genome.fa.s8879.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008879.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112123_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  283077

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1490--1557	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
1575--1632	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
2686--2739	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
2912--2936	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
5210--5327	19	6.7	19	66	19	58	41	21	21	16	1.90
5230--5327	19	5.7	19	65	22	63	42	20	21	15	1.88
5231--5330	33	3.0	33	81	11	141	41	20	21	18	1.91
5323--5365	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
5351--5384	14	2.4	14	85	0	50	8	23	20	47	1.78
5506--5542	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
6895--6961	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
6895--7017	42	2.9	41	79	7	113	22	17	36	23	1.94
8962--9146	19	10.1	19	77	14	174	44	22	21	11	1.85
8962--9146	33	5.1	38	81	10	156	44	22	21	11	1.85
9142--9186	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
9776--9876	20	4.9	21	71	12	59	18	19	18	42	1.89
9739--9832	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
9760--9894	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
9821--9913	20	4.6	20	78	4	96	17	24	18	39	1.91
9821--9913	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
11163--11224	30	2.1	30	100	0	124	30	12	25	30	1.93
11193--11347	83	1.9	83	100	0	310	26	17	18	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12664--12894	61	3.8	61	78	8	213	44	10	10	34	1.73
12664--12895	122	1.9	121	80	6	272	44	10	10	34	1.73
17356--17417	21	3.0	21	97	0	115	43	14	27	14	1.84
18959--18991	16	2.0	17	94	5	59	69	0	6	24	1.10
19502--19559	30	2.0	29	86	3	80	72	0	6	20	1.07
19497--19573	21	3.7	20	74	8	57	71	0	5	23	1.06
20671--20718	22	2.1	23	88	11	73	56	0	0	43	0.99
20930--20971	20	2.1	20	95	0	75	35	16	21	26	1.94
21029--22700	105	16.0	105	96	1	3019	22	18	25	33	1.96
22501--22694	93	2.1	93	95	1	345	22	18	25	32	1.97
23444--23535	47	1.9	48	86	2	132	15	23	15	45	1.84
33935--33967	16	2.0	17	94	5	59	69	0	6	24	1.10
34460--34538	38	2.2	33	82	14	88	70	1	2	25	1.07
36662--36766	37	2.8	37	85	0	138	41	14	14	29	1.85
37478--37513	12	2.8	13	83	8	56	5	0	11	83	0.80
37607--37655	4	12.2	4	82	8	64	22	4	0	73	1.00
37615--37672	12	4.8	12	85	12	57	18	5	0	75	0.98
37640--37683	12	3.6	12	85	11	54	13	9	0	77	0.99
42083--42146	16	3.9	16	82	11	69	81	6	10	1	0.94
42083--42159	16	4.9	16	73	17	63	80	6	11	1	0.95
42107--42173	6	10.5	6	76	12	53	80	5	11	1	0.95
42102--42172	19	3.7	18	79	7	61	81	5	11	1	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42080--42173	45	2.1	45	82	9	111	78	6	12	2	1.02
43740--44796	106	10.0	106	89	2	1533	33	24	19	23	1.97
45495--45599	37	2.8	37	84	4	131	41	15	12	30	1.84
46319--46382	27	2.3	29	78	10	71	23	0	3	73	0.97
46468--46519	22	2.5	20	80	17	61	17	5	0	76	0.97
49100--49168	29	2.5	29	88	9	101	37	4	5	52	1.46
49109--49168	29	2.1	27	93	6	102	38	3	5	53	1.39
49140--49501	37	10.0	36	88	4	498	43	2	7	46	1.44
49140--49501	145	2.5	144	90	2	573	43	2	7	46	1.44
49516--49623	3	34.3	3	83	12	121	28	1	1	67	1.11
58195--58311	56	2.1	57	88	1	173	47	9	13	29	1.74
64410--64434	12	2.1	12	100	0	50	40	8	44	8	1.63
76577--76608	16	2.0	16	100	0	64	18	25	6	50	1.70
78479--78531	20	2.7	19	75	16	54	28	22	16	32	1.96
78605--78658	20	2.5	22	85	11	69	22	12	25	38	1.90
78731--78782	20	2.6	20	96	0	95	21	26	19	32	1.97
81786--81816	5	6.2	5	100	0	62	19	0	61	19	1.35
82816--82882	2	33.5	2	100	0	134	49	0	0	50	1.00
83211--83329	59	2.0	61	82	9	147	31	25	4	39	1.75
83460--83604	57	2.5	59	82	8	172	42	4	22	31	1.74
83514--83643	60	2.2	57	83	4	152	43	5	20	30	1.74
94749--94905	60	2.6	60	82	2	181	43	5	17	33	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95674--95742	31	2.3	31	94	2	122	31	10	8	49	1.67
95923--95964	17	2.5	17	92	0	66	42	0	4	52	1.22
96253--96280	10	2.8	10	100	0	56	32	0	0	67	0.91
109811--109852	21	2.0	22	90	4	68	42	0	2	54	1.13
109740--109892	63	2.3	63	80	7	155	43	7	3	46	1.47
123268--123320	23	2.3	22	81	18	63	66	5	0	28	1.15
124616--124685	3	25.0	3	72	16	53	67	0	2	30	1.05
124629--124689	20	2.9	20	79	16	70	72	0	1	26	0.94
124623--124689	23	3.1	22	76	19	70	71	0	1	26	0.94
125052--125745	122	5.7	122	89	2	993	26	18	14	40	1.89
126124--126194	22	3.2	22	87	0	106	38	9	15	36	1.81
126115--126199	44	1.9	44	87	0	125	38	10	14	36	1.80
126526--126571	20	2.3	20	92	0	74	26	23	17	32	1.97
126819--126868	18	2.8	18	100	0	100	50	0	10	40	1.36
138021--138058	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
138381--138412	14	2.2	15	94	5	57	75	0	6	18	1.01
139864--139946	3	28.0	3	80	7	80	61	1	1	36	1.12
144957--145068	32	3.5	32	80	0	116	30	18	16	33	1.94
144917--145072	64	2.5	63	78	3	161	29	18	18	33	1.95
145362--145424	29	2.1	30	97	2	119	41	17	7	33	1.79
155911--155939	13	2.1	14	93	6	51	0	72	13	13	1.13
155911--155939	7	4.3	7	91	8	51	0	72	13	13	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165597--165626	13	2.3	13	94	0	51	20	46	20	13	1.83
168094--168209	24	4.8	24	86	6	146	25	16	18	40	1.90
173164--173202	19	2.1	19	100	0	78	25	15	10	48	1.76
178344--178372	12	2.5	12	94	5	51	31	0	41	27	1.56
183046--183075	11	2.6	12	94	5	53	30	0	43	26	1.55
184845--184892	19	2.5	19	83	12	71	52	0	2	45	1.12
184858--184897	19	2.2	19	86	4	55	50	0	2	47	1.14
202686--202723	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
203990--204030	20	2.0	20	90	0	64	21	12	26	39	1.89
205084--205144	2	30.0	2	96	3	113	49	1	0	49	1.10
214455--214497	19	2.2	19	87	8	59	39	30	6	23	1.81
214630--214738	36	3.1	36	79	1	121	18	23	19	38	1.93
214630--214727	35	2.8	35	84	1	115	20	23	20	35	1.96
224253--224303	20	2.5	21	77	22	56	39	1	3	54	1.30
225217--225646	215	2.0	213	97	2	817	28	20	16	34	1.95
225778--226177	199	2.0	201	89	6	616	30	8	5	56	1.50
226337--226377	14	3.0	14	86	10	50	19	4	0	75	0.98
233824--233911	43	2.0	44	97	2	169	23	22	27	26	2.00
237523--238090	106	5.4	106	95	1	966	32	25	18	22	1.97
237523--238090	211	2.7	212	95	1	982	32	25	18	22	1.97
238581--238631	20	2.5	21	77	22	56	39	1	3	54	1.30
240002--240041	14	3.1	13	85	7	55	40	0	5	55	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239892--240305	203	2.0	209	90	5	662	30	7	5	56	1.49
243212--243364	31	4.9	30	73	15	89	36	5	10	47	1.60
243229--243360	65	2.0	64	81	7	151	35	6	10	47	1.63
243229--243360	31	4.1	33	73	11	114	35	6	10	47	1.63
245083--245194	41	2.7	41	86	2	136	35	16	11	36	1.85
245481--245517	19	1.9	19	88	0	56	24	10	29	35	1.89
247386--247754	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
248425--248471	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
250972--251276	19	17.4	19	79	16	347	47	18	20	14	1.83
250972--251298	33	9.5	34	76	16	189	46	18	20	14	1.83

Tables:   1   2