genome.fa.s8651.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008651.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111641_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  314694

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14443--14485	17	2.5	17	96	0	77	34	37	2	25	1.69
15957--16114	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
16081--16274	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
16081--16274	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
16655--16725	33	2.2	33	89	0	106	11	23	16	47	1.79
16805--16910	21	5.6	20	70	16	91	45	18	25	10	1.81
16803--16881	21	3.8	21	79	12	92	45	16	26	11	1.81
16798--16914	41	3.1	38	79	14	136	46	17	26	10	1.80
16868--16921	14	3.5	14	73	22	54	42	24	25	7	1.80
16857--16926	33	2.1	33	97	0	131	47	20	25	7	1.75
16863--16937	33	2.3	33	92	0	123	46	24	22	6	1.75
16933--17030	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
16955--17044	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
16938--17052	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
18744--19217	93	5.1	93	99	0	930	22	12	18	45	1.83
19261--19389	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
19297--19389	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
19261--19389	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
19385--19519	19	7.6	19	78	16	146	10	19	23	46	1.80
19407--19463	14	3.7	14	79	20	69	8	21	22	47	1.78
19390--19482	33	2.8	33	100	0	186	9	20	21	48	1.78
21411--21446	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21553--21650	19	5.4	19	84	13	143	45	17	22	14	1.84
21553--21669	53	2.2	53	98	1	227	44	17	23	13	1.85
24182--24228	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
24909--25158	20	12.5	20	87	1	268	19	18	24	37	1.94
25145--25227	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
25125--25223	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
37806--37844	19	2.1	19	90	0	60	38	7	7	46	1.61
38000--38276	77	3.7	75	77	9	253	37	16	8	38	1.79
39033--39096	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
39770--39935	64	2.6	64	83	7	203	25	19	19	36	1.95
40737--40976	77	3.1	77	78	8	263	34	21	9	34	1.86
52071--52139	35	2.0	35	97	0	129	42	2	23	31	1.69
53430--53491	30	2.0	30	84	3	79	30	8	17	43	1.78
70209--70283	37	2.0	37	94	0	132	33	30	8	28	1.86
71184--71233	24	2.1	24	92	0	82	30	38	2	30	1.69
74051--74100	24	2.1	24	88	0	73	30	36	2	32	1.69
76754--76801	14	3.4	14	78	21	64	60	22	4	12	1.49
76754--76817	28	2.3	28	100	0	128	60	21	4	12	1.50
80071--80104	17	2.1	17	94	5	61	29	0	5	64	1.17
85775--85956	89	2.0	90	98	1	357	36	28	15	19	1.92
96969--97189	64	3.5	64	82	8	231	32	20	18	28	1.96
97934--98051	32	3.7	31	73	11	123	33	16	16	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97934--98077	31	4.6	31	75	10	123	34	17	17	31	1.93
97914--98070	63	2.5	63	92	0	260	34	16	17	31	1.93
99586--99629	22	2.0	21	82	4	52	75	2	6	15	1.12
101028--101070	10	4.7	10	78	21	58	9	11	20	58	1.61
101034--101066	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
106608--106659	14	3.8	14	85	10	63	48	21	0	30	1.51
106585--106645	7	8.9	7	81	15	74	44	26	0	29	1.55
108925--108965	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
110948--110977	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
111049--111079	16	1.9	16	93	0	53	38	32	9	19	1.84
111817--111855	21	1.9	21	89	5	62	48	2	0	48	1.15
125647--125692	23	2.0	22	91	4	74	50	4	2	43	1.34
125647--125691	22	2.0	22	87	8	65	51	4	2	42	1.34
129198--129237	2	20.0	2	89	0	62	50	0	5	45	1.23
136582--136654	22	3.3	22	90	0	101	23	43	12	20	1.85
136944--136985	20	2.2	20	95	4	77	9	19	19	52	1.72
136949--136992	20	2.2	20	91	0	70	11	18	20	50	1.77
138975--139080	21	5.0	21	69	17	67	24	34	16	24	1.95
138965--139096	42	3.2	42	81	3	151	24	35	18	21	1.95
139023--139093	21	3.4	20	75	7	70	22	36	21	19	1.95
140250--140398	64	2.3	64	94	0	253	28	2	17	51	1.56
140491--140597	20	5.3	20	83	0	70	33	23	22	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143126--143179	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
143126--143193	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
144114--144262	20	7.4	20	70	18	94	32	12	24	30	1.93
144114--144267	40	3.8	40	79	10	179	31	12	24	30	1.93
144114--144265	81	1.9	80	83	6	200	31	13	24	30	1.93
148136--148168	16	2.1	16	100	0	66	36	0	18	45	1.49
180088--180154	33	2.0	33	94	0	116	25	13	7	53	1.65
183368--183394	13	2.1	13	100	0	54	29	29	18	22	1.97
187239--187286	2	24.5	2	83	12	64	50	2	0	47	1.12
188706--188730	12	2.1	12	100	0	50	16	24	16	44	1.86
191773--191818	12	3.8	12	85	0	65	8	34	2	54	1.43
194320--194349	2	15.0	2	92	0	51	50	3	46	0	1.18
194311--194348	10	3.8	10	92	0	58	52	5	42	0	1.24
199966--200099	73	1.9	70	85	4	187	26	11	11	50	1.73
203202--203263	25	2.4	26	84	10	83	64	9	4	20	1.42
205025--205052	13	2.2	13	100	0	56	75	0	0	25	0.81
208952--209026	23	3.2	23	75	1	78	37	13	17	32	1.88
209040--209089	25	2.0	25	84	7	66	62	12	6	20	1.50
220497--220560	20	3.2	20	86	2	94	31	3	34	31	1.73
221614--221657	22	1.9	24	86	9	65	59	0	4	36	1.18
222078--222122	24	1.9	23	86	4	63	28	6	0	64	1.19
222096--222193	43	2.2	45	78	8	103	26	9	9	55	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222279--222390	43	2.6	42	80	6	127	26	19	3	50	1.64
224431--224465	18	1.9	18	88	0	52	28	0	2	68	1.04
231359--231402	20	2.2	20	84	8	54	31	4	4	59	1.38
233919--233954	14	2.6	14	90	0	54	41	11	5	41	1.64
234065--234116	27	1.9	27	88	7	79	46	0	0	53	1.00
234085--234123	20	2.0	20	85	14	55	43	0	0	56	0.99
234085--234123	19	2.0	19	85	14	53	43	0	0	56	0.99
234098--234177	28	2.7	29	81	12	90	48	0	2	48	1.14
234098--234178	32	2.7	29	83	11	92	49	0	2	48	1.14
234218--234290	23	3.1	23	74	2	65	42	1	2	53	1.23
234448--234494	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
234456--234499	22	2.0	22	82	8	54	54	0	2	43	1.12
239429--239493	19	3.4	19	80	0	67	32	18	6	43	1.75
245296--245328	17	1.9	17	100	0	66	18	15	30	36	1.91
245482--245565	39	2.2	38	83	12	100	30	13	23	32	1.93
246791--246838	25	2.0	24	84	11	64	29	0	8	62	1.24
250360--250401	22	1.9	22	85	0	57	45	4	7	42	1.52
250388--250620	126	1.8	125	82	11	294	50	7	9	32	1.63
250585--250628	21	2.0	23	82	13	56	56	4	2	36	1.32
251913--252278	182	2.0	183	99	0	725	24	19	14	41	1.89
257865--257931	19	3.4	19	70	11	62	43	1	2	52	1.25
257872--257938	22	3.2	22	68	12	68	46	1	4	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258551--258582	16	2.1	16	94	5	57	28	25	6	40	1.79
276324--276399	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
280878--280907	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
281330--281405	36	2.1	36	97	0	143	43	14	10	31	1.79
287693--287740	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
288499--288561	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
288966--289052	39	2.2	39	95	0	156	17	13	20	48	1.81
289309--289345	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
289734--289784	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
290053--290104	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62

Tables:   1   2