genome.fa.s8691.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008691.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111719_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  175273

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720--777	20	2.9	20	97	0	107	37	24	22	15	1.93
796--863	19	3.8	19	81	12	83	14	20	16	48	1.81
980--1016	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
2872--2957	19	4.5	19	88	4	120	41	23	20	13	1.88
2854--2957	39	2.7	38	76	5	111	42	24	19	14	1.88
3004--3061	14	3.9	14	77	16	62	12	17	22	48	1.80
2987--3077	32	2.8	33	93	3	157	13	18	20	47	1.82
3062--3116	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
3595--3639	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
4953--4995	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
5268--5311	22	2.0	22	95	0	79	22	15	40	20	1.90
5498--5570	20	3.7	20	85	7	103	26	19	28	26	1.98
5565--5652	20	4.3	19	75	12	77	18	20	17	44	1.87
5581--5652	20	3.5	20	81	3	99	18	23	18	40	1.91
11250--11292	20	2.2	20	100	0	86	13	25	16	44	1.85
11254--11301	20	2.4	20	92	0	78	16	20	18	43	1.88
11254--11307	20	2.7	20	88	0	54	18	22	18	40	1.91
12414--12522	43	2.6	41	84	5	164	40	20	17	22	1.91
12494--12541	19	2.5	19	100	0	96	41	18	20	18	1.90
12451--12582	60	2.1	62	86	4	178	41	20	17	20	1.90
12494--12583	19	4.5	20	82	6	76	42	22	18	16	1.89
12551--12667	41	2.9	41	94	0	207	39	23	18	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12574--12647	21	3.6	21	74	3	87	33	25	18	21	1.96
12507--12668	20	7.9	20	70	10	96	40	22	19	17	1.92
13238--13268	3	10.0	3	93	6	53	64	0	32	3	1.09
15606--15700	32	3.0	32	84	1	129	33	10	10	45	1.73
15619--16085	140	3.3	140	81	5	527	36	16	7	39	1.77
15761--15841	32	2.5	32	84	6	101	34	13	9	41	1.78
15911--15976	32	2.1	32	85	5	89	36	13	6	43	1.69
23661--23697	19	1.9	19	100	0	74	37	5	16	40	1.71
26399--26439	17	2.4	17	87	0	55	26	24	36	12	1.91
27332--27458	62	2.0	62	98	0	245	38	21	17	22	1.93
27166--27633	237	2.0	228	93	3	801	29	23	13	33	1.92
28243--28398	31	5.0	31	94	1	260	38	23	18	19	1.93
32516--32640	31	4.0	31	90	2	180	39	23	16	20	1.92
34355--34407	3	17.3	3	96	3	97	0	33	0	66	0.92
34506--34590	3	28.3	3	90	9	138	0	34	0	65	0.93
34689--34730	22	1.9	22	100	0	84	42	19	14	23	1.87
34793--34847	3	18.7	3	92	3	94	0	29	0	70	0.87
34828--34996	80	2.3	71	80	15	198	21	21	11	45	1.83
34897--34921	12	2.1	12	100	0	50	8	24	0	68	1.16
34825--35092	90	3.3	80	85	11	380	20	23	10	45	1.82
34979--35012	3	11.0	3	93	6	59	0	32	0	67	0.91
35069--35109	3	13.7	3	100	0	82	0	31	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35108--35144	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
40387--40504	60	2.0	61	91	1	193	40	14	11	33	1.81
46288--46326	19	2.1	19	85	9	53	69	2	2	25	1.14
46354--46410	20	2.8	21	76	12	57	66	1	3	28	1.18
47592--47677	3	29.0	3	81	6	104	66	0	1	32	1.00
47592--47676	24	3.6	23	88	4	116	65	0	1	32	1.00
48019--48569	113	4.9	113	92	3	873	28	20	14	36	1.92
48976--49030	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
51602--51804	111	1.8	111	91	2	336	31	19	16	32	1.94
56705--56758	14	3.8	14	80	2	54	50	9	14	25	1.73
57009--57092	43	1.9	44	87	2	125	32	22	11	33	1.91
58486--58510	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
59242--59298	20	2.8	21	76	12	57	66	1	3	28	1.18
60518--60606	9	10.0	9	80	3	92	68	0	1	30	0.97
60518--60597	21	4.0	21	84	11	105	68	0	1	30	0.97
66362--66756	201	2.0	202	85	1	533	34	21	16	27	1.94
67660--67684	13	1.9	13	100	0	50	88	0	0	12	0.53
68866--68931	16	3.9	17	75	14	57	34	1	1	62	1.14
68951--69031	13	6.4	12	71	23	60	25	1	3	69	1.13
71797--71826	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
73071--73173	21	4.9	20	70	12	55	33	24	18	23	1.96
73141--73293	20	7.7	20	88	3	75	33	27	19	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73141--73292	40	3.8	40	88	1	135	33	27	19	19	1.96
73141--73293	60	2.6	59	86	3	207	33	27	19	18	1.96
73668--73737	33	2.2	33	92	2	115	11	24	17	47	1.80
73817--73925	21	5.7	20	75	17	97	46	19	21	12	1.82
73829--73936	19	5.7	19	73	15	82	48	20	19	12	1.80
73932--74059	19	7.1	19	70	19	78	10	24	18	46	1.81
73954--74010	14	3.7	14	72	20	51	8	22	22	45	1.80
73937--74059	33	3.5	33	85	10	156	10	23	18	47	1.80
73995--74059	21	3.1	21	80	4	87	10	24	15	49	1.76
75735--76109	93	4.1	93	97	1	709	22	12	18	45	1.84
75735--76109	185	2.0	185	97	1	707	22	12	18	45	1.84
76174--76230	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
76188--76279	19	5.4	18	72	24	65	46	28	17	7	1.75
76156--76279	33	3.7	33	91	1	185	45	27	17	8	1.78
76205--76263	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
76275--76395	19	6.6	19	77	10	126	10	19	23	45	1.82
78316--78351	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
78442--78529	19	4.8	19	79	14	114	48	15	21	13	1.80
78442--78548	53	2.0	53	96	1	198	46	16	23	13	1.82
78538--78780	19	13.7	19	76	18	265	14	22	17	46	1.84
78560--78727	34	4.9	33	74	17	162	14	23	16	45	1.84
78544--78780	105	2.2	106	95	0	422	13	21	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78615--78794	86	2.1	84	85	12	233	12	21	18	47	1.82
78544--78794	33	7.2	34	73	16	203	13	22	17	46	1.83
78544--78780	53	4.5	53	95	1	422	13	21	17	46	1.83
81074--81098	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
81273--81319	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
82012--82240	20	11.4	20	87	1	244	19	17	26	36	1.94
82208--82305	21	4.8	20	75	10	81	21	19	21	37	1.94
82208--82306	42	2.4	43	77	11	100	21	19	22	37	1.94
94133--94242	47	2.4	45	82	7	132	32	20	19	28	1.96
94178--94305	66	1.9	66	83	9	163	28	24	20	27	1.99
98027--98190	60	2.7	60	97	0	301	20	28	28	23	1.99
110962--111085	49	2.5	48	83	5	151	15	33	28	22	1.94
112466--112656	94	2.0	94	100	0	382	39	14	24	21	1.91
113395--113529	50	2.7	50	100	0	270	36	6	14	42	1.72
114784--114828	6	8.0	6	76	14	51	13	35	20	31	1.91
114798--114837	15	2.7	15	96	0	71	12	37	20	30	1.89
115176--115211	18	2.0	18	94	0	63	22	19	27	30	1.98
116659--116870	111	1.9	111	95	1	381	45	11	7	36	1.67
117004--117044	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
117166--117263	50	2.0	50	83	4	126	23	29	30	16	1.96
117179--117276	50	2.0	50	81	4	117	25	30	28	15	1.96
117847--117880	16	2.2	16	90	10	54	38	17	0	44	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136724--137172	229	2.0	227	94	1	783	45	8	7	39	1.62
137238--137283	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
137405--137451	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
137414--137456	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
137662--137699	17	2.2	17	100	0	76	34	5	26	34	1.79
139694--139758	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
139792--139857	33	2.0	33	87	0	96	27	0	48	24	1.51
141648--141696	19	2.6	19	90	6	73	30	4	10	55	1.52
141821--142906	199	5.5	199	98	0	2115	35	15	16	32	1.90
144367--144428	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83

Tables:   1   2