genome.fa.s8950.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008950.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112276_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  471712

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5579--5637	22	2.6	23	86	5	93	25	32	23	18	1.97
6249--6397	66	2.3	66	90	2	228	14	26	27	31	1.95
7161--7217	20	2.7	20	75	8	51	33	26	15	24	1.95
30377--30409	16	2.0	17	88	5	50	30	6	30	33	1.82
40710--40751	22	2.0	22	85	4	59	33	16	23	26	1.96
46170--46229	29	2.0	30	90	3	95	63	8	15	13	1.51
60471--60540	3	23.7	3	82	8	90	60	0	1	38	1.06
60735--61149	56	7.5	54	80	5	322	24	24	17	33	1.97
60735--61149	111	3.8	110	83	4	453	24	24	17	33	1.97
60718--61149	55	7.9	54	80	3	375	24	25	17	33	1.96
61127--61477	55	6.4	55	93	1	591	30	24	13	30	1.94
61127--61477	164	2.1	165	93	2	600	30	24	13	30	1.94
61127--61477	109	3.2	110	92	2	584	30	24	13	30	1.94
62525--62559	10	3.4	10	96	4	61	8	8	0	82	0.83
62525--62559	11	3.3	11	92	8	63	8	8	0	82	0.83
62516--62566	21	2.4	22	83	9	70	13	9	1	74	1.15
67006--67195	96	2.0	96	91	0	308	19	21	20	38	1.94
68174--68209	18	1.9	19	88	5	56	72	11	0	16	1.12
70867--70924	3	19.7	3	79	10	66	58	0	1	39	1.08
70850--70931	33	2.5	32	79	16	87	56	1	2	40	1.20
71631--71666	18	2.0	18	100	0	72	27	33	22	16	1.95
73866--73904	8	4.9	8	93	0	69	20	25	0	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76989--77024	18	2.0	18	88	0	54	27	33	16	22	1.95
79097--79166	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
80026--80073	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
81354--81413	30	2.0	30	96	0	111	30	5	20	45	1.72
81992--82061	34	2.1	32	86	5	95	32	15	30	21	1.94
82537--82632	48	2.0	48	91	0	156	37	8	23	30	1.84
89688--89728	19	2.2	19	100	0	82	65	9	14	9	1.46
95342--95384	15	2.9	14	74	12	50	30	2	23	44	1.66
96175--96300	61	2.1	61	92	0	207	44	23	7	25	1.78
98372--98423	17	3.2	17	68	15	56	48	3	3	44	1.39
98447--98811	22	16.6	22	82	7	368	47	8	0	43	1.34
98447--98811	66	5.5	65	87	3	496	47	8	0	43	1.34
98447--98812	44	8.3	44	84	5	454	47	8	0	43	1.34
107748--107781	18	1.9	17	88	5	50	64	5	0	29	1.17
115404--115449	21	2.3	19	81	7	56	69	2	4	23	1.17
116122--116152	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
118592--118768	90	2.0	89	94	1	309	38	11	5	44	1.64
129947--130898	106	9.1	105	87	5	1258	23	18	24	33	1.97
130184--130898	211	3.4	211	91	1	1123	22	19	24	33	1.97
130184--130898	105	6.8	105	90	1	1076	22	19	24	33	1.97
134843--134889	24	2.0	24	91	0	76	12	27	46	12	1.78
145882--146248	181	2.0	181	99	0	725	24	17	16	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151078--151249	28	6.2	28	70	18	87	25	22	17	34	1.96
151178--151249	28	2.6	28	88	0	108	23	23	16	36	1.94
152302--152589	144	2.0	144	99	0	567	39	12	11	36	1.80
152756--152784	12	2.3	13	94	5	51	51	0	0	48	1.00
155074--155125	20	2.5	20	68	3	50	53	0	7	38	1.30
156353--156393	16	2.6	16	88	3	57	36	7	21	34	1.82
157957--158026	33	2.1	33	89	0	104	18	15	20	45	1.85
158167--158208	16	2.6	16	100	0	84	30	19	11	38	1.88
168535--168567	17	1.9	17	93	0	57	51	12	9	27	1.69
171466--171508	3	14.7	3	81	13	54	65	0	0	34	0.93
171466--171508	13	3.4	13	84	9	54	65	0	0	34	0.93
171462--171513	18	3.1	16	76	15	52	65	0	0	34	0.93
171658--171734	40	1.9	40	91	0	127	25	19	33	20	1.96
171664--172061	134	3.0	134	88	1	575	24	18	30	26	1.98
172169--172264	35	2.8	33	83	10	106	37	12	16	33	1.86
172426--172492	30	2.2	30	75	0	71	49	10	11	28	1.73
172215--172762	217	2.5	213	83	4	661	42	11	14	31	1.82
173483--173532	16	3.2	16	91	5	77	22	0	28	50	1.49
173484--173532	12	3.8	13	84	10	66	20	0	28	51	1.48
174710--174747	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
174705--174752	12	3.9	12	81	8	53	4	12	12	70	1.29
181420--181474	3	18.7	3	85	10	78	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182641--182671	14	2.1	15	94	5	55	35	6	19	38	1.77
182701--182726	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
201440--201600	65	2.5	65	85	5	211	29	18	22	30	1.97
202703--202746	22	2.0	23	86	4	63	2	34	4	59	1.30
211191--211239	24	2.0	24	100	0	98	28	42	12	16	1.84
211726--211800	36	2.2	33	79	11	78	38	2	8	50	1.46
212419--212471	2	27.5	2	88	7	83	47	0	0	52	1.00
212623--212757	51	2.7	50	82	3	155	23	14	18	43	1.86
216785--216839	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
217537--217605	25	2.5	27	84	11	79	30	28	23	17	1.97
220815--220844	14	2.1	15	93	6	53	40	6	0	53	1.27
223989--224044	23	2.5	23	91	2	87	26	7	17	48	1.73
227640--227680	18	2.3	18	91	8	66	39	31	12	17	1.86
237285--237396	33	3.4	33	100	0	224	35	11	16	35	1.86
237618--237849	111	2.1	111	98	0	446	33	15	25	25	1.95
240379--240430	20	2.6	19	80	16	61	67	1	1	28	1.12
241801--241832	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
241842--241880	21	2.0	21	85	10	55	43	0	0	56	0.99
242145--242399	105	2.5	101	90	3	386	21	16	27	34	1.95
252644--252677	10	3.4	10	87	0	50	73	0	5	20	1.04
253981--254032	20	2.6	19	80	16	61	67	1	1	28	1.12
255398--255429	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255691--255723	15	2.3	15	89	5	50	66	3	6	24	1.28
257031--257062	13	2.5	13	94	0	55	56	3	0	40	1.15
257010--257065	21	2.5	22	78	16	62	55	3	0	41	1.17
257560--257876	106	3.0	106	91	0	481	20	17	26	34	1.95
257724--258122	156	2.6	156	97	0	753	18	20	26	34	1.96
258876--258922	22	2.1	21	85	14	60	2	19	0	78	0.85
268988--269020	15	2.3	15	89	5	50	66	3	6	24	1.28
283894--283923	15	2.0	15	93	0	51	43	13	16	26	1.85
284809--284871	26	2.4	26	100	0	126	30	11	15	42	1.82
299218--299389	89	1.9	90	80	8	199	42	20	9	27	1.83
300468--300508	14	2.9	14	82	13	57	39	2	0	58	1.11
300471--300508	13	2.7	14	80	15	51	39	2	0	57	1.12
301728--302240	283	1.8	286	86	3	748	42	9	10	38	1.71
302339--302404	32	2.1	32	97	0	123	30	15	33	21	1.94
307770--307818	24	2.0	24	92	0	80	26	10	28	34	1.89
314149--314189	20	2.0	20	86	9	57	56	7	9	26	1.58
319533--319575	22	2.0	22	90	0	68	41	18	4	34	1.71
319534--319592	22	2.7	22	83	0	64	44	18	5	32	1.72
326185--326237	22	2.4	22	90	0	79	43	18	3	33	1.68
327275--327317	3	14.3	3	90	0	50	0	6	34	58	1.25
329895--329939	21	2.2	20	88	4	63	82	11	4	2	0.91
336943--336992	23	2.2	23	92	0	82	32	12	18	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347153--347205	23	2.3	23	100	0	106	28	0	7	64	1.21
351035--351081	12	3.9	12	94	0	85	17	10	8	63	1.49
360221--360288	35	1.9	35	93	0	118	35	11	20	32	1.89
367910--367942	15	2.2	15	94	0	57	6	24	9	60	1.49
373795--373834	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
373980--374823	422	2.0	422	96	0	1573	28	14	20	37	1.91
376063--376131	21	3.3	21	82	8	86	20	31	24	23	1.98
376641--376713	34	2.1	34	89	0	110	50	6	5	36	1.52
376906--377030	63	2.0	63	90	3	198	36	21	0	40	1.59
376983--377027	22	2.0	23	83	12	58	33	15	0	51	1.44

Tables:   1   2