genome.fa.s858.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000858.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001663_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  346567

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24138--24164	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
27834--27873	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
29267--29358	3	31.0	3	88	2	141	66	0	2	31	1.04
29612--30461	113	7.5	113	92	1	1233	29	18	14	37	1.91
31283--31836	83	6.7	83	92	3	895	36	22	14	27	1.93
32847--32926	9	9.1	9	75	23	64	0	20	0	80	0.72
32849--32925	30	2.5	31	83	12	106	0	18	0	81	0.68
38184--38795	308	2.0	303	94	4	1088	25	19	15	40	1.90
44476--44515	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
44494--44539	23	2.1	23	84	8	60	43	0	0	56	0.99
45758--45841	3	28.0	3	92	0	141	65	0	2	32	1.05
47122--47186	25	2.6	24	76	11	69	46	3	0	50	1.17
47162--47205	19	2.2	20	88	8	63	47	9	0	43	1.35
47172--47200	14	2.0	15	93	6	51	48	10	0	41	1.37
61462--61774	53	5.9	53	85	2	405	21	27	21	29	1.99
62356--62460	41	2.5	40	77	7	111	29	20	22	26	1.99
62258--62792	213	2.5	215	93	1	918	31	18	14	34	1.91
62569--62675	42	2.6	41	79	5	126	28	21	23	26	1.99
71463--71499	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
74638--74675	19	2.0	19	89	0	58	44	13	13	28	1.81
80841--80906	28	2.4	27	80	7	69	36	22	4	36	1.75
83502--83531	15	2.0	15	93	0	51	66	0	3	30	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83344--83658	159	2.0	156	95	4	571	37	7	23	31	1.84
84719--84759	3	13.7	3	90	10	66	31	0	0	68	0.90
84723--84759	14	2.7	14	95	4	67	32	0	0	67	0.91
84718--84759	17	2.6	16	92	7	75	30	0	0	69	0.89
89496--89565	34	2.1	34	100	0	140	37	11	22	28	1.89
90962--90991	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
94134--94368	105	2.3	102	79	9	244	30	17	9	42	1.82
94181--94373	105	1.9	100	83	9	246	31	17	11	38	1.86
94343--94428	35	2.5	33	81	10	100	34	15	9	40	1.79
94685--94734	26	1.9	26	91	0	82	20	12	16	52	1.75
94764--94887	66	1.9	66	83	6	162	29	16	10	43	1.82
95247--95330	29	2.9	29	96	0	150	29	13	13	44	1.81
96567--96605	18	2.2	18	86	4	53	64	7	25	2	1.33
99172--99267	37	2.6	37	89	0	138	44	14	9	31	1.77
100074--100108	2	18.5	2	88	11	56	45	0	0	54	0.99
100072--100115	14	3.2	14	84	15	65	45	0	0	54	0.99
104502--104565	16	3.8	16	73	26	53	76	9	14	0	1.01
104502--104535	8	4.2	8	89	10	52	76	8	14	0	1.01
104537--104578	21	2.0	21	85	4	57	76	9	14	0	1.02
104777--104849	34	2.2	34	97	2	139	38	21	17	21	1.93
106366--108054	106	16.0	106	90	2	2533	34	24	17	23	1.96
108743--108847	37	2.8	37	86	0	147	40	14	14	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119566--119599	17	2.0	17	100	0	68	23	17	11	47	1.81
129748--129779	16	2.0	16	100	0	64	18	6	12	62	1.50
132087--132246	64	2.5	64	84	4	198	34	19	20	26	1.96
132735--132770	17	2.0	19	89	10	58	44	5	11	38	1.63
132905--132997	30	3.1	30	79	11	100	26	18	21	33	1.96
132923--133008	30	2.8	30	85	1	100	26	18	23	31	1.97
132926--133031	30	3.5	30	81	3	97	24	18	23	33	1.97
136438--136597	64	2.5	64	84	4	198	34	19	20	26	1.96
137083--137118	14	2.4	16	82	17	51	41	5	13	38	1.68
137253--137345	30	3.1	30	79	11	100	26	18	21	33	1.96
137271--137356	30	2.8	30	85	1	100	26	18	24	30	1.98
137274--137379	30	3.5	30	81	3	97	24	18	24	32	1.97
172732--172976	122	2.0	122	100	0	490	43	4	21	31	1.71
173055--173211	64	2.5	64	80	10	178	31	19	19	29	1.96
173963--174180	103	2.1	103	96	0	400	26	13	23	36	1.92
174197--174259	23	2.7	23	90	0	90	20	28	25	25	1.99
179047--179097	19	2.7	19	100	0	102	29	17	25	27	1.98
178997--179162	83	2.0	84	82	10	207	32	18	21	27	1.97
179913--180130	103	2.1	103	96	0	400	26	13	23	36	1.92
180147--180198	23	2.3	23	89	0	77	21	30	25	23	1.99
180159--180209	23	2.2	23	89	0	75	21	29	21	27	1.99
182262--182294	15	2.2	15	100	0	66	12	0	54	33	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184822--184851	15	2.0	15	93	0	51	23	33	10	33	1.88
190019--190059	13	3.2	13	92	0	64	31	2	24	41	1.68
198800--198870	23	3.1	23	72	17	58	52	2	1	43	1.24
205515--205541	3	9.0	3	100	0	54	0	0	33	66	0.92
206723--206751	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
207046--207099	2	27.0	2	92	0	90	50	3	0	46	1.19
215065--215106	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
215108--215146	20	2.0	20	100	0	78	41	15	10	33	1.81
219663--219704	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
219706--219748	20	2.1	21	91	4	70	34	13	13	37	1.85
223066--223094	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
227123--227158	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
228633--228708	35	2.2	35	90	0	116	39	22	1	36	1.63
229103--229350	130	1.9	130	93	0	424	36	14	12	35	1.85
229117--229381	130	2.0	129	82	4	318	39	13	13	33	1.83
229818--229849	16	2.0	17	88	11	50	65	6	3	25	1.31
230690--230802	35	3.2	34	86	5	154	42	22	0	34	1.60
231818--231929	35	3.2	34	85	2	143	35	0	21	41	1.59
241904--241959	22	2.5	22	86	8	78	21	42	16	19	1.89
242355--242407	20	2.7	20	90	0	88	11	18	20	49	1.78
242349--242418	20	3.5	20	82	1	70	15	15	18	50	1.79
245789--245863	3	24.7	3	84	12	100	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245789--245861	27	2.7	27	89	2	119	67	0	0	32	0.91
246087--246397	124	2.5	122	88	2	462	27	18	14	39	1.90
246401--247331	113	8.2	113	95	0	1601	28	20	15	35	1.93
246098--247331	339	3.6	339	89	4	1721	27	20	14	36	1.92
248047--248270	115	2.0	114	92	0	376	30	21	15	32	1.95
249007--249065	20	2.9	19	81	16	66	1	18	0	79	0.81
249008--249062	24	2.3	24	90	0	83	1	18	0	80	0.81
256318--256349	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
259997--260197	109	1.9	108	82	8	257	45	9	7	37	1.65
260283--260315	3	11.0	3	93	0	57	63	0	3	33	1.10
261672--261742	3	23.7	3	88	11	110	67	0	0	32	0.91
261672--261742	27	2.6	27	97	0	133	67	0	0	32	0.91
262676--262769	42	2.2	42	84	3	118	20	37	23	19	1.94
262657--262769	21	5.4	21	76	4	93	20	35	23	21	1.96
264100--264274	67	2.6	66	85	9	237	28	2	16	52	1.56
267180--267207	12	2.3	12	100	0	56	17	0	25	57	1.41
267802--267840	15	2.5	15	83	4	51	66	0	5	28	1.12
267977--268023	18	2.6	18	82	3	58	31	14	23	29	1.95
268037--268090	20	2.7	20	91	0	81	24	16	20	38	1.92
268096--268162	20	3.3	20	95	0	116	20	17	26	34	1.96
268149--268203	20	2.8	19	75	8	65	23	14	34	27	1.94
272390--272422	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275185--275279	49	1.9	49	86	0	136	18	37	29	13	1.90
275273--275311	16	2.4	17	86	4	53	28	43	10	17	1.82
275694--275729	18	1.9	18	88	5	54	50	0	11	38	1.38
279004--279083	2	40.5	2	94	2	144	51	1	0	47	1.08
283267--283427	27	6.3	27	79	12	160	45	33	20	0	1.51
283268--283433	24	6.9	24	88	0	215	46	33	19	0	1.50
283270--283427	3	52.7	3	92	0	145	45	33	20	0	1.52
283309--283427	27	4.5	27	92	6	181	47	33	19	0	1.50
289851--289889	19	2.2	18	86	9	53	58	10	2	28	1.44
292229--292291	21	3.1	21	77	9	67	34	4	15	44	1.68

Tables:   1   2