genome.fa.s8734.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008734.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111807_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  415630

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85--139	3	18.7	3	92	3	94	32	1	0	65	1.03
135--173	15	2.7	15	84	4	53	58	0	0	41	0.98
615--650	17	2.1	17	90	10	56	69	8	22	0	1.15
617--680	15	4.4	15	74	7	60	68	9	21	0	1.17
1547--1608	30	2.1	30	81	6	72	38	1	1	58	1.18
13046--13075	10	2.9	10	95	5	51	90	0	0	10	0.47
13045--13076	13	2.5	13	94	0	55	90	0	0	9	0.45
13420--13465	19	2.6	17	81	15	58	30	6	13	50	1.66
14228--14778	83	6.7	83	93	2	841	26	13	23	36	1.92
15521--16409	117	7.9	113	79	12	694	37	13	19	29	1.90
15711--15889	94	1.9	94	86	2	252	35	17	16	30	1.92
15867--16410	117	4.7	117	90	2	776	38	12	19	29	1.88
16637--16707	3	23.7	3	94	0	124	32	1	0	66	1.01
16703--16743	15	2.9	14	89	7	64	60	0	0	39	0.96
16703--16743	14	2.9	15	92	7	68	60	0	0	39	0.96
17199--17265	15	4.4	15	75	3	62	67	8	23	0	1.19
17196--17234	18	2.1	19	85	4	53	69	7	23	0	1.14
18322--18560	115	2.1	113	78	7	257	38	10	9	41	1.71
21742--21924	91	2.0	91	93	0	312	38	22	18	20	1.93
25460--25519	20	2.8	22	87	10	97	15	41	28	15	1.86
26768--26815	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
32177--32233	20	2.8	20	94	0	105	36	26	21	15	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48575--48645	31	2.3	30	82	4	88	16	25	32	25	1.96
50168--50202	18	1.9	18	94	0	61	20	42	25	11	1.85
53024--53094	31	2.3	31	77	2	79	18	23	29	28	1.98
60314--60475	58	2.8	57	83	4	182	37	6	12	43	1.70
66459--66519	18	3.4	18	95	0	104	8	31	27	32	1.86
76689--76726	18	2.1	19	85	5	51	50	7	5	36	1.54
80762--80807	23	1.9	25	82	8	60	71	8	13	6	1.29
83806--83863	17	3.4	17	73	15	57	41	0	0	58	0.98
85274--85328	20	2.7	21	80	8	60	27	0	3	69	1.05
95872--95896	8	3.1	8	100	0	50	88	12	0	0	0.53
96715--97382	106	6.3	106	93	0	1059	33	25	18	22	1.97
98992--99049	21	3.0	21	73	16	54	34	3	1	60	1.24
98998--99060	12	4.9	14	73	21	50	33	1	1	63	1.13
99027--99074	19	2.6	18	83	6	51	27	0	4	68	1.07
99122--99154	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
101333--101381	24	2.0	24	100	0	98	38	8	8	44	1.64
103186--103352	84	2.0	83	87	6	207	29	1	13	55	1.45
109400--109464	5	12.4	5	73	12	51	20	6	3	70	1.22
109416--109454	16	2.4	16	87	8	53	23	7	2	66	1.30
113707--114068	42	8.6	42	89	1	528	35	23	22	19	1.96
116761--117107	42	8.2	42	88	2	426	36	23	21	19	1.95
119721--119766	18	2.6	18	82	0	56	21	50	15	13	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119761--119807	10	5.5	8	82	14	51	14	34	27	23	1.94
119764--119797	15	2.1	16	89	10	52	11	35	29	23	1.90
121096--121131	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
122255--122321	12	5.7	11	76	11	53	17	13	17	50	1.77
122214--122321	47	2.3	48	81	12	125	19	14	17	48	1.82
122228--122323	24	4.0	24	82	8	108	19	13	17	48	1.80
124549--124586	10	3.8	10	100	0	76	50	7	0	42	1.31
132908--132949	22	1.9	22	100	0	84	23	19	19	38	1.93
141545--141584	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
142727--142760	16	2.1	17	88	5	52	64	2	0	32	1.08
143232--143278	19	2.4	19	78	7	58	53	0	2	44	1.12
143188--143843	323	2.0	326	86	6	918	44	6	7	41	1.58
144570--144606	12	3.2	12	84	7	58	72	2	0	24	0.97
147798--147853	21	2.7	21	82	0	67	25	21	25	28	1.99
151240--151273	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
153949--153973	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
176541--177191	216	3.0	216	99	0	1293	32	15	7	43	1.76
177237--177337	39	2.6	39	85	6	134	54	9	7	27	1.61
178101--178136	19	1.9	18	88	5	54	72	5	13	8	1.27
178507--178618	51	2.2	51	81	0	125	50	4	3	41	1.40
179588--179635	23	2.1	23	100	0	96	54	12	8	25	1.65
179597--179648	23	2.2	23	82	3	59	63	9	9	17	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179634--179675	19	2.2	19	87	8	59	83	0	4	11	0.79
184387--184423	3	11.7	3	88	11	56	0	32	0	67	0.91
184383--184422	10	4.2	10	79	20	50	0	30	0	70	0.88
184387--184423	13	2.8	13	100	0	74	0	32	0	67	0.91
185444--185507	31	2.1	31	85	8	87	35	1	21	40	1.63
201446--201505	28	2.1	30	81	6	70	75	6	10	8	1.20
201444--201524	36	2.3	35	81	10	94	75	4	9	9	1.18
201472--201529	19	3.0	18	76	14	53	79	1	10	8	1.01
202831--202915	2	43.0	2	92	2	145	49	1	1	48	1.16
203319--203529	116	1.8	116	87	2	316	24	15	22	37	1.93
203553--203975	64	6.6	64	93	1	713	29	13	21	34	1.92
209035--209077	9	4.4	10	85	11	54	58	2	0	39	1.11
209045--209091	2	25.0	2	79	12	55	53	0	2	44	1.12
209045--209085	9	4.7	9	93	6	75	56	0	0	43	0.99
211574--211615	17	2.4	17	84	4	57	71	0	9	19	1.13
211661--211707	19	2.5	19	83	10	62	70	0	6	23	1.10
211884--211925	17	2.4	17	84	4	57	71	0	9	19	1.13
211971--212017	19	2.5	19	83	10	62	70	0	6	23	1.10
211510--212131	310	2.0	311	97	0	1174	55	6	13	25	1.61
213118--213728	270	2.3	271	88	2	872	26	16	22	34	1.95
219498--219546	19	2.6	19	93	0	80	38	14	26	20	1.91
219602--219659	20	2.6	22	86	10	75	31	18	22	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219700--219733	13	2.7	13	95	4	61	47	0	14	38	1.45
222654--222922	59	4.6	59	96	0	493	30	24	11	34	1.90
223235--223351	53	2.2	53	93	0	198	30	18	18	31	1.96
228278--228363	45	1.9	45	92	0	145	32	15	10	41	1.81
228323--228497	59	2.9	59	93	0	296	32	22	10	34	1.89
228826--228943	53	2.2	53	95	0	209	30	19	19	30	1.96
230421--230539	11	11.3	10	67	11	51	74	3	4	17	1.11
230665--230707	18	2.4	18	84	0	59	69	0	9	20	1.15
231268--231295	12	2.3	12	100	0	56	53	7	0	39	1.28
237446--237485	14	3.0	13	82	7	53	35	0	5	60	1.19
244301--244956	330	2.0	329	96	0	1195	35	15	16	31	1.90
248849--248894	20	2.4	19	79	17	51	32	19	23	23	1.97
249266--249355	38	2.4	38	100	0	180	33	18	17	30	1.95
249266--249368	38	2.7	37	94	5	163	33	20	16	30	1.95
250778--250803	12	2.2	12	100	0	52	26	57	0	15	1.38
250759--250805	21	2.2	22	81	11	62	27	55	0	17	1.42
255782--255844	15	4.2	15	97	0	117	28	33	23	14	1.94
262660--262692	15	2.2	15	94	0	57	30	33	21	15	1.94
262837--262871	12	2.9	12	91	0	52	37	25	5	31	1.80
264274--264317	21	2.1	21	91	0	70	15	31	11	40	1.83
266564--266618	20	2.8	20	94	0	92	21	14	12	50	1.76
266994--267022	11	2.5	12	94	5	51	31	24	10	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267866--267903	2	20.0	2	84	10	53	52	0	0	47	1.00
268093--268127	16	2.3	15	90	9	54	60	0	0	40	0.97
269450--269521	35	2.1	35	86	5	101	41	18	4	36	1.69
269900--269981	43	1.9	43	94	0	146	32	17	20	29	1.95
269990--270024	16	2.2	16	94	0	61	17	22	0	60	1.37
270118--270166	26	1.9	26	83	4	64	46	2	2	48	1.25
275643--275829	73	2.5	73	84	5	227	46	8	13	32	1.72
275643--275854	73	2.9	73	82	6	207	44	8	13	33	1.73
275820--275905	42	2.1	41	93	2	145	29	8	12	50	1.69
275820--275921	42	2.5	42	88	4	136	30	8	11	49	1.70

Tables:   1   2