genome.fa.s8730.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008730.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111799_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  439989

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1858--1890	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
2635--2668	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
8357--8390	17	2.0	17	88	0	50	47	0	8	44	1.34
23850--23896	23	2.0	23	87	4	67	76	4	0	19	0.95
35069--35150	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
39838--39919	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
49077--49135	31	1.9	31	96	0	109	27	33	10	28	1.89
55702--55928	112	2.0	112	99	0	445	40	23	16	19	1.90
59875--59909	2	17.5	2	93	0	61	51	0	0	48	1.00
60346--60853	263	1.9	257	85	10	690	28	11	19	40	1.87
61215--61424	75	2.8	76	85	6	275	23	32	22	21	1.98
69854--70062	75	2.8	76	86	4	271	23	31	22	22	1.98
74038--74075	8	4.8	8	96	0	67	39	26	10	23	1.87
74046--74081	16	2.2	16	90	0	54	44	22	8	25	1.80
76922--76985	6	10.7	6	100	0	128	15	0	50	34	1.45
88058--88109	23	2.3	23	100	0	104	13	7	23	55	1.63
93025--93057	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
102610--102671	21	3.0	21	78	4	72	19	22	19	38	1.93
102612--102672	20	3.0	21	78	4	70	21	22	19	36	1.95
102688--102735	20	2.4	20	100	0	96	31	29	10	29	1.90
102731--102952	41	5.4	41	93	0	390	20	22	20	36	1.96
103190--103268	21	3.8	21	79	3	97	30	21	25	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103190--103417	41	5.8	41	75	14	219	32	19	24	23	1.97
103301--103423	21	6.0	21	70	3	106	34	18	22	24	1.96
103323--103541	101	2.2	102	76	9	239	36	17	21	23	1.94
103405--103632	121	1.9	121	91	0	375	37	17	22	23	1.94
103565--103643	21	3.8	21	69	3	70	36	18	21	22	1.95
103301--103647	41	8.5	41	71	9	140	36	17	22	23	1.94
103872--103904	17	2.0	17	88	5	50	21	0	18	60	1.36
115858--115909	25	2.1	25	100	0	104	42	3	26	26	1.73
126496--126536	17	2.7	14	80	20	55	46	34	14	4	1.66
148243--148302	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
152936--152981	24	1.9	24	95	0	83	21	19	17	41	1.90
155166--155225	30	2.0	29	84	9	77	55	16	1	26	1.51
158016--158080	23	2.9	23	82	8	64	47	0	0	52	1.00
157999--158061	23	2.6	24	78	19	60	52	0	0	47	1.00
158027--158097	31	2.2	33	87	7	101	46	1	0	52	1.09
158156--158246	27	3.3	27	75	17	89	49	0	1	49	1.08
158046--158255	54	3.8	56	73	15	168	50	0	1	47	1.16
158129--158273	54	2.7	52	80	13	134	52	0	0	46	1.10
158361--158417	20	2.8	20	79	10	62	57	1	0	40	1.09
158380--158435	22	2.5	23	75	16	64	57	0	0	42	0.99
166738--166785	24	2.0	24	95	0	87	31	29	6	33	1.82
167127--167184	29	2.2	26	75	21	66	25	12	8	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171302--171352	23	2.2	24	82	3	59	58	0	3	37	1.16
189143--189187	3	15.3	3	86	4	65	62	2	0	35	1.08
189348--189469	40	3.0	40	71	7	111	31	16	27	24	1.96
189524--189986	40	10.6	40	65	18	117	25	18	30	25	1.98
189395--190139	134	5.6	132	89	3	906	25	18	30	25	1.98
189836--189996	83	1.9	83	84	10	216	24	19	31	24	1.98
189796--190116	40	7.6	40	70	15	136	25	19	30	24	1.98
189755--190079	43	7.5	43	71	13	186	24	20	30	24	1.98
190165--190226	28	2.2	28	88	5	90	51	12	11	24	1.72
191091--191314	67	3.4	66	90	3	308	44	12	13	29	1.80
191144--191271	37	3.6	38	69	23	125	43	11	13	31	1.80
191133--191314	67	2.7	67	96	0	328	44	12	13	30	1.80
191188--191324	30	4.3	31	71	13	98	39	12	11	36	1.80
191420--191583	29	5.8	29	92	3	255	45	15	10	28	1.79
191420--191583	57	2.9	57	90	3	260	45	15	10	28	1.79
191826--191929	36	3.0	36	83	4	133	36	11	19	32	1.87
191827--191945	36	3.4	36	80	6	120	36	12	20	30	1.90
191897--192129	105	2.3	101	83	9	276	37	12	19	30	1.89
195795--196194	210	1.9	210	81	0	476	24	22	20	33	1.97
200248--200285	3	12.7	3	88	0	58	60	2	0	36	1.11
200251--200287	18	2.1	18	94	0	65	59	2	0	37	1.12
201130--201163	17	2.0	17	100	0	68	29	11	17	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210535--210563	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
213678--213925	20	12.2	20	77	14	181	40	22	19	17	1.91
213678--213925	40	6.1	40	80	10	236	40	22	19	17	1.91
214020--214117	6	16.7	6	98	1	182	31	51	17	0	1.46
214614--214691	6	13.5	6	98	1	135	0	16	52	30	1.44
214787--214972	20	9.2	20	76	10	139	16	19	20	43	1.88
215417--215490	30	2.5	30	91	4	114	33	14	33	17	1.91
215507--215555	12	4.0	12	86	2	53	18	48	18	14	1.80
215651--215681	12	2.6	12	94	0	53	22	48	19	9	1.78
215885--215943	25	2.4	25	97	0	109	47	0	13	38	1.43
220058--220254	108	1.8	108	84	6	274	26	18	24	29	1.98
220053--220277	108	2.1	108	81	9	269	28	18	24	28	1.98
224787--224862	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
225259--225506	130	1.9	130	93	0	424	36	15	12	35	1.86
225273--225537	130	2.0	129	81	4	309	39	13	13	33	1.83
225830--225892	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
225972--226004	16	2.0	17	88	5	50	63	6	3	27	1.32
239836--239902	35	1.9	35	87	0	98	23	19	20	35	1.95
240037--240081	24	2.0	22	83	16	56	37	17	4	40	1.70
244651--244754	34	3.0	34	75	8	84	61	3	7	26	1.41
244712--244990	137	2.0	139	94	2	490	59	5	10	25	1.51
244711--245045	137	2.4	136	85	9	389	60	4	9	25	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245108--245141	9	3.7	9	88	7	50	76	0	2	20	0.92
246204--246248	12	3.8	12	88	8	65	48	0	2	48	1.13
246813--246875	28	2.2	28	85	2	81	63	6	3	26	1.34
249323--249350	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
250014--250109	34	2.8	34	80	16	117	44	4	4	46	1.41
250025--250109	35	2.4	36	83	14	108	48	3	4	43	1.41
250055--250300	83	3.0	83	87	2	343	39	4	9	46	1.56
262819--262987	93	1.8	93	89	0	266	23	13	20	42	1.87
263157--263210	28	1.9	28	92	0	90	40	3	22	33	1.71
264875--264933	28	2.1	28	90	0	91	32	25	6	35	1.82
273816--273880	27	2.4	27	100	0	130	26	20	21	32	1.97
293831--293866	13	2.8	13	95	0	63	30	16	38	13	1.88
293880--294087	93	2.3	92	92	4	348	33	21	34	11	1.89
293976--294134	60	2.7	60	96	2	284	33	22	33	10	1.89
293880--294115	93	2.6	93	88	6	326	33	20	34	11	1.88
294148--294256	29	3.8	29	97	0	200	13	31	32	22	1.93
294307--294380	37	2.0	37	97	2	141	16	45	13	24	1.83
294385--294419	18	1.9	18	100	0	70	28	17	25	28	1.97
294522--294567	23	2.0	23	100	0	92	47	4	39	8	1.54
294522--294582	23	2.6	23	86	5	59	50	6	36	6	1.54
294591--294643	27	2.0	26	82	13	65	58	0	37	3	1.16
294570--294626	19	2.9	19	82	17	73	61	0	36	1	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
294827--294918	46	2.0	48	87	8	136	42	0	11	45	1.41
295098--295128	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
297273--297305	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
297400--297699	26	12.1	26	75	11	254	43	9	2	44	1.49
297400--297757	124	2.9	124	97	0	666	44	9	2	44	1.49
297715--297758	20	2.3	19	84	4	52	47	2	2	47	1.27
300579--300637	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
301437--301496	28	2.2	28	93	3	104	56	11	0	31	1.35
301473--301521	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
302006--302063	25	2.3	25	79	5	64	24	43	15	17	1.87

Tables:   1   2