genome.fa.s8648.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008648.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111635_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  367859

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 216 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219680--219773	40	2.3	40	90	3	154	35	23	21	20	1.96
219778--219861	19	4.4	19	100	0	168	47	16	20	15	1.82
220112--220205	40	2.3	40	85	3	127	35	22	21	21	1.96
220210--220350	19	7.4	19	100	0	282	47	16	20	15	1.82
219586--220372	432	1.8	428	89	5	1195	37	17	18	26	1.93
222386--222452	20	3.3	20	87	0	89	40	20	17	20	1.92
222496--222568	19	3.8	19	83	0	83	13	17	17	50	1.78
222487--222568	38	2.2	38	81	0	92	15	17	18	48	1.81
222585--222629	21	2.1	21	83	0	54	13	17	20	48	1.80
222686--223159	94	5.1	94	93	1	772	47	17	12	22	1.80
224854--224895	20	2.2	19	91	4	66	40	19	19	21	1.92
224881--224930	19	2.6	19	80	0	64	46	22	18	14	1.84
224937--225014	20	3.8	20	83	6	88	10	19	17	52	1.73
225552--225677	20	6.2	20	75	6	110	20	18	24	36	1.95
225553--225678	41	3.1	41	85	4	148	19	18	24	37	1.94
225551--225677	61	2.1	61	92	0	209	20	18	25	36	1.95
225625--225698	20	3.7	20	76	7	78	16	17	22	43	1.88
225551--225698	61	2.4	61	88	0	197	19	17	24	38	1.93
225728--225836	40	2.7	40	91	1	137	18	17	28	35	1.93
225752--225820	20	3.5	20	76	7	86	17	15	31	34	1.92
225769--225836	20	3.4	20	76	8	84	16	16	32	35	1.91
225743--225838	40	2.4	40	96	0	174	17	16	30	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234731--235179	229	2.0	227	94	2	785	44	8	7	39	1.62
235249--235287	20	2.0	20	100	0	78	56	12	15	15	1.68
235409--235455	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
237757--237822	33	2.0	33	87	0	96	28	0	45	25	1.54
239612--239655	19	2.4	19	92	3	72	31	2	9	56	1.43
239738--241536	199	9.1	199	94	3	3153	37	15	15	32	1.88
242994--243061	21	3.4	18	69	21	55	36	8	35	19	1.83
242994--243091	6	16.3	6	80	0	70	36	7	34	21	1.81
243009--243095	3	29.0	3	77	0	84	35	5	34	24	1.79
242997--243087	42	2.2	42	91	0	146	35	7	35	21	1.83
242994--243091	18	5.4	18	78	0	88	36	7	34	21	1.81
244563--245234	184	3.7	184	97	0	1263	35	14	15	34	1.89
247793--247856	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
247793--247865	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
248221--248283	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
248221--248293	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
247694--248711	428	2.4	428	98	1	1961	40	8	13	38	1.74
248649--248713	23	2.8	23	90	0	94	35	7	18	38	1.80
248917--248953	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
248909--248955	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
250370--250412	18	2.4	18	96	0	77	41	27	0	30	1.56
252725--252752	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253721--253796	37	2.1	37	100	0	152	21	26	25	27	1.99
255659--255692	3	11.3	3	100	0	68	64	0	35	0	0.94
257383--257409	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
263713--263789	30	2.6	30	82	0	91	28	9	23	38	1.85
263721--263789	15	4.6	15	76	5	68	28	10	21	39	1.86
263907--263971	24	2.7	25	86	9	91	26	21	18	33	1.96
263963--264016	25	2.2	24	84	9	74	25	18	22	33	1.97
270723--270802	21	3.8	21	80	9	99	38	20	12	28	1.89
270723--270804	43	1.9	43	89	0	128	37	21	12	28	1.90
270671--270815	21	6.8	21	73	4	92	34	23	15	26	1.94
272644--273802	583	2.0	583	88	0	1746	32	15	23	28	1.95
278201--278277	15	5.1	15	75	0	82	25	9	24	40	1.85
278198--278277	30	2.7	30	84	0	97	27	8	23	40	1.84
278382--278445	24	2.6	24	78	7	67	23	23	18	34	1.96
278382--278446	25	2.6	26	76	13	66	23	23	18	35	1.96
281269--281354	39	2.2	39	100	0	172	30	6	29	33	1.84
281658--281692	17	2.1	17	89	5	54	31	2	5	60	1.35
291646--291741	44	2.2	42	81	7	113	31	26	19	22	1.98
293963--294010	13	3.7	13	81	10	62	27	18	16	37	1.92
298731--298793	28	2.2	28	97	0	117	34	19	6	39	1.77
299020--299068	19	2.7	17	82	14	62	26	26	18	28	1.98
299031--299068	19	2.0	19	94	0	67	23	26	18	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305689--305713	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
305870--305908	13	3.0	13	84	0	60	30	17	23	28	1.97
312644--312766	64	1.9	63	85	1	165	34	17	21	26	1.95
313689--313870	31	5.9	31	92	0	283	22	17	20	39	1.93
316348--316404	30	1.9	30	96	0	105	24	17	36	21	1.94
322389--322460	36	2.0	36	94	0	126	36	9	19	34	1.85
327020--327069	23	2.0	25	81	11	59	56	6	4	34	1.43
333033--333095	4	15.8	4	83	0	81	52	22	6	19	1.68
339688--339713	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
340901--340972	36	2.0	36	97	0	135	40	13	13	31	1.85
348239--348279	3	14.0	3	89	5	66	65	0	0	34	0.93
348239--348276	20	1.9	20	94	0	67	65	0	0	34	0.93
348597--348772	83	2.1	83	89	2	264	23	19	33	23	1.97
348628--348782	40	3.8	39	75	9	141	24	19	32	23	1.97
349016--349229	91	2.3	93	83	4	263	44	14	11	28	1.81
349173--349287	29	3.8	30	80	10	126	45	13	11	29	1.79
349258--349488	66	3.5	66	77	7	229	40	13	12	33	1.82
349299--349489	64	3.0	63	81	8	206	42	14	10	31	1.80
349453--349525	36	2.0	36	89	5	112	39	12	9	38	1.76
349403--349582	99	1.8	100	84	6	249	44	13	11	30	1.80
349650--349787	36	3.8	36	83	3	163	34	13	17	34	1.89
349755--350071	107	3.0	105	82	8	412	42	10	15	31	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
349759--350075	105	3.0	105	81	8	408	42	10	15	31	1.82
357354--357404	3	17.0	3	88	8	77	64	0	0	35	0.94
357355--357406	16	3.2	16	84	13	70	65	0	0	34	0.93
357669--357711	17	2.5	17	80	3	50	62	2	2	32	1.20
357669--357726	15	3.5	15	74	19	53	62	1	1	34	1.16
361748--361795	19	2.5	20	89	3	71	33	14	4	47	1.63
365277--365655	130	2.8	134	82	6	448	24	17	30	27	1.97
366547--366599	23	2.4	22	79	17	56	9	13	0	77	0.99

Tables:   1   2

The End!