genome.fa.s8658.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008658.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111653_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  445414

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8815--8865	23	2.3	23	83	13	70	74	3	0	21	0.98
8827--8866	14	3.0	13	83	16	55	77	2	0	20	0.88
8828--8893	22	2.8	23	79	11	62	72	6	4	16	1.21
10428--10486	21	2.6	22	78	10	66	16	0	30	52	1.44
10671--11521	59	14.4	59	87	1	1159	26	15	28	29	1.96
10671--11521	178	4.8	177	87	1	1186	26	15	28	29	1.96
12542--12592	12	4.2	12	80	7	59	1	15	0	82	0.76
12547--12592	11	4.0	11	86	8	65	2	13	0	84	0.71
12542--12591	10	4.0	13	78	21	54	2	16	0	82	0.77
12545--12591	22	2.0	24	92	8	80	2	14	0	82	0.75
12543--12585	21	2.1	20	91	4	68	0	13	0	86	0.58
16968--17004	19	1.9	19	100	0	74	10	18	27	43	1.83
20485--20547	31	2.0	31	100	0	126	22	3	38	36	1.70
27515--27637	31	4.0	31	95	0	219	22	6	34	36	1.80
28336--28397	31	2.0	32	84	9	83	32	8	25	33	1.85
30793--30841	23	2.2	23	96	3	91	14	0	34	51	1.43
31453--31496	12	3.6	12	81	6	52	22	2	34	40	1.67
35682--35725	8	5.5	8	86	8	63	0	20	2	77	0.88
37601--37978	55	6.9	54	82	5	393	29	20	19	30	1.97
37639--37978	110	3.1	110	86	1	466	30	20	20	29	1.97
37601--37972	165	2.3	165	84	3	464	29	20	19	30	1.97
38400--38455	22	2.7	20	81	10	67	26	25	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38325--38531	95	2.2	96	81	4	231	28	24	14	33	1.94
38838--39662	412	2.0	412	94	0	1436	33	20	9	36	1.84
41476--41532	30	1.9	30	92	0	96	40	1	10	47	1.48
41927--41958	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
43688--43910	49	4.4	52	74	11	182	26	13	18	41	1.88
44791--44853	23	3.0	20	71	15	63	52	15	4	26	1.63
44948--45001	29	1.9	27	92	3	81	53	11	12	22	1.70
47040--47435	138	2.9	138	82	3	417	45	12	11	29	1.77
47687--47764	29	2.7	28	70	18	70	56	5	12	25	1.57
49517--49574	20	2.9	20	97	0	107	24	27	10	37	1.88
50901--51268	138	2.7	137	81	5	402	42	14	12	29	1.83
51555--51609	29	1.9	28	85	10	76	43	0	23	32	1.54
51588--51651	30	2.1	30	85	5	85	56	4	14	25	1.57
53296--53484	44	4.3	43	75	2	144	31	17	19	31	1.95
71723--71812	32	2.9	32	83	3	121	26	17	20	35	1.95
77090--77194	7	14.4	7	79	13	61	75	0	20	2	0.99
77099--77249	77	1.9	77	82	6	189	77	0	19	2	0.93
77122--77249	7	18.0	7	80	10	109	78	0	19	1	0.82
77125--77238	55	2.1	54	83	9	142	79	0	18	1	0.81
77788--77815	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
77814--77852	9	4.3	9	84	12	53	53	0	20	25	1.45
77814--77852	17	2.2	17	86	9	51	53	0	20	25	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80190--80249	20	3.0	21	71	14	63	33	30	16	20	1.94
84736--84769	17	2.0	17	88	0	50	50	8	5	35	1.58
86266--86570	130	2.4	131	88	1	454	32	12	14	40	1.84
89588--89629	19	2.3	19	87	4	59	38	2	0	59	1.10
90338--90517	81	2.2	82	83	4	213	41	20	15	22	1.90
90386--90516	40	3.2	40	65	16	99	41	23	14	20	1.89
90359--90575	81	2.7	81	81	7	230	41	20	16	21	1.90
93569--93621	21	2.5	21	100	0	106	52	0	18	28	1.46
98918--99325	137	2.9	137	79	8	468	44	14	11	29	1.80
99609--99663	29	1.9	28	85	10	76	45	5	21	27	1.74
104310--104727	138	3.0	136	79	8	452	47	13	10	28	1.76
104998--105086	30	3.0	29	75	12	83	51	4	17	25	1.64
108263--108326	30	2.1	30	94	0	110	37	42	1	18	1.60
110072--110135	29	2.2	30	82	2	76	39	1	25	34	1.65
115487--115564	23	3.4	23	90	0	129	32	7	42	17	1.78
115681--115806	49	2.6	48	86	5	146	18	32	31	17	1.94
117122--117648	263	2.0	262	98	1	1029	41	14	14	29	1.85
118964--119026	20	3.1	21	90	4	94	57	1	6	34	1.34
121805--121872	21	3.2	21	93	0	109	47	2	8	41	1.50
123785--123907	64	1.9	64	83	6	160	30	21	17	31	1.96
130998--131041	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
131681--131720	19	2.0	20	85	9	55	37	0	37	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132050--132103	20	2.7	20	97	0	99	29	31	16	22	1.96
132136--132207	19	3.8	19	100	0	144	22	30	16	30	1.96
132341--132393	20	2.7	20	96	0	97	30	30	16	22	1.96
132426--132497	19	3.8	19	96	0	135	22	29	16	31	1.96
152303--152401	21	4.8	21	86	1	128	34	27	19	19	1.95
156031--156095	21	3.1	21	93	0	103	56	4	6	32	1.44
158685--158943	55	4.7	55	93	0	437	34	11	20	32	1.89
158837--158922	27	3.1	27	60	3	64	33	12	20	32	1.91
165455--165856	55	7.3	55	90	1	626	33	12	20	33	1.90
165689--165840	28	5.5	28	61	6	76	36	11	19	32	1.87
165717--165807	27	3.3	27	64	8	67	32	12	19	35	1.89
166804--166845	20	2.1	20	100	0	84	30	30	4	33	1.78
168019--168052	16	2.1	17	88	5	52	17	0	26	55	1.42
170117--170158	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
179010--179036	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
182888--182938	23	2.2	23	100	0	102	39	21	19	19	1.93
183677--183728	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
183757--184078	92	3.4	92	83	3	351	44	5	8	41	1.59
183712--184076	93	3.9	92	80	5	304	44	6	8	40	1.62
183706--184097	92	4.1	95	80	6	336	44	6	7	41	1.60
185247--185277	16	1.9	16	93	0	53	29	6	22	41	1.78
190741--190884	53	2.7	53	80	2	171	31	20	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200576--200614	21	1.9	21	89	5	62	25	12	20	41	1.88
207555--207603	23	2.1	23	88	7	73	55	12	2	30	1.48
210873--210915	20	2.2	20	86	0	59	62	0	23	13	1.31
215409--215468	21	2.9	21	94	0	102	30	18	26	25	1.98
216639--217490	425	2.0	425	100	0	1704	37	20	15	26	1.93
219268--219404	53	2.6	54	83	2	177	32	21	18	27	1.97
219720--219940	94	2.3	95	83	6	299	25	23	16	34	1.95
222997--223111	20	5.9	19	70	20	60	70	3	5	20	1.22
223064--223094	14	2.2	14	94	0	53	77	0	9	12	0.99
223097--223162	16	4.1	17	73	26	72	63	1	1	33	1.13
223138--223194	19	2.9	19	71	7	51	61	0	7	31	1.23
223097--223205	48	2.2	50	81	10	120	60	0	4	33	1.23
227545--227591	23	2.0	23	100	0	94	17	27	17	38	1.91
233763--233806	20	2.2	20	95	0	79	25	27	15	31	1.96
236412--236459	14	3.5	13	86	8	51	77	4	4	14	1.08
236462--236535	16	4.6	16	73	20	57	60	2	2	33	1.25
236552--236587	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
238555--238641	41	2.1	41	93	0	147	42	16	17	24	1.88
238510--238708	104	1.9	104	92	2	337	40	15	17	26	1.89
238596--239053	63	7.2	63	88	0	628	41	12	17	28	1.86
239002--239326	82	3.9	83	84	2	404	36	11	20	31	1.88
240905--241101	96	2.1	96	80	7	213	35	16	14	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242220--242270	24	2.1	24	100	0	102	39	17	11	31	1.86
252094--252173	23	3.6	23	78	10	94	27	23	22	26	2.00
252549--252588	21	1.9	21	94	0	71	37	5	7	50	1.53
255040--255091	21	2.5	21	100	0	104	25	28	19	26	1.98
260848--261020	94	1.8	95	86	3	251	42	12	23	21	1.87
263416--263540	63	2.0	63	100	0	250	28	4	12	54	1.58
267643--267668	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
273491--273532	15	2.6	16	85	7	59	69	0	11	19	1.19
276995--277030	17	2.2	16	90	5	54	0	8	11	80	0.90
278734--279014	141	2.0	139	92	1	472	48	3	13	33	1.61

Tables:   1   2