genome.fa.s8966.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008966.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112308_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  265444

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87--129	20	2.2	20	91	0	68	32	11	20	34	1.89
7836--7886	3	17.7	3	76	15	54	66	0	27	5	1.14
7830--7878	12	4.2	11	82	10	53	67	0	26	6	1.14
10195--10229	16	2.2	16	94	0	61	22	25	11	40	1.88
10778--10837	21	2.9	21	75	5	50	20	0	26	53	1.46
10913--10960	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
11428--11467	2	20.0	2	94	0	71	47	0	0	52	1.00
10927--12918	499	3.9	499	85	7	2528	36	9	11	42	1.73
10929--12894	505	3.9	501	86	5	2533	36	9	11	42	1.74
12353--12403	7	7.3	7	81	0	57	21	0	31	47	1.51
12338--12403	21	3.1	21	76	4	62	19	1	31	46	1.59
12483--12521	17	2.3	16	87	12	60	38	0	5	56	1.22
12487--12532	18	2.6	17	86	6	56	36	2	8	52	1.45
11900--12900	535	1.8	547	88	4	1564	36	9	12	41	1.75
12871--12900	14	2.1	14	93	0	51	16	0	33	50	1.46
12926--12976	17	3.1	16	81	10	59	43	0	5	50	1.26
12935--12976	19	2.2	19	95	0	75	42	0	7	50	1.30
13193--13558	8	46.5	8	96	3	672	38	37	11	12	1.80
13275--13300	12	2.2	12	100	0	52	34	42	15	7	1.75
13536--13670	4	35.2	4	85	8	183	50	27	0	22	1.49
13884--13924	20	2.1	20	86	4	57	24	29	0	46	1.53
14039--14071	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14396--14454	18	3.4	18	86	11	88	47	0	5	47	1.24
14406--14472	18	3.9	17	84	11	84	44	1	4	49	1.31
14540--15041	209	2.4	210	85	5	645	27	11	8	52	1.66
15435--15617	59	3.1	59	67	17	171	28	25	17	28	1.97
15409--15650	118	2.1	118	95	0	430	29	26	18	26	1.98
18073--18121	24	2.0	24	84	7	64	55	2	0	42	1.11
27795--27837	14	3.1	14	93	0	77	9	20	48	20	1.77
27797--27844	14	3.4	14	85	5	62	10	25	45	18	1.81
27829--27881	19	2.8	19	74	5	54	26	26	30	16	1.97
27832--27901	9	7.3	9	73	12	59	30	24	28	17	1.97
27832--27901	30	2.4	28	88	4	95	30	24	28	17	1.97
27864--27902	21	1.9	21	89	5	62	33	23	25	17	1.96
34166--34215	9	5.3	9	80	7	55	26	28	28	18	1.98
34166--34215	19	2.7	18	81	9	64	26	28	28	18	1.98
35450--35554	44	2.4	44	80	6	106	24	21	21	31	1.98
35489--35574	44	2.0	44	83	4	111	27	18	20	32	1.96
37666--37711	24	1.9	24	90	0	74	17	34	8	39	1.80
48000--48060	23	2.8	23	75	7	65	22	34	24	18	1.96
50026--50068	17	2.5	17	85	7	52	23	0	20	55	1.43
52237--52618	58	6.6	58	92	0	613	35	19	12	33	1.89
52232--52618	173	2.2	174	91	1	616	35	19	12	33	1.89
52936--53107	94	1.8	94	82	1	218	28	22	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59378--59746	58	6.4	58	87	2	517	34	18	11	34	1.88
60153--60231	19	4.0	20	76	12	74	27	26	13	31	1.94
60255--60305	20	2.5	20	71	6	50	19	27	15	37	1.92
64053--64120	16	3.5	20	78	17	90	26	29	17	26	1.98
64153--64221	36	1.9	36	82	5	86	28	27	13	30	1.94
64265--64305	21	2.0	21	90	0	64	29	21	26	21	1.99
67187--67231	21	2.1	21	83	4	54	31	11	8	48	1.69
67510--67581	36	2.0	36	86	5	101	27	25	16	30	1.97
67546--67585	20	2.0	20	90	0	62	25	25	17	32	1.97
67615--67655	21	2.0	21	90	0	64	29	21	26	21	1.99
69757--69796	18	2.2	18	86	8	55	25	2	0	72	0.97
69756--69795	21	1.9	21	85	10	55	25	2	0	72	0.97
75920--75952	2	16.5	2	93	0	57	45	0	0	54	0.99
75916--75958	12	3.8	12	85	14	65	41	0	0	58	0.98
76021--76060	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
76120--76151	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
77335--77363	10	2.9	10	100	0	58	20	0	0	79	0.74
86721--86775	8	7.2	8	83	8	62	89	1	9	0	0.57
86718--86764	10	4.6	10	91	2	67	91	0	8	0	0.42
86719--86757	1	39.0	1	94	0	69	97	0	2	0	0.17
87514--88248	105	7.0	105	94	0	1265	33	24	18	23	1.97
89522--89574	2	27.0	2	92	3	90	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89615--89645	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
90374--90411	18	2.1	18	85	9	51	44	2	10	42	1.52
92368--92417	24	2.1	24	88	0	73	42	20	0	38	1.52
92371--92427	15	4.2	15	72	25	63	43	22	0	33	1.54
96049--96083	18	1.9	18	94	0	61	71	11	0	17	1.14
96617--96687	20	3.5	20	76	17	65	38	14	16	30	1.89
100273--100334	32	1.9	32	93	6	108	29	17	6	46	1.73
106232--106412	90	2.0	90	82	2	220	19	13	30	36	1.91
115273--115475	81	2.5	81	78	7	187	28	22	11	37	1.89
115462--115680	68	3.2	68	92	0	375	29	25	15	29	1.96
115910--117006	59	18.6	59	89	1	1637	36	19	11	33	1.87
117423--117459	20	1.9	19	89	10	58	24	27	16	32	1.96
117353--117558	95	2.2	95	87	1	288	26	26	14	33	1.95
119464--119490	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
119483--119796	156	2.0	156	96	0	583	36	22	7	33	1.83
121624--121778	81	1.9	81	85	2	213	25	23	10	40	1.86
121768--121954	68	2.8	68	82	4	234	31	24	14	29	1.95
122175--122464	59	4.9	59	84	5	356	34	18	12	34	1.88
122175--122464	118	2.5	118	87	2	397	34	18	12	34	1.88
122445--122483	19	2.1	19	95	0	69	35	28	17	17	1.94
122386--122536	78	1.9	78	91	0	248	37	19	13	29	1.90
122895--122984	41	2.3	39	80	3	99	26	30	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124631--124717	22	4.0	22	95	3	149	44	10	5	39	1.62
124631--124717	45	2.0	44	93	4	149	44	10	5	39	1.62
124747--124794	20	2.4	20	96	0	87	31	4	16	47	1.65
131135--131177	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
131219--131345	59	2.1	59	80	12	136	30	14	18	36	1.91
131573--131700	60	2.1	61	80	8	138	33	14	17	33	1.91
132103--132142	18	2.2	18	90	0	62	47	17	15	20	1.83
138827--138859	17	2.0	16	94	5	57	0	18	3	78	0.87
138853--138907	23	2.3	25	78	12	62	9	14	16	60	1.59
143080--143113	10	3.3	10	88	8	50	0	20	0	79	0.73
143095--143154	23	2.5	25	81	5	70	8	15	13	63	1.51
146613--146693	30	2.7	30	90	0	126	30	16	29	23	1.96
148578--148681	18	5.2	20	60	17	54	41	5	4	48	1.48
148579--148704	40	3.2	40	100	0	252	41	7	4	46	1.52
148698--148852	82	1.9	81	92	4	258	45	7	11	34	1.69
152461--152492	13	2.5	13	94	0	55	18	53	12	15	1.73
152516--152627	2	58.5	2	74	8	99	50	0	0	50	1.00
152513--152627	25	4.6	25	75	6	90	51	0	0	48	1.00
152641--152677	12	3.2	12	88	3	58	27	48	16	8	1.74
158595--158631	19	1.9	19	88	0	56	40	8	10	40	1.70
160123--160160	20	1.9	20	84	10	51	18	21	0	60	1.36
164720--164770	19	2.6	20	90	3	77	47	5	13	33	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168085--168187	50	2.1	50	81	7	120	19	27	22	31	1.98
170615--170656	22	2.0	21	90	4	66	33	33	2	30	1.71
178996--179028	15	2.2	15	89	10	50	33	6	9	51	1.58
179617--179969	179	2.0	177	98	1	688	32	20	17	30	1.95
181339--181375	12	3.1	12	88	0	56	78	5	16	0	0.93
181345--181383	6	6.7	6	82	5	53	79	2	17	0	0.84
181348--181381	17	1.9	17	94	5	59	82	2	14	0	0.79
188016--188124	35	3.1	34	86	2	137	27	35	3	33	1.75
188567--188620	11	4.8	11	77	4	54	77	1	12	7	1.05
192170--192278	35	3.1	35	82	2	139	28	35	3	32	1.75

Tables:   1   2