genome.fa.s8929.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008929.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112234_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  268382

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1008--1048	3	14.0	3	80	14	50	26	4	0	68	1.10
953--1048	15	6.9	14	73	14	56	32	4	0	63	1.13
1008--1048	12	3.5	12	84	15	59	26	4	0	68	1.10
1218--1266	20	2.5	19	83	6	62	36	2	0	61	1.08
1322--1351	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2299--2348	25	2.0	25	100	0	100	32	32	8	28	1.86
3237--3329	3	30.7	3	81	14	111	35	3	0	61	1.12
4667--4708	19	2.2	19	83	8	50	26	2	4	66	1.23
4691--4722	14	2.3	15	89	10	50	31	0	9	59	1.29
16103--16148	17	2.8	16	83	6	65	80	0	13	6	0.89
17294--17436	50	2.9	50	93	0	250	24	13	23	39	1.90
17393--17851	83	5.5	83	97	0	875	26	13	22	37	1.91
17725--17982	134	1.9	133	96	2	473	26	13	22	37	1.91
18670--19517	114	7.5	114	92	1	1377	39	13	19	28	1.89
18670--19517	226	3.7	226	93	1	1371	39	13	19	28	1.89
18670--19519	340	2.5	339	92	1	1418	39	13	19	28	1.89
19771--19846	3	26.0	3	84	5	102	34	3	0	61	1.14
20089--20132	21	2.0	21	83	12	54	11	47	27	13	1.77
28058--28100	3	14.0	3	80	4	50	0	32	0	67	0.91
32336--32411	31	2.5	31	82	4	100	36	13	13	36	1.83
39397--39482	45	1.9	45	90	0	136	12	22	13	51	1.75
42899--42955	20	2.8	20	86	5	80	31	24	5	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43957--44001	23	2.0	23	86	0	63	42	2	2	53	1.25
49197--49433	122	1.9	122	91	0	384	31	24	10	33	1.90
49975--50323	126	2.8	126	88	1	515	36	19	10	32	1.87
52740--52778	20	2.0	19	85	5	51	35	10	0	53	1.35
53684--53724	21	1.9	22	85	5	57	53	0	0	46	1.00
63664--63880	117	1.8	118	86	1	310	38	12	16	32	1.86
67770--67825	15	4.1	14	80	13	62	0	35	0	64	0.94
67770--67819	19	2.7	19	84	9	59	0	34	0	66	0.92
68693--68763	11	6.5	11	81	10	83	66	0	32	1	1.01
68693--68765	3	22.3	3	75	22	51	67	0	31	1	1.00
68691--68759	34	2.0	35	94	2	122	65	0	31	2	1.08
69336--69375	21	1.9	22	90	10	66	17	10	32	40	1.83
69483--69557	20	4.0	20	83	13	70	25	18	28	28	1.98
69507--69537	16	1.9	16	93	0	53	25	19	22	32	1.97
69487--69558	36	2.0	36	84	10	94	26	18	26	29	1.98
69586--69656	20	3.8	20	68	24	55	29	18	26	25	1.98
69588--69656	36	1.9	36	88	5	104	30	18	24	26	1.98
69868--69919	21	2.7	19	80	13	70	53	11	11	23	1.69
72548--72617	33	2.1	33	86	0	95	22	28	15	32	1.95
72899--72939	21	2.0	21	85	0	55	21	24	21	31	1.98
72969--73042	20	3.9	20	79	13	68	28	17	25	28	1.98
72992--73050	16	3.4	16	74	19	55	28	16	20	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73070--73121	16	2.9	18	76	23	56	30	17	26	25	1.97
73072--73141	36	1.9	35	83	11	88	31	18	24	25	1.98
84902--84937	12	3.0	12	95	0	63	33	11	13	41	1.80
84980--85020	12	3.4	12	86	0	55	43	21	7	26	1.79
84928--85020	24	3.9	23	70	5	69	46	20	6	26	1.75
88690--88976	142	2.0	141	96	0	529	30	16	21	31	1.96
92586--92632	21	2.2	22	92	3	78	19	23	14	42	1.88
92583--92633	22	2.3	23	86	10	79	19	21	15	43	1.88
95995--96081	29	3.0	29	86	3	122	18	39	26	16	1.91
96068--96153	30	2.8	31	91	5	131	24	50	17	8	1.73
96125--96173	20	2.5	20	100	0	98	24	51	16	8	1.71
96821--96864	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
96841--96894	28	1.9	28	96	0	99	29	0	12	57	1.36
99967--100324	60	6.2	59	84	11	460	39	0	13	46	1.44
100079--100164	11	7.5	11	71	18	50	39	0	15	45	1.46
99964--100324	120	3.1	120	87	9	513	39	0	13	46	1.44
100271--100340	25	3.1	22	79	16	63	38	0	11	50	1.39
100292--100339	14	3.6	14	81	16	66	35	0	16	47	1.47
100208--100320	48	2.4	47	89	5	165	39	0	11	48	1.39
100148--100355	106	2.0	107	82	4	260	39	1	13	45	1.53
102902--102941	21	1.9	21	100	0	80	57	15	0	27	1.38
102969--103023	18	3.4	18	65	31	52	52	9	0	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103043--103115	38	2.0	38	84	15	100	47	9	0	42	1.36
103140--103204	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
103286--103323	9	4.2	9	83	10	51	65	2	0	31	1.06
103708--103805	33	3.0	33	88	4	119	13	20	39	26	1.89
103762--103819	10	5.6	10	73	15	55	10	20	46	22	1.81
103751--103813	32	2.0	32	100	0	126	9	22	44	23	1.82
111944--111992	13	3.8	13	76	7	55	34	14	4	46	1.63
111936--111996	27	2.3	27	97	0	113	37	14	3	44	1.62
124388--124413	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
125460--125492	17	1.9	17	100	0	66	66	6	6	21	1.35
128851--128879	15	1.9	15	100	0	58	6	62	20	10	1.50
130409--130563	77	2.0	77	97	0	292	21	16	17	44	1.87
138903--138944	22	1.9	22	90	0	66	16	16	21	45	1.86
139136--139244	38	2.9	38	86	5	148	42	9	20	28	1.82
141050--141125	36	2.1	36	85	7	100	48	1	2	47	1.24
141265--141307	20	2.3	18	80	11	50	20	25	9	44	1.81
155360--155428	35	2.0	35	88	0	102	21	34	8	34	1.84
155554--155594	19	2.3	19	87	8	59	29	0	2	68	1.03
161262--161332	35	2.0	35	88	0	106	45	22	0	32	1.53
161334--161408	35	2.1	35	87	4	107	37	1	18	42	1.59
163218--163243	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
163245--163280	2	18.5	2	94	5	65	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163719--163749	15	2.1	15	100	0	62	6	38	19	35	1.77
164168--164213	3	15.3	3	86	0	65	30	4	2	63	1.26
169083--169268	93	2.0	92	94	2	329	22	15	13	48	1.80
172088--172140	22	2.2	24	81	18	67	45	3	0	50	1.19
177791--177841	18	2.6	19	75	15	50	19	21	33	25	1.97
182922--182974	18	2.9	18	97	0	97	18	20	33	26	1.96
191548--191707	65	2.5	66	86	3	218	31	23	17	28	1.97
199599--199636	12	3.2	12	81	3	51	55	7	0	36	1.29
200006--200084	37	2.2	37	90	2	124	31	20	18	29	1.97
207187--207266	29	2.7	29	72	3	70	23	10	12	53	1.68
207913--207956	21	2.1	21	83	4	54	43	18	22	15	1.88
207945--208099	20	7.7	20	82	6	134	32	24	18	25	1.97
207924--208058	61	2.2	61	82	2	164	34	23	19	22	1.97
207965--208099	41	3.3	40	76	6	128	32	24	17	25	1.97
208267--208310	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
208572--208640	20	3.5	20	93	0	111	20	18	26	34	1.96
208572--208650	20	4.0	20	91	0	95	18	18	22	39	1.93
208787--208841	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
209968--210012	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
210494--210539	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
210505--210560	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
210549--210605	14	3.7	14	75	20	60	52	22	14	10	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210533--210624	33	2.8	33	94	0	166	47	20	18	13	1.81
210533--210629	19	5.6	19	68	22	79	47	20	18	13	1.82
210641--210731	14	5.9	14	74	20	83	10	17	23	48	1.79
210636--210747	33	3.4	33	97	1	208	11	18	22	47	1.81
210732--210787	20	2.8	19	86	7	76	16	25	23	35	1.94
211149--211239	42	2.2	40	86	3	128	21	42	14	20	1.88
212649--212687	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
212824--212891	19	3.8	19	81	14	92	47	16	22	14	1.82
212918--213005	20	4.4	20	80	5	115	15	21	23	38	1.92
212898--212985	40	2.4	36	81	12	99	17	20	20	42	1.90

Tables:   1   2