genome.fa.s8872.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008872.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112107_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  385822

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1307--2461	199	5.8	199	96	1	2083	31	16	15	36	1.90
1307--2461	396	2.9	396	95	1	2102	31	16	15	36	1.90
1307--2461	595	1.9	595	95	1	2095	31	16	15	36	1.90
2570--2614	19	2.4	19	92	0	72	57	11	2	28	1.45
4503--4567	21	3.1	21	79	0	76	16	30	13	38	1.88
6781--6826	19	2.4	19	79	13	58	19	17	10	52	1.74
6960--7005	19	2.3	20	86	13	69	17	17	10	54	1.70
6748--7214	179	2.6	179	88	3	672	26	16	14	42	1.87
6748--7216	178	2.6	177	86	6	640	26	16	14	42	1.87
7281--7755	223	2.1	224	93	2	810	39	7	8	44	1.63
8169--8215	21	2.2	21	80	0	58	51	6	0	42	1.27
8145--8227	32	2.7	32	77	7	91	49	6	2	42	1.40
11091--11141	20	2.5	20	80	3	57	52	7	0	39	1.30
12277--12354	27	2.9	27	88	0	120	44	12	14	28	1.81
13971--14040	32	2.2	32	84	5	88	15	24	30	30	1.96
17801--17826	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
18124--18206	32	2.7	32	75	14	84	49	6	3	40	1.45
20733--20757	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
26177--26227	20	2.5	20	80	3	57	52	7	0	39	1.30
27363--27440	27	2.9	27	88	0	120	46	11	12	29	1.77
27363--27450	27	3.3	27	85	0	113	46	10	13	29	1.76
29057--29126	32	2.2	32	84	5	88	15	24	30	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35014--35206	39	4.9	39	77	3	163	30	21	28	19	1.98
41253--41282	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
43538--43577	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
43985--44050	29	2.2	30	91	2	107	50	3	10	36	1.53
51077--51109	4	8.2	4	100	0	66	72	0	27	0	0.85
60528--60578	23	2.3	22	86	6	68	50	5	0	43	1.26
60892--60947	18	3.1	18	72	10	60	51	26	14	7	1.67
87609--87639	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
88762--88786	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
96943--96981	13	3.0	13	88	0	51	33	5	12	48	1.63
104536--104589	20	2.7	20	100	0	108	25	27	11	35	1.90
107779--107821	20	2.2	20	100	0	86	18	20	30	30	1.97
124006--124084	31	2.5	31	83	0	95	41	1	11	45	1.48
124150--124446	146	2.0	146	98	0	569	52	5	11	30	1.60
129638--129690	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
129971--130041	28	2.6	28	75	2	72	32	19	14	33	1.92
135161--135215	28	1.9	29	85	10	78	45	7	3	43	1.49
135163--135236	24	3.0	24	82	9	78	45	5	5	43	1.49
135251--135299	27	1.9	26	88	12	75	46	6	4	42	1.47
135264--135338	36	2.1	34	81	11	89	42	8	6	42	1.60
135302--135359	25	2.4	24	88	5	82	41	6	6	44	1.58
135434--135484	27	1.9	28	88	11	81	39	0	5	54	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135488--135529	3	13.7	3	95	5	75	33	0	0	66	0.92
138477--138521	19	2.4	19	96	3	83	11	11	8	68	1.39
141941--142647	164	4.3	164	78	6	723	29	26	19	24	1.99
141934--142647	248	2.9	247	95	0	1275	29	26	19	24	1.99
143269--143355	39	2.2	40	83	6	115	48	3	1	47	1.26
143219--143543	38	8.8	38	71	17	179	42	4	5	47	1.46
143385--143409	11	2.3	11	100	0	50	40	8	8	44	1.63
143301--143496	71	2.6	75	85	9	244	40	5	6	48	1.50
143505--143555	27	1.9	26	84	11	68	37	0	7	54	1.29
152965--153907	472	2.0	468	94	4	1666	32	12	17	36	1.88
155300--155345	19	2.6	17	80	12	56	34	0	2	63	1.07
161007--161063	25	2.3	25	85	11	73	33	22	8	35	1.85
163821--163858	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
165934--165970	15	2.5	15	95	0	65	43	5	27	24	1.76
166738--166768	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
175530--175554	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
176051--176083	17	1.9	17	93	0	57	36	6	0	57	1.23
180015--180135	48	2.5	47	81	10	138	14	12	22	50	1.76
180044--180105	16	3.9	16	78	0	79	16	12	24	46	1.81
180044--180106	32	2.0	32	87	0	90	15	12	25	46	1.82
182991--183019	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
183566--183598	4	8.2	4	93	0	57	27	0	21	51	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187544--187571	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
187661--187707	23	2.0	23	83	4	58	42	38	8	10	1.70
189479--189565	21	4.2	21	71	8	79	25	16	25	33	1.96
189557--189596	20	2.0	20	100	0	80	45	20	25	10	1.81
194139--194193	28	2.0	28	96	0	101	5	45	1	47	1.36
194871--194960	45	2.0	45	84	0	117	22	20	23	34	1.97
196262--196296	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
205860--205919	26	2.3	26	91	0	93	50	13	15	21	1.78
206396--206427	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
208851--208904	20	2.8	19	88	5	74	14	22	25	37	1.93
208852--208910	9	6.3	9	78	7	55	13	25	25	35	1.93
210158--210211	26	2.1	26	96	0	99	22	9	24	44	1.81
210990--211043	21	2.6	21	96	0	99	25	16	27	29	1.97
211084--211119	6	6.3	6	96	3	58	27	55	16	0	1.42
211614--211669	6	10.0	6	98	1	84	0	17	53	28	1.44
211760--212090	41	8.0	41	90	3	445	38	24	20	16	1.92
211760--212090	123	2.7	123	90	5	492	38	24	20	16	1.92
211826--212086	20	12.7	21	67	10	74	39	25	19	16	1.91
212418--212452	17	2.1	17	94	5	63	28	0	0	71	0.86
213956--213997	22	1.9	22	95	0	75	33	0	11	54	1.37
214023--214081	31	1.9	31	100	0	118	42	6	6	44	1.57
215178--215231	22	2.5	22	100	0	108	44	0	3	51	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222301--222341	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
222412--223059	128	5.1	128	95	0	1145	23	24	18	34	1.96
223252--223352	34	3.0	34	85	0	139	38	2	3	54	1.34
223871--223922	21	2.5	21	84	12	79	21	26	34	17	1.95
223926--223967	21	2.0	21	85	0	57	23	11	38	26	1.90
225697--225785	34	2.7	31	79	6	88	58	2	0	39	1.11
225697--225776	34	2.4	33	81	8	92	60	1	0	38	1.05
241864--241902	16	2.5	16	87	4	53	41	10	17	30	1.83
254142--254222	29	2.7	30	88	7	121	43	11	12	33	1.78
258890--258977	29	2.9	30	91	8	144	42	11	13	32	1.80
271510--271572	27	2.4	27	97	2	119	25	30	15	28	1.96
284376--284410	17	2.0	18	88	5	54	42	0	0	57	0.99
285325--285376	20	2.6	20	87	6	70	34	23	1	40	1.66
285579--285603	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
285538--285617	32	2.5	33	71	8	83	31	0	1	67	0.99
285706--286119	207	2.0	207	97	2	780	26	28	13	31	1.94
292865--292902	18	2.1	18	85	9	51	42	5	0	52	1.24
293330--293371	6	6.7	6	84	10	57	19	0	0	80	0.70
293326--293371	12	3.5	13	85	11	67	19	0	0	80	0.71
308920--308952	17	1.9	17	88	11	50	60	15	15	9	1.58
313947--314034	24	3.7	24	87	0	122	23	18	21	36	1.95
313947--314044	24	4.1	24	82	5	99	23	16	21	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330702--330763	31	2.0	31	90	3	99	37	17	17	27	1.93
335209--335274	34	2.0	34	93	3	116	24	15	24	36	1.93
353060--353134	20	3.8	20	87	5	107	26	25	12	36	1.91
353047--353154	40	2.7	39	77	9	110	30	25	11	33	1.90
353311--353348	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
354316--354361	20	2.3	20	84	0	56	54	13	17	15	1.71
354342--354373	14	2.3	14	94	0	55	50	21	21	6	1.71
354802--354866	22	3.0	22	90	0	103	20	7	46	26	1.77
355049--355102	20	2.7	21	74	8	58	24	12	31	31	1.93
355676--355738	29	2.2	29	80	11	67	39	4	1	53	1.31

Tables:   1   2