genome.fa.s8607.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008607.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111563_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  531970

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4664--4806	69	2.1	69	94	1	252	26	40	19	13	1.88
5055--5138	31	2.8	30	77	10	73	42	8	16	32	1.78
11094--11201	55	2.0	55	90	0	171	43	12	23	21	1.85
11102--11224	55	2.2	55	84	2	149	44	15	21	18	1.86
11882--12032	72	2.1	72	93	0	257	37	13	26	23	1.91
16810--16910	36	2.8	37	84	6	134	37	22	17	21	1.94
16810--16949	73	1.9	73	80	2	165	34	21	18	25	1.96
17306--17549	54	4.5	54	91	0	398	36	20	25	18	1.94
17544--17721	51	3.5	51	90	1	275	32	17	24	26	1.97
22165--22204	20	2.0	21	90	5	64	35	17	12	35	1.88
39491--39519	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
42946--42995	25	2.0	25	84	0	64	42	10	2	46	1.49
50194--50233	21	1.9	22	90	10	66	37	0	7	55	1.29
50534--50582	21	2.3	21	96	0	89	24	42	16	16	1.87
54336--55833	30	49.7	30	81	2	913	19	9	40	30	1.83
54363--55833	60	24.5	60	87	1	1886	19	9	40	30	1.83
60603--60640	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
61497--61565	3	23.0	3	100	0	138	66	0	0	33	0.92
67858--67885	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
72036--72094	29	2.0	29	90	0	91	33	11	13	40	1.81
92584--92793	105	2.0	105	100	0	420	29	23	24	21	1.99
95233--95298	31	2.2	31	81	5	82	31	3	9	56	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104832--104870	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
104985--105010	9	2.9	9	100	0	52	23	7	23	46	1.78
105486--105567	21	4.0	20	71	7	65	31	24	18	25	1.97
105593--105784	20	9.7	20	86	6	275	32	27	19	20	1.97
105680--106150	233	2.0	237	98	1	914	35	26	13	24	1.92
105913--106017	20	5.2	20	84	6	149	33	27	20	19	1.96
105913--106018	41	2.6	40	85	7	151	33	27	19	18	1.96
106392--106447	14	3.7	14	73	17	58	8	23	21	46	1.79
106382--106451	32	2.2	33	92	2	115	10	22	18	48	1.78
106531--106639	19	5.8	19	72	21	95	44	19	23	11	1.84
106531--106605	21	3.7	21	79	10	93	45	18	24	12	1.83
106590--106646	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
106582--106662	33	2.5	33	95	0	144	46	22	22	8	1.78
106679--106734	14	3.7	14	78	17	67	8	25	23	42	1.82
106663--106783	32	3.5	32	83	13	143	12	23	18	45	1.83
106719--106782	21	3.1	21	84	6	96	10	25	15	48	1.77
108669--108797	19	7.3	19	75	17	125	47	28	15	8	1.75
108723--108781	14	3.9	14	74	20	55	49	28	15	6	1.70
108703--108797	33	2.9	33	91	0	154	48	28	15	7	1.72
108669--108797	52	2.5	52	73	16	140	47	28	15	8	1.75
108793--108962	19	9.6	19	74	15	132	11	19	24	45	1.82
108798--108887	31	2.9	31	88	5	137	12	20	22	45	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108827--108946	51	2.2	54	84	8	147	10	19	24	46	1.80
110790--110825	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
110928--111043	19	6.7	18	80	16	122	43	18	25	13	1.86
110928--111043	51	2.2	52	93	6	200	43	18	25	13	1.86
111033--111224	19	10.7	19	75	17	196	14	21	17	46	1.84
111033--111238	53	3.9	52	85	10	258	14	21	17	46	1.84
111090--111257	34	4.8	35	79	13	184	14	20	19	45	1.84
111072--111224	72	2.1	73	92	3	256	14	20	17	47	1.82
113505--113529	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
114442--114665	20	11.2	20	86	1	243	19	17	25	37	1.94
145741--145860	64	1.9	64	94	0	213	43	11	12	32	1.79
145898--146604	200	3.5	200	81	6	754	30	15	14	39	1.87
147305--148443	200	5.8	198	85	6	1427	32	16	13	37	1.88
147876--147916	21	2.0	21	85	4	57	48	12	12	26	1.75
147305--148443	379	2.9	386	84	7	1380	32	16	13	37	1.88
150575--150606	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
151367--151405	17	2.3	17	100	0	78	17	5	20	56	1.60
151422--151985	178	3.0	180	83	7	578	32	16	14	36	1.89
151602--152211	200	3.0	200	89	0	934	32	15	14	36	1.88
152563--152607	19	2.4	19	96	0	81	55	11	2	31	1.47
154452--154488	15	2.4	15	90	4	56	13	35	2	48	1.57
154501--154541	21	2.0	21	95	0	73	17	34	12	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156735--157210	181	2.6	183	89	2	721	27	15	14	42	1.86
157717--157754	2	20.0	2	89	10	62	52	0	0	47	1.00
157750--157785	16	2.3	16	90	4	56	36	0	11	52	1.37
159459--159507	23	2.1	23	88	0	71	36	28	20	14	1.92
164276--164320	21	2.1	21	87	0	63	28	0	24	46	1.53
166270--166384	60	1.9	60	87	3	169	33	10	13	41	1.79
173955--174029	4	18.8	4	100	0	150	50	24	0	25	1.49
175014--175093	42	1.9	42	92	0	133	30	27	17	25	1.97
175014--175157	21	6.9	21	75	7	114	31	22	19	26	1.98
175166--175323	21	7.6	21	80	7	178	22	20	25	31	1.98
176583--176696	60	1.9	59	84	8	151	32	23	4	39	1.75
180861--180913	2	27.0	2	96	3	99	49	0	0	50	1.00
181675--181732	21	2.7	21	75	19	57	56	1	0	41	1.09
185031--185249	110	2.0	110	85	5	300	29	14	10	45	1.78
194654--194731	38	2.2	36	86	13	110	10	21	12	55	1.67
197553--197741	70	2.7	70	95	0	333	25	17	23	33	1.96
201762--201792	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
215157--215258	15	6.9	15	84	2	125	40	6	21	31	1.80
215157--215258	45	2.3	44	87	1	159	40	6	21	31	1.80
215243--215310	20	3.4	20	95	0	127	41	10	14	33	1.80
215476--215579	29	3.5	29	79	19	101	52	1	0	44	1.18
215564--215639	13	5.0	16	68	25	58	50	0	1	48	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215509--215639	30	4.4	30	76	16	112	52	0	0	45	1.11
215591--215650	20	2.9	22	83	9	74	51	0	0	48	1.00
215509--215658	30	5.0	29	73	16	103	51	0	0	47	1.10
215603--215703	22	4.4	22	70	23	66	49	0	2	47	1.16
215839--215953	42	2.7	42	98	0	221	44	20	19	16	1.87
220891--221055	44	3.8	44	91	0	258	26	22	10	40	1.86
244817--244852	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
245323--245374	25	2.1	25	85	0	68	46	3	11	38	1.59
250120--250180	30	2.0	30	100	0	122	37	26	6	29	1.81
250715--250809	48	2.0	48	89	4	147	42	12	8	36	1.73
258010--258051	21	2.0	21	86	9	59	35	11	47	4	1.61
258044--258119	29	2.6	29	91	0	116	21	28	34	15	1.94
258835--259378	271	2.0	271	98	0	1045	26	26	18	28	1.98
267672--267734	32	2.0	32	84	6	83	52	3	1	42	1.27
268867--268907	21	2.0	22	85	9	59	2	12	7	78	1.06
269388--269484	3	32.7	3	83	2	124	64	1	2	31	1.11
269795--270929	113	10.0	113	91	3	1787	29	20	13	37	1.90
271534--271848	52	6.1	52	96	1	564	36	23	15	25	1.94
272989--273067	1	79.0	1	74	0	59	0	13	0	86	0.58
272991--273070	6	13.3	6	80	19	96	0	15	0	85	0.61
272987--273071	29	2.9	28	76	23	93	0	17	0	82	0.67
272989--273067	11	7.3	11	80	11	92	0	13	0	86	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284747--284786	20	2.0	20	90	5	62	2	7	7	82	0.92
285263--285355	3	32.7	3	78	8	97	64	1	3	31	1.16
285964--286016	26	2.0	26	100	0	106	39	18	7	33	1.79
294550--295203	4	163.8	4	91	1	963	47	28	2	21	1.63
298153--298225	31	2.4	31	83	0	101	49	9	1	39	1.44
298235--298283	21	2.4	21	83	10	66	44	2	2	51	1.24
306888--306955	23	3.0	23	86	0	91	20	26	26	26	1.99
307389--307427	2	19.5	2	83	0	51	48	2	0	48	1.15
312991--313033	21	2.0	21	81	0	50	27	30	25	16	1.97
313131--313196	31	2.1	31	100	0	132	30	9	18	42	1.81

Tables:   1   2