genome.fa.s8754.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008754.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111845_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  290996

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 151 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57--162	51	2.1	50	96	3	196	30	20	16	33	1.94
297--358	26	2.4	26	100	0	124	22	16	17	43	1.87
738--919	93	2.0	92	87	1	265	28	21	15	34	1.94
2269--2394	61	2.1	61	96	0	234	41	27	0	30	1.56
2367--2394	10	2.8	10	100	0	56	46	32	0	21	1.52
4581--4620	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
4601--4662	20	3.0	20	76	7	61	16	25	33	24	1.95
14174--14200	14	1.9	14	100	0	54	66	0	18	14	1.25
14211--14290	5	15.8	5	79	16	60	80	1	3	15	0.92
14185--14241	28	2.1	28	84	15	75	68	0	14	17	1.21
14202--14278	13	5.5	14	75	13	52	77	1	6	14	1.02
14239--14309	11	6.5	11	80	3	72	84	2	1	11	0.79
14239--14304	19	3.8	16	77	20	62	86	3	1	9	0.74
14239--14290	6	9.3	6	89	8	58	88	1	0	9	0.59
14239--14286	1	48.0	1	78	0	51	89	2	0	8	0.56
14329--14380	4	12.8	4	80	11	61	75	0	0	25	0.81
14225--14371	9	16.9	9	76	16	82	76	1	2	19	0.95
14226--14371	20	7.0	20	69	15	82	77	1	2	19	0.94
14250--14380	16	8.4	16	68	20	71	75	0	1	22	0.93
21909--21946	15	2.5	15	91	0	58	26	13	42	18	1.87
30955--30998	3	14.3	3	90	4	70	38	0	0	61	0.96
30963--31002	19	2.1	19	100	0	80	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32315--32346	11	2.8	11	95	4	55	28	0	0	71	0.86
33625--33683	21	2.8	21	72	15	59	35	25	22	16	1.95
35202--35236	15	2.3	15	90	9	54	40	5	2	51	1.40
35229--35260	11	2.8	11	95	4	55	28	0	0	71	0.86
38571--38673	31	3.3	31	83	2	118	33	3	17	44	1.67
41386--41420	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
41496--41532	8	4.8	8	84	15	51	18	2	0	78	0.87
41456--41527	21	3.3	21	66	27	51	23	4	0	72	1.02
41652--41686	12	2.8	13	86	8	54	22	0	0	77	0.78
41653--41698	21	2.1	21	92	4	74	21	0	2	76	0.90
45060--45099	21	1.9	21	90	10	64	12	10	5	72	1.26
52114--52229	59	1.9	59	82	5	144	54	12	23	10	1.67
52207--52261	6	8.3	6	81	18	65	80	0	16	3	0.86
52207--52261	7	8.1	7	82	13	55	80	0	16	3	0.86
52207--52261	14	4.2	13	84	13	69	80	0	16	3	0.86
52212--52267	15	3.7	15	81	9	62	78	0	17	3	0.89
55075--55133	19	3.1	19	79	18	68	15	5	0	79	0.89
55078--55122	18	2.6	18	86	10	58	15	4	0	80	0.87
55072--55133	17	3.5	17	80	10	63	14	4	0	80	0.87
55219--55250	15	2.0	17	88	11	50	9	12	3	75	1.16
55263--55313	21	2.5	21	81	12	61	35	3	0	60	1.15
55306--55343	15	2.5	16	83	8	53	10	10	2	76	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55306--55344	20	1.9	21	84	5	53	10	10	2	76	1.10
55394--55454	14	4.2	14	70	14	52	11	8	3	77	1.11
55479--55519	3	13.7	3	90	10	66	29	0	0	70	0.87
55478--55530	15	3.6	15	87	10	74	28	0	0	71	0.86
55480--55531	21	2.5	21	84	12	63	28	0	0	71	0.87
59176--59231	18	3.1	18	100	0	112	23	28	10	37	1.88
60196--60476	37	7.2	37	80	13	282	44	3	7	44	1.48
60258--60430	85	2.0	84	89	5	260	45	3	6	44	1.46
60295--60396	48	2.2	47	91	7	163	47	2	5	44	1.42
60219--60466	124	2.1	117	89	7	374	45	3	7	44	1.47
60344--60476	34	3.7	35	87	10	171	46	3	8	42	1.49
61133--61435	150	2.0	149	96	0	561	35	20	16	27	1.94
68029--68073	23	2.0	23	86	0	63	26	26	26	20	1.99
68041--68356	150	2.1	149	95	1	571	34	21	17	26	1.96
69683--69749	5	13.0	5	77	17	66	23	0	1	74	0.90
69685--69744	23	2.5	26	68	26	60	23	0	1	75	0.90
71916--71947	3	10.3	3	93	6	55	34	0	0	65	0.93
75256--75346	7	13.3	7	70	3	51	49	28	0	21	1.50
75269--75346	21	3.7	21	72	13	70	51	25	0	23	1.49
77786--77822	17	2.2	17	100	0	74	24	16	32	27	1.96
79034--79074	21	2.0	20	85	4	55	56	4	9	29	1.53
85838--85878	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87169--87231	24	2.6	24	73	9	65	30	6	1	61	1.30
87356--87395	16	2.4	17	87	4	55	37	0	5	57	1.21
89087--89124	18	2.1	18	100	0	76	36	10	28	23	1.88
93253--93299	21	2.2	21	100	0	94	38	4	25	31	1.75
94261--94409	48	3.1	48	89	5	221	24	9	19	46	1.79
94438--94538	51	2.0	51	90	0	157	27	18	18	34	1.95
100554--100598	20	2.2	20	88	0	63	53	4	4	37	1.41
102908--102965	23	2.6	22	79	12	66	34	15	18	31	1.93
110632--110750	24	5.0	24	83	4	150	26	14	18	41	1.88
110614--110716	48	2.1	49	82	5	129	26	14	17	41	1.88
110648--110686	12	3.2	12	79	13	53	28	12	23	35	1.91
112550--112592	21	2.3	19	84	15	54	27	18	23	30	1.98
112866--112909	20	2.2	20	87	0	61	54	4	2	38	1.33
114853--114927	24	3.1	23	68	21	64	25	4	17	53	1.61
114834--114980	48	3.1	48	84	3	197	25	7	16	50	1.71
133175--133275	26	3.9	27	75	10	86	81	3	11	2	0.94
133208--133244	16	2.2	17	90	4	58	78	5	16	0	0.93
133215--133270	16	3.6	15	80	7	67	80	1	14	3	0.93
136804--137293	130	3.6	137	79	9	461	34	24	15	25	1.95
147793--147837	18	2.3	19	81	14	56	26	22	24	26	2.00
147799--147836	18	2.1	18	90	5	58	26	21	26	26	1.99
153684--153731	3	16.3	3	91	4	80	62	0	2	35	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155050--155334	21	13.7	19	80	10	183	22	19	21	36	1.95
155044--155334	42	7.0	41	76	12	206	22	19	21	36	1.95
155069--155331	63	4.2	63	91	2	408	22	19	21	37	1.94
155153--155327	82	2.1	83	90	2	280	22	19	19	38	1.94
155934--155976	6	7.5	6	97	2	72	0	16	53	30	1.43
156659--156692	17	2.0	17	94	0	59	44	11	11	32	1.77
157452--157688	58	4.1	55	73	12	160	37	6	13	43	1.70
160323--160378	20	2.7	20	94	5	94	17	44	23	14	1.85
169172--169300	24	5.4	24	85	3	161	25	13	20	40	1.89
174209--174370	83	2.0	83	88	1	245	41	3	11	43	1.58
175596--175654	21	2.8	21	97	0	109	23	15	35	25	1.94
175951--176010	12	4.8	13	79	8	70	40	3	8	48	1.50
175952--176010	25	2.4	25	100	0	118	40	3	8	47	1.51
177136--177165	15	2.0	15	100	0	60	40	26	6	26	1.81
178241--178317	21	3.5	22	76	13	79	35	15	19	29	1.93
178221--178317	44	2.3	42	83	5	115	32	15	20	30	1.94
180167--180191	12	2.1	12	100	0	50	24	40	16	20	1.91
185504--185553	19	2.6	19	90	3	82	26	10	26	38	1.87
185748--185801	20	2.7	20	97	2	99	57	1	20	20	1.50
186633--186890	132	2.0	129	86	6	358	29	20	15	34	1.93
196104--196387	142	2.0	142	99	0	559	29	26	14	29	1.95
197567--197649	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201008--201037	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
202325--202407	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
206665--206719	3	19.0	3	79	7	60	32	1	3	61	1.24
206676--206725	15	3.4	15	81	10	59	36	2	4	58	1.29
208441--208465	12	2.1	12	100	0	50	24	0	24	52	1.48
211400--211460	20	3.0	20	90	0	86	26	18	16	39	1.91
212042--212107	25	2.8	24	80	11	66	71	6	18	4	1.24
212054--212135	23	3.5	23	74	21	71	75	6	17	1	1.06
213331--217417	4	1032.5	4	93	4	6823	48	25	1	25	1.60
217462--217647	102	1.8	103	95	1	338	24	12	16	46	1.81

Tables:   1   2