91013	22	3.2	22	85	2	70	53	11	1	33	1.45
91017--91059	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
91019--91067	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
91120--91199	14	5.0	16	66	22	60	55	11	0	33	1.36
91102--91546	54	8.1	54	71	16	299	53	12	0	34	1.39
91214--91255	22	1.9	22	100	0	84	52	14	0	33	1.42
91215--91263	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
91267--91309	22	2.0	22	100	0	86	51	9	0	39	1.34
91240--91318	22	4.4	18	68	23	58	53	11	0	35	1.37
91269--91317	22	2.2	22	88	3	71	55	10	0	34	1.34
91323--91397	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
91403--91477	22	3.2	23	75	17	82	54	17	0	28	1.43
91526--91673	15	9.5	15	83	10	190	51	2	0	45	1.17
91472--91628	67	2.3	67	87	7	212	51	5	0	42	1.28
91394--91658	47	5.4	49	75	14	178	51	7	0	40	1.34
91446--91658	101	2.2	97	82	8	243	50	5	0	43	1.29
97418--97449	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101185--101225	21	2.0	20	85	4	55	58	0	4	36	1.20
101361--101418	24	2.4	23	80	8	62	32	1	3	62	1.22
105126--105179	23	2.3	23	83	0	72	11	11	18	59	1.60
115945--116052	53	2.0	53	83	0	135	28	15	24	31	1.96
118337--118375	14	2.6	15	88	8	53	61	2	7	28	1.37
120103--120132	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
134416--134448	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
153141--153180	20	2.0	20	90	0	62	65	0	32	2	1.06
153744--153846	34	3.0	34	97	0	188	16	17	33	33	1.92
169246--169548	123	2.4	123	89	3	455	32	17	27	22	1.97
170275--170429	36	4.3	36	90	3	231	36	24	20	19	1.95
170844--171192	51	6.8	51	84	7	368	32	20	25	22	1.98
171300--171351	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
171342--171439	21	4.8	20	74	10	65	36	21	19	22	1.95
171407--171815	20	20.5	20	84	5	486	35	25	18	20	1.95
172497--172543	24	2.0	24	83	8	60	27	14	19	38	1.91
172718--172742	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
175021--175327	19	17.4	19	80	16	385	47	18	20	14	1.82
175021--175349	33	9.4	36	82	15	344	46	18	20	14	1.83
175049--175327	52	5.2	52	92	4	388	47	17	21	14	1.82
175088--175327	71	3.4	70	86	12	364	47	17	20	14	1.82
175021--175349	52	6.3	55	88	9	341	46	18	20	14	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175021--175365	71	4.9	70	78	15	358	46	18	20	14	1.84
175356--175457	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
175564--175600	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
176675--176731	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
176656--176748	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
176619--176753	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
176749--176877	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
176749--176840	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
176922--177299	93	4.1	93	98	1	726	46	18	12	22	1.83
179004--179093	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
178996--179110	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
179003--179115	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
179127--179181	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
179111--179181	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
179122--179203	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
179134--179222	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
179305--179373	32	2.2	32	91	0	111	46	20	21	11	1.82
179324--179373	16	3.0	18	69	22	54	44	22	22	12	1.85
179552--179606	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
179752--179944	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
179752--179944	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
180000--180051	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195276--195465	90	2.1	90	97	0	353	43	17	11	27	1.83
197725--197804	30	2.6	30	78	4	79	26	6	2	65	1.29
199993--200043	16	3.2	16	72	10	50	50	1	3	43	1.31
201122--201149	10	2.8	10	100	0	56	28	21	17	32	1.96
213659--213698	21	1.9	21	84	0	53	37	37	2	22	1.68
214617--214656	20	2.0	20	90	0	62	30	25	10	35	1.88
220571--220610	21	1.9	21	94	0	71	37	30	12	20	1.89
220597--220672	20	3.8	20	85	0	107	43	19	18	18	1.88
220998--221043	20	2.3	20	96	0	83	17	13	26	43	1.85
221037--221126	20	4.5	20	84	0	117	24	15	17	42	1.88
225061--225090	12	2.5	12	94	0	51	30	13	10	46	1.75
227976--228060	12	6.8	12	79	11	91	36	32	4	25	1.77
227977--228012	15	2.4	15	95	0	63	36	33	2	27	1.72
227976--228060	24	3.4	24	86	4	107	36	32	4	25	1.77
227969--228023	15	3.9	15	76	13	62	36	32	1	29	1.68
231551--231583	14	2.4	14	100	0	66	33	18	0	48	1.48
231816--232038	105	2.1	105	80	2	252	39	21	14	24	1.91
234044--235256	619	2.0	619	95	0	2183	32	16	12	38	1.87
235413--235452	20	2.0	21	90	5	64	27	25	27	20	1.99
237299--237400	52	1.9	53	86	2	143	33	8	19	38	1.83
238063--238091	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
238297--238333	2	18.5	2	88	0	56	45	0	5	48	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244210--244258	18	2.7	18	75	9	55	40	0	2	57	1.10
245074--245103	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
246362--246386	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
249270--249300	15	2.1	15	100	0	62	45	6	0	48	1.28
254365--254392	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
257129--257178	26	1.9	26	95	0	91	40	18	10	32	1.83
272441--272491	27	1.9	26	84	11	68	50	3	21	23	1.65
273802--273848	19	2.7	19	81	12	57	63	0	2	34	1.06
274948--274982	17	2.1	17	88	0	52	48	2	8	40	1.49
280216--280418	95	2.1	95	83	2	255	30	10	16	42	1.81

Tables:   1   2