genome.fa.s8954.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008954.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112282_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  488355

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4898--4940	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
4920--5066	64	2.3	65	93	2	251	29	27	26	16	1.97
5673--5731	22	2.6	23	91	2	93	18	25	30	25	1.98
5673--5739	23	3.0	23	88	2	82	19	23	28	28	1.98
6309--6626	84	3.8	83	83	5	376	24	16	24	33	1.96
7841--8033	99	1.9	100	93	1	334	31	16	17	35	1.92
10586--10661	3	25.3	3	73	12	50	68	3	2	25	1.20
11775--11829	21	2.7	21	83	8	60	69	0	3	27	1.05
11844--12224	36	10.5	36	76	15	294	43	5	3	48	1.42
18329--18386	30	1.9	30	96	0	107	41	18	6	32	1.78
24020--24060	17	2.4	18	80	12	50	24	2	7	65	1.30
26068--26105	18	2.2	18	90	4	60	15	10	13	60	1.59
26214--26260	4	11.8	4	100	0	94	0	23	0	76	0.78
26855--26879	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
29473--29520	18	2.7	18	86	0	69	27	22	8	41	1.82
29788--29828	20	2.0	20	85	0	55	2	24	2	70	1.11
31975--32028	26	2.1	26	86	6	74	25	9	27	37	1.87
34066--34122	26	2.2	26	84	6	71	12	14	5	68	1.37
47511--47535	13	1.9	13	100	0	50	64	8	16	12	1.49
60635--60669	7	5.0	7	100	0	70	57	0	0	42	0.99
60988--61030	13	3.2	14	81	18	56	76	0	6	16	0.99
64858--64886	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66928--66959	15	2.0	17	88	11	50	21	9	0	68	1.17
70846--70890	21	2.1	21	87	0	63	13	37	26	22	1.91
70857--70901	21	2.1	21	87	0	63	17	37	24	20	1.93
75973--76071	52	1.9	52	97	0	189	29	16	7	47	1.72
79050--79090	18	2.3	18	91	4	66	17	7	14	60	1.55
83276--83320	22	2.1	22	84	12	58	28	8	2	60	1.39
84740--84850	59	2.0	52	88	11	159	18	13	20	46	1.83
85179--85390	107	2.0	104	93	5	365	19	10	22	46	1.81
85944--86009	22	2.9	24	84	6	84	74	3	16	6	1.15
89339--89424	42	2.0	42	86	4	120	30	19	17	32	1.95
90170--90297	63	2.0	64	98	1	249	49	12	10	27	1.74
96900--97165	82	3.2	83	77	3	268	31	18	15	34	1.92
96907--97140	41	5.7	41	70	7	152	31	19	15	33	1.93
96896--97211	83	3.8	81	75	6	267	32	18	14	34	1.91
97417--97449	15	2.1	17	88	11	52	54	6	6	33	1.50
98226--98274	22	2.2	22	92	0	80	36	12	10	40	1.77
99401--99573	45	3.9	45	84	3	210	21	8	47	21	1.77
99410--99621	45	5.1	42	78	13	183	22	8	47	22	1.77
99567--99631	34	1.9	34	93	0	112	26	4	44	24	1.73
99510--99658	70	2.0	77	81	11	179	25	6	44	22	1.77
108634--108687	21	2.7	21	83	13	62	40	16	18	24	1.90
109251--109356	24	4.7	23	90	6	148	23	25	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109251--109356	42	2.4	44	85	9	144	23	25	24	26	2.00
110745--110788	22	2.0	21	82	4	52	31	29	11	27	1.91
110986--111023	3	13.3	3	89	10	62	68	0	0	31	0.90
111459--111547	21	4.2	21	69	17	67	31	14	13	40	1.85
125367--125538	89	1.9	90	90	3	276	50	11	8	29	1.68
126413--126474	25	2.5	25	81	2	72	25	1	11	61	1.39
127122--127163	17	2.4	18	92	4	68	21	7	0	71	1.09
131862--131926	32	2.0	32	100	0	130	32	18	27	21	1.97
141449--141488	10	3.9	10	93	3	62	92	7	0	0	0.38
141449--141488	13	3.1	13	92	7	64	92	7	0	0	0.38
141449--141495	12	4.2	11	83	10	51	87	10	2	0	0.63
141449--141488	1	40.0	1	84	0	53	92	7	0	0	0.38
156748--156775	3	9.3	3	100	0	56	0	35	0	64	0.94
160319--160359	18	2.4	18	88	8	59	19	7	0	73	1.07
166766--166825	16	3.9	15	79	14	68	21	3	1	73	1.07
166791--166827	8	4.6	8	100	0	74	24	0	0	75	0.80
166766--166827	23	2.6	24	82	5	72	22	3	1	72	1.08
166766--166825	31	1.9	31	83	6	77	21	3	1	73	1.07
168120--168220	3	33.0	3	78	7	105	37	2	0	59	1.13
171870--171913	9	4.9	9	86	8	63	81	0	18	0	0.68
171872--171913	10	4.5	10	85	14	63	83	0	16	0	0.65
171870--171913	19	2.4	18	88	7	63	81	0	18	0	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175093--175275	74	2.5	75	80	5	183	33	16	20	28	1.95
175147--175329	70	2.6	70	79	6	190	33	14	20	31	1.93
175091--175329	75	3.3	71	75	10	198	34	15	20	29	1.94
176471--177083	73	8.4	73	89	0	904	26	18	21	33	1.96
176471--177083	220	2.8	219	89	1	924	26	18	21	33	1.96
176471--177083	293	2.1	293	90	1	960	26	18	21	33	1.96
177311--177343	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
178721--178755	11	3.1	11	87	4	52	34	2	0	62	1.10
178940--179005	22	3.0	22	72	14	64	39	3	0	57	1.14
178941--179014	22	3.3	21	68	17	51	39	2	0	58	1.13
180579--180623	21	2.1	22	88	12	67	55	0	0	44	0.99
181086--181158	37	2.0	37	97	0	137	34	16	9	39	1.81
181639--181684	12	3.8	12	80	11	58	52	15	17	15	1.76
181639--181685	24	2.0	24	100	0	94	51	14	17	17	1.77
184684--184740	25	2.3	23	80	16	62	19	5	3	71	1.19
189967--190017	14	3.7	14	92	2	77	21	9	5	62	1.47
191807--191919	60	1.9	60	86	0	163	35	15	12	36	1.86
196118--196173	3	19.0	3	85	3	78	62	1	3	32	1.23
196328--196675	43	8.0	42	70	14	206	26	18	30	24	1.98
196370--196707	130	2.6	130	95	0	597	26	19	30	24	1.98
196746--196822	28	2.6	28	80	13	93	48	14	14	23	1.80
197312--197375	30	2.1	30	91	0	101	40	12	9	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197307--197384	30	2.7	29	78	11	88	44	14	7	33	1.73
197363--197466	52	2.0	53	92	3	174	35	18	13	32	1.90
197462--197641	29	6.4	27	86	6	132	48	12	10	29	1.73
197477--197632	29	5.5	29	92	2	237	46	13	9	30	1.75
198288--198333	4	12.2	4	82	13	62	23	0	21	54	1.45
198290--198325	18	2.1	17	94	5	63	22	0	22	55	1.44
206253--206311	3	20.0	3	85	3	84	62	1	3	32	1.21
209294--209357	24	2.7	24	95	0	110	39	18	25	17	1.92
212773--212885	53	2.1	53	98	0	217	40	14	22	23	1.90
217185--217239	19	2.9	19	86	5	67	27	3	0	69	1.05
217185--217250	18	3.5	18	81	8	69	24	7	0	68	1.15
225345--225403	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
225429--225470	22	1.9	22	95	0	75	52	11	0	35	1.38
225430--225478	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
225418--225951	54	9.6	54	79	8	597	52	13	0	34	1.42
225450--226026	32	20.5	32	70	24	366	52	13	0	33	1.44
225648--225690	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
225650--225698	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
225822--225864	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
225824--225872	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
225878--225926	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
225881--226031	80	1.9	80	95	0	275	51	13	1	33	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225928--225998	26	3.0	23	78	13	90	52	15	0	32	1.43
225790--226129	188	1.8	188	97	0	644	52	11	0	35	1.42
225960--226007	22	2.4	19	78	18	53	52	14	0	33	1.42
225932--226006	26	3.2	22	78	14	87	54	16	0	29	1.42
225961--226129	54	3.1	54	93	0	293	52	10	1	36	1.43
225418--226026	228	2.7	220	92	4	1047	52	13	0	33	1.43
226032--226131	32	3.4	32	69	25	103	53	8	0	39	1.31
226109--226300	15	12.5	15	85	9	235	51	2	0	46	1.12
227976--228030	28	2.0	27	82	3	65	43	5	7	43	1.55
248507--248596	44	2.0	44	89	4	137	21	6	26	45	1.76

Tables:   1   2   3