genome.fa.s8757.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008757.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111849_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  497375

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 251 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2554--2619	13	5.3	13	79	20	63	13	21	48	16	1.80
2560--2623	18	3.6	18	95	0	119	10	20	51	17	1.75
4262--4290	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
4564--4610	19	2.4	20	80	20	55	38	4	0	57	1.18
11974--12014	15	2.6	16	78	21	50	48	0	0	51	1.00
29474--29524	24	2.2	23	80	19	54	21	7	0	70	1.12
29584--29632	24	2.1	23	85	11	64	24	6	0	69	1.11
29823--29847	12	2.1	12	100	0	50	8	0	8	84	0.79
29805--29845	20	2.1	19	86	13	57	12	2	7	78	1.06
33335--33380	23	2.0	23	100	0	92	39	26	13	21	1.90
48041--48082	20	2.1	20	100	0	84	42	4	38	14	1.66
48679--48734	24	2.5	22	83	11	76	50	5	0	44	1.25
48689--48740	24	2.2	24	96	0	95	50	3	0	46	1.20
57384--57419	14	2.5	15	86	9	56	22	2	5	69	1.22
62503--62553	26	2.0	26	88	0	75	56	1	7	33	1.39
63024--63102	21	3.8	21	72	12	72	26	13	7	51	1.68
66486--66765	138	2.0	138	86	0	389	39	20	7	32	1.80
79557--79595	17	2.5	15	87	8	51	23	20	5	51	1.67
80252--80289	19	2.0	19	100	0	76	26	31	10	31	1.90
81335--81392	18	3.3	18	71	20	59	41	6	22	29	1.80
83315--83348	18	1.9	18	88	5	52	35	11	11	41	1.78
88317--88371	21	2.6	21	82	5	67	49	7	16	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92307--92786	228	2.1	232	84	5	623	34	15	32	17	1.91
102512--102555	19	2.3	19	100	0	88	13	4	9	72	1.24
106318--106446	63	2.0	63	100	0	258	36	24	19	20	1.95
112948--113085	60	2.3	59	86	7	192	58	17	11	12	1.62
127810--127894	30	2.8	31	72	10	86	61	4	14	20	1.50
129338--129457	25	4.8	25	97	2	231	31	15	20	32	1.94
129338--129457	51	2.4	50	98	1	231	31	15	20	32	1.94
129540--129580	3	13.7	3	80	19	50	68	0	0	31	0.90
129540--129570	13	2.4	13	100	0	62	64	0	0	35	0.94
129537--129591	14	3.8	14	80	20	60	70	0	0	29	0.87
129537--129598	16	3.5	17	79	18	65	70	0	0	29	0.87
129828--130124	94	3.2	92	85	8	385	25	19	27	26	1.99
130069--130170	43	2.4	43	100	0	204	21	22	26	29	1.99
144804--144923	25	4.8	25	97	2	231	31	15	20	32	1.94
144804--144923	51	2.4	50	98	1	231	31	15	20	32	1.94
145006--145042	3	12.7	3	83	16	51	70	0	0	29	0.88
145003--145053	13	3.8	14	80	15	63	72	0	0	27	0.85
145003--145059	16	3.5	16	79	15	64	71	0	0	28	0.86
145003--145061	27	2.2	27	82	11	68	72	0	0	27	0.84
149590--149632	22	1.9	23	85	4	61	4	23	9	62	1.44
149696--149727	2	16.0	2	93	0	55	46	0	53	0	1.00
153045--156538	855	4.0	881	76	7	3068	34	15	22	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157241--157997	252	3.0	252	87	2	1013	33	14	27	24	1.94
157945--158342	198	2.0	198	100	0	796	32	13	27	27	1.93
162438--162465	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
163768--164308	280	1.9	278	91	2	877	34	12	17	36	1.87
164310--164375	22	2.7	25	70	18	66	54	3	4	37	1.36
164360--164416	23	2.4	23	80	8	62	49	3	1	45	1.29
169569--169636	36	1.9	35	85	11	95	50	0	1	48	1.10
170257--170306	26	1.9	26	87	0	73	50	6	16	28	1.68
170411--170554	72	2.0	72	100	0	288	38	8	6	45	1.61
175519--175557	17	2.3	17	95	0	69	41	7	0	51	1.31
176901--176934	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
183624--183662	20	2.0	20	84	0	51	71	5	20	2	1.17
185970--186115	21	7.1	21	71	4	127	17	18	25	38	1.93
185974--186115	41	3.5	41	97	0	266	18	19	24	38	1.93
186084--186179	22	4.6	22	71	12	78	16	18	21	42	1.89
186104--186189	41	2.1	41	95	0	154	19	18	20	40	1.91
185981--186156	82	2.1	81	85	6	230	19	18	23	38	1.93
186746--186788	6	7.5	6	94	2	63	2	16	51	30	1.57
186873--186956	19	4.2	20	79	11	93	45	19	15	20	1.86
186873--186997	60	2.1	61	88	10	186	44	20	16	18	1.87
186969--187040	20	3.7	20	96	1	128	48	20	19	11	1.79
191401--191470	31	2.3	31	82	5	88	24	21	4	50	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195928--195965	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
209856--209943	21	4.3	21	66	18	60	56	6	0	36	1.26
209855--209945	30	3.0	29	80	6	110	54	6	0	38	1.26
210468--210518	19	2.7	19	96	0	93	25	31	21	21	1.98
210603--210654	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
210643--210757	20	5.7	20	78	5	106	34	23	17	24	1.96
210622--210737	61	1.9	60	82	7	144	34	23	19	22	1.97
210663--210757	41	2.3	41	83	0	127	35	23	16	24	1.95
210640--210757	61	1.9	61	86	5	166	36	22	16	23	1.94
210925--210968	22	2.0	22	90	0	70	20	43	15	20	1.88
211229--211277	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
211424--211478	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
212500--212544	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
212927--212971	17	2.6	17	86	6	56	4	2	22	71	1.15
213025--213091	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
213080--213137	14	3.9	14	77	16	62	46	24	17	12	1.81
213064--213154	32	2.8	33	93	3	157	46	21	18	13	1.83
213171--213228	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
213166--213244	32	2.4	33	93	2	133	12	18	21	46	1.82
213229--213272	20	2.2	20	88	4	63	22	25	15	36	1.94
215137--215170	14	2.4	14	90	0	50	32	0	20	47	1.51
215253--215291	20	2.0	20	94	0	69	46	30	10	12	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215368--215417	20	2.5	20	96	3	93	16	24	28	32	1.96
215630--215680	20	2.5	20	96	0	93	19	31	17	31	1.95
216248--216286	17	2.3	17	100	0	78	20	5	35	38	1.75
216442--216495	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
216670--216694	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
218986--219111	33	3.8	33	86	6	191	43	19	22	15	1.87
218987--219120	67	2.0	66	94	1	232	41	18	22	17	1.90
218986--219117	19	7.7	19	65	24	96	43	18	22	15	1.88
219112--219202	33	2.8	33	86	0	128	14	19	20	45	1.85
219142--219202	19	3.5	19	68	21	51	11	19	21	47	1.81
219309--219345	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
220739--220877	42	3.3	42	77	4	172	23	18	36	21	1.95
220730--220905	84	2.1	84	95	0	316	24	17	36	22	1.94
220739--220902	42	3.9	42	77	3	168	23	17	36	22	1.94
221122--221308	91	2.0	90	91	6	304	47	19	12	21	1.82
221452--221593	63	2.3	63	87	2	160	26	37	16	19	1.93
221475--221605	63	2.1	63	100	0	262	23	37	18	20	1.94
223082--223145	33	1.9	33	93	0	110	43	21	23	10	1.84
223058--223145	19	4.8	19	72	16	78	46	19	22	11	1.81
223151--223187	19	1.9	19	88	0	56	2	16	27	54	1.56
223742--223794	20	2.7	20	88	5	72	26	18	28	26	1.98
242180--242241	22	2.8	22	90	0	88	35	17	11	35	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252119--252160	20	2.1	20	86	8	59	23	9	4	61	1.45
252890--252994	27	3.8	28	76	12	108	36	7	0	56	1.28
252886--252991	55	1.9	54	88	5	160	35	7	0	56	1.28
253001--253026	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
253147--253276	59	2.2	59	80	5	138	50	1	7	40	1.40
253894--253976	23	3.7	24	73	16	61	40	2	3	53	1.32
253936--254004	25	2.8	24	79	16	79	42	4	2	50	1.37
253939--254023	25	3.3	26	78	15	72	43	3	2	50	1.32
253967--254043	28	3.0	27	81	10	81	44	2	0	53	1.14
254007--254126	31	3.9	31	79	12	124	35	4	1	58	1.27

Tables:   1   2   3