genome.fa.s8856.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008856.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112075_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  559779

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3637--3841	98	2.1	98	98	0	394	22	11	19	45	1.83
5199--5238	2	20.0	2	89	0	62	52	2	0	45	1.14
5439--5474	2	18.0	2	88	11	56	50	0	2	47	1.15
5496--5537	20	2.1	20	90	0	66	40	0	14	45	1.45
5511--5671	38	4.3	38	81	8	177	44	3	9	42	1.53
5735--5769	13	2.8	12	87	12	52	11	8	0	80	0.92
13300--13350	23	2.2	23	82	0	57	23	23	23	29	1.99
20819--20860	22	1.9	22	85	9	59	50	4	16	28	1.66
25484--25542	23	2.6	23	88	0	91	18	23	25	32	1.97
35421--35479	20	2.7	23	79	15	70	42	1	11	44	1.51
35508--35560	22	2.3	23	80	9	63	39	1	5	52	1.36
35548--35642	35	2.6	36	75	6	93	49	2	8	40	1.45
35702--35756	22	2.6	21	82	2	65	41	3	7	47	1.49
35779--35812	6	5.5	6	86	6	50	14	5	0	79	0.91
45008--45079	31	2.3	32	85	2	101	27	8	1	62	1.32
47093--47127	17	2.1	17	94	0	61	51	25	14	8	1.70
63057--63162	36	3.1	36	84	14	152	49	16	5	29	1.68
63855--63889	18	1.9	18	100	0	70	37	11	11	40	1.77
65720--65771	24	2.2	23	86	3	68	28	3	1	65	1.21
67419--67462	17	2.6	17	100	0	88	52	11	13	22	1.72
75192--75244	21	2.5	21	90	0	79	50	0	33	15	1.44
85681--85719	17	2.2	18	95	4	71	5	28	30	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86145--86184	18	2.2	18	95	0	71	5	32	27	35	1.79
85417--86346	465	2.0	465	96	0	1727	27	22	18	32	1.97
93116--93428	38	8.1	38	84	5	378	24	18	15	41	1.89
93353--93518	45	3.8	45	84	7	191	22	18	17	40	1.91
93514--94509	135	7.4	135	82	2	1136	30	19	19	31	1.96
103830--103865	18	2.0	18	94	0	63	16	47	22	13	1.82
106928--106994	21	3.1	21	72	4	62	28	0	22	49	1.50
109323--109369	13	3.4	14	82	11	53	38	4	27	29	1.76
109481--109521	21	2.0	21	95	0	73	17	21	26	34	1.95
110906--110941	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
112973--113775	55	14.8	55	84	4	932	30	24	13	31	1.94
114837--114887	14	3.7	14	80	17	54	3	11	0	84	0.75
114841--114878	20	1.9	20	89	10	60	5	13	0	81	0.85
114840--114880	21	1.9	22	85	5	57	4	12	0	82	0.81
114835--114888	19	2.8	19	81	10	65	3	12	0	83	0.78
114862--114891	16	1.9	15	93	6	51	0	16	0	83	0.65
122641--122691	2	26.5	2	92	7	88	49	0	0	50	1.00
127170--127208	15	2.6	15	95	0	69	30	38	0	30	1.58
129193--129778	263	2.2	263	87	1	809	39	9	15	35	1.80
129760--129796	17	2.1	18	95	5	67	37	10	10	40	1.75
131779--132204	101	4.2	101	75	9	336	38	11	11	38	1.79
131834--132201	202	1.8	202	81	2	461	38	10	13	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133999--134045	19	2.5	19	100	0	94	29	23	14	31	1.95
136530--136609	33	2.4	33	81	8	99	22	5	28	43	1.74
143411--143450	21	2.0	20	85	5	53	22	22	20	35	1.96
144575--144614	20	2.0	21	90	5	64	45	22	5	27	1.73
145104--145298	103	1.9	100	81	7	232	42	12	9	35	1.75
148587--148649	30	2.0	32	84	6	85	26	36	14	22	1.92
156154--156221	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
158434--158544	41	2.7	41	78	4	98	24	23	21	30	1.99
158651--158747	42	2.3	41	82	1	113	22	25	22	28	1.99
158325--158988	215	3.1	215	92	3	1093	31	16	20	31	1.95
158862--158973	42	2.7	42	80	5	120	23	24	23	29	1.99
159660--159724	32	2.1	32	88	5	98	23	38	18	20	1.93
159664--159727	30	2.2	30	81	13	71	25	40	17	17	1.90
166668--166757	30	3.0	30	79	4	76	43	6	14	35	1.72
166684--166757	30	2.5	30	84	8	89	44	4	13	37	1.63
169547--169669	25	5.0	25	88	1	178	20	17	24	37	1.94
169544--169662	49	2.4	48	86	5	166	19	15	25	39	1.91
173610--173662	18	2.9	18	83	8	54	45	9	15	30	1.77
173712--173769	19	3.1	19	72	18	57	53	0	25	20	1.46
176379--176427	8	6.4	8	81	13	59	20	2	2	75	1.00
176379--176423	14	3.0	15	87	6	56	20	2	2	75	1.01
176396--176441	22	2.1	22	84	8	58	13	6	2	78	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177804--177856	21	2.5	21	75	0	61	39	16	20	22	1.92
179267--179332	6	10.3	6	75	15	53	16	4	1	77	1.01
179305--179333	9	3.2	9	100	0	58	10	0	0	89	0.48
179503--179633	29	4.7	29	73	14	114	41	14	22	21	1.89
181634--181746	42	2.7	42	72	10	106	27	3	15	53	1.57
188815--190471	829	2.0	828	89	2	2536	31	19	16	32	1.94
196512--196573	18	3.3	18	76	12	70	24	4	17	53	1.63
196477--196596	39	3.1	39	91	0	186	24	5	18	51	1.68
209201--209231	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
210131--210294	85	1.9	85	81	4	197	29	18	21	31	1.97
217654--217711	29	2.0	30	86	3	82	51	0	1	46	1.11
217679--217897	113	1.9	113	81	5	264	44	8	6	40	1.61
219053--219087	16	2.2	16	100	0	70	28	22	22	25	1.99
219268--219331	3	21.7	3	84	9	87	64	0	0	35	0.94
219255--219323	30	2.3	30	85	5	95	59	0	0	40	0.97
219553--219875	120	2.7	120	94	2	549	26	18	14	40	1.90
219790--220239	113	4.0	113	89	0	657	28	18	15	38	1.91
221374--221422	16	2.8	17	81	12	64	48	6	8	36	1.58
221776--221810	10	3.6	10	88	3	54	0	11	0	88	0.51
221777--221811	18	1.9	18	94	0	61	0	11	0	88	0.51
221776--221813	19	2.0	20	94	5	69	0	13	0	86	0.56
225338--225373	18	2.1	17	90	10	56	61	0	13	25	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225343--225378	18	2.0	18	94	0	63	52	0	19	27	1.46
232487--232544	28	2.1	28	87	6	82	60	1	5	32	1.29
232492--232568	29	2.7	29	78	8	77	58	1	6	33	1.32
233014--233072	31	2.0	29	83	12	75	50	0	1	47	1.11
233040--233259	114	1.9	113	83	6	284	43	8	8	39	1.66
235360--235412	15	3.4	16	76	21	58	32	20	1	45	1.62
241040--241351	136	2.3	136	88	2	486	25	23	17	33	1.96
242215--242270	8	6.6	8	78	11	58	10	7	0	82	0.85
242207--242275	35	2.0	35	88	5	104	11	10	0	78	0.97
242207--242262	27	2.1	27	90	3	87	10	8	0	80	0.91
256210--256239	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
256496--256551	24	2.3	25	84	3	69	42	1	8	46	1.45
257059--257172	59	1.9	59	82	5	140	33	14	13	38	1.85
257307--257364	28	2.1	28	93	0	98	32	22	17	27	1.96
257517--257672	60	2.6	59	87	2	222	43	8	8	39	1.66
258817--258864	16	3.2	16	72	22	59	41	10	0	47	1.37
258808--258865	28	2.1	28	100	0	116	37	10	0	51	1.36
258965--259024	17	3.5	17	84	10	77	50	1	0	48	1.11
261979--262149	87	2.0	87	95	0	306	20	21	15	42	1.89
262430--262545	21	5.6	21	69	10	60	32	27	18	21	1.96
262533--262644	20	5.6	20	91	2	172	32	29	19	18	1.96
263024--263094	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263174--263280	21	5.6	20	73	17	102	46	18	21	13	1.83
263235--263291	14	3.7	14	72	20	51	43	21	24	10	1.83
263228--263307	33	2.4	33	93	0	133	47	21	21	10	1.79
263303--263430	19	7.1	19	69	19	69	11	24	17	46	1.82
263325--263381	14	3.7	14	72	20	51	8	22	22	45	1.80
263308--263389	33	2.5	33	97	0	155	9	21	19	48	1.77
263366--263430	21	3.1	21	80	4	87	12	26	13	47	1.78
263332--263428	20	5.2	20	70	18	91	12	24	16	46	1.81
265108--265483	93	4.1	93	97	0	709	22	12	19	45	1.83
265531--265654	33	3.7	33	89	1	176	45	26	17	9	1.79

Tables:   1   2   3