genome.fa.s8648.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008648.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111635_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  367859

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14--678	84	8.1	83	77	5	609	30	24	20	24	1.99
14--662	165	3.9	164	87	2	805	30	24	20	24	1.99
26--681	249	2.7	244	80	5	660	30	23	20	24	1.99
14--678	329	2.0	327	84	2	848	30	24	20	24	1.99
246--741	249	2.0	249	82	3	613	31	23	20	24	1.98
2300--2331	5	6.2	5	96	3	55	21	0	0	78	0.76
2289--2346	30	1.9	30	86	6	82	18	3	0	77	0.91
2300--2346	15	3.1	16	81	12	62	19	2	0	78	0.85
2399--2446	14	3.4	14	86	13	55	16	6	0	77	0.97
2376--2447	23	3.1	23	82	13	85	20	5	0	73	1.03
2379--2443	31	2.0	33	85	11	91	18	6	0	75	1.00
2376--2440	17	4.1	16	74	20	64	20	4	0	75	0.98
2463--2511	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
2557--2613	22	2.6	21	77	22	64	22	3	1	71	1.10
2625--2667	10	4.3	9	78	21	50	16	2	0	81	0.79
2733--2828	5	19.0	5	77	14	90	18	5	1	75	1.05
2735--2828	14	6.6	14	73	17	86	18	5	1	75	1.05
3969--4016	18	2.8	18	81	6	55	37	0	6	56	1.25
5147--5184	17	2.2	17	86	9	51	34	0	2	63	1.09
5230--5291	18	3.5	17	78	6	61	24	8	0	67	1.17
17176--17741	105	5.4	105	95	0	970	33	26	18	21	1.96
19513--19574	18	3.5	17	80	6	61	24	9	0	66	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21232--21275	15	2.9	15	80	19	56	38	0	0	61	0.96
25814--25934	52	2.4	51	84	2	154	39	6	15	38	1.74
30212--30436	95	2.4	94	86	3	299	35	13	23	27	1.93
31080--31403	68	4.8	68	95	0	558	32	16	25	26	1.96
31353--31627	81	3.4	81	86	1	354	37	12	21	28	1.90
31353--31674	162	2.0	161	80	3	360	38	11	20	29	1.87
31356--31674	81	4.0	81	83	3	259	39	10	20	29	1.86
31728--31758	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
31824--32126	46	6.6	46	92	0	480	43	9	23	23	1.83
31964--32051	12	7.3	12	65	27	53	40	11	26	21	1.87
31964--32091	26	5.4	25	69	21	105	40	10	25	22	1.87
35151--35199	17	2.9	16	82	8	53	26	4	0	69	1.06
35326--35467	31	4.7	31	70	15	93	25	3	2	69	1.16
35304--35473	79	2.1	82	81	14	192	25	3	2	68	1.17
35391--35473	36	2.3	36	84	10	100	24	3	4	67	1.26
40186--40240	21	2.6	21	80	8	67	25	7	40	27	1.82
40635--40674	20	2.1	19	85	4	53	40	12	12	35	1.81
45489--45563	32	2.3	32	100	0	150	53	5	5	36	1.47
45547--45590	2	22.5	2	90	4	72	47	0	2	50	1.13
46066--46136	33	2.2	33	100	0	142	32	22	21	23	1.98
48211--48242	16	2.1	15	94	5	55	18	15	0	65	1.27
48571--48610	21	1.9	21	89	0	62	20	12	7	60	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50217--50283	21	3.2	21	86	0	98	29	23	8	37	1.86
50217--50300	42	2.1	42	84	6	111	27	26	7	39	1.82
50272--50306	18	2.0	18	88	5	54	20	34	0	45	1.51
57493--57531	20	2.0	20	94	0	69	35	20	7	35	1.81
58401--58489	3	29.7	3	88	0	133	31	3	1	64	1.17
59818--59864	20	2.3	21	75	10	53	25	4	8	61	1.43
59908--59953	25	2.0	24	83	12	60	43	0	0	56	0.99
60604--60652	18	2.8	18	78	9	57	24	0	2	73	0.94
60643--60679	15	2.7	15	88	12	53	24	5	8	62	1.44
71277--71329	20	2.7	19	77	16	54	75	0	18	5	0.99
72363--73492	83	13.6	83	94	0	1759	28	13	21	36	1.92
74182--74822	114	5.6	114	97	0	1158	38	12	18	29	1.89
75129--75212	3	28.7	3	90	4	136	32	1	1	65	1.08
76539--76585	20	2.3	21	75	10	53	25	4	8	61	1.43
82583--82643	23	2.7	23	89	5	88	37	24	9	27	1.87
82591--82643	23	2.3	23	96	0	97	35	26	9	28	1.87
82918--82979	19	3.1	21	74	19	62	45	12	17	24	1.84
83268--83309	18	2.3	18	87	0	66	61	21	0	16	1.34
85341--85382	22	1.9	22	100	0	84	30	26	19	23	1.98
85613--85656	19	2.3	19	84	7	54	50	13	4	31	1.62
87914--87960	18	2.6	18	100	0	94	38	21	17	23	1.93
88787--88811	13	1.9	13	100	0	50	40	28	0	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95559--95846	145	2.0	145	100	0	576	35	16	9	38	1.82
97842--97916	30	2.6	29	76	4	80	60	6	13	20	1.55
98611--98700	46	2.0	46	93	0	153	31	32	12	24	1.92
98847--98881	18	1.9	18	100	0	70	22	22	34	20	1.97
99080--99126	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
99575--100293	124	5.8	124	87	1	953	24	15	24	35	1.94
100252--100428	65	2.8	63	84	7	225	28	15	20	35	1.94
102200--102248	18	2.6	19	90	3	73	32	20	12	34	1.90
102290--102349	32	1.9	31	89	3	93	1	10	6	81	0.93
102278--102346	10	6.5	10	77	9	57	1	13	7	78	1.02
102290--102371	41	2.0	42	82	2	103	3	13	6	76	1.10
105388--105414	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
111597--111662	31	2.1	31	91	0	105	34	13	28	22	1.92
118143--118233	47	1.9	47	97	0	173	39	16	14	29	1.88
125480--125517	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
125782--125825	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
126013--126106	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
126033--126110	41	1.9	41	86	0	111	21	16	21	39	1.92
125993--126107	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
126033--126150	41	2.9	41	78	5	105	20	19	20	39	1.92
126096--126167	20	3.5	20	88	1	99	18	23	18	40	1.91
133920--133965	9	5.1	9	86	0	56	0	13	34	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133920--133965	18	2.6	18	92	0	74	0	13	34	52	1.40
134003--134057	15	3.7	15	75	0	56	5	18	36	40	1.74
139755--139824	30	2.2	32	90	5	108	57	5	2	34	1.37
148816--148874	20	3.0	20	94	0	100	30	33	15	20	1.93
151118--151163	21	2.3	21	85	7	60	50	8	13	28	1.70
156446--156489	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
157555--157593	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
157613--157700	45	1.9	46	86	2	124	28	22	20	28	1.99
162209--162261	22	2.4	22	93	0	88	43	7	15	33	1.74
163590--163675	41	2.1	41	82	0	100	31	20	18	29	1.97
163612--163697	41	2.1	41	84	0	109	27	20	18	32	1.96
163720--163833	42	2.7	42	84	0	147	21	14	19	43	1.87
163736--163847	42	2.7	42	80	2	118	25	16	18	39	1.91
175187--175254	23	3.0	23	82	0	91	19	26	25	29	1.98
180324--180493	84	2.0	85	98	1	333	21	29	22	27	1.99
185736--185760	13	1.9	13	100	0	50	16	48	16	20	1.82
188514--188849	43	7.8	43	91	1	505	16	26	24	32	1.96
190628--190658	15	2.1	15	100	0	62	32	6	6	54	1.51
193746--193789	18	2.4	18	96	0	79	27	25	15	31	1.96
201968--201995	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
202971--202995	12	2.1	12	100	0	50	48	0	8	44	1.32
206244--206293	25	2.0	25	100	0	100	28	20	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208624--208650	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
214392--214893	231	2.2	232	91	0	790	51	10	9	28	1.67
214444--214891	110	4.0	110	82	7	574	52	10	8	28	1.65
215983--216035	19	2.8	19	97	0	97	50	18	16	13	1.77
216023--216119	21	4.7	21	70	8	65	31	26	18	22	1.97
216126--216358	20	11.6	20	75	13	194	37	25	18	18	1.94
216126--216337	41	5.2	41	91	1	338	38	25	18	18	1.93
216369--216414	20	2.3	20	84	0	56	32	26	10	30	1.90
217213--217267	24	2.3	24	84	3	76	23	18	16	41	1.89
219680--219773	20	4.7	20	85	2	127	35	23	21	20	1.96

Tables:   1   2