genome.fa.s8596.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008596.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111545_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  280553

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 128 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6196--6222	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
6211--6269	24	2.3	26	86	11	79	52	0	0	47	1.00
6230--6271	19	2.0	22	86	13	63	52	0	0	47	1.00
6232--6261	16	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
6645--6995	73	4.8	73	93	2	616	38	13	17	31	1.88
6645--6995	145	2.4	146	95	2	634	38	13	17	31	1.88
7037--7359	163	2.0	165	90	1	506	38	13	12	35	1.82
18802--18859	26	2.2	26	96	0	107	36	15	13	34	1.87
19652--19679	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
19650--19729	25	3.3	26	77	16	75	52	0	0	47	1.00
19650--19723	16	4.8	16	73	23	61	54	0	0	45	1.00
19688--19733	22	2.1	22	88	8	67	52	0	0	47	1.00
23062--23153	24	4.0	24	68	18	68	42	2	7	47	1.44
23940--24015	25	3.0	25	100	0	152	44	15	11	27	1.82
24262--24337	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
24734--24979	128	1.9	128	93	0	420	36	15	13	34	1.86
25306--25366	26	2.3	26	82	5	68	45	1	3	49	1.28
28468--28494	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
33613--33731	3	39.7	3	89	0	175	31	2	1	64	1.16
34224--34258	18	1.9	18	100	0	70	80	2	17	0	0.84
35154--35203	24	2.1	23	82	10	57	40	2	0	58	1.10
47670--48403	84	8.8	84	96	2	1342	27	14	20	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49028--49307	113	2.5	113	89	3	449	36	13	20	29	1.91
49214--49381	72	2.3	73	90	2	257	35	13	16	34	1.88
49102--49494	186	2.1	185	87	3	549	35	13	19	31	1.90
49363--49670	116	2.8	114	88	7	447	38	12	19	28	1.89
49976--50061	3	28.7	3	85	9	113	30	1	2	66	1.12
50547--50581	18	1.9	18	100	0	70	80	2	17	0	0.84
54237--54325	42	2.1	41	81	6	99	30	15	20	33	1.94
54256--54335	42	1.9	42	92	0	133	31	16	18	33	1.93
56926--57141	84	2.5	84	82	5	267	22	22	19	34	1.96
56926--57141	43	5.1	43	81	2	251	22	22	19	34	1.96
59871--59953	37	2.3	35	75	16	82	46	12	2	38	1.54
62926--62980	15	3.4	16	75	12	51	29	1	0	69	0.99
78652--78684	12	2.8	12	95	0	57	3	15	0	81	0.80
81392--81422	12	2.6	12	100	0	62	19	9	32	38	1.84
82123--82174	23	2.3	23	93	0	86	38	7	21	32	1.82
82086--82246	87	1.9	86	94	2	263	40	9	14	34	1.80
82401--82439	20	2.1	18	85	9	51	46	17	15	20	1.84
82247--82944	193	3.6	191	80	8	698	31	15	13	39	1.86
86519--86544	12	2.2	12	100	0	52	57	15	0	26	1.38
86886--87366	197	2.4	194	80	6	565	30	16	13	40	1.86
87369--87405	15	2.5	15	90	0	56	40	8	10	40	1.70
87667--87733	11	5.9	11	78	11	73	49	10	5	34	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87662--87731	36	2.0	34	91	5	113	50	10	4	35	1.56
87666--87744	36	2.2	36	83	0	104	50	15	5	29	1.65
88670--88722	6	8.8	6	89	0	61	28	30	1	39	1.67
90185--91525	199	6.8	199	85	5	1701	33	16	11	38	1.84
90185--91525	395	3.4	396	85	6	1697	33	16	11	38	1.84
91788--91836	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
93386--93455	18	4.0	18	88	7	108	2	41	0	55	1.14
93401--93455	16	3.4	16	92	7	85	0	43	0	56	0.99
93608--93650	20	2.2	20	86	0	59	25	46	0	27	1.53
93628--93681	24	2.3	23	78	9	63	24	44	0	31	1.54
93718--93760	20	2.1	21	95	4	79	13	34	11	39	1.82
93845--93876	15	2.1	15	100	0	64	12	62	6	18	1.50
96023--96877	182	4.7	182	86	2	1092	27	17	13	41	1.87
98068--98438	190	1.9	191	97	2	703	29	18	15	36	1.92
111158--111221	29	2.2	29	83	8	76	45	4	14	35	1.65
112320--112399	23	3.5	23	84	0	106	16	22	26	35	1.95
119129--119189	23	2.7	23	84	0	86	16	26	26	31	1.96
120139--120177	21	1.9	20	84	5	51	35	12	15	35	1.86
122192--122522	54	6.2	53	83	6	402	25	19	20	34	1.96
122192--122501	157	2.0	157	86	0	440	26	19	19	34	1.96
126034--126070	15	2.5	15	90	0	56	32	27	21	18	1.97
128610--128927	54	5.9	54	86	3	435	26	17	21	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128610--128927	161	2.0	162	87	5	466	26	17	21	33	1.96
128610--128927	107	3.0	108	87	3	453	26	17	21	33	1.96
129265--129305	19	2.2	19	86	0	55	31	21	12	34	1.91
142294--142387	23	4.0	24	75	14	79	34	25	22	18	1.96
148762--148850	23	3.8	24	77	15	105	33	25	23	16	1.96
160188--160275	46	1.9	46	97	0	167	34	11	11	43	1.77
165528--165560	16	2.1	16	94	0	57	60	24	12	3	1.46
165630--165678	16	3.1	16	84	0	71	53	22	12	12	1.71
166612--166643	14	2.3	14	94	0	55	50	25	15	9	1.74
173504--173836	111	3.0	111	97	0	621	45	10	7	36	1.68
173898--173938	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
174157--174269	50	2.3	50	88	0	163	20	29	34	15	1.94
178324--178466	77	1.9	77	91	2	234	20	10	19	48	1.78
186210--186314	21	4.9	21	76	10	77	42	18	36	2	1.65
186230--186281	12	4.6	12	76	13	56	40	19	38	1	1.63
186210--186292	33	2.5	33	81	11	98	42	16	37	3	1.66
186232--186316	33	2.6	34	78	12	88	43	20	35	1	1.59
186656--186697	22	1.9	22	85	0	57	28	21	16	33	1.95
186735--186943	43	4.9	43	81	1	240	31	24	19	25	1.98
186750--186943	85	2.3	86	81	0	219	33	25	17	24	1.96
188325--188507	43	4.2	44	83	2	194	23	16	26	33	1.96
188354--188636	43	6.6	43	80	4	216	24	14	26	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188351--188636	86	3.3	86	78	3	265	24	15	26	33	1.95
189015--189078	21	3.0	21	84	4	67	6	31	20	42	1.77
189028--189101	21	3.5	20	79	3	76	2	35	20	41	1.66
192442--192471	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
196063--196266	2	112.5	2	65	26	64	38	1	3	55	1.27
196065--196121	27	2.2	26	93	3	96	45	1	3	49	1.29
196065--196293	25	9.3	25	70	21	130	37	1	3	57	1.26
196063--196288	7	32.9	7	71	21	126	37	1	3	57	1.26
196152--196287	12	12.3	11	74	18	95	36	0	2	59	1.18
196074--196240	29	6.2	27	69	20	93	38	0	4	56	1.25
196195--196287	34	2.8	34	78	19	106	33	1	2	63	1.13
196074--196288	13	15.7	13	71	20	131	36	0	4	58	1.24
197450--197569	54	2.2	56	75	14	126	23	6	2	67	1.27
197511--197645	41	3.3	39	78	13	112	19	8	2	69	1.25
201921--202116	2	107.5	2	71	24	105	40	0	3	55	1.21
201919--202165	14	17.0	15	71	20	145	40	0	4	55	1.25
201930--202166	18	12.4	18	69	20	96	39	0	3	55	1.24
202768--202792	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
204875--205007	66	2.0	66	91	2	214	36	12	21	29	1.91
206201--206254	28	1.9	28	85	7	74	53	1	7	37	1.40
207136--207184	14	3.5	14	77	5	55	34	24	16	24	1.95
207187--207224	13	2.9	13	85	14	60	15	21	23	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214926--214997	30	2.4	29	83	6	81	45	15	4	34	1.65
214948--215012	29	2.2	29	83	8	78	47	13	3	35	1.59
216681--216879	54	3.7	55	91	4	334	49	12	13	24	1.76
216670--216879	107	1.9	109	95	1	379	50	11	14	23	1.76
225899--226254	177	2.0	178	99	0	705	39	23	4	32	1.75
228573--228624	21	2.7	20	80	11	63	30	25	23	21	1.99
229204--229341	64	2.2	64	81	11	158	26	17	21	34	1.95
229376--229466	21	4.3	21	97	0	173	27	18	24	29	1.98
234594--234631	16	2.4	16	100	0	76	10	36	15	36	1.82
235485--235556	18	3.8	18	84	10	99	27	30	22	19	1.98

Tables:   1   2