genome.fa.s876.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000876.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001695_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  362593

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7388--7459	19	3.6	19	72	17	65	54	0	4	41	1.20
7681--7722	22	1.9	22	90	0	66	59	9	9	21	1.57
10237--10266	14	2.1	14	93	0	51	26	3	26	43	1.70
10501--10845	173	2.0	173	96	0	636	28	20	18	31	1.96
13041--13067	12	2.2	12	100	0	54	22	0	14	62	1.31
16392--16431	3	13.3	3	100	0	80	0	32	0	67	0.91
16764--16801	3	12.7	3	100	0	76	68	0	31	0	0.90
16044--16779	389	1.9	388	98	0	1427	30	19	14	34	1.93
21400--21517	58	2.0	58	96	0	218	16	20	16	46	1.84
26149--26177	12	2.4	12	100	0	58	27	0	44	27	1.54
28191--28325	43	3.1	44	81	3	157	30	25	13	30	1.94
28315--28410	43	2.2	43	88	0	138	35	23	15	25	1.94
30460--31251	162	4.8	163	78	7	703	23	27	23	25	2.00
30460--31251	54	14.5	54	81	4	601	23	27	23	25	2.00
32508--32584	37	2.1	36	83	9	93	46	1	3	48	1.28
36290--36329	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
36312--36369	23	2.8	21	84	12	75	18	25	34	20	1.96
40673--40720	19	2.5	20	82	3	62	29	12	6	52	1.63
41899--41940	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
42146--42216	31	2.3	31	88	9	101	40	15	7	36	1.74
42518--42542	13	1.9	13	100	0	50	40	0	28	32	1.57
42965--43033	25	2.8	25	93	0	102	28	7	15	47	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43570--43741	4	43.0	4	100	0	344	50	25	0	25	1.50
59603--59689	31	2.8	30	81	10	95	54	3	1	41	1.25
62255--62286	7	4.6	7	100	0	64	46	28	12	12	1.78
62644--62677	17	2.0	17	88	0	50	38	2	26	32	1.71
67708--67788	38	2.1	38	97	0	153	43	2	4	49	1.37
69983--70117	26	4.7	27	81	15	148	43	9	5	41	1.60
69975--70091	58	1.9	60	89	8	184	41	8	5	44	1.59
70072--70127	26	2.4	22	82	14	60	44	10	3	41	1.56
70421--70476	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
71986--72022	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
74787--74841	29	1.9	28	92	3	92	38	9	18	34	1.82
74777--74842	29	2.3	29	82	10	89	33	9	25	31	1.87
82190--82262	29	2.4	29	78	15	78	58	8	8	24	1.54
83026--83109	27	3.1	27	75	11	66	55	3	0	40	1.17
86651--86691	7	5.9	7	91	8	66	73	0	0	26	0.84
90139--90172	18	1.9	18	88	5	52	17	26	29	26	1.98
99876--100010	67	2.0	67	98	0	261	24	28	22	24	1.99
102614--102654	21	2.0	21	95	0	73	41	17	0	41	1.49
102948--102977	13	2.3	13	94	0	51	60	0	3	36	1.14
106537--106631	25	3.8	25	85	0	127	16	16	24	42	1.89
107529--107585	30	1.9	29	82	10	71	29	12	7	50	1.66
109552--109589	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118596--118632	11	3.5	11	88	3	58	51	0	0	48	1.00
122115--122777	328	2.0	329	98	0	1274	38	11	10	39	1.76
123048--123214	59	2.8	60	72	15	148	38	11	9	40	1.74
123085--123176	31	3.1	29	83	7	123	35	9	14	40	1.79
123097--123186	29	3.0	29	79	6	92	34	8	12	44	1.73
123271--123345	30	2.6	30	81	8	93	40	10	13	36	1.79
126960--126999	21	1.9	22	90	10	66	42	0	0	57	0.98
127295--127336	17	2.6	16	82	14	50	57	0	2	40	1.12
132445--132658	97	2.2	97	88	4	310	31	8	23	36	1.85
133859--133914	27	2.1	28	86	6	80	30	10	26	32	1.90
133939--133997	28	2.1	29	87	3	84	38	10	10	40	1.73
134111--134167	28	2.0	28	83	6	71	35	5	17	42	1.72
134288--134425	60	2.3	61	82	8	158	34	3	16	44	1.65
142814--142843	16	1.9	15	93	6	51	50	3	0	46	1.18
146001--146033	6	5.5	6	100	0	66	36	33	15	15	1.88
155294--155369	19	3.9	19	76	6	71	39	14	7	38	1.75
157838--158123	85	3.3	86	79	4	319	34	18	22	24	1.96
157821--158123	43	7.1	43	81	3	317	35	18	22	23	1.95
157821--158123	128	2.4	127	83	5	351	35	18	22	23	1.95
160806--161155	83	4.3	82	77	5	307	32	18	17	31	1.94
165533--165558	11	2.4	11	100	0	52	19	0	30	50	1.48
166125--166185	27	2.3	27	97	0	113	42	13	6	37	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171468--171551	23	3.7	23	95	0	141	20	26	27	26	1.99
171663--171742	2	40.0	2	100	0	160	50	0	0	50	1.00
173480--173508	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
173494--173562	35	1.9	36	94	2	122	52	2	4	40	1.36
173530--173660	47	2.7	47	88	2	190	45	1	10	41	1.48
173684--173728	3	15.7	3	78	17	51	33	0	0	66	0.92
173684--173733	19	2.8	17	87	9	64	34	0	0	66	0.92
178001--178025	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
182464--182504	19	2.2	19	86	0	55	34	9	7	48	1.64
183166--183216	20	2.5	20	96	0	93	43	21	15	19	1.88
185289--185349	3	20.7	3	96	3	115	34	0	0	65	0.93
185391--185578	3	64.7	3	82	6	226	35	4	0	59	1.23
185391--185578	29	6.7	29	87	5	239	35	4	0	59	1.23
185391--185577	26	7.3	27	81	12	207	35	4	0	58	1.23
186975--187017	21	2.0	22	86	4	61	16	18	37	27	1.92
186996--187052	28	2.0	28	93	0	96	19	14	40	26	1.89
188707--188737	12	2.6	12	94	0	53	9	19	48	22	1.78
188835--188860	12	2.2	12	100	0	52	11	15	46	26	1.80
188894--188969	30	2.6	30	87	2	100	22	35	9	32	1.86
190772--190826	15	3.4	16	75	20	53	30	3	12	52	1.56
198280--198326	23	2.0	23	83	0	58	19	21	10	48	1.78
198790--198833	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200298--200397	39	2.6	38	72	12	96	31	17	13	39	1.87
201019--201074	3	18.7	3	100	0	112	0	33	0	66	0.92
201059--201188	65	2.0	65	100	0	260	21	27	10	40	1.87
203709--203779	31	2.3	31	97	0	133	21	15	28	35	1.94
208912--208944	13	2.7	12	90	9	57	54	12	0	33	1.37
215478--215627	2	74.5	2	78	13	157	46	2	2	49	1.24
215653--215859	64	3.4	62	72	12	158	46	4	3	44	1.41
215708--215765	11	5.5	11	72	10	50	50	1	3	44	1.29
215708--215765	22	2.8	21	82	7	66	50	1	3	44	1.29
215478--215775	20	14.6	20	71	15	132	46	4	3	45	1.39
215870--215903	7	4.9	7	85	0	50	17	0	41	41	1.50
215870--215910	21	2.0	21	85	0	55	19	0	36	43	1.51
216010--216157	33	4.2	33	70	18	118	43	8	6	41	1.60
216031--216092	22	2.7	22	80	9	63	50	9	3	37	1.52
216187--216522	2	161.0	2	63	24	56	44	5	4	44	1.49
216187--216248	29	2.1	29	84	0	79	45	8	6	40	1.59
216241--216276	17	2.1	17	94	0	63	58	2	0	38	1.13
216241--216296	15	3.7	15	78	7	60	57	1	0	41	1.09
216325--216389	28	2.2	30	84	13	82	44	6	4	44	1.49
216362--216411	24	2.1	24	85	7	66	40	4	10	46	1.56
216446--216514	22	3.0	22	76	16	68	40	2	2	53	1.31
216453--216510	11	5.2	11	74	24	50	43	1	1	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216550--216587	18	2.1	18	90	0	58	47	7	0	44	1.32
216592--216656	7	9.7	7	74	15	50	41	3	3	52	1.32
216637--216665	15	1.9	15	100	0	58	41	6	0	51	1.28
216577--216669	27	3.4	27	89	2	125	40	4	4	50	1.42
216735--216779	18	2.5	19	86	13	60	37	8	6	46	1.61
216752--216796	18	2.3	20	82	14	51	37	8	8	44	1.67
216806--216937	18	7.3	18	77	13	128	44	4	8	42	1.55
216793--216870	33	2.4	33	85	8	99	47	5	6	41	1.51
216794--216990	90	2.2	89	78	8	236	45	5	7	42	1.53
217023--217163	61	2.3	61	93	0	237	48	6	9	35	1.61

Tables:   1   2