genome.fa.s8659.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008659.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111655_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  244888

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
379--423	21	2.2	21	84	4	56	24	37	26	11	1.89
378--418	21	2.0	21	90	0	64	24	39	24	12	1.89
8165--8270	53	2.0	53	96	0	194	36	17	23	21	1.95
13658--13695	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
13658--13864	65	3.2	63	81	8	213	30	23	18	27	1.98
13657--13891	129	1.8	129	80	8	289	30	22	20	26	1.98
21283--21326	21	2.1	21	82	0	52	6	38	18	36	1.77
22048--22082	18	1.9	18	88	0	52	31	8	5	54	1.54
22443--22565	64	1.9	65	88	5	187	29	22	20	27	1.98
26077--26132	25	2.2	25	81	6	69	35	19	21	23	1.96
33786--33962	60	3.0	60	81	9	184	41	5	18	35	1.73
36635--36675	19	2.2	19	86	4	57	63	2	7	26	1.33
36920--36960	15	2.9	14	78	7	55	68	2	9	19	1.29
46307--46438	36	3.8	36	82	3	153	37	20	6	35	1.77
57817--58263	54	8.3	54	84	3	569	31	19	17	31	1.95
68834--68884	23	2.3	23	86	6	79	19	21	41	17	1.91
77577--77713	45	3.1	45	88	2	195	32	19	5	42	1.73
77806--77927	40	3.0	40	96	0	226	32	25	17	24	1.96
87214--87278	23	2.8	24	76	19	75	47	3	1	47	1.27
88380--88448	22	3.2	22	61	19	54	33	14	13	39	1.85
88371--88455	43	2.0	43	100	0	170	34	14	14	37	1.86
88377--88444	21	3.2	21	61	19	50	32	13	13	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89695--89808	32	3.6	32	86	0	165	34	24	21	20	1.97
90247--90440	44	4.4	45	90	2	286	31	22	7	38	1.81
90351--90420	21	3.2	21	64	28	56	28	20	10	41	1.84
90574--90685	59	1.9	59	84	0	152	33	18	11	36	1.87
90545--91054	58	8.7	59	81	7	415	30	22	10	36	1.88
90678--91054	58	6.4	58	85	4	472	29	22	10	36	1.89
90846--91000	30	5.3	30	61	22	87	29	23	11	35	1.90
92753--92909	65	2.4	65	88	2	217	27	21	19	31	1.98
98696--98774	23	3.5	22	75	6	79	26	25	20	27	1.99
99399--99758	179	2.0	181	98	1	706	29	28	11	30	1.92
101570--101714	65	2.2	66	91	2	231	30	22	18	28	1.97
102360--102410	23	2.2	23	100	0	102	33	19	3	43	1.70
103059--103131	36	2.0	36	84	10	96	47	4	1	46	1.30
107977--108022	24	1.9	24	100	0	92	41	15	13	30	1.85
113864--113923	14	4.5	13	74	14	52	56	1	3	38	1.26
118739--118775	18	2.0	19	89	5	58	59	0	2	37	1.12
118920--118983	32	2.0	32	81	3	76	50	0	6	43	1.27
118932--119001	31	2.2	33	80	10	83	44	0	8	47	1.34
119199--119483	21	13.7	19	83	8	228	21	21	22	35	1.96
119199--119483	42	6.9	39	86	7	254	21	21	22	35	1.96
119292--119480	63	3.0	63	88	6	269	22	22	21	33	1.97
119573--119622	6	8.5	6	97	2	93	32	52	16	0	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120643--120741	21	4.7	21	92	0	153	34	22	22	21	1.97
120685--120820	42	3.3	43	77	12	117	36	19	21	23	1.95
121695--121726	11	3.0	11	95	4	57	28	18	6	46	1.73
121695--121735	21	1.9	22	85	5	57	29	14	7	48	1.71
122474--122498	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
125983--126040	18	3.2	18	81	11	73	74	5	15	5	1.18
125983--126035	13	4.2	13	81	13	56	73	5	15	5	1.21
130818--130877	23	2.5	23	84	10	68	78	6	11	3	1.06
130818--130883	22	2.8	23	79	9	62	75	7	13	3	1.13
131822--131923	33	2.9	35	81	11	120	31	15	15	37	1.89
131823--131955	36	3.7	35	79	8	126	31	15	13	39	1.87
131822--131958	69	2.0	71	82	5	172	32	15	13	37	1.87
132081--132426	76	4.6	75	76	7	274	28	17	13	40	1.87
132411--132452	15	2.8	15	96	0	75	26	28	14	30	1.95
132438--132546	30	3.4	30	70	14	101	25	19	15	39	1.91
132460--132809	36	9.8	36	79	9	342	24	18	14	41	1.88
132436--132584	66	2.3	66	94	3	264	24	20	16	39	1.91
132645--132709	21	3.4	21	64	24	61	24	24	12	38	1.90
132872--133065	36	5.3	36	68	4	147	27	19	14	38	1.91
132852--133095	73	3.3	72	89	5	355	29	18	13	38	1.90
132914--133029	37	3.2	36	68	2	106	31	15	13	39	1.86
133382--133930	91	6.0	90	87	2	783	38	16	20	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133927--134657	383	1.9	384	86	4	1045	32	19	19	28	1.96
135060--135116	19	3.2	18	80	7	71	77	3	14	5	1.08
135060--135117	6	9.5	6	76	10	55	77	3	13	5	1.07
135072--135118	25	1.9	25	86	4	69	78	4	12	4	1.04
135060--135117	18	3.2	17	80	9	62	77	3	13	5	1.07
136327--136376	21	2.4	21	86	3	66	30	8	6	56	1.52
139825--139866	13	3.2	13	87	9	59	85	2	7	4	0.80
141080--141215	36	3.8	36	74	11	118	37	16	11	33	1.86
141251--141859	36	16.6	37	70	12	161	27	18	13	41	1.87
141251--141613	75	4.8	74	73	10	225	30	16	12	40	1.85
141302--141576	76	3.6	76	77	9	238	32	16	11	39	1.85
141635--141840	21	11.2	21	61	27	76	23	19	14	42	1.88
141629--141859	72	3.2	72	89	2	365	23	20	14	41	1.89
141629--141859	108	2.1	108	90	3	358	23	20	14	41	1.89
141930--142132	37	5.6	36	70	8	149	29	19	12	38	1.89
141895--142141	73	3.4	73	90	2	383	29	20	13	37	1.90
142463--142525	20	3.2	20	62	20	51	42	12	19	25	1.86
142442--142980	91	6.0	92	85	4	688	37	16	20	24	1.93
144118--144172	18	2.9	18	81	7	65	74	3	12	9	1.18
147915--147966	21	2.5	20	85	11	70	28	3	7	59	1.43
151283--151316	17	2.0	17	88	0	50	11	32	50	5	1.63
152594--152730	20	6.8	20	70	9	73	27	23	12	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152599--152702	40	2.6	40	87	6	140	28	24	11	35	1.90
152692--152737	20	2.3	20	84	0	65	32	21	10	34	1.88
153273--153325	20	2.7	20	87	0	88	52	18	11	16	1.73
154945--154982	20	1.9	20	100	0	76	36	7	23	31	1.84
154968--155016	20	2.4	21	80	16	59	40	14	18	26	1.89
155143--155220	20	3.9	20	80	5	95	28	17	20	33	1.96
163150--163217	22	2.8	24	82	12	77	42	0	5	51	1.26
170249--170320	20	3.6	20	74	7	74	27	12	20	38	1.89
170703--170818	51	2.4	47	84	8	135	37	18	18	25	1.93
172198--172239	15	2.7	15	88	3	57	23	4	9	61	1.45
172450--172502	22	2.2	24	83	12	65	47	0	3	49	1.19
185681--185731	19	2.7	20	74	17	54	5	1	23	68	1.22
188136--188204	28	2.4	30	87	4	97	44	4	7	43	1.51
188099--188233	69	2.0	68	92	4	227	45	2	7	44	1.47
188211--188242	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
188176--188278	50	2.1	51	87	7	149	46	1	7	43	1.43
188227--188346	36	3.3	35	76	15	120	43	4	9	43	1.55
187968--188349	39	10.0	37	75	18	315	44	4	7	43	1.51
187968--188177	37	5.5	37	87	7	140	45	4	6	44	1.48
189722--189755	5	6.6	5	86	6	50	14	0	2	82	0.79
190192--190225	16	2.0	18	88	11	54	32	11	29	26	1.92
191972--192020	24	2.0	24	96	0	89	34	26	12	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196618--196924	39	8.2	37	86	8	412	43	3	8	44	1.53
196634--196708	35	2.4	28	74	25	87	44	4	8	44	1.52
196618--196924	74	4.1	73	87	8	392	43	3	8	44	1.53
196622--196890	113	2.4	110	92	4	436	44	3	8	43	1.52
196946--196982	18	2.2	16	90	9	56	21	8	0	70	1.13
198303--198369	26	2.5	27	79	13	75	19	2	1	76	1.00
198303--198370	10	7.0	10	73	14	54	19	2	1	76	0.99
198312--198370	19	3.1	18	70	13	55	18	3	1	76	1.02
198303--198375	20	3.7	20	72	5	67	17	4	1	76	1.01
200517--200586	24	2.8	25	77	16	65	41	2	1	54	1.24

Tables:   1   2