genome.fa.s8838.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112042_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  388168

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17785--17821	8	4.8	8	90	3	58	59	2	0	37	1.12
18167--18230	33	1.9	34	84	9	87	40	3	7	48	1.48
18881--18933	25	2.1	25	96	0	97	50	5	7	35	1.54
24172--24196	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
25010--25104	32	3.0	32	100	0	190	30	34	9	25	1.88
26036--26075	21	1.9	20	85	10	53	45	5	2	47	1.38
27824--27860	17	2.2	17	95	0	65	43	8	21	27	1.80
34153--34191	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
36745--36787	22	2.0	22	81	9	52	55	6	27	9	1.57
39966--40497	178	2.9	178	85	6	660	35	26	8	30	1.85
41306--41392	29	3.0	29	81	3	95	22	39	25	12	1.90
45503--45539	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
51305--52641	668	2.0	668	99	0	2629	33	19	15	30	1.94
56591--56630	14	3.1	14	75	20	50	17	2	15	65	1.39
56570--56638	21	3.0	24	81	10	81	14	1	20	63	1.37
56569--56618	11	4.6	11	80	5	66	16	2	20	62	1.43
67952--68021	24	2.9	24	74	16	63	24	0	2	72	0.98
67981--68019	19	2.1	18	86	13	53	23	0	2	74	0.94
67981--68019	18	2.2	18	86	9	53	23	0	2	74	0.94
68054--68095	22	2.0	22	90	4	68	19	16	9	54	1.69
72499--72556	2	28.5	2	96	3	107	50	0	1	48	1.11
75384--75509	63	2.0	63	100	0	252	30	15	31	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78708--78757	26	1.9	26	83	0	64	34	6	26	34	1.81
79138--79183	23	2.0	23	86	0	65	21	6	21	50	1.71
82127--82172	24	2.0	23	91	4	74	36	6	2	54	1.39
83191--83231	22	1.9	21	85	5	55	75	7	0	17	1.02
83204--83249	9	4.6	10	76	17	51	76	2	2	19	1.00
83362--83486	36	3.5	35	73	21	100	68	3	4	24	1.22
83462--83545	37	2.3	38	85	8	111	66	1	3	28	1.15
83575--83654	2	42.0	2	75	14	62	55	1	2	41	1.21
83630--83705	12	6.2	12	69	18	50	67	0	5	27	1.12
86241--86314	31	2.3	30	78	15	78	4	17	4	74	1.13
86254--86291	13	2.9	14	80	11	53	5	15	5	73	1.19
86274--86308	18	1.9	18	94	0	61	2	17	2	77	1.02
86893--86941	25	2.0	25	88	8	73	75	8	4	12	1.16
86912--86952	22	1.9	21	85	5	55	75	4	2	17	1.08
86901--86956	14	4.2	13	72	9	51	76	5	1	16	1.05
87012--87059	17	2.8	17	75	15	53	75	0	10	14	1.06
87012--87046	17	1.9	18	88	11	54	77	0	8	14	0.99
87314--87362	2	25.0	2	82	12	57	51	2	4	42	1.32
87314--87385	14	5.0	14	77	16	58	56	1	2	38	1.22
87327--87377	25	2.0	27	84	7	70	58	0	3	37	1.16
88459--88673	85	2.6	84	81	8	226	26	18	21	32	1.97
88894--89375	106	4.6	106	83	4	566	22	19	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90041--90166	66	1.9	66	88	1	189	39	6	21	32	1.78
90032--90213	65	2.8	65	81	3	204	39	8	20	31	1.82
90162--90453	36	8.0	36	74	15	233	38	13	20	28	1.90
90143--90354	117	1.8	117	90	0	343	40	13	19	26	1.88
90373--90447	37	2.0	38	89	2	116	34	13	22	29	1.92
92101--92138	13	3.0	13	85	14	53	5	15	2	76	1.08
95260--95304	9	4.6	10	81	18	51	80	0	2	17	0.82
95260--95304	13	3.5	12	82	11	54	80	0	2	17	0.82
95425--95555	45	3.0	43	75	14	124	71	3	2	22	1.13
95526--95609	37	2.3	37	81	4	98	65	2	3	28	1.22
95638--95697	2	31.0	2	93	6	106	51	0	0	48	1.00
95709--95750	16	2.5	17	80	7	50	69	0	0	30	0.89
102313--102612	154	2.0	152	82	2	368	39	15	8	37	1.78
103420--103481	29	2.2	29	81	16	76	59	3	12	24	1.48
104334--104378	22	2.0	22	100	0	90	22	4	4	68	1.25
111048--111083	18	2.0	18	88	0	54	13	19	41	25	1.88
112759--112838	18	4.8	17	73	17	69	76	1	3	18	1.01
112787--112824	19	2.0	19	100	0	76	78	0	5	15	0.91
112802--112840	13	2.9	13	80	3	51	74	0	5	20	1.01
112762--112823	33	1.9	31	87	9	88	77	1	4	16	1.02
123322--123374	19	2.8	19	100	0	106	50	22	16	9	1.74
123465--123657	20	9.6	20	83	7	78	34	26	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123465--123656	40	4.8	40	85	3	154	34	27	19	19	1.96
123465--123656	60	3.2	60	84	4	253	34	27	19	19	1.96
124035--124105	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
124184--124290	21	5.6	20	73	17	102	46	17	21	14	1.83
124245--124301	14	3.7	14	75	20	60	43	21	24	10	1.83
124238--124317	33	2.4	33	93	0	133	47	21	21	10	1.79
124343--124407	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
124342--124405	20	3.2	20	82	4	92	12	25	15	46	1.81
126088--126399	92	3.4	92	96	2	567	21	13	19	45	1.84
126497--126619	33	3.7	33	87	2	167	45	27	17	9	1.79
126545--126603	14	3.9	14	76	20	64	47	28	15	8	1.74
126528--126619	19	5.4	18	72	24	74	46	28	16	8	1.76
126615--126747	19	7.8	18	69	23	101	10	23	21	45	1.82
126637--126729	14	5.9	14	71	22	69	9	24	21	44	1.82
126620--126745	33	3.8	33	94	0	225	10	23	21	45	1.82
126684--126763	19	4.4	19	74	16	62	11	21	23	43	1.84
128664--128698	13	2.6	14	90	4	54	31	0	22	45	1.53
128795--128870	19	4.2	19	79	17	99	46	17	23	13	1.83
128879--129118	19	13.7	19	74	20	229	14	21	17	46	1.84
128903--129065	33	4.8	33	70	20	122	14	22	17	46	1.83
128885--129118	52	4.5	53	92	3	386	14	21	17	47	1.83
128885--129118	103	2.3	103	92	3	353	14	21	17	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131397--131421	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
131595--131641	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
132333--132521	20	9.4	20	87	2	193	17	17	26	38	1.92
132515--132585	21	3.4	20	75	13	54	25	18	22	33	1.96
137716--137749	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
145351--145404	28	1.9	28	92	0	90	37	31	5	25	1.79
152217--152312	50	1.9	50	86	0	138	54	9	19	16	1.69
158736--158776	13	3.2	12	90	10	64	82	0	7	9	0.83
158778--158810	14	2.4	14	85	14	50	75	0	9	15	1.03
160138--160247	3	34.3	3	82	13	107	68	1	1	28	1.10
160262--160516	37	6.9	36	87	8	311	45	7	2	44	1.47
160276--160554	74	3.8	71	82	11	268	44	9	2	43	1.49
160712--160769	16	3.6	16	84	13	59	58	5	3	32	1.37
163218--163263	22	2.1	22	84	8	58	58	2	6	32	1.36
165630--165664	18	2.1	18	89	10	56	45	2	0	51	1.16
173881--173953	31	2.4	31	97	0	137	32	12	23	31	1.91
175354--175392	20	2.0	20	84	0	51	38	12	10	38	1.78
178486--178754	137	2.0	135	84	1	349	30	12	15	41	1.83
182273--182433	64	2.5	63	83	5	189	34	18	19	27	1.95
183812--183874	21	3.0	21	90	4	99	25	26	23	23	2.00
183811--183882	22	3.3	22	88	3	110	26	25	20	27	1.99
187761--187884	64	1.9	65	88	1	187	36	16	18	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189261--189331	21	3.3	22	82	5	92	28	23	19	28	1.99
196123--196250	27	4.5	28	83	4	125	53	12	3	30	1.53
196120--196263	27	5.1	28	76	9	89	53	13	2	30	1.53
196253--196307	29	1.9	28	85	3	74	47	25	3	23	1.68
196360--196401	19	2.2	19	91	0	66	33	26	21	19	1.97
198485--198523	16	2.4	16	86	0	51	30	20	28	20	1.98
199728--199760	14	2.4	14	100	0	66	42	0	45	12	1.41
201128--201152	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
201087--201290	38	5.6	36	78	8	189	44	2	6	46	1.44
201093--201346	35	6.9	37	77	11	170	45	2	5	46	1.42

Tables:   1   2