genome.fa.s8606.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008606.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111562_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  365242

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2821--2848	3	9.3	3	100	0	56	0	67	0	32	0.91
19394--20775	472	2.9	471	90	3	2054	26	24	23	25	2.00
22016--22095	42	1.9	42	100	0	160	38	18	13	28	1.89
26960--27013	20	2.7	20	88	8	74	25	16	25	31	1.97
27914--27950	18	2.1	17	90	5	56	45	2	0	51	1.15
31110--31140	7	4.4	7	95	0	53	19	29	9	41	1.83
38634--38685	25	2.1	25	92	0	86	26	15	30	26	1.96
50230--50259	6	5.0	6	100	0	60	16	16	0	66	1.25
51547--51623	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
51500--51623	63	2.0	63	82	6	153	26	29	27	16	1.97
52491--52521	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
52518--52558	5	7.8	5	84	10	55	4	21	53	19	1.63
52511--52559	22	2.2	22	100	0	98	10	22	48	18	1.77
52555--52653	9	10.3	9	77	10	90	29	28	27	15	1.96
52557--52654	19	5.1	19	80	13	101	29	28	25	16	1.97
52580--52654	29	2.5	31	91	8	129	29	28	26	16	1.96
58874--58950	31	2.5	31	82	2	100	28	31	25	14	1.95
58827--58950	63	2.0	63	82	6	153	26	29	27	16	1.97
59839--59878	17	2.4	17	100	0	80	15	22	45	17	1.85
59819--59849	7	4.4	7	100	0	62	25	29	29	16	1.96
59873--59962	10	9.3	9	75	11	72	31	27	25	15	1.96
59878--59942	19	3.4	19	80	14	62	30	29	24	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59905--59963	20	2.9	20	87	9	84	30	25	27	16	1.97
68478--68509	12	2.7	12	100	0	64	31	18	0	50	1.48
80783--80828	21	2.2	21	96	0	83	30	10	4	54	1.55
86928--86953	7	3.7	7	100	0	52	26	0	11	61	1.30
87841--87895	23	2.3	23	87	3	74	14	12	16	56	1.68
93660--93688	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
94478--94542	31	2.0	34	82	8	82	49	3	13	33	1.58
102421--102461	19	2.2	19	100	0	82	41	36	7	14	1.74
109783--109842	31	2.0	31	83	9	79	53	10	6	30	1.60
115064--115092	13	2.2	13	100	0	58	13	20	17	48	1.81
125393--125629	121	2.0	121	96	0	438	32	16	19	32	1.94
129599--129642	3	14.7	3	90	9	72	29	2	0	68	1.02
130023--131371	682	2.0	682	95	0	2405	36	10	13	39	1.80
132080--132144	31	2.2	28	78	21	87	32	0	0	67	0.91
132066--132144	32	2.5	32	89	8	117	35	0	0	64	0.94
141749--141897	75	2.0	75	84	6	196	46	10	15	28	1.78
143544--143932	20	19.5	20	86	4	498	34	26	19	20	1.96
144612--144657	24	2.0	23	87	12	67	26	15	21	36	1.93
147137--147442	19	17.4	19	79	16	367	46	17	21	14	1.83
147165--147442	52	5.2	52	92	5	379	46	16	21	14	1.83
147204--147442	71	3.4	71	84	11	355	46	17	21	14	1.83
147471--147572	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147679--147715	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
149637--149770	19	7.6	19	72	18	92	45	23	18	11	1.83
149692--149748	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
149637--149765	33	3.8	33	87	5	159	46	24	17	11	1.81
149766--149894	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
149766--149857	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
149938--151055	93	12.1	93	99	0	2178	46	18	12	21	1.83
152759--152848	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
152751--152865	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
152758--152870	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
152882--152936	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
152866--152936	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
152877--152958	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
152889--152977	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
153057--153126	33	2.1	33	91	0	113	47	18	22	11	1.81
153308--153362	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
153508--153700	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
153508--153700	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
153756--153807	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
154431--154464	18	1.9	17	88	5	50	55	0	2	41	1.15
157326--157638	160	2.0	160	83	6	402	35	7	7	49	1.58
166486--166642	60	2.6	60	79	13	171	41	5	22	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170923--170988	11	5.9	11	83	3	87	25	22	21	30	1.99
170923--170988	23	3.0	22	82	4	87	25	22	21	30	1.99
170923--170988	34	2.0	33	90	3	105	25	22	21	30	1.99
172899--172942	15	2.9	15	86	6	63	47	25	0	27	1.52
172947--173184	7	33.7	7	68	22	67	44	27	0	26	1.60
172912--173049	57	2.4	57	91	2	215	44	26	1	26	1.63
172956--173203	49	5.0	49	79	4	266	44	27	0	26	1.60
173025--173191	14	11.4	14	70	17	83	45	28	0	25	1.54
173026--173195	21	8.1	21	73	17	122	45	28	0	26	1.54
182724--182770	24	1.9	24	83	12	60	55	4	0	40	1.19
189272--189311	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
189273--189332	10	6.0	10	86	0	57	53	1	0	45	1.10
190120--190148	4	7.5	4	92	7	51	75	0	24	0	0.80
192794--192871	39	2.1	36	84	13	97	51	6	14	28	1.66
197655--197696	22	2.0	21	85	4	57	45	7	0	47	1.30
199286--199321	17	2.2	17	90	5	56	36	2	5	55	1.38
203990--204143	57	2.7	58	86	2	204	26	22	14	36	1.93
207372--207417	22	2.0	23	83	4	58	47	6	0	45	1.28
210772--210886	60	1.9	60	82	7	144	46	3	16	33	1.64
214274--214353	33	2.4	33	80	0	88	20	18	23	37	1.94
216286--216427	74	1.9	74	95	0	257	38	16	12	33	1.86
221277--221315	20	2.0	20	84	0	51	38	30	17	12	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235836--235898	21	3.0	21	100	0	126	42	4	33	19	1.72
241164--241197	2	17.0	2	93	0	59	2	50	0	47	1.16
241870--241903	17	2.0	17	100	0	68	58	17	11	11	1.62
246495--246596	31	3.4	30	72	15	93	33	18	6	41	1.77
246496--246678	60	3.0	60	82	3	217	34	19	5	40	1.74
247221--247253	14	2.4	14	90	10	50	33	21	6	39	1.78
247329--247395	23	3.0	22	80	6	71	26	20	28	23	1.99
247610--247678	30	2.3	30	94	0	120	33	21	4	40	1.73
249350--249699	174	2.0	174	97	0	664	36	16	15	31	1.90
253582--253619	19	2.0	20	89	5	60	36	5	2	55	1.37
253243--253614	180	2.0	180	90	2	573	44	8	3	43	1.51
253985--254136	60	2.5	60	83	6	166	40	4	23	32	1.75
254423--254465	20	2.3	18	84	8	50	41	6	11	39	1.68
270621--270734	41	2.7	43	84	10	180	21	16	27	34	1.95
271378--271450	6	12.5	6	98	1	132	0	16	52	31	1.44
271610--271670	20	3.0	20	69	11	61	34	26	18	21	1.96
278312--278401	44	2.0	44	95	0	162	28	30	2	38	1.69
279600--279629	3	9.7	3	92	7	51	66	0	0	33	0.92
279894--279919	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
283355--283379	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
286237--286273	6	6.0	6	93	6	65	32	0	0	67	0.91
286685--286718	11	3.0	11	87	8	50	32	2	0	64	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
287861--287907	23	2.0	23	100	0	94	42	8	8	40	1.66
288049--288073	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
288218--288297	35	2.3	35	95	0	142	41	27	7	23	1.81
288313--288357	18	2.5	18	81	0	54	22	33	13	31	1.92
296346--296428	23	3.6	23	78	3	103	45	14	13	26	1.81
296346--296438	47	1.9	49	89	6	145	47	16	12	23	1.81
300430--300523	3	31.3	3	95	0	170	68	0	30	1	0.97
307237--307266	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
309367--309572	103	2.0	103	97	0	385	26	10	12	50	1.71
310409--310445	15	2.5	15	100	0	74	48	18	21	10	1.78

Tables:   1   2