genome.fa.s8961.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008961.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112295_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  183149

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
406--446	16	2.7	15	85	14	57	31	36	7	24	1.83
1402--1491	24	3.9	23	77	8	76	77	3	5	13	1.06
1462--1528	5	13.6	5	73	14	59	77	0	2	19	0.89
1424--1528	29	3.6	29	76	8	72	77	2	4	15	1.06
1402--1528	9	14.9	9	69	23	55	76	2	5	15	1.08
1456--1528	29	2.5	29	80	12	87	78	0	2	19	0.88
1408--1532	24	4.7	28	71	20	74	76	3	5	15	1.11
1558--1594	19	2.0	18	89	5	56	81	2	0	16	0.81
1651--1705	3	18.7	3	76	23	55	63	1	0	34	1.05
1651--1704	11	5.4	11	77	22	57	62	1	0	35	1.06
1675--1975	141	2.1	145	84	13	385	54	6	17	21	1.65
4313--4357	21	2.1	21	83	0	54	31	28	15	24	1.96
8038--8084	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
9106--9324	43	5.1	43	82	4	144	24	17	21	37	1.94
9145--9322	42	4.2	43	84	4	220	23	17	20	38	1.93
9299--9349	25	2.1	25	92	3	86	17	23	25	33	1.96
9256--9391	68	2.0	67	84	1	173	22	20	21	35	1.96
10988--11099	51	2.2	50	82	4	127	16	27	26	28	1.97
16923--16952	12	2.6	12	94	5	53	66	10	0	23	1.21
18145--18228	39	2.2	39	80	8	91	39	2	42	15	1.60
23369--23452	39	2.2	39	80	8	91	39	2	42	15	1.60
23837--23872	17	2.1	17	100	0	72	30	30	11	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29881--29906	12	2.2	12	100	0	52	84	0	7	7	0.77
34962--35007	21	2.1	22	88	4	67	47	6	10	34	1.64
37518--37567	21	2.4	21	96	0	91	20	18	40	22	1.92
37790--37829	21	1.9	21	94	0	71	50	7	10	32	1.64
39832--39865	2	17.0	2	88	11	52	47	2	0	50	1.16
41463--41502	20	1.9	22	90	10	66	27	10	27	35	1.89
41656--41743	21	4.2	21	92	1	142	20	20	38	20	1.94
52056--52129	30	2.5	30	91	4	114	47	8	1	43	1.41
54171--54314	72	2.0	72	95	0	261	35	10	18	35	1.85
54329--54461	67	2.0	67	93	0	230	17	20	21	40	1.91
57053--57289	129	1.8	129	94	1	422	48	20	10	21	1.79
58797--58851	28	2.0	27	82	10	67	30	0	5	63	1.17
58787--58867	19	4.0	20	74	19	78	33	0	3	62	1.12
58895--58930	17	2.1	17	94	0	63	41	0	0	58	0.98
75947--76322	194	2.0	188	95	4	682	31	13	23	31	1.93
77257--77287	10	3.2	10	95	4	55	19	0	0	80	0.71
80371--80419	23	2.1	23	92	0	80	26	12	36	24	1.91
81496--81522	10	2.7	10	100	0	54	11	7	0	81	0.87
87681--87744	20	3.2	20	82	8	85	26	23	20	29	1.99
87711--87757	20	2.3	20	85	0	58	36	27	8	27	1.86
89169--89212	22	2.0	21	86	8	61	47	11	6	34	1.66
89176--89217	22	2.0	21	86	13	61	42	9	9	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90098--90135	15	2.5	15	100	0	76	23	31	7	36	1.84
90744--90831	20	4.3	20	70	12	63	29	25	13	31	1.94
92281--92325	22	2.0	21	87	8	63	48	11	6	33	1.65
92289--92330	22	2.0	21	86	13	61	42	9	9	38	1.70
96071--96116	19	2.4	19	96	0	83	19	15	4	60	1.51
96635--96715	39	2.1	39	88	4	119	33	24	27	14	1.95
96721--96835	44	2.6	43	81	9	133	33	21	20	25	1.97
100781--100830	22	2.3	22	92	0	82	16	28	30	26	1.96
102550--102581	15	2.1	15	100	0	64	28	25	18	28	1.98
103113--103185	38	1.9	38	83	5	94	56	16	8	19	1.65
103196--103241	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
103568--103707	43	3.2	43	81	9	149	30	20	25	22	1.98
105668--105708	17	2.3	19	87	8	59	53	7	0	39	1.29
110437--110520	24	3.3	23	77	22	73	41	2	1	54	1.21
110450--110523	25	2.8	26	76	19	82	41	4	1	52	1.28
111618--111682	4	15.8	4	77	6	58	44	18	6	30	1.74
111622--111685	16	4.1	16	82	4	69	43	17	6	32	1.74
111803--111868	4	15.8	4	81	9	78	46	21	4	27	1.70
111596--111966	187	2.0	184	93	2	627	50	14	8	26	1.72
117361--117431	23	3.1	23	83	0	88	33	28	19	18	1.95
117394--117439	23	2.0	23	91	0	74	32	23	28	15	1.95
120738--120792	6	8.6	7	92	8	59	47	5	0	47	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120739--120780	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
122475--122523	20	2.5	20	96	0	89	57	0	32	10	1.32
122924--123018	43	2.3	41	85	5	120	55	3	8	32	1.45
123637--123679	19	2.3	18	84	4	50	53	4	2	39	1.34
124136--124343	79	2.7	78	87	5	321	52	3	12	32	1.55
127778--127847	31	2.3	31	82	0	86	24	14	15	45	1.83
128747--128792	12	3.7	13	78	18	53	41	0	0	58	0.98
128999--129051	20	2.7	20	88	5	72	45	24	16	13	1.83
129038--129256	41	5.4	41	79	10	227	37	24	18	19	1.94
129060--129253	20	9.6	20	80	8	187	38	24	18	18	1.93
129060--129253	40	4.8	41	84	3	250	38	24	18	18	1.93
129812--129883	20	3.6	19	81	5	81	51	20	16	11	1.75
129827--129888	21	3.0	21	79	6	65	50	19	20	9	1.76
129911--130037	20	7.1	19	70	20	85	12	23	20	43	1.86
129916--130037	33	3.5	33	84	8	154	12	22	20	44	1.85
129973--130028	20	2.8	20	84	10	87	14	25	21	39	1.91
131703--132082	94	4.1	94	95	1	665	21	12	18	47	1.81
132170--132252	19	4.8	17	77	16	82	44	25	21	8	1.80
132200--132262	19	3.3	19	88	4	92	44	26	17	11	1.82
132259--132365	19	5.8	19	72	12	89	12	22	19	45	1.83
132815--132884	21	3.3	21	68	5	61	25	35	18	20	1.95
132766--132884	42	2.8	42	82	5	116	24	36	16	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134234--134267	14	2.4	14	95	0	59	35	0	20	44	1.52
134366--134434	19	3.9	19	74	18	76	47	15	20	15	1.82
134374--134446	33	2.2	33	90	0	110	47	19	19	13	1.82
134437--134482	19	2.4	19	92	0	74	45	23	15	15	1.84
134482--134648	33	4.8	34	78	11	178	13	20	19	45	1.85
134478--134587	20	5.9	19	74	13	95	12	20	20	46	1.83
134481--134615	73	1.9	72	85	4	191	14	20	20	44	1.86
134478--134648	19	9.7	19	71	20	111	13	21	19	45	1.84
137151--137206	24	2.3	24	90	0	94	37	19	17	25	1.94
138067--138108	20	2.1	20	91	8	68	33	26	19	21	1.97
138112--138221	20	5.4	20	79	8	114	19	18	23	39	1.92
138112--138221	41	2.7	41	85	4	143	19	18	23	39	1.92
138271--138324	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
138672--138698	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
139183--139219	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
143954--143981	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
144737--144785	20	2.5	20	96	0	89	57	0	32	10	1.32
144911--144967	30	1.9	30	88	0	87	38	14	5	42	1.68
145187--145278	40	2.3	40	84	3	114	55	3	8	32	1.47
145898--145940	19	2.3	18	84	4	50	53	4	2	39	1.34
146397--146603	77	2.7	78	87	5	328	51	3	12	32	1.56
150997--151042	12	3.7	13	78	18	53	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151249--151423	20	8.6	20	75	9	122	38	25	18	17	1.93
151310--151420	20	5.4	20	83	2	132	37	25	18	18	1.93
151249--151423	81	2.2	81	80	4	192	38	25	18	17	1.93
151310--151422	40	2.8	41	90	2	183	37	25	19	17	1.94
151980--152051	20	3.6	19	81	5	81	51	20	16	11	1.75
152064--152195	19	7.1	19	76	11	121	13	21	19	44	1.85
152113--152186	20	3.8	19	85	5	94	13	21	22	41	1.88
153891--154270	94	4.1	94	95	1	656	21	12	18	47	1.81
154358--154468	14	6.8	17	66	25	71	45	22	21	9	1.81
154388--154487	19	5.8	19	71	21	76	47	24	19	10	1.79

Tables:   1   2