genome.fa.s8579.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008579.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111513_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  396338

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2482--2528	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
3201--3567	20	18.5	20	86	5	458	20	18	26	34	1.96
5645--5694	25	2.0	27	88	11	79	60	8	8	24	1.52
12471--12557	32	2.8	32	89	1	122	32	18	16	33	1.93
14854--14906	18	2.9	18	81	10	72	37	20	32	9	1.85
14894--14947	23	2.3	24	78	12	58	55	16	16	11	1.68
16845--16879	17	2.1	17	89	5	54	40	0	17	42	1.49
29430--29498	27	2.6	27	97	0	129	30	0	14	55	1.40
31146--31224	34	2.3	36	81	12	96	44	5	2	48	1.38
42679--42728	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
43455--43510	15	3.6	15	76	9	58	42	10	12	33	1.77
43458--43508	17	3.1	17	75	11	52	43	9	9	37	1.71
43679--43731	21	2.5	21	93	0	88	28	28	22	20	1.99
43927--43981	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
43967--44065	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
44060--44099	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
67461--67637	93	1.9	93	91	3	293	23	14	19	43	1.87
69332--69399	28	2.5	27	79	11	86	50	0	0	50	1.00
70269--70317	18	2.7	18	78	6	55	57	4	2	36	1.30
72266--72368	35	2.9	36	89	4	165	41	12	8	36	1.74
77657--77731	29	2.5	29	75	14	71	54	6	8	30	1.55
78325--78366	21	2.0	20	86	4	57	59	2	0	38	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88488--88614	68	1.9	68	94	0	227	29	13	22	33	1.92
112056--112094	17	2.3	17	95	0	69	64	28	0	7	1.21
112111--112270	20	8.1	20	94	0	250	26	26	8	39	1.84
113306--113367	27	2.3	27	97	0	115	54	0	1	43	1.09
122190--122215	12	2.2	12	100	0	52	30	7	0	61	1.24
126836--126902	30	2.2	30	97	0	125	29	11	25	32	1.92
132469--132529	32	1.9	32	82	0	77	40	1	11	45	1.50
135157--135222	10	6.7	10	81	13	75	18	25	27	28	1.98
135226--135267	22	1.9	22	95	0	75	19	47	21	11	1.81
142349--142447	10	10.3	9	77	12	81	16	27	27	29	1.97
142349--142447	29	3.4	29	83	8	121	16	27	27	29	1.97
142349--142445	19	5.0	19	79	13	90	16	25	27	29	1.97
142408--142447	9	4.3	9	84	6	53	15	30	30	25	1.95
142444--142490	22	2.1	22	96	0	85	21	48	21	8	1.76
142466--142503	17	2.2	17	90	0	58	18	42	23	15	1.89
142496--142523	7	4.0	7	100	0	56	14	28	28	28	1.95
145955--145992	19	2.0	20	85	15	53	68	2	5	23	1.23
150778--150895	60	2.0	60	89	3	184	47	18	12	21	1.81
153101--153129	15	1.9	15	100	0	58	20	31	0	48	1.50
153251--153286	18	2.1	18	89	5	56	47	0	5	47	1.25
160111--160271	85	1.9	87	97	2	308	27	32	5	33	1.80
176268--176313	13	3.4	14	70	11	51	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177033--177067	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
177033--177071	12	3.2	12	96	0	69	43	0	5	51	1.24
177359--177418	29	2.1	29	100	0	120	43	10	13	33	1.77
177667--177721	28	2.0	28	100	0	110	40	18	21	20	1.92
179362--179479	62	1.9	63	92	5	204	46	5	5	41	1.52
180811--180844	13	2.6	13	90	0	50	44	0	0	55	0.99
185320--185431	59	1.9	59	85	3	154	50	7	1	41	1.40
185673--185698	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
193866--193890	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
196666--196700	17	2.1	17	89	5	54	25	0	60	14	1.35
198136--198193	2	29.5	2	92	3	100	48	0	1	50	1.11
201456--201521	31	2.1	31	88	0	96	36	13	16	33	1.88
201719--201761	6	6.7	6	87	12	59	67	2	2	27	1.15
202182--202259	30	2.5	31	83	4	104	32	10	16	41	1.82
212682--212763	41	2.0	41	87	0	119	19	13	17	50	1.78
212985--213034	21	2.3	23	86	10	70	46	0	0	54	1.00
212997--213042	10	4.5	10	78	21	51	41	0	0	58	0.98
212968--213030	23	2.6	25	78	19	71	50	0	0	49	1.00
212996--213075	32	2.5	32	80	15	85	46	1	1	51	1.17
213059--213158	27	3.4	29	78	17	93	44	0	3	53	1.16
213083--213121	21	1.9	20	89	5	60	41	0	0	58	0.98
213346--213403	22	2.6	22	76	15	57	50	0	3	46	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213600--213636	15	2.5	15	100	0	74	40	10	8	40	1.70
214493--214599	42	2.7	40	79	12	103	26	7	40	26	1.82
219621--219674	26	2.1	26	92	0	90	33	29	14	22	1.94
219856--219894	16	2.4	16	91	8	62	53	23	0	23	1.46
221443--222453	333	3.0	342	90	4	1655	43	4	8	43	1.56
222523--222598	39	1.9	39	91	2	125	22	6	3	67	1.31
223786--223828	17	2.6	16	80	20	52	34	2	20	41	1.65
223808--223851	23	1.9	23	81	9	54	38	2	15	43	1.60
223897--223938	14	3.0	14	85	0	57	66	16	4	11	1.40
226656--226698	18	2.4	18	88	0	68	20	48	13	16	1.80
227248--227930	343	2.0	339	95	3	1221	34	15	22	27	1.94
230581--230649	15	4.7	15	77	8	61	33	7	18	40	1.78
234058--234131	21	3.5	21	88	5	105	41	16	10	31	1.82
234124--234173	21	2.4	21	86	0	64	40	12	18	30	1.86
234336--234388	23	2.3	23	100	0	106	24	18	15	41	1.89
237085--237128	21	2.1	21	100	0	88	34	11	9	45	1.72
237636--237692	29	2.0	29	83	10	73	54	3	0	42	1.17
254736--255075	139	2.4	139	84	1	421	29	14	14	41	1.85
261104--261137	16	2.1	16	89	10	52	58	17	20	2	1.51
269310--269394	28	2.9	30	78	5	95	22	25	36	15	1.93
269949--269989	22	1.9	22	85	5	57	26	9	7	56	1.58
270513--270985	234	2.0	233	91	4	761	33	9	18	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271728--271810	29	2.8	29	87	1	112	16	38	26	18	1.92
272033--272093	31	2.0	31	83	6	79	21	21	14	42	1.88
273582--273650	31	2.3	31	84	2	86	30	23	10	36	1.88
273597--273657	31	2.0	31	93	0	104	24	24	13	37	1.91
274072--274120	24	2.0	24	92	0	80	26	14	4	55	1.57
274863--274920	27	2.2	27	84	6	75	63	3	1	31	1.21
279742--279789	6	7.8	6	79	4	51	39	0	2	58	1.10
279741--279778	13	3.0	13	84	3	51	36	0	2	60	1.11
284828--285275	224	2.0	224	98	0	860	28	20	19	32	1.97
290459--290559	23	4.4	23	89	0	148	39	25	8	25	1.85
290651--290695	20	2.2	20	92	0	72	57	15	11	15	1.64
290660--290704	20	2.2	20	88	0	72	62	13	11	13	1.55
292003--292066	31	2.1	31	87	0	92	43	18	15	21	1.87
293116--293262	28	5.2	28	87	7	192	53	1	0	44	1.14
293122--293216	9	10.2	9	68	29	58	55	1	1	42	1.13
293200--293262	22	2.9	22	83	11	85	49	1	0	49	1.10
293165--293268	22	4.5	22	71	17	77	52	1	0	45	1.11
293224--293308	31	2.9	31	81	13	99	51	2	2	43	1.27
293223--293495	27	10.2	26	69	15	103	47	4	5	42	1.46
293361--293402	22	2.0	21	90	9	68	50	9	4	35	1.56
293250--293412	79	2.1	79	84	9	208	48	4	5	41	1.46
293389--293496	27	3.9	28	83	9	125	47	4	7	40	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293404--293449	18	2.6	17	79	3	56	41	6	8	43	1.61
293389--293494	31	4.0	26	82	11	101	47	4	7	40	1.53
293463--293531	29	2.4	29	80	11	79	55	0	7	37	1.28
293473--293534	20	3.0	20	75	9	63	54	0	6	38	1.26
293527--293639	20	5.6	20	72	10	86	41	6	7	45	1.56
293537--293574	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
293599--293896	53	5.6	53	76	15	253	43	5	8	41	1.58
293636--293759	2	58.0	2	70	17	63	48	3	6	41	1.45
293754--293896	20	7.8	20	75	18	143	40	6	9	42	1.65
293748--293885	35	3.9	35	81	12	181	41	6	9	42	1.63

Tables:   1   2