genome.fa.s8617.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008617.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111575_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  526994

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3456--3485	15	2.0	15	93	0	51	13	43	26	16	1.85
5683--5730	23	2.1	23	92	0	78	39	8	18	33	1.81
5761--5808	23	2.1	23	84	7	62	37	10	18	33	1.85
5642--5808	87	1.9	86	95	1	298	40	11	14	32	1.83
5827--6320	197	2.5	197	80	8	517	31	16	14	38	1.88
6998--7048	18	2.6	19	90	9	77	5	33	0	60	1.21
7404--7433	15	2.0	15	93	0	51	16	50	13	20	1.78
7721--7776	24	2.4	24	77	14	64	51	8	0	39	1.33
9652--9698	20	2.3	20	78	7	60	14	21	14	48	1.80
9626--10271	182	3.6	182	88	1	902	26	16	13	43	1.84
12308--12338	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
17076--17213	6	23.0	6	88	5	73	25	7	0	67	1.16
17077--17120	9	4.9	9	82	0	52	11	20	0	68	1.20
17076--17123	15	3.2	15	87	0	69	14	18	0	66	1.25
17098--17210	3	37.7	3	87	7	167	29	2	0	68	1.03
17279--17530	79	3.2	80	85	4	316	38	10	21	29	1.86
20059--20281	45	5.5	43	70	22	167	36	9	23	30	1.87
20035--20290	79	3.2	79	89	0	377	37	10	23	28	1.88
24020--24069	20	2.5	21	71	15	52	40	8	20	32	1.81
25533--25750	95	2.2	96	81	7	246	32	20	16	31	1.95
26771--26816	24	1.9	24	100	0	92	41	15	13	30	1.85
28794--28846	17	3.1	17	76	10	54	35	13	9	41	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36728--36780	17	3.1	17	83	0	61	37	13	7	41	1.72
41889--41957	28	2.5	28	97	0	129	23	14	10	52	1.72
46287--46341	19	2.9	18	83	5	65	27	25	16	30	1.96
49759--49898	55	2.5	54	82	4	163	30	17	25	26	1.97
50481--50524	20	2.2	21	88	8	65	59	20	0	20	1.39
55181--55308	64	2.0	64	98	1	249	35	23	9	32	1.87
56387--56429	21	2.0	21	86	4	59	34	9	6	48	1.62
59419--59487	34	2.0	34	86	10	97	33	14	14	37	1.87
62366--62399	17	2.1	17	88	5	52	20	2	0	76	0.92
68779--68803	13	1.9	13	100	0	50	16	4	0	80	0.87
70899--70971	2	36.5	2	100	0	146	49	0	0	50	1.00
72083--72115	14	2.4	14	100	0	66	6	18	27	48	1.71
72083--72124	14	3.0	14	92	0	57	9	14	23	52	1.71
73224--73276	26	2.0	26	85	7	72	15	11	13	60	1.59
73210--73274	16	4.1	16	85	0	85	12	12	15	60	1.60
73283--73363	31	2.6	31	98	0	153	45	17	13	23	1.84
77055--77095	3	14.0	3	89	5	66	63	0	0	36	0.95
84833--84930	42	2.3	42	78	0	106	36	16	20	26	1.93
85428--85479	27	1.9	27	88	0	77	44	13	17	25	1.85
90119--90145	7	3.9	7	100	0	54	40	0	14	44	1.46
96409--96450	21	2.0	21	85	0	57	47	19	33	0	1.49
99565--99598	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101175--101209	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
109993--110248	135	1.9	134	90	0	404	34	14	7	44	1.72
111707--111790	42	2.0	42	97	0	159	36	29	4	28	1.78
112565--112628	25	2.6	25	90	2	94	39	0	9	51	1.34
113313--113364	20	2.7	20	81	3	70	25	26	25	23	2.00
113617--113663	22	2.1	22	84	11	60	21	0	2	76	0.89
114237--114268	3	11.0	3	93	6	57	65	0	0	34	0.93
114241--114284	9	4.9	10	89	10	53	70	0	0	29	0.88
117190--117230	3	13.7	3	94	0	73	65	0	0	34	0.93
118325--118438	2	56.5	2	73	11	72	39	2	4	53	1.35
118327--118438	50	2.2	50	85	4	145	39	2	4	53	1.35
118577--118610	15	2.3	15	94	0	59	17	11	23	47	1.81
121430--121507	32	2.5	31	79	6	84	21	29	24	24	1.99
121789--121826	16	2.4	16	95	0	67	23	21	13	42	1.88
121991--122039	3	16.3	3	82	0	62	30	0	4	65	1.11
123536--123654	62	2.0	62	81	8	147	16	9	12	61	1.56
124100--124435	131	2.6	129	81	4	381	31	11	16	40	1.84
138403--138512	31	3.5	31	89	0	157	39	19	19	22	1.93
141495--141526	3	10.7	3	93	0	55	0	31	0	68	0.90
148378--148416	20	1.9	21	89	5	62	46	20	15	17	1.84
148345--149214	182	4.8	182	83	2	933	45	12	13	27	1.81
148685--149713	530	1.9	526	87	2	1501	44	12	14	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149216--149713	182	2.7	182	89	1	768	44	12	15	27	1.83
150102--150165	19	3.4	19	95	2	112	43	0	20	35	1.52
150416--150454	18	2.2	18	86	9	53	46	5	7	41	1.55
150659--150914	128	2.0	128	97	0	485	50	8	16	25	1.72
152275--152313	18	2.2	18	95	0	69	53	0	41	5	1.23
153782--153825	19	2.3	19	92	0	70	29	2	11	56	1.46
154170--155609	199	7.3	199	91	3	2239	42	15	14	27	1.86
157529--158201	198	3.4	195	81	6	703	40	14	14	30	1.86
158213--158294	23	3.6	23	88	0	119	34	17	8	40	1.80
159036--159080	22	2.0	22	83	8	56	57	6	13	22	1.59
161229--161318	18	4.8	19	67	18	55	63	3	0	33	1.11
163536--163588	24	2.4	22	81	9	63	30	1	7	60	1.35
170131--170219	37	2.4	37	75	5	90	30	19	11	39	1.86
170335--170527	37	5.5	37	75	9	188	31	13	8	46	1.73
170153--170517	103	3.6	103	92	3	612	30	14	9	45	1.77
170459--170549	37	2.5	37	79	0	110	26	20	13	39	1.89
170745--170923	74	2.4	74	82	6	200	32	19	8	39	1.82
170996--171243	52	4.6	52	76	5	210	30	10	18	40	1.85
172254--172645	102	3.7	105	88	2	558	39	16	19	24	1.92
172579--172638	17	3.2	19	66	20	54	46	6	25	21	1.75
172585--172646	20	3.3	19	74	21	67	40	9	22	27	1.85
172582--172930	136	2.5	136	93	3	574	35	16	21	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172721--172782	20	3.3	19	67	15	56	41	12	20	24	1.87
174403--174458	27	2.0	28	82	3	69	30	1	3	64	1.21
176573--176627	20	2.7	21	86	5	78	36	14	20	29	1.92
189349--189418	20	3.5	20	98	0	131	31	20	18	30	1.96
189483--189878	198	2.0	197	96	2	724	37	14	9	39	1.77
194995--195047	21	2.4	23	84	12	76	28	28	16	26	1.97
198077--198111	18	1.9	18	88	0	52	25	31	20	22	1.98
200324--200411	14	6.3	14	72	15	56	39	23	0	36	1.55
200360--200411	14	3.7	14	78	0	59	40	25	0	34	1.56
200572--200609	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
200609--200639	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
203291--203357	3	22.7	3	84	3	91	68	0	2	28	1.04
204713--204769	25	2.3	26	78	9	64	54	5	3	36	1.40
208809--208833	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
208851--209140	118	2.4	116	84	8	364	23	13	16	46	1.82
208930--209165	118	2.0	118	85	4	325	23	14	14	47	1.82
209176--209369	32	5.8	33	76	12	173	27	15	3	53	1.59
209204--209356	70	2.1	74	84	8	199	28	16	3	51	1.60
209234--209317	40	2.2	38	82	4	105	29	16	3	50	1.62
210022--210056	5	6.8	5	90	3	52	14	0	2	82	0.77
213574--213655	39	2.1	39	93	0	137	29	25	29	15	1.96
213574--213669	39	2.4	38	83	6	129	29	23	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215979--216100	64	1.9	64	81	3	147	30	24	11	33	1.91
218652--218775	64	1.9	64	81	4	151	33	20	12	33	1.91
240190--240268	21	3.7	21	75	18	81	30	17	16	35	1.92
240730--240766	19	1.9	19	89	10	58	24	8	5	62	1.44
241333--241374	15	2.8	15	100	0	84	33	0	26	40	1.56
244449--244476	13	2.2	13	100	0	56	25	7	32	35	1.83
245704--245735	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
252443--253447	21	48.3	20	72	14	566	36	23	19	21	1.95
252443--252908	42	11.2	42	92	3	780	37	23	18	20	1.94
252505--253447	394	2.4	394	93	1	1597	35	23	19	21	1.96

Tables:   1   2