genome.fa.s8759.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008759.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111851_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  899239

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1010--1251	134	1.8	128	80	8	281	43	3	17	35	1.65
18399--18436	18	2.1	18	100	0	76	23	10	39	26	1.87
24999--25063	23	2.9	23	77	4	62	52	16	15	15	1.75
27102--27171	14	5.5	13	75	14	74	42	1	1	54	1.18
31679--31704	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
40209--40278	36	1.9	36	91	5	115	34	10	35	20	1.86
40347--40421	33	2.2	34	92	2	125	53	0	0	46	1.00
40336--40418	15	5.2	15	72	18	62	53	0	0	46	1.00
52936--53007	22	3.5	21	74	14	69	51	0	1	47	1.09
54675--54773	21	4.8	20	70	6	63	35	22	19	23	1.96
54741--55109	20	18.5	20	84	5	451	34	26	18	20	1.96
55791--55837	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
56012--56036	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
56868--57160	19	16.4	19	83	14	392	47	18	20	14	1.83
56896--57182	52	5.4	55	90	8	356	46	17	21	14	1.83
56868--57182	128	2.6	128	88	7	462	46	18	20	14	1.83
57189--57290	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
57397--57433	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
57844--58389	92	5.9	92	98	0	1047	46	17	13	22	1.82
60096--60185	14	5.7	14	72	23	72	42	23	24	10	1.84
60088--60202	33	3.5	33	92	0	203	45	20	23	10	1.82
60095--60207	19	6.8	18	70	23	79	43	22	23	10	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60219--60273	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
60203--60273	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
60214--60295	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
60226--60314	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
60394--60464	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
60646--60700	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
60846--61038	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
60846--61038	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
61094--61145	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
62733--62764	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
69991--70089	32	3.1	32	79	2	137	29	5	12	53	1.59
79878--79930	26	2.0	26	100	0	106	43	0	15	41	1.46
84139--84260	6	19.7	6	80	3	91	31	4	13	50	1.60
90577--90818	120	2.0	120	96	0	448	28	15	13	42	1.84
91222--91307	30	3.0	27	75	12	82	41	5	11	40	1.65
91405--91464	29	2.0	30	87	3	86	45	5	6	43	1.52
114887--114927	19	2.2	19	90	0	64	34	4	39	21	1.75
115082--115161	38	2.1	38	97	0	151	33	33	13	18	1.90
115956--116111	64	2.4	65	77	10	160	32	21	20	25	1.97
116869--117086	103	2.1	103	93	1	375	27	13	22	37	1.91
117093--117170	23	3.3	23	78	5	86	24	19	23	33	1.97
118011--118054	21	2.2	20	83	4	52	43	2	2	52	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122407--122448	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
124419--124494	38	2.0	38	84	0	98	30	18	9	42	1.81
124419--124494	19	4.0	19	78	0	80	30	18	9	42	1.81
129718--129786	23	3.0	23	84	0	84	30	24	23	21	1.99
129809--130011	103	2.0	103	95	0	361	37	23	11	28	1.89
134136--134182	20	2.3	20	100	0	94	42	14	14	27	1.86
134145--134195	20	2.5	20	87	3	66	41	13	17	27	1.87
139005--139069	23	2.9	23	81	2	69	27	21	27	23	1.99
139674--139710	19	1.9	19	94	0	65	13	29	32	24	1.93
145809--145900	23	4.0	23	89	0	130	26	26	27	20	1.99
146562--146604	21	2.0	21	81	0	50	16	25	30	27	1.97
150769--150859	39	2.4	38	82	8	116	47	0	0	52	1.00
158115--158175	32	1.9	32	86	6	88	26	18	19	36	1.94
167919--167969	25	2.0	27	85	14	72	35	1	11	50	1.50
168142--168199	22	2.6	22	81	13	75	46	0	0	53	1.00
172306--172419	24	4.8	24	88	6	160	22	16	19	41	1.90
172358--172431	24	3.1	24	84	3	69	20	16	20	43	1.88
181834--181860	14	1.9	14	100	0	54	59	7	7	25	1.51
188559--188802	121	2.0	122	92	1	409	34	21	12	31	1.91
195936--195979	16	2.8	16	82	0	52	40	4	0	54	1.21
199262--199292	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
199420--199444	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200840--200894	25	2.2	24	79	17	60	56	1	3	38	1.28
200856--200905	27	1.9	25	84	15	66	54	0	6	40	1.25
212578--212731	69	2.2	69	96	1	281	29	3	11	54	1.54
212746--212789	23	1.9	23	81	9	54	43	2	11	43	1.53
215639--215706	29	2.3	29	79	0	82	64	4	4	26	1.31
215652--215702	20	2.6	20	67	14	52	70	1	3	23	1.14
216178--216243	31	2.1	31	82	0	78	25	7	13	53	1.66
217899--218023	17	7.1	17	78	7	115	44	12	12	31	1.79
217899--217999	35	2.9	35	87	1	139	43	12	11	31	1.79
235899--235923	3	8.3	3	100	0	50	32	32	0	36	1.58
236218--236259	22	1.9	22	85	0	57	52	7	9	30	1.61
238786--238858	23	3.2	23	98	0	137	28	24	20	26	1.99
238879--238978	15	6.7	15	67	8	51	50	0	0	50	1.00
238883--238971	45	2.0	45	88	0	133	51	0	0	48	1.00
239764--239795	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
241850--241894	23	2.0	23	100	0	90	33	35	0	31	1.58
247768--247932	31	5.3	31	74	7	122	12	25	29	32	1.93
247768--247918	62	2.4	62	83	4	180	12	27	29	30	1.93
247828--247944	62	1.9	62	82	7	148	14	25	28	31	1.95
256300--256350	26	1.9	27	84	11	70	49	0	1	49	1.12
255965--256776	339	2.4	336	88	6	1203	45	4	5	43	1.49
270899--271027	68	1.9	68	95	0	231	26	24	22	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273800--273865	20	3.3	20	89	0	105	31	9	25	33	1.87
274242--274275	15	2.2	15	89	5	50	47	0	0	52	1.00
274287--274452	84	2.0	84	89	4	255	33	18	1	46	1.59
279702--279738	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
281185--281249	30	2.1	31	97	2	123	43	21	6	29	1.77
281489--281551	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
281627--281660	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
281701--281734	16	2.3	15	90	10	52	50	2	0	47	1.16
281783--281831	21	2.3	21	96	0	89	42	0	14	42	1.45
282488--282524	15	2.4	16	86	13	51	32	2	5	59	1.34
282982--283229	130	1.9	130	93	0	424	36	12	14	35	1.85
286553--286615	27	2.3	27	91	0	108	34	3	6	55	1.41
288698--288730	16	2.1	16	94	0	57	24	15	18	42	1.88
292872--292918	20	2.3	21	75	10	53	31	8	2	57	1.41
293047--293122	38	2.0	38	85	7	102	48	0	3	47	1.20
293844--294295	41	10.9	41	93	1	733	22	23	23	30	1.99
293844--294295	83	5.5	82	93	1	742	22	23	23	30	1.99
293844--294295	124	3.6	124	94	0	787	22	23	23	30	1.99
294238--294305	21	3.4	19	67	15	55	25	23	22	29	1.99
295171--295347	41	4.3	41	89	2	264	31	23	22	22	1.98
295168--295342	83	2.1	83	88	2	262	31	24	21	22	1.98
302166--302225	29	2.1	29	84	6	77	18	11	23	46	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309177--309208	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
309274--309348	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
309278--309342	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
313202--313263	24	2.6	24	92	0	97	51	22	12	12	1.74
313206--313286	34	2.4	34	75	4	83	48	20	14	16	1.81
316738--316788	24	2.1	26	85	10	72	43	1	3	50	1.31
328473--328529	21	2.7	21	71	15	55	22	1	29	45	1.63
335161--335369	75	2.8	75	85	1	267	31	15	31	22	1.95
336577--336606	15	2.0	15	93	0	51	16	3	0	80	0.85
344456--344501	23	2.0	23	86	0	65	28	34	15	21	1.94

Tables:   1   2   3   4