genome.fa.s8838.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008838.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112042_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  388168

Tables:   1   2   

This is table  2  of  2  ( 220 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201212--201300	39	2.3	39	86	3	126	44	2	6	46	1.42
207645--208313	81	8.1	80	81	5	789	29	26	20	23	1.99
207645--208259	165	3.7	165	94	1	1011	29	25	20	23	1.99
207667--208428	246	3.1	243	79	7	592	30	25	20	23	1.98
209123--209148	12	2.2	12	100	0	52	38	7	7	46	1.61
209038--209351	39	8.5	37	76	13	206	44	2	5	47	1.39
211183--211267	36	2.3	36	93	2	152	22	18	20	38	1.93
211192--211249	18	3.2	18	66	9	55	20	18	22	37	1.94
215217--215272	27	2.1	27	96	0	103	33	23	12	30	1.92
215871--215927	30	1.9	30	96	0	105	36	10	3	49	1.55
216019--216157	69	2.0	69	100	0	278	37	14	22	25	1.92
219595--219752	63	2.5	59	79	13	165	32	18	24	25	1.97
219822--220157	170	2.0	170	98	1	656	36	11	22	28	1.90
220327--220377	20	2.4	21	81	15	61	50	0	15	33	1.44
224148--224308	64	2.5	64	84	6	175	32	16	24	26	1.96
225143--225202	24	2.6	23	81	2	75	20	26	25	28	1.99
231537--231577	18	2.3	18	100	0	82	14	4	36	43	1.67
231925--231974	21	2.6	19	81	12	57	34	12	24	30	1.91
233313--233471	65	2.4	65	76	10	155	30	20	17	31	1.95
233477--233599	54	2.3	54	100	0	246	32	19	17	30	1.95
239866--240124	41	6.3	41	83	2	295	28	20	18	32	1.96
239818--240124	82	3.7	82	78	10	279	28	19	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239849--240126	123	2.2	122	84	5	369	28	19	18	33	1.96
243403--243797	43	9.2	43	78	8	342	23	20	20	35	1.96
251206--251262	21	2.7	21	76	10	71	26	31	15	26	1.96
252031--252104	21	3.5	21	78	10	80	44	4	10	40	1.58
255579--255656	25	3.0	25	70	7	75	41	35	1	21	1.62
255579--255656	27	3.0	27	70	10	72	41	35	1	21	1.62
255579--255677	52	1.9	52	87	0	144	36	36	1	26	1.63
255829--255858	13	2.3	13	94	0	51	50	33	0	16	1.46
258241--258278	7	5.4	7	84	12	51	44	15	0	39	1.47
262666--262869	113	1.8	113	94	0	363	25	22	17	34	1.96
263432--263484	26	2.0	26	92	0	88	22	24	20	32	1.98
266705--266759	3	19.3	3	89	10	89	36	0	0	63	0.95
266712--266759	14	3.4	14	97	2	87	35	0	0	64	0.94
266705--266759	17	3.2	17	92	7	94	36	0	0	63	0.95
267116--267506	146	2.7	146	89	0	568	33	21	24	20	1.97
270620--270666	6	7.5	6	77	17	51	17	17	19	46	1.84
273329--273836	125	4.1	125	93	1	835	32	15	28	23	1.95
275009--275085	36	2.1	36	82	0	100	40	22	15	22	1.91
275513--276083	54	10.7	54	87	3	739	32	19	26	21	1.97
276034--276626	55	10.8	55	84	6	638	30	15	25	28	1.96
275502--276574	54	19.9	52	81	8	484	31	17	26	25	1.97
276477--276646	55	3.2	53	80	10	184	33	19	24	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276818--276869	3	18.3	3	88	11	83	36	0	0	63	0.95
276818--276869	14	3.6	14	97	2	95	36	0	0	63	0.95
277232--277507	146	1.9	146	93	1	473	33	19	25	21	1.97
278635--278677	21	2.0	23	86	9	63	34	0	4	60	1.17
282067--282135	24	2.9	24	86	4	77	14	10	17	57	1.63
282085--282115	14	2.2	14	94	0	53	9	12	22	54	1.67
282868--282926	16	3.7	16	88	0	91	10	10	20	59	1.58
282992--283022	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
283640--283774	59	2.3	57	80	7	146	37	5	23	34	1.77
285604--285656	27	2.0	27	88	0	79	47	1	15	35	1.56
286263--286330	23	3.0	22	79	8	73	58	10	14	16	1.62
291965--292030	33	2.1	31	86	8	89	36	24	15	24	1.93
297898--297958	29	2.1	29	90	3	97	44	1	14	39	1.55
297905--297983	29	2.7	29	84	2	86	49	1	8	40	1.42
302985--303117	30	4.4	30	99	0	257	32	24	19	24	1.98
302985--303142	60	2.6	60	92	1	244	33	24	18	22	1.97
303103--303184	31	2.6	31	78	0	92	32	23	15	28	1.95
303369--303405	4	9.2	4	93	0	65	48	21	0	29	1.50
307806--307938	30	4.4	30	99	0	257	32	24	19	24	1.98
307806--307963	60	2.6	60	92	1	244	33	24	18	22	1.97
308191--308599	4	103.2	4	97	1	781	49	25	0	24	1.52
314906--314948	20	2.2	20	88	8	63	30	9	25	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
319471--319513	20	2.2	20	88	8	63	30	9	25	34	1.87
322657--322689	16	2.0	17	88	5	50	42	18	24	15	1.88
326427--326510	42	2.0	43	80	2	98	27	15	17	39	1.90
326838--326908	21	3.4	21	90	0	106	52	21	5	21	1.67
330949--331000	24	2.2	25	80	13	65	28	26	15	28	1.96
335448--335610	71	2.2	72	81	9	188	22	24	28	24	2.00
338418--338468	23	2.3	23	83	6	70	17	19	43	19	1.89
344193--344391	75	2.6	76	86	2	267	20	24	31	23	1.98
346558--346783	82	2.7	82	84	8	264	31	12	22	34	1.91
346558--346766	41	5.1	40	79	8	215	31	13	22	33	1.92
350028--350116	40	2.2	41	84	6	119	34	20	17	26	1.95
350129--350192	19	3.3	19	78	8	83	21	23	20	34	1.97
350129--350209	19	4.1	20	76	9	76	20	23	22	33	1.97
350132--350217	40	2.2	40	93	0	145	22	24	19	33	1.97
350129--350200	19	3.7	19	78	7	81	22	22	20	34	1.97
350622--350728	19	5.4	19	76	17	92	31	26	5	36	1.80
350957--350986	4	7.5	4	100	0	60	26	0	0	73	0.84
353144--353177	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
353414--353439	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
355626--355681	19	2.9	18	92	5	67	23	14	26	35	1.93
359943--360188	136	1.8	135	86	0	357	30	20	12	36	1.90
361348--361416	32	2.2	32	82	10	79	18	11	11	57	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361949--362036	45	2.0	42	82	6	104	34	4	6	54	1.47
362203--362278	31	2.5	31	86	4	109	48	14	2	34	1.58
366009--366043	17	2.1	17	100	0	70	11	37	5	45	1.64
369326--369594	27	9.7	28	66	17	105	26	21	25	26	2.00
369326--369571	55	4.4	55	80	7	264	26	22	25	25	2.00
369271--369592	55	5.8	55	75	15	247	27	21	25	25	1.99
369687--369844	81	2.0	81	93	0	271	31	22	31	15	1.95
375229--375296	3	23.0	3	73	8	50	54	1	0	44	1.09
377769--377796	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
377771--377815	15	3.1	14	87	9	56	71	4	0	24	1.05
378814--378918	3	35.3	3	85	9	144	63	0	0	35	1.01
382993--383063	35	2.0	35	97	0	133	32	5	15	46	1.69

Tables:   1   2

The End!