genome.fa.s8887.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008887.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112152_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  452931

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5883--5916	14	2.3	15	95	5	61	29	26	20	23	1.99
6940--7021	25	3.4	24	90	5	114	40	7	26	25	1.82
10174--10223	21	2.4	21	87	12	68	44	20	0	36	1.52
14103--14136	18	1.9	18	88	5	52	17	23	17	41	1.90
18329--18374	20	2.3	20	88	3	67	39	23	0	36	1.55
21239--21283	21	2.1	21	84	8	56	28	13	4	53	1.59
24981--25005	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
29930--30016	45	1.9	45	90	0	138	34	8	24	33	1.85
34168--34209	13	3.3	13	86	6	68	16	21	45	16	1.86
34139--34176	7	5.4	7	100	0	76	26	28	31	13	1.93
34188--34241	18	3.0	18	94	0	99	16	16	48	18	1.82
34172--34208	12	2.9	13	88	8	58	18	18	45	16	1.85
34244--34301	11	5.6	11	86	13	88	34	27	20	17	1.95
41265--41302	7	5.4	7	90	0	58	23	31	31	13	1.93
41297--41335	13	3.1	13	85	7	62	17	23	43	15	1.87
41314--41367	18	3.0	18	94	0	99	16	16	48	18	1.82
41298--41334	12	2.9	13	88	8	58	18	18	45	16	1.85
41370--41415	10	4.6	10	84	10	67	34	28	21	15	1.94
41370--41416	11	4.6	11	82	17	66	34	27	21	17	1.95
41378--41416	19	2.0	20	95	5	71	35	25	20	17	1.95
55644--55695	20	2.5	21	76	17	54	42	3	1	51	1.31
77285--77317	13	2.4	14	95	5	59	15	33	30	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77285--77321	7	5.4	7	90	6	58	16	32	29	21	1.95
80491--80656	85	2.0	85	92	0	278	40	16	4	37	1.70
103704--103730	13	2.1	13	100	0	54	14	22	29	33	1.94
127717--127796	39	2.1	39	100	0	160	35	20	7	37	1.81
127726--127808	39	2.1	39	88	4	123	38	20	8	32	1.83
129221--131889	924	2.9	923	96	0	4864	36	18	8	36	1.81
152670--153045	188	2.0	188	100	0	752	32	18	11	37	1.86
153154--153295	70	2.0	70	100	0	284	40	11	5	42	1.64
160527--160616	24	3.8	24	86	0	126	38	21	16	23	1.92
160522--160624	48	2.1	48	84	5	136	41	20	15	22	1.89
160522--160624	24	4.3	24	79	4	109	41	20	15	22	1.89
165530--165607	24	3.2	24	83	7	95	38	21	15	24	1.92
165538--165618	24	3.4	24	82	0	72	38	20	14	25	1.92
172155--172206	7	7.9	7	81	12	56	32	17	25	25	1.97
175017--175080	27	2.4	27	86	0	92	17	31	21	29	1.96
175029--175088	27	2.2	27	82	5	68	18	33	18	30	1.95
177952--177998	24	2.0	24	95	0	85	31	17	27	23	1.96
182459--182513	21	2.7	21	91	8	87	40	23	0	36	1.55
190494--190804	68	4.6	68	91	0	507	28	26	16	29	1.97
190494--190804	135	2.3	136	93	1	525	28	26	16	29	1.97
191026--191161	55	2.5	55	85	3	177	32	16	12	38	1.87
194918--196238	679	1.9	677	85	3	1814	36	18	10	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200444--200468	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
200703--201134	59	7.4	59	88	1	627	35	20	10	33	1.88
201496--201685	95	2.0	95	89	0	290	25	25	15	33	1.95
210838--210911	30	2.5	30	75	4	78	24	31	18	25	1.98
218273--218327	28	2.0	28	85	7	76	12	14	5	67	1.40
221084--221139	23	2.4	23	96	0	103	19	32	32	16	1.94
226522--226586	24	2.9	22	78	15	71	27	21	23	27	1.99
227006--227920	464	2.0	450	82	6	1083	28	12	19	39	1.88
231661--231725	21	3.0	21	93	4	112	32	24	20	23	1.98
231661--231729	22	3.2	22	91	2	113	31	23	21	23	1.98
232463--232524	24	2.8	21	80	9	61	30	16	19	33	1.94
235024--235346	50	6.5	50	79	2	337	25	19	15	39	1.92
235018--235346	148	2.2	149	81	2	383	25	19	15	38	1.91
235894--235954	2	33.0	2	78	15	69	50	0	1	47	1.10
237025--237062	17	2.2	18	90	9	62	71	5	18	5	1.25
238254--238284	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
240739--240804	32	2.1	32	88	0	96	36	27	15	21	1.93
240754--240831	32	2.5	31	81	10	88	38	26	12	21	1.90
242415--242452	20	1.9	20	100	0	76	36	10	28	23	1.88
242415--242465	20	2.8	18	88	11	61	39	9	27	23	1.86
242608--242680	36	2.0	36	84	10	96	49	4	1	45	1.29
243236--243395	87	1.8	87	93	0	275	41	12	14	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247359--248770	200	7.1	195	85	5	897	29	14	16	39	1.88
247374--248765	400	3.5	397	82	4	1324	29	14	16	40	1.88
247801--248765	399	2.4	400	88	2	1395	27	14	16	41	1.87
248946--249008	12	5.2	12	78	0	63	52	11	4	31	1.58
248942--249022	24	3.3	24	85	1	90	49	11	3	35	1.56
248933--249004	30	2.4	30	92	0	126	48	9	5	36	1.60
250358--250392	12	2.9	12	91	0	52	25	31	2	40	1.70
251528--251582	15	3.5	15	87	7	74	25	1	49	23	1.60
251939--253223	198	6.5	199	91	1	1911	28	14	15	42	1.86
251939--253223	395	3.2	396	90	1	1925	28	14	15	42	1.86
254925--254963	18	2.2	18	85	0	51	10	35	0	53	1.35
256942--257008	19	3.6	18	92	6	107	35	17	0	46	1.49
257439--259007	182	8.6	181	87	3	2125	28	15	13	43	1.84
257439--259006	545	2.9	546	91	1	2470	28	15	13	43	1.84
269337--269373	19	1.9	19	94	0	65	40	10	24	24	1.87
271291--271362	36	2.0	36	91	0	117	25	20	25	29	1.99
273422--273474	18	2.8	19	85	2	72	50	11	16	20	1.76
274339--274550	103	2.1	103	94	0	370	33	14	21	30	1.93
282330--282359	12	2.5	12	94	0	51	3	3	13	80	0.97
282981--283523	136	4.0	137	83	3	648	25	16	31	26	1.96
283545--283650	36	3.1	34	64	18	78	40	15	20	23	1.90
283527--283726	65	3.0	67	85	8	268	38	15	19	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
288427--288458	16	2.1	15	94	5	55	59	6	15	18	1.57
290451--290488	18	2.1	18	90	0	58	42	15	5	36	1.70
291803--291830	12	2.3	12	100	0	56	14	21	17	46	1.84
294181--294225	18	2.5	18	92	0	72	46	13	6	33	1.69
295149--295202	17	3.0	17	86	10	72	18	51	0	29	1.46
295708--295759	3	17.3	3	95	0	95	63	0	0	36	0.95
296308--296356	19	2.5	20	83	9	66	48	0	2	48	1.12
296408--296485	31	2.5	31	85	4	95	28	7	14	50	1.70
297412--297508	37	2.6	37	75	4	97	37	24	7	30	1.83
300187--300249	30	2.0	32	84	6	85	34	4	31	28	1.78
300207--300249	16	2.7	16	88	0	68	30	6	32	30	1.84
300479--300533	28	2.0	28	92	0	92	50	5	14	29	1.65
300482--300544	28	2.2	28	85	2	81	53	4	12	28	1.58
302346--302620	101	2.7	102	79	6	272	38	12	16	33	1.85
302572--302703	36	3.9	35	65	15	87	38	11	16	33	1.85
306927--306965	6	6.5	6	100	0	78	0	33	15	51	1.44
307430--307511	3	27.7	3	82	2	103	67	0	1	31	0.99
307420--307512	9	10.1	9	78	11	64	63	0	1	35	1.02
307666--308531	114	7.4	116	93	3	1372	29	20	14	35	1.92
309168--309422	52	4.9	52	94	1	458	37	23	15	23	1.93
310568--310659	6	15.5	6	70	22	61	3	18	0	78	0.89
310587--310663	17	4.7	17	80	16	67	0	22	0	77	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
322016--322064	22	2.1	22	81	7	53	57	2	2	38	1.22
322903--322935	6	5.5	6	100	0	66	0	33	15	51	1.43
323400--323495	3	31.7	3	83	6	122	66	0	1	32	0.99
323390--323496	9	12.1	9	75	16	73	63	0	0	35	1.01
327279--327340	24	2.5	26	79	7	76	59	0	6	33	1.23
332288--332327	16	2.5	16	95	0	71	62	5	7	25	1.42
341774--341853	23	3.6	23	77	6	101	28	22	22	26	1.99
347580--347712	64	2.1	64	87	7	189	29	18	21	30	1.97
352824--353168	174	2.0	171	97	2	647	35	15	21	27	1.94
368823--368860	20	1.9	20	94	0	67	39	31	18	10	1.85

Tables:   1   2