genome.fa.s8844.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008844.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112051_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  694789

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3578--3654	31	2.5	31	80	2	91	27	31	27	14	1.95
3531--3654	63	2.0	63	82	6	153	25	29	28	16	1.97
4516--4541	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
4531--4588	17	3.4	17	97	0	107	15	24	43	17	1.87
4512--4541	7	4.4	7	91	8	53	23	30	30	16	1.96
9514--9629	43	2.7	43	82	4	126	19	18	15	46	1.84
9549--9637	42	2.1	42	81	4	99	26	16	15	40	1.89
11214--11449	83	2.9	79	83	6	283	33	17	18	30	1.94
11275--11416	39	3.5	39	65	10	88	33	17	19	29	1.95
17156--17206	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
21351--21401	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
25536--25825	147	2.0	148	93	1	501	37	20	14	27	1.91
32885--32929	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
32908--33211	149	2.0	149	96	0	563	37	21	14	26	1.92
33687--33724	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
42238--42275	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
44256--44321	33	2.0	34	93	3	116	37	21	12	28	1.89
51335--51393	23	2.6	23	100	0	118	20	28	28	22	1.98
58405--58470	33	2.0	34	90	3	107	39	22	10	27	1.87
59523--59564	8	5.2	8	77	11	50	28	2	0	69	1.01
64539--64572	2	17.5	2	87	6	52	47	2	0	50	1.16
65879--65959	21	3.3	23	72	19	67	17	18	0	64	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65882--65959	26	3.1	26	76	16	83	17	17	0	64	1.30
66188--66251	26	2.4	28	82	15	82	70	4	18	6	1.27
69165--69198	2	17.5	2	87	6	52	47	2	0	50	1.16
70291--70341	22	2.1	25	86	13	72	21	7	0	70	1.12
73181--73262	24	3.4	24	79	3	92	28	23	17	31	1.96
75511--75546	12	3.0	12	100	0	72	0	41	0	58	0.98
77865--78262	183	2.2	183	90	0	625	27	15	15	41	1.87
78454--78478	11	2.3	11	100	0	50	24	12	20	44	1.85
85162--85204	10	4.4	10	80	16	54	0	11	13	74	1.07
85170--85241	17	4.4	16	84	11	85	0	8	11	80	0.90
85182--85243	16	3.9	16	87	6	81	0	6	11	82	0.84
85162--85243	7	9.7	9	77	18	63	0	8	13	78	0.97
85169--85243	35	2.2	33	86	11	100	0	8	12	80	0.92
94507--94690	42	4.3	42	74	11	160	41	15	22	20	1.90
96086--96145	18	3.2	18	74	21	52	43	8	10	38	1.68
98288--98339	15	3.7	15	72	27	51	15	15	5	63	1.48
104030--104082	17	3.1	17	83	0	70	37	16	5	39	1.73
106099--106202	2	52.0	2	100	0	208	50	0	0	50	1.00
111975--112188	111	1.9	111	87	0	311	14	19	28	37	1.91
111975--112200	57	4.0	57	84	3	287	14	18	30	36	1.91
113903--114063	85	1.9	85	86	0	232	53	15	1	29	1.53
117920--117979	22	2.8	22	87	2	86	71	5	8	15	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124422--124467	24	1.9	24	100	0	92	43	8	21	26	1.81
128246--128315	29	2.4	30	80	7	72	24	22	12	40	1.89
134012--134327	158	2.0	158	96	0	587	33	16	12	37	1.86
136759--136830	6	12.0	6	76	5	56	8	18	0	73	1.07
136781--136837	25	2.2	26	81	12	73	8	21	0	70	1.14
138388--138443	27	2.1	27	100	0	112	55	25	0	19	1.43
141001--141188	35	5.3	35	77	6	141	32	17	23	25	1.97
148506--148568	32	2.0	32	83	0	81	38	3	6	52	1.43
148231--149010	198	3.9	197	83	3	854	37	4	10	46	1.60
148235--149009	395	2.0	395	81	3	916	37	4	10	47	1.60
158499--158545	22	2.2	20	81	7	58	63	4	12	19	1.44
159803--159856	26	2.2	25	83	12	67	55	0	3	40	1.17
160291--160342	24	2.2	24	96	0	95	26	17	17	38	1.92
171653--171696	23	2.0	22	86	4	61	27	11	6	54	1.61
181371--181412	22	1.9	22	95	0	75	26	0	23	50	1.50
193514--193544	13	2.4	13	100	0	62	22	29	22	25	1.99
201556--201588	2	16.0	2	93	6	57	48	0	3	48	1.17
210471--210525	28	2.0	28	92	0	92	14	32	23	29	1.94
221535--221595	21	2.8	22	75	22	58	59	3	8	29	1.43
221537--221595	22	2.7	23	80	17	72	59	3	8	28	1.43
222427--222479	26	2.0	26	88	0	79	30	30	15	24	1.95
231611--231668	22	2.7	21	82	10	64	63	0	5	31	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231610--231668	21	2.8	21	82	14	68	62	0	5	32	1.17
233851--233892	21	1.9	23	85	9	61	42	0	14	42	1.45
233847--233900	21	2.7	20	80	11	56	48	0	11	40	1.39
235762--235802	15	2.6	16	81	14	50	78	0	7	14	0.96
235738--235817	13	6.4	13	70	13	51	72	0	10	17	1.11
235823--235906	21	4.4	18	69	21	57	63	2	5	28	1.31
235857--235907	18	2.6	19	79	11	59	62	3	3	29	1.31
236111--236154	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
236178--236226	23	2.1	24	81	11	57	57	0	8	34	1.29
236691--236792	37	2.8	37	89	0	141	28	15	14	41	1.87
237525--239099	106	14.9	106	88	1	2232	24	17	23	34	1.96
239917--239993	22	3.5	22	94	0	136	20	14	27	37	1.91
240388--240734	172	2.0	173	91	3	565	25	17	19	36	1.94
245375--245449	16	4.6	16	80	9	62	73	0	9	17	1.09
245376--245433	13	4.2	14	78	17	50	74	0	10	15	1.08
245386--245452	12	5.4	12	80	5	62	73	0	7	19	1.07
245407--245452	4	11.2	4	86	4	65	73	0	4	21	1.00
245742--245791	21	2.4	20	78	18	57	64	0	4	32	1.12
245755--245848	22	4.4	20	72	21	66	61	2	4	31	1.27
245755--245848	23	4.3	23	72	20	58	61	2	4	31	1.27
246321--246425	37	2.8	37	88	0	156	29	15	15	40	1.88
250376--250432	26	2.2	26	93	0	96	38	31	12	17	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252060--252119	31	1.9	31	89	0	93	38	35	1	25	1.66
254046--254073	11	2.5	11	100	0	56	17	25	0	57	1.41
262382--262422	17	2.4	17	87	0	55	39	9	2	48	1.49
262401--262458	30	1.9	30	89	0	89	44	8	0	46	1.34
262422--262524	21	4.7	21	78	11	91	44	9	2	42	1.52
262423--262545	43	2.8	45	77	9	128	44	8	2	43	1.48
262528--262581	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
267967--268052	45	1.9	45	83	9	113	65	1	4	29	1.20
267962--268096	23	6.1	22	69	22	61	65	1	4	28	1.20
268227--268275	21	2.2	21	82	10	53	61	0	4	34	1.15
268285--268327	19	2.3	19	88	8	61	72	0	0	27	0.85
268744--268828	37	2.3	37	87	0	116	31	11	15	41	1.83
269590--270865	106	12.0	106	90	0	1881	23	18	24	33	1.97
271809--271863	22	2.5	22	93	0	92	27	12	23	36	1.91
272452--272523	15	4.2	17	77	16	60	1	13	5	79	0.98
272462--272504	22	2.0	22	86	4	61	2	11	4	81	0.93
272480--272528	15	3.2	15	83	13	64	0	12	6	81	0.86
272465--272530	18	3.6	19	74	10	57	1	10	7	80	0.97
276825--276861	15	2.4	16	82	13	51	64	0	10	24	1.25
276933--276985	21	2.5	20	82	14	63	69	1	1	26	1.09
277188--277246	30	2.0	30	83	6	75	64	1	1	32	1.13
277257--277303	23	2.0	23	84	15	62	70	0	2	27	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279233--279371	67	2.1	67	98	1	271	42	27	8	21	1.82
283294--283329	16	2.2	17	90	5	56	58	0	8	33	1.28
283294--283331	17	2.2	17	86	9	51	57	0	7	34	1.28
290979--291019	20	2.0	21	86	13	59	48	4	14	31	1.65
293579--293633	12	5.1	12	67	24	50	25	14	36	23	1.93
293579--293633	21	2.6	21	100	0	110	25	14	36	23	1.93
312430--312470	16	2.6	16	92	0	73	24	7	14	53	1.66
312705--313508	54	14.9	54	83	3	971	36	20	14	28	1.92
329403--329628	54	4.2	54	81	2	240	33	18	16	30	1.94
329396--329605	108	1.9	108	85	3	289	34	18	15	31	1.92

Tables:   1   2