genome.fa.s8575.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008575.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111504_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  896659

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5836--5869	17	1.9	18	88	5	52	64	5	0	29	1.17
15867--15913	16	3.1	16	76	11	55	0	61	6	31	1.21
15871--15930	13	4.4	14	72	17	54	0	61	3	35	1.12
21687--21775	16	5.5	16	70	5	72	41	29	11	17	1.84
21843--21898	18	3.1	19	75	12	55	55	0	5	39	1.23
21941--22003	31	2.0	31	100	0	126	50	9	6	33	1.60
24788--24857	29	2.5	27	84	11	95	58	15	5	20	1.57
24795--24857	28	2.2	28	97	2	117	57	17	4	20	1.58
38167--38270	31	3.5	30	77	3	93	47	8	0	43	1.40
45660--45699	15	2.6	15	81	18	55	17	2	7	72	1.19
49307--49333	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
55904--55954	27	1.9	26	84	11	68	29	15	5	49	1.68
57102--57176	30	2.5	30	82	6	91	81	6	12	0	0.87
57114--57176	23	2.8	23	88	11	96	80	6	12	0	0.88
57107--57161	22	2.6	20	81	18	67	78	9	12	0	0.97
57099--57186	31	3.0	29	76	12	81	78	7	13	0	0.96
58532--59611	106	10.2	106	93	0	1822	33	25	18	22	1.97
59880--59995	36	3.2	36	82	1	133	30	20	12	37	1.89
60483--60535	3	17.0	3	81	14	54	37	0	0	62	0.96
60483--60535	10	5.7	9	82	10	54	37	0	0	62	0.96
60494--60535	13	3.3	13	86	3	59	35	0	0	64	0.94
60483--60538	19	2.9	20	84	10	64	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60501--60541	10	4.3	10	84	9	50	31	0	0	68	0.90
68416--68515	29	3.4	29	83	6	130	37	14	12	37	1.83
69355--69466	59	1.9	59	82	10	140	32	16	13	38	1.87
70962--71097	70	1.9	70	94	2	238	27	5	24	41	1.78
73472--73672	100	2.0	100	97	0	375	40	4	15	38	1.69
76620--76656	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
83370--83420	15	3.4	15	71	7	50	45	1	0	52	1.12
85883--85916	11	3.1	11	100	0	68	52	0	0	47	1.00
89466--89535	30	2.2	30	82	7	77	18	8	20	52	1.71
89840--89899	30	2.0	30	86	0	84	43	13	16	26	1.85
92944--93299	124	2.8	124	90	3	507	23	12	21	42	1.87
97483--97534	20	2.6	20	84	6	70	42	23	19	15	1.89
97646--97917	41	6.7	41	80	5	270	38	22	17	21	1.93
97520--97736	102	2.1	103	93	0	373	35	24	17	22	1.96
97600--97736	61	2.2	61	84	5	179	34	25	18	21	1.96
97543--97917	102	3.7	102	78	7	345	37	22	17	21	1.94
97810--97917	20	5.4	20	86	0	135	41	24	14	19	1.89
97563--97917	41	8.8	40	81	4	232	38	23	17	21	1.93
98818--98842	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
101108--101222	19	6.5	19	71	21	88	46	19	22	12	1.83
101146--101233	14	5.5	14	67	25	50	46	19	22	11	1.81
101127--101233	33	3.2	33	94	2	196	46	18	22	12	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101373--101535	82	2.1	74	82	14	192	44	17	2	35	1.63
101443--101475	14	2.4	14	85	5	50	42	21	0	36	1.53
101373--101535	83	2.0	84	93	2	285	44	17	2	35	1.63
102866--102935	21	3.3	21	64	7	52	24	18	34	22	1.96
102863--102942	42	1.9	42	86	0	115	23	17	37	21	1.94
103376--103459	19	4.7	19	74	14	79	46	21	20	11	1.82
103366--103437	33	2.2	33	92	0	117	45	19	23	11	1.82
103456--103495	19	2.1	19	90	0	62	10	17	30	42	1.82
103471--103597	33	3.8	33	82	0	155	11	18	22	48	1.78
103466--103637	19	9.7	19	67	19	68	12	17	22	48	1.80
103756--103939	94	2.0	92	90	2	287	48	15	13	22	1.80
105581--105688	33	3.3	33	88	5	155	50	14	23	12	1.76
106036--106214	20	8.9	20	78	11	186	21	18	25	33	1.97
106200--106335	20	6.8	20	75	12	91	19	17	20	41	1.90
106035--106252	82	2.7	82	79	7	196	20	18	25	35	1.95
106282--106335	19	2.8	20	91	2	83	16	16	18	48	1.82
107158--107276	37	3.1	37	79	15	150	18	21	11	48	1.79
116462--116533	24	3.0	24	83	0	99	19	13	15	51	1.76
118247--118293	13	3.5	13	75	16	51	42	4	2	51	1.33
120192--120239	24	2.0	24	100	0	96	29	8	29	33	1.86
123206--123283	32	2.4	32	79	12	97	24	12	28	34	1.92
123780--124037	116	2.2	116	95	0	455	34	10	3	51	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124139--124241	32	3.2	32	82	5	118	14	11	30	43	1.81
124170--124241	16	4.4	16	73	1	54	11	11	31	45	1.75
124181--124255	16	4.8	16	78	1	71	5	13	33	48	1.65
125288--125569	2	141.0	2	67	20	119	47	4	3	45	1.38
125286--125635	11	33.0	11	69	17	97	47	4	2	45	1.37
125288--125635	22	16.0	22	70	16	119	47	4	2	45	1.37
125351--125394	9	5.3	9	74	20	51	50	9	2	38	1.47
125353--125398	23	1.9	23	86	8	65	50	8	4	36	1.53
125448--125635	71	2.6	68	76	14	164	46	3	3	46	1.36
125595--125684	13	6.9	13	68	14	51	48	5	2	43	1.38
125730--125767	20	1.9	20	89	10	60	42	2	2	52	1.29
125823--125882	20	2.8	20	79	18	61	36	1	5	56	1.31
125830--125882	15	3.7	15	80	14	76	35	0	5	58	1.22
125823--125887	27	2.4	28	89	5	107	36	3	4	55	1.36
125830--125874	7	6.8	6	87	12	54	35	0	4	60	1.17
127417--127480	31	2.1	31	96	0	119	46	4	9	39	1.57
127427--127479	18	3.2	18	65	25	53	49	3	11	35	1.57
127937--127978	22	1.9	22	85	9	59	23	0	28	47	1.52
135542--135583	22	2.0	21	86	13	59	35	14	9	40	1.78
136661--136715	24	2.2	24	84	9	67	43	3	3	49	1.37
141761--141822	30	2.1	30	90	0	97	40	11	3	45	1.56
151175--151260	39	2.2	40	89	6	131	47	9	18	24	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153592--153686	41	2.3	41	96	0	172	21	27	28	23	1.99
154299--154358	22	2.7	21	85	10	84	40	5	28	26	1.77
154321--154352	16	2.0	16	93	0	55	40	3	31	25	1.71
154920--155009	38	2.5	33	72	17	90	44	36	6	12	1.68
163718--165176	114	12.9	114	85	5	1646	30	14	20	34	1.92
163718--165176	227	6.4	228	84	5	1666	30	14	20	34	1.92
163721--165045	341	3.9	341	86	4	1723	30	13	20	35	1.92
164946--165178	107	2.2	108	88	3	344	30	16	19	33	1.94
176501--176572	29	2.5	30	90	4	112	30	2	1	65	1.15
176496--176625	29	4.4	29	78	7	111	37	4	0	56	1.25
176627--176696	29	2.4	29	87	0	95	41	5	0	52	1.25
177071--177096	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
186552--186600	24	2.2	21	82	13	55	26	20	20	32	1.97
187452--187609	53	2.9	54	87	5	232	18	22	24	34	1.96
198729--199102	192	1.9	193	91	1	608	35	14	14	35	1.87
201586--201612	13	2.1	13	100	0	54	22	25	14	37	1.93
203249--203298	11	4.5	11	82	5	64	36	30	12	22	1.90
203328--203390	14	4.4	14	77	13	56	49	1	0	49	1.10
203328--203419	45	2.1	44	82	10	107	50	3	0	46	1.17
203328--203420	46	2.1	44	82	8	107	49	3	0	47	1.17
206180--206207	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
210767--210922	84	1.9	82	90	2	249	30	12	17	39	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214690--214720	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
214733--214792	25	2.5	24	87	10	88	6	10	5	78	1.08
214751--214804	13	4.2	13	75	17	58	7	11	5	75	1.16
229443--230150	230	3.0	230	84	5	867	28	12	17	40	1.87
230658--230920	145	1.8	145	91	0	436	23	11	22	42	1.86
235999--236111	59	1.9	60	80	8	133	37	15	11	36	1.83
240069--240103	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
244016--244073	28	2.1	28	96	0	107	51	3	8	36	1.49
245205--245243	16	2.4	17	82	8	53	41	41	10	7	1.68
245539--245576	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4