genome.fa.s8576.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008576.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111505_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  399473

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8579--8631	22	2.4	22	96	0	97	39	5	22	32	1.78
8649--8688	21	1.9	22	85	10	57	62	7	7	22	1.47
10460--10506	20	2.3	21	75	10	53	42	6	0	51	1.27
11769--11818	23	2.1	23	82	10	57	62	2	2	34	1.18
11745--11823	38	2.1	36	81	9	88	67	1	1	30	1.07
11791--11818	14	2.0	14	100	0	56	64	0	0	35	0.94
11807--11862	27	2.2	25	83	6	67	53	0	3	42	1.18
11885--11937	28	2.0	28	85	7	74	41	0	5	52	1.25
24466--24494	15	1.9	15	100	0	58	6	62	20	10	1.50
25327--25359	2	17.5	2	87	12	52	54	0	0	45	0.99
26139--26167	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
26323--26364	13	3.2	13	83	6	50	47	4	0	47	1.23
27243--27299	30	1.9	30	86	13	82	21	5	15	57	1.57
27399--27469	23	3.0	23	83	2	70	30	12	11	45	1.77
34773--34800	10	2.8	10	100	0	56	50	7	0	42	1.30
41136--41166	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
43297--43436	60	2.3	60	81	0	163	29	20	5	45	1.72
43565--43741	60	2.9	59	77	8	169	42	5	21	30	1.74
44795--44824	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
54430--54505	29	2.6	29	78	15	77	31	9	6	52	1.59
54770--54810	20	2.1	20	95	4	75	48	0	0	51	1.00
56804--56876	18	3.9	18	84	7	101	20	20	31	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59346--59378	16	2.1	16	88	11	50	15	9	0	75	1.03
74299--74441	63	2.3	63	80	6	155	33	20	19	26	1.96
74999--75056	18	3.1	19	75	9	73	20	20	29	29	1.98
76139--76202	23	2.8	23	92	0	101	26	23	28	21	1.99
77149--77191	21	2.0	21	91	8	70	32	18	25	23	1.97
78255--78347	14	6.4	14	66	11	53	49	9	8	32	1.66
78255--78337	29	2.8	30	75	14	91	49	9	9	31	1.68
81656--81695	17	2.4	16	84	15	55	37	7	10	45	1.66
84772--84883	30	3.6	29	67	17	73	25	22	14	38	1.91
84768--84893	63	2.0	63	96	0	234	24	21	16	37	1.94
96543--97351	105	7.7	105	94	0	1359	33	25	18	22	1.96
98724--98849	63	2.0	63	95	0	225	25	21	15	37	1.93
99084--99123	21	2.0	20	85	9	55	15	5	2	77	1.04
100897--100946	22	2.3	21	86	3	64	46	2	2	50	1.24
100903--100946	21	2.0	22	86	4	63	45	2	0	52	1.13
102979--103015	16	2.3	16	95	0	65	40	0	8	51	1.32
107397--107475	39	2.1	38	85	2	104	60	8	6	24	1.49
108828--108995	68	2.4	69	89	5	243	19	4	30	46	1.68
114590--114655	27	2.4	27	84	0	87	18	15	40	25	1.89
114651--114799	72	2.1	72	87	0	208	17	19	40	22	1.91
114666--114805	72	1.9	72	91	0	226	17	20	39	23	1.92
117368--117607	96	2.5	96	80	4	252	22	12	35	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117350--117604	48	5.3	48	75	6	194	22	11	34	30	1.90
117733--117959	95	2.4	96	83	0	276	25	12	35	26	1.92
117700--117959	48	5.4	48	71	8	161	25	11	35	26	1.91
117800--117998	96	2.1	95	81	4	222	29	11	35	23	1.90
119177--119214	19	2.0	19	89	0	58	21	5	23	50	1.69
119687--119731	22	2.1	22	87	4	65	26	20	22	31	1.98
120562--121650	48	23.2	47	68	12	161	25	11	35	27	1.91
120799--120844	24	1.9	24	86	8	67	15	17	34	32	1.91
120803--120861	24	2.5	24	75	10	66	18	18	33	28	1.95
120454--121096	143	4.5	144	75	7	443	25	12	34	27	1.92
120851--121031	96	1.9	93	81	3	218	26	12	35	25	1.91
121352--121427	40	1.9	39	84	7	100	19	13	39	27	1.89
121392--121650	96	2.7	94	77	4	270	25	10	34	30	1.89
121520--121698	48	3.7	47	81	3	169	28	10	36	24	1.89
122087--122116	15	2.0	15	100	0	60	46	0	6	46	1.29
122141--122199	31	1.9	31	83	10	77	44	10	3	42	1.55
124863--124938	24	3.2	24	72	10	75	22	9	39	28	1.85
124925--124950	12	2.2	12	100	0	52	15	0	57	26	1.38
125080--126369	48	27.1	48	79	5	971	21	13	38	26	1.91
125252--125327	24	3.2	23	74	18	84	22	10	38	28	1.87
125061--126369	95	13.8	95	78	6	1010	21	13	38	26	1.91
125003--126341	143	9.4	141	78	6	660	22	13	37	26	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125395--125472	24	3.2	24	65	13	70	19	11	39	29	1.87
125452--125622	24	7.2	24	60	9	71	20	14	40	25	1.90
125668--125742	24	3.1	23	64	21	55	26	10	38	24	1.88
125989--126060	23	3.1	23	68	9	56	19	15	37	27	1.92
125997--126072	24	3.2	24	73	1	82	18	15	35	30	1.92
126187--126361	24	7.3	24	64	18	78	14	16	40	29	1.87
128016--128130	60	1.9	60	90	0	185	34	13	18	33	1.90
128035--128130	31	3.2	31	66	11	72	35	14	20	29	1.93
129936--129980	21	2.1	21	87	0	63	28	17	6	46	1.73
130535--131289	378	2.0	376	95	3	1367	31	15	15	37	1.90
131379--131417	19	2.1	19	100	0	78	20	28	20	30	1.98
146599--146628	15	2.1	14	93	6	51	13	43	16	26	1.85
147042--147070	14	2.1	14	100	0	58	20	31	13	34	1.92
147139--147301	85	1.9	84	88	3	247	36	7	3	52	1.49
147602--147673	38	1.9	36	86	5	99	36	9	25	29	1.88
165530--165600	29	2.4	29	81	6	81	28	25	5	40	1.78
168760--168788	14	2.0	15	93	6	51	62	10	0	27	1.28
169019--169072	20	2.8	20	76	21	60	38	5	0	55	1.23
174026--174074	25	2.0	25	95	0	89	30	4	20	44	1.70
179589--179613	10	2.5	10	100	0	50	52	0	0	48	1.00
180368--180431	25	2.7	24	88	9	87	51	1	1	45	1.20
183770--183812	21	2.0	21	82	8	52	55	9	4	30	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185941--186021	11	6.5	12	72	27	55	70	0	3	25	1.04
185990--186021	13	2.6	13	90	9	50	75	0	3	21	0.95
187666--187735	36	1.9	36	100	0	140	20	20	20	40	1.92
187561--187840	142	2.0	142	89	0	425	21	20	23	34	1.97
187702--188864	106	11.0	106	95	0	2020	22	18	25	33	1.97
189382--189417	18	2.0	18	88	0	54	41	30	5	22	1.76
189831--189881	22	2.3	22	89	0	84	25	9	27	37	1.87
190492--190572	7	11.6	7	74	8	58	2	14	2	80	0.93
190506--190542	19	1.9	19	88	0	56	0	16	2	81	0.81
190495--190575	20	3.9	20	75	15	65	2	14	3	79	0.98
190522--190566	12	3.8	12	88	8	65	2	17	0	80	0.82
190505--190571	12	5.7	11	82	8	62	1	16	1	80	0.86
191783--191830	7	6.7	7	88	4	51	56	6	14	22	1.61
191787--191825	14	2.8	14	96	0	69	61	2	12	23	1.43
193564--193701	12	10.3	13	72	16	63	73	2	3	20	1.08
193652--193700	17	2.8	18	77	17	50	83	6	0	10	0.80
195333--195364	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
197071--197100	15	1.9	16	93	6	53	63	6	6	23	1.43
199943--199975	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
214254--214295	14	3.0	14	100	0	84	35	0	0	64	0.94
219327--219399	18	3.9	18	84	7	101	27	31	20	20	1.97
219326--219401	38	2.0	38	92	0	125	27	30	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
227668--227880	111	1.9	113	89	3	333	36	18	15	29	1.92
241464--241527	29	2.3	28	81	7	78	35	18	18	26	1.94
242529--242642	60	1.9	60	80	7	133	35	19	18	26	1.95
249245--249290	24	1.9	24	86	8	67	23	13	15	47	1.80
249505--249585	24	3.4	24	100	0	162	43	20	16	19	1.88
252573--252625	27	2.0	27	92	0	88	24	20	18	35	1.95
252703--252740	18	2.1	18	95	0	67	39	10	21	28	1.86
259304--259345	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
259636--259733	31	3.1	31	76	4	90	26	20	9	43	1.81
259903--259942	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2