genome.fa.s8853.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008853.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112069_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  472107

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83--185	48	2.1	48	96	0	188	37	29	7	25	1.84
10744--10788	3	15.3	3	90	4	74	62	2	0	35	1.08
17129--17171	23	2.0	22	86	13	63	48	0	0	51	1.00
17139--17177	20	2.0	20	84	0	51	51	0	0	48	1.00
26016--26048	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
27431--27477	17	2.5	20	78	21	57	38	17	19	25	1.92
38983--39041	20	3.0	20	79	18	77	27	28	18	25	1.98
40518--40597	41	2.0	40	87	2	115	28	20	8	42	1.81
41569--41643	30	2.5	31	84	4	98	32	22	4	41	1.72
51132--51198	30	2.2	30	83	2	80	32	20	4	41	1.73
52545--52619	33	2.3	33	97	0	141	28	21	16	34	1.94
54374--54462	42	2.1	42	95	0	160	32	17	17	31	1.94
56590--56622	10	3.4	10	91	8	59	21	12	18	48	1.80
65111--65344	81	2.9	80	83	3	281	38	11	20	28	1.88
65351--65438	46	1.9	46	88	0	131	40	12	23	22	1.88
67874--67918	21	2.3	19	84	7	54	35	6	22	35	1.80
68445--68677	81	2.9	81	79	2	236	38	12	20	29	1.88
68684--68783	46	2.2	46	85	0	128	39	12	25	24	1.89
71319--71357	21	1.9	19	85	10	51	35	5	20	38	1.75
71891--72124	81	2.9	81	83	0	270	38	12	19	29	1.89
94375--94889	253	2.0	255	92	4	849	29	21	16	32	1.95
95558--95827	39	6.9	39	77	9	246	17	28	21	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95557--95827	78	3.5	78	84	3	323	18	28	21	32	1.97
99837--100052	39	5.5	39	83	2	229	18	28	21	31	1.97
99837--100053	78	2.8	77	84	2	265	18	28	21	31	1.97
99840--100053	117	1.8	117	85	2	304	17	28	21	32	1.96
107792--107844	23	2.3	23	96	0	97	32	16	16	33	1.92
107950--108103	57	2.7	56	80	7	168	33	18	14	32	1.92
111380--111442	30	2.1	30	96	0	117	30	11	12	46	1.77
111917--112071	65	2.4	65	85	3	195	36	4	16	43	1.68
111812--112112	158	1.9	159	90	0	478	39	5	13	40	1.70
112032--112202	81	2.1	81	92	2	283	39	7	14	38	1.75
112118--112339	93	2.4	93	93	1	383	36	6	15	41	1.72
111983--112295	174	1.8	171	86	7	463	38	6	14	39	1.73
112222--112273	26	2.0	27	96	3	97	32	7	17	42	1.77
112249--112468	75	3.2	67	77	13	246	39	6	13	40	1.70
115081--115131	15	3.4	15	88	0	84	37	5	19	37	1.76
115075--115147	30	2.5	29	93	2	128	43	6	17	31	1.75
115130--115199	20	3.5	20	94	0	122	41	10	12	35	1.77
115365--115468	29	3.5	29	79	19	101	52	1	0	44	1.18
115482--115525	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
115365--115527	54	2.9	58	75	17	146	52	1	1	45	1.16
115486--115542	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
115422--115542	54	2.3	51	77	19	133	50	0	0	47	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115724--115836	41	2.7	41	89	4	165	51	15	15	16	1.77
122991--123022	16	1.9	17	93	6	57	56	3	0	40	1.15
124776--124939	8	20.5	8	66	18	58	54	4	5	35	1.43
124837--124933	17	5.9	17	71	19	71	54	5	5	35	1.45
124776--125201	25	17.7	24	71	17	169	51	3	5	39	1.42
124950--125006	29	2.0	29	89	3	89	38	1	3	56	1.27
124943--125004	29	2.1	29	85	5	81	40	1	4	53	1.32
125017--125335	8	41.4	8	66	20	114	52	1	5	39	1.34
125070--125151	31	2.6	32	79	12	82	57	1	3	37	1.24
125086--125330	6	37.5	6	66	24	56	52	0	5	40	1.31
125099--125142	18	2.3	19	88	11	72	56	0	4	38	1.20
125106--125200	28	3.5	27	79	14	90	52	1	4	42	1.27
125133--125199	2	34.0	2	77	14	68	50	1	2	44	1.26
125124--125241	41	2.9	41	76	16	111	50	0	6	42	1.35
124831--125290	24	19.8	24	69	22	151	50	3	6	40	1.43
124877--125311	212	2.1	213	80	12	488	50	2	5	41	1.40
125274--125355	21	3.6	22	76	14	60	56	0	4	39	1.21
126012--126052	15	2.7	15	88	0	55	43	34	0	21	1.53
131232--131415	39	4.7	39	78	1	181	34	21	25	19	1.96
131232--131419	78	2.4	78	82	0	214	34	21	26	18	1.96
133169--133777	54	11.5	53	87	4	788	26	15	21	37	1.93
133249--133338	27	3.2	31	61	23	79	24	11	22	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133461--133542	43	1.9	43	94	0	146	26	14	18	40	1.89
133307--133704	205	1.9	205	92	2	665	26	14	21	37	1.92
133191--133777	313	1.9	313	88	2	901	26	15	20	37	1.92
134083--134137	22	2.6	21	83	13	69	21	30	14	32	1.93
134141--134241	45	2.2	45	96	0	184	31	15	11	40	1.84
140215--140505	54	5.4	53	83	2	350	25	16	20	37	1.93
140218--140513	108	2.7	107	86	4	391	26	16	20	36	1.94
140822--140876	22	2.6	21	83	8	67	20	32	16	30	1.94
140832--140874	22	2.0	22	90	0	68	20	32	13	32	1.92
141793--141903	49	2.2	50	88	3	170	22	4	20	52	1.65
141793--141877	23	3.6	23	73	20	84	21	5	20	52	1.66
141806--141903	27	3.8	27	73	13	98	22	4	21	52	1.64
143594--143644	22	2.3	23	82	3	68	25	1	1	70	1.08
144169--144249	20	4.1	20	85	0	99	16	8	18	56	1.64
144346--144390	23	2.0	23	90	0	72	31	13	20	35	1.91
144980--145037	20	2.8	21	81	5	64	62	0	0	37	0.96
146216--146308	21	4.5	21	78	4	100	39	18	24	17	1.91
146216--146308	41	2.3	41	100	0	186	39	18	24	17	1.91
146236--146368	41	3.3	41	81	9	123	33	23	22	21	1.98
146298--146370	20	3.7	20	90	0	119	27	27	19	26	1.99
146558--146601	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
148199--148243	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148719--148785	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
148758--148847	32	2.8	32	91	5	146	47	21	18	12	1.81
148719--148852	19	7.6	19	72	21	76	43	22	20	13	1.87
148864--148921	14	3.9	14	77	16	53	12	17	24	46	1.81
148859--148929	32	2.2	33	92	2	117	11	19	22	46	1.81
148910--148976	19	3.5	19	79	4	80	14	22	23	38	1.92
150838--150873	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
151024--151081	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
152022--152075	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
152249--152273	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
154559--154689	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
154559--154685	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
154560--154692	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
154685--154728	20	2.2	20	88	4	63	15	15	22	45	1.85
154690--154729	20	2.0	20	95	0	71	12	15	20	52	1.74
154867--154903	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
156255--156321	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
156255--156377	42	2.9	41	79	7	104	23	17	36	22	1.94
158373--158433	20	3.1	19	79	9	68	44	18	24	13	1.85
158398--158496	33	3.0	33	89	1	144	39	26	23	11	1.88
158495--158546	20	2.6	20	100	0	104	13	23	26	36	1.92
159060--159112	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159121--159174	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
159061--159177	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	33	1.97
159061--159195	61	2.2	61	81	2	155	22	20	24	32	1.98
159245--159285	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
160650--160691	22	2.0	21	86	13	59	64	7	0	28	1.20
162876--162920	6	6.7	7	80	14	51	31	2	0	66	1.04
162888--162936	3	16.0	3	82	4	62	32	2	2	63	1.17
166662--166715	14	3.8	14	85	2	63	24	14	5	55	1.61
169710--169754	12	3.7	12	79	5	54	84	4	11	0	0.76
170435--171375	470	2.0	471	96	3	1727	35	17	17	30	1.93

Tables:   1   2